# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.561 0.194 0.134 0.081 0.024 0.006 0.001 2 Q 0.736 0.172 0.070 0.016 0.004 0.001 0.001 3 S 0.525 0.237 0.143 0.067 0.022 0.006 0.001 4 M 0.468 0.214 0.177 0.098 0.036 0.006 0.001 5 E 0.759 0.188 0.037 0.013 0.002 0.001 0.001 6 E 0.562 0.210 0.135 0.057 0.028 0.006 0.001 7 T 0.342 0.269 0.194 0.117 0.053 0.023 0.003 8 E 0.191 0.240 0.217 0.207 0.108 0.032 0.004 9 K 0.148 0.258 0.213 0.199 0.126 0.050 0.006 10 W 0.030 0.057 0.109 0.195 0.292 0.262 0.055 11 M 0.019 0.029 0.060 0.123 0.252 0.379 0.138 12 E 0.042 0.148 0.222 0.282 0.184 0.093 0.028 13 E 0.023 0.082 0.184 0.259 0.250 0.150 0.052 14 A 0.007 0.010 0.017 0.050 0.174 0.516 0.226 15 M 0.017 0.060 0.136 0.243 0.280 0.198 0.065 16 H 0.077 0.278 0.277 0.206 0.096 0.051 0.015 17 M 0.027 0.077 0.161 0.277 0.283 0.151 0.024 18 A 0.023 0.035 0.069 0.163 0.331 0.331 0.049 19 K 0.115 0.266 0.296 0.197 0.090 0.032 0.003 20 E 0.190 0.346 0.254 0.138 0.054 0.016 0.001 21 A 0.078 0.108 0.158 0.272 0.264 0.116 0.005 22 L 0.223 0.271 0.228 0.194 0.066 0.017 0.001 23 E 0.582 0.270 0.102 0.034 0.010 0.002 0.001 24 N 0.493 0.268 0.144 0.066 0.024 0.005 0.001 25 T 0.427 0.300 0.166 0.079 0.021 0.006 0.001 26 E 0.292 0.334 0.226 0.097 0.036 0.013 0.002 27 V 0.018 0.083 0.189 0.289 0.298 0.113 0.010 28 P 0.002 0.017 0.061 0.165 0.391 0.308 0.057 29 V 0.001 0.001 0.005 0.015 0.089 0.550 0.340 30 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.347 0.617 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.212 0.777 32 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.184 0.801 33 M 0.001 0.001 0.002 0.009 0.052 0.402 0.534 34 V 0.001 0.001 0.010 0.065 0.335 0.457 0.131 35 Y 0.006 0.060 0.201 0.331 0.246 0.136 0.020 36 N 0.123 0.341 0.327 0.120 0.049 0.037 0.005 37 N 0.078 0.275 0.295 0.193 0.114 0.041 0.003 38 E 0.028 0.191 0.212 0.352 0.168 0.045 0.003 39 V 0.002 0.010 0.033 0.114 0.400 0.406 0.034 40 V 0.003 0.009 0.029 0.065 0.135 0.517 0.242 41 G 0.002 0.006 0.014 0.046 0.147 0.462 0.324 42 K 0.011 0.055 0.133 0.276 0.238 0.157 0.130 43 G 0.007 0.025 0.042 0.095 0.212 0.399 0.220 44 R 0.021 0.068 0.133 0.205 0.223 0.250 0.100 45 N 0.021 0.045 0.076 0.176 0.305 0.303 0.074 46 E 0.075 0.188 0.244 0.230 0.162 0.085 0.016 47 V 0.114 0.165 0.185 0.243 0.179 0.100 0.014 48 N 0.226 0.217 0.200 0.165 0.116 0.062 0.013 49 Q 0.323 0.261 0.174 0.138 0.066 0.031 0.008 50 T 0.352 0.246 0.164 0.134 0.072 0.028 0.006 51 K 0.394 0.244 0.149 0.124 0.056 0.028 0.005 52 N 0.296 0.225 0.185 0.126 0.100 0.054 0.014 53 A 0.075 0.104 0.117 0.168 0.193 0.229 0.114 54 T 0.039 0.089 0.114 0.188 0.223 0.236 0.111 55 R 0.027 0.069 0.102 0.184 0.227 0.249 0.142 56 H 0.007 0.014 0.027 0.065 0.193 0.354 0.340 57 A 0.001 0.002 0.004 0.010 0.035 0.232 0.716 58 E 0.001 0.001 0.004 0.010 0.035 0.246 0.704 59 M 0.001 0.003 0.010 0.035 0.120 0.297 0.535 60 V 0.001 0.005 0.015 0.040 0.127 0.306 0.506 61 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.311 0.651 62 I 0.001 0.001 0.005 0.020 0.107 0.458 0.409 63 D 0.005 0.045 0.124 0.235 0.256 0.209 0.126 64 Q 0.012 0.082 0.204 0.267 0.224 0.158 0.053 65 V 0.005 0.011 0.027 0.089 0.306 0.474 0.088 66 L 0.013 0.053 0.119 0.288 0.334 0.171 0.020 67 D 0.218 0.416 0.231 0.090 0.031 0.013 0.002 68 W 0.105 0.220 0.250 0.250 0.129 0.043 0.003 69 C 0.121 0.153 0.188 0.267 0.189 0.073 0.007 70 R 0.394 0.314 0.164 0.091 0.029 0.008 0.001 71 Q 0.530 0.262 0.129 0.054 0.020 0.005 0.001 72 S 0.370 0.255 0.197 0.118 0.046 0.012 0.001 73 G 0.586 0.270 0.093 0.038 0.010 0.002 0.001 74 K 0.468 0.290 0.122 0.082 0.032 0.006 0.001 75 S 0.406 0.241 0.172 0.120 0.047 0.013 0.001 76 P 0.432 0.290 0.153 0.081 0.036 0.008 0.001 77 S 0.326 0.334 0.143 0.141 0.045 0.010 0.001 78 E 0.351 0.261 0.180 0.123 0.065 0.019 0.001 79 V 0.115 0.206 0.253 0.257 0.129 0.039 0.002 80 F 0.076 0.089 0.168 0.256 0.287 0.115 0.009 81 E 0.197 0.343 0.209 0.166 0.065 0.017 0.003 82 H 0.191 0.296 0.250 0.154 0.065 0.036 0.009 83 T 0.022 0.043 0.089 0.195 0.308 0.300 0.043 84 V 0.038 0.126 0.178 0.287 0.207 0.126 0.038 85 L 0.012 0.021 0.035 0.070 0.175 0.420 0.268 86 Y 0.013 0.015 0.025 0.049 0.094 0.352 0.452 87 V 0.010 0.015 0.022 0.056 0.108 0.312 0.478 88 T 0.024 0.033 0.044 0.078 0.139 0.239 0.443 89 V 0.027 0.032 0.034 0.065 0.111 0.262 0.470 90 E 0.031 0.042 0.046 0.089 0.148 0.288 0.355 91 P 0.050 0.066 0.073 0.114 0.168 0.259 0.270 92 C 0.066 0.072 0.073 0.123 0.161 0.256 0.249 93 I 0.091 0.089 0.084 0.133 0.180 0.222 0.200 94 M 0.091 0.102 0.109 0.139 0.172 0.212 0.174 95 C 0.075 0.069 0.071 0.118 0.159 0.256 0.252 96 A 0.074 0.077 0.087 0.153 0.205 0.231 0.172 97 A 0.120 0.157 0.165 0.176 0.155 0.140 0.088 98 A 0.073 0.084 0.106 0.174 0.201 0.229 0.133 99 L 0.046 0.037 0.050 0.082 0.172 0.366 0.247 100 R 0.060 0.114 0.128 0.206 0.202 0.200 0.090 101 L 0.075 0.120 0.174 0.203 0.190 0.171 0.066 102 M 0.032 0.065 0.098 0.184 0.258 0.279 0.085 103 K 0.041 0.156 0.233 0.246 0.165 0.111 0.049 104 I 0.010 0.027 0.053 0.142 0.293 0.345 0.130 105 P 0.018 0.093 0.198 0.278 0.220 0.147 0.045 106 L 0.007 0.039 0.105 0.236 0.295 0.227 0.091 107 V 0.001 0.004 0.010 0.027 0.128 0.523 0.306 108 V 0.002 0.005 0.013 0.040 0.108 0.408 0.425 109 Y 0.003 0.009 0.019 0.050 0.127 0.431 0.362 110 G 0.005 0.016 0.040 0.115 0.247 0.399 0.178 111 C 0.013 0.041 0.105 0.235 0.258 0.276 0.072 112 Q 0.096 0.194 0.266 0.192 0.148 0.088 0.016 113 N 0.115 0.171 0.209 0.267 0.156 0.074 0.009 114 E 0.468 0.275 0.154 0.068 0.024 0.009 0.001 115 R 0.453 0.322 0.133 0.063 0.020 0.007 0.001 116 F 0.168 0.155 0.185 0.237 0.184 0.066 0.005 117 G 0.229 0.280 0.204 0.165 0.079 0.038 0.005 118 G 0.114 0.137 0.170 0.208 0.209 0.137 0.024 119 C 0.102 0.137 0.158 0.205 0.191 0.164 0.043 120 G 0.133 0.197 0.210 0.213 0.145 0.078 0.024 121 S 0.104 0.179 0.208 0.220 0.158 0.099 0.032 122 V 0.044 0.068 0.103 0.162 0.237 0.300 0.087 123 L 0.028 0.050 0.112 0.205 0.316 0.227 0.063 124 N 0.086 0.309 0.260 0.207 0.086 0.042 0.010 125 I 0.036 0.079 0.159 0.263 0.277 0.162 0.023 126 A 0.036 0.056 0.089 0.183 0.329 0.267 0.039 127 S 0.145 0.278 0.259 0.208 0.079 0.027 0.003 128 A 0.293 0.318 0.184 0.124 0.060 0.019 0.002 129 D 0.276 0.304 0.226 0.123 0.050 0.019 0.002 130 L 0.229 0.189 0.202 0.236 0.116 0.026 0.002 131 P 0.578 0.274 0.098 0.038 0.009 0.002 0.001 132 N 0.630 0.233 0.096 0.030 0.009 0.002 0.001 133 T 0.432 0.267 0.181 0.079 0.035 0.007 0.001 134 G 0.414 0.420 0.094 0.056 0.012 0.004 0.001 135 R 0.151 0.224 0.192 0.212 0.180 0.039 0.003 136 P 0.079 0.228 0.237 0.290 0.114 0.045 0.005 137 F 0.011 0.025 0.077 0.190 0.434 0.239 0.023 138 Q 0.033 0.110 0.236 0.298 0.206 0.097 0.020 139 C 0.009 0.015 0.035 0.078 0.246 0.468 0.148 140 I 0.036 0.088 0.159 0.235 0.250 0.188 0.044 141 P 0.111 0.220 0.225 0.211 0.127 0.087 0.019 142 G 0.110 0.239 0.254 0.215 0.120 0.055 0.006 143 Y 0.053 0.079 0.164 0.252 0.268 0.170 0.013 144 R 0.138 0.274 0.227 0.206 0.110 0.042 0.004 145 A 0.431 0.304 0.175 0.065 0.020 0.004 0.001 146 E 0.437 0.379 0.108 0.059 0.014 0.003 0.001 147 E 0.087 0.191 0.324 0.248 0.123 0.026 0.001 148 A 0.023 0.033 0.066 0.194 0.417 0.256 0.011 149 V 0.090 0.276 0.321 0.244 0.059 0.010 0.001 150 E 0.270 0.431 0.213 0.061 0.019 0.005 0.001 151 M 0.034 0.074 0.179 0.352 0.269 0.087 0.004 152 L 0.054 0.095 0.177 0.305 0.265 0.099 0.005 153 K 0.488 0.334 0.138 0.032 0.006 0.001 0.001 154 T 0.425 0.381 0.134 0.045 0.013 0.002 0.001 155 F 0.121 0.149 0.225 0.277 0.178 0.050 0.001 156 Y 0.280 0.276 0.237 0.155 0.045 0.007 0.001 157 K 0.776 0.183 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001