# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.208 0.130 0.125 0.149 0.138 0.101 0.063 0.042 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 2 Q 0.548 0.173 0.109 0.068 0.043 0.026 0.019 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 S 0.310 0.174 0.146 0.124 0.104 0.070 0.039 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 4 M 0.272 0.151 0.126 0.146 0.143 0.074 0.046 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 5 E 0.611 0.197 0.098 0.044 0.024 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.464 0.183 0.118 0.082 0.061 0.048 0.029 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.174 0.119 0.138 0.162 0.170 0.118 0.078 0.016 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.490 0.226 0.133 0.067 0.036 0.031 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.365 0.258 0.167 0.099 0.058 0.034 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.027 0.036 0.051 0.112 0.177 0.197 0.176 0.130 0.067 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 11 M 0.012 0.025 0.040 0.138 0.206 0.224 0.166 0.114 0.053 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 12 E 0.415 0.317 0.165 0.059 0.020 0.016 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.143 0.182 0.228 0.196 0.139 0.074 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.004 0.010 0.020 0.070 0.137 0.231 0.257 0.168 0.077 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 15 M 0.028 0.076 0.080 0.224 0.266 0.178 0.092 0.040 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.564 0.291 0.113 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.029 0.054 0.113 0.233 0.253 0.182 0.079 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.007 0.015 0.028 0.093 0.164 0.225 0.257 0.143 0.055 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 19 K 0.266 0.326 0.191 0.112 0.059 0.035 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.399 0.274 0.141 0.086 0.045 0.041 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.036 0.037 0.057 0.163 0.244 0.211 0.145 0.072 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 22 L 0.101 0.125 0.148 0.215 0.214 0.116 0.051 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.620 0.185 0.086 0.048 0.031 0.017 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.276 0.197 0.195 0.137 0.092 0.061 0.025 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.247 0.198 0.152 0.146 0.106 0.080 0.049 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.135 0.198 0.129 0.172 0.139 0.114 0.068 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 27 V 0.018 0.044 0.052 0.130 0.196 0.182 0.136 0.124 0.056 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 28 P 0.003 0.008 0.014 0.034 0.074 0.099 0.140 0.177 0.159 0.125 0.080 0.049 0.020 0.018 29 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.046 0.079 0.174 0.193 0.190 0.152 0.082 0.047 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.034 0.104 0.178 0.214 0.224 0.127 0.096 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.073 0.145 0.227 0.242 0.164 0.126 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 0.081 0.163 0.239 0.214 0.170 0.104 33 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.023 0.057 0.101 0.168 0.210 0.194 0.138 0.094 34 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.024 0.049 0.099 0.197 0.178 0.156 0.139 0.091 0.051 35 Y 0.001 0.012 0.017 0.067 0.095 0.135 0.148 0.171 0.138 0.094 0.054 0.037 0.015 0.014 36 N 0.029 0.099 0.141 0.136 0.109 0.159 0.104 0.066 0.086 0.025 0.039 0.004 0.001 0.002 37 N 0.025 0.075 0.178 0.166 0.149 0.143 0.097 0.062 0.063 0.020 0.015 0.004 0.001 0.001 38 E 0.025 0.066 0.095 0.137 0.165 0.164 0.129 0.090 0.083 0.028 0.010 0.005 0.001 0.001 39 V 0.008 0.011 0.014 0.032 0.065 0.109 0.172 0.202 0.144 0.126 0.049 0.040 0.021 0.006 40 V 0.008 0.007 0.011 0.020 0.045 0.070 0.114 0.155 0.161 0.132 0.131 0.083 0.039 0.025 41 G 0.006 0.004 0.006 0.009 0.017 0.028 0.043 0.079 0.142 0.183 0.180 0.185 0.080 0.036 42 K 0.012 0.013 0.014 0.025 0.041 0.052 0.080 0.117 0.133 0.136 0.182 0.092 0.051 0.052 43 G 0.008 0.009 0.011 0.020 0.033 0.055 0.075 0.108 0.160 0.179 0.151 0.101 0.060 0.030 44 R 0.011 0.020 0.026 0.057 0.104 0.117 0.164 0.182 0.115 0.093 0.061 0.024 0.013 0.013 45 N 0.022 0.029 0.040 0.063 0.096 0.113 0.125 0.132 0.139 0.109 0.069 0.038 0.016 0.008 46 E 0.078 0.099 0.110 0.135 0.138 0.126 0.107 0.089 0.054 0.035 0.018 0.006 0.003 0.002 47 V 0.088 0.097 0.106 0.140 0.151 0.134 0.100 0.079 0.048 0.031 0.015 0.009 0.003 0.002 48 N 0.142 0.134 0.120 0.146 0.146 0.108 0.079 0.059 0.033 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 49 Q 0.243 0.187 0.142 0.151 0.096 0.074 0.045 0.032 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 50 T 0.324 0.191 0.119 0.127 0.088 0.062 0.044 0.021 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.249 0.169 0.141 0.139 0.105 0.082 0.055 0.028 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 52 N 0.240 0.166 0.149 0.140 0.112 0.076 0.055 0.028 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 53 A 0.086 0.079 0.082 0.136 0.159 0.149 0.112 0.094 0.048 0.032 0.011 0.007 0.003 0.001 54 T 0.037 0.037 0.050 0.092 0.139 0.151 0.155 0.130 0.091 0.061 0.028 0.017 0.007 0.004 55 R 0.043 0.039 0.054 0.081 0.120 0.122 0.139 0.128 0.106 0.077 0.044 0.029 0.011 0.006 56 H 0.051 0.055 0.062 0.078 0.114 0.108 0.139 0.132 0.096 0.073 0.047 0.026 0.013 0.008 57 A 0.014 0.011 0.015 0.019 0.038 0.074 0.124 0.139 0.194 0.156 0.114 0.052 0.036 0.014 58 E 0.007 0.012 0.018 0.047 0.087 0.143 0.183 0.195 0.141 0.094 0.036 0.018 0.010 0.009 59 M 0.029 0.046 0.049 0.107 0.122 0.132 0.148 0.133 0.091 0.070 0.029 0.024 0.013 0.007 60 V 0.050 0.104 0.096 0.153 0.164 0.140 0.121 0.082 0.046 0.024 0.009 0.007 0.003 0.002 61 A 0.006 0.012 0.022 0.043 0.085 0.159 0.217 0.206 0.128 0.054 0.044 0.012 0.007 0.004 62 I 0.007 0.021 0.028 0.062 0.122 0.191 0.242 0.194 0.075 0.027 0.020 0.004 0.004 0.002 63 D 0.138 0.267 0.189 0.197 0.106 0.063 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.068 0.126 0.158 0.257 0.191 0.124 0.040 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.014 0.018 0.035 0.092 0.175 0.200 0.237 0.145 0.059 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 66 L 0.078 0.134 0.145 0.205 0.246 0.113 0.049 0.017 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.675 0.226 0.059 0.018 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 W 0.111 0.110 0.145 0.215 0.208 0.134 0.053 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 C 0.172 0.129 0.128 0.164 0.188 0.106 0.079 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.616 0.194 0.077 0.046 0.029 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.562 0.180 0.111 0.063 0.041 0.025 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 S 0.243 0.153 0.123 0.147 0.152 0.087 0.057 0.018 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.462 0.176 0.158 0.086 0.055 0.031 0.018 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.539 0.193 0.096 0.068 0.044 0.032 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 S 0.275 0.174 0.123 0.148 0.129 0.074 0.046 0.013 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.238 0.174 0.183 0.142 0.113 0.082 0.034 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.447 0.188 0.118 0.089 0.063 0.044 0.030 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.303 0.172 0.122 0.133 0.106 0.076 0.050 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 79 V 0.090 0.101 0.112 0.171 0.195 0.153 0.078 0.050 0.028 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 80 F 0.042 0.046 0.054 0.127 0.183 0.163 0.129 0.115 0.068 0.036 0.020 0.010 0.004 0.002 81 E 0.160 0.163 0.136 0.151 0.114 0.108 0.066 0.039 0.031 0.014 0.013 0.003 0.001 0.001 82 H 0.052 0.075 0.089 0.155 0.188 0.148 0.106 0.079 0.046 0.027 0.017 0.010 0.004 0.003 83 T 0.010 0.009 0.013 0.026 0.054 0.100 0.145 0.153 0.150 0.128 0.096 0.062 0.043 0.012 84 V 0.016 0.014 0.024 0.045 0.081 0.119 0.152 0.175 0.133 0.107 0.056 0.043 0.021 0.014 85 L 0.011 0.006 0.007 0.012 0.021 0.038 0.075 0.095 0.142 0.175 0.174 0.151 0.067 0.026 86 Y 0.018 0.014 0.018 0.033 0.053 0.081 0.102 0.128 0.141 0.126 0.102 0.100 0.050 0.034 87 V 0.014 0.009 0.012 0.016 0.031 0.049 0.093 0.100 0.146 0.174 0.152 0.122 0.058 0.026 88 T 0.026 0.023 0.025 0.044 0.078 0.111 0.149 0.156 0.130 0.103 0.080 0.039 0.021 0.015 89 V 0.030 0.025 0.031 0.047 0.085 0.103 0.141 0.135 0.123 0.114 0.080 0.049 0.026 0.012 90 E 0.072 0.068 0.069 0.097 0.123 0.126 0.137 0.126 0.077 0.056 0.024 0.015 0.007 0.003 91 P 0.068 0.060 0.080 0.100 0.151 0.147 0.139 0.096 0.078 0.049 0.018 0.009 0.004 0.002 92 C 0.055 0.054 0.067 0.118 0.168 0.167 0.142 0.114 0.057 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 93 I 0.185 0.146 0.130 0.139 0.139 0.097 0.071 0.043 0.025 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 94 M 0.148 0.149 0.147 0.151 0.150 0.100 0.069 0.045 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 95 C 0.049 0.036 0.046 0.075 0.112 0.161 0.186 0.167 0.087 0.037 0.028 0.008 0.005 0.002 96 A 0.065 0.083 0.099 0.151 0.167 0.165 0.127 0.076 0.038 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 97 A 0.296 0.231 0.188 0.121 0.068 0.054 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.068 0.054 0.075 0.144 0.182 0.179 0.136 0.085 0.041 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 99 L 0.045 0.044 0.060 0.094 0.140 0.176 0.189 0.150 0.053 0.020 0.018 0.005 0.004 0.002 100 R 0.180 0.139 0.117 0.159 0.162 0.113 0.065 0.034 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 101 L 0.105 0.111 0.111 0.174 0.172 0.138 0.090 0.053 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 102 M 0.053 0.047 0.062 0.122 0.202 0.176 0.155 0.088 0.044 0.023 0.017 0.006 0.003 0.001 103 K 0.073 0.152 0.157 0.197 0.157 0.137 0.063 0.035 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 104 I 0.028 0.031 0.031 0.077 0.126 0.156 0.182 0.167 0.079 0.050 0.040 0.017 0.011 0.004 105 P 0.012 0.034 0.046 0.099 0.156 0.179 0.170 0.131 0.093 0.041 0.020 0.010 0.004 0.005 106 L 0.005 0.007 0.016 0.023 0.049 0.074 0.115 0.127 0.178 0.171 0.108 0.071 0.035 0.021 107 V 0.002 0.002 0.003 0.006 0.016 0.033 0.067 0.084 0.166 0.177 0.206 0.116 0.077 0.045 108 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.025 0.048 0.119 0.174 0.223 0.183 0.131 0.070 109 Y 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.020 0.041 0.083 0.135 0.185 0.188 0.162 0.099 0.065 110 G 0.002 0.004 0.005 0.012 0.020 0.040 0.067 0.102 0.176 0.184 0.135 0.128 0.077 0.048 111 C 0.004 0.008 0.012 0.030 0.057 0.090 0.150 0.179 0.155 0.119 0.106 0.048 0.025 0.018 112 Q 0.027 0.066 0.107 0.128 0.144 0.140 0.123 0.099 0.081 0.037 0.034 0.007 0.003 0.003 113 N 0.069 0.121 0.149 0.171 0.147 0.129 0.079 0.057 0.043 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 114 E 0.190 0.193 0.157 0.159 0.105 0.082 0.057 0.024 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 115 R 0.277 0.206 0.178 0.111 0.079 0.071 0.037 0.016 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 116 F 0.114 0.107 0.096 0.145 0.172 0.140 0.103 0.066 0.029 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 117 G 0.287 0.159 0.132 0.114 0.099 0.076 0.059 0.031 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 118 G 0.116 0.080 0.090 0.129 0.155 0.138 0.101 0.088 0.047 0.029 0.014 0.008 0.004 0.002 119 C 0.074 0.053 0.064 0.100 0.142 0.139 0.117 0.111 0.087 0.057 0.029 0.018 0.006 0.003 120 G 0.174 0.125 0.116 0.144 0.130 0.095 0.078 0.058 0.034 0.025 0.013 0.005 0.002 0.002 121 S 0.191 0.134 0.113 0.131 0.122 0.097 0.078 0.058 0.030 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 122 V 0.053 0.055 0.066 0.111 0.159 0.160 0.131 0.107 0.077 0.045 0.020 0.009 0.005 0.003 123 L 0.046 0.055 0.068 0.126 0.157 0.158 0.128 0.112 0.073 0.041 0.018 0.011 0.004 0.002 124 N 0.276 0.191 0.160 0.112 0.084 0.072 0.043 0.024 0.021 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 125 I 0.067 0.078 0.107 0.160 0.183 0.143 0.099 0.076 0.043 0.021 0.012 0.007 0.004 0.001 126 A 0.045 0.049 0.059 0.118 0.177 0.164 0.139 0.122 0.067 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 127 S 0.177 0.190 0.167 0.159 0.116 0.089 0.049 0.026 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 128 A 0.446 0.182 0.115 0.095 0.063 0.047 0.027 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 129 D 0.279 0.191 0.172 0.126 0.096 0.072 0.036 0.012 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.173 0.122 0.125 0.165 0.165 0.117 0.068 0.037 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 131 P 0.464 0.194 0.122 0.088 0.058 0.032 0.024 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 132 N 0.387 0.210 0.130 0.102 0.067 0.051 0.029 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 133 T 0.208 0.140 0.141 0.149 0.134 0.098 0.063 0.030 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 134 G 0.280 0.173 0.158 0.127 0.098 0.067 0.045 0.020 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 135 R 0.131 0.110 0.107 0.154 0.139 0.130 0.083 0.063 0.037 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 136 P 0.112 0.107 0.099 0.147 0.169 0.128 0.087 0.063 0.041 0.024 0.013 0.006 0.002 0.002 137 F 0.036 0.026 0.038 0.058 0.086 0.114 0.122 0.133 0.124 0.104 0.072 0.054 0.028 0.007 138 Q 0.095 0.078 0.088 0.109 0.135 0.124 0.103 0.102 0.067 0.042 0.033 0.013 0.005 0.004 139 C 0.036 0.022 0.031 0.050 0.077 0.096 0.118 0.132 0.131 0.122 0.082 0.062 0.031 0.011 140 I 0.044 0.048 0.058 0.092 0.130 0.136 0.128 0.121 0.102 0.065 0.043 0.020 0.008 0.006 141 P 0.125 0.086 0.090 0.119 0.127 0.120 0.110 0.081 0.055 0.042 0.028 0.010 0.004 0.003 142 G 0.195 0.146 0.139 0.139 0.129 0.089 0.064 0.042 0.029 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 143 Y 0.158 0.110 0.106 0.127 0.162 0.115 0.086 0.072 0.035 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 144 R 0.131 0.106 0.136 0.163 0.149 0.121 0.089 0.048 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 145 A 0.269 0.169 0.149 0.140 0.109 0.074 0.058 0.014 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.672 0.174 0.099 0.029 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.126 0.190 0.195 0.199 0.150 0.090 0.027 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.013 0.016 0.021 0.078 0.150 0.190 0.247 0.170 0.086 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 149 V 0.105 0.198 0.232 0.208 0.149 0.066 0.022 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.612 0.284 0.072 0.016 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.019 0.038 0.067 0.203 0.248 0.232 0.116 0.050 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.012 0.024 0.047 0.131 0.236 0.216 0.180 0.099 0.044 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 153 K 0.483 0.245 0.163 0.058 0.025 0.017 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 T 0.481 0.220 0.151 0.073 0.037 0.027 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 F 0.047 0.050 0.072 0.153 0.217 0.208 0.143 0.069 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 156 Y 0.107 0.105 0.122 0.187 0.209 0.131 0.079 0.038 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 157 K 0.657 0.158 0.089 0.043 0.024 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001