This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 20 NATAA F A 2 21 NATAA Q A 3 22 NATAA S A 4 23 NATAA M A 5 24 NATAA E A 6 25 NATAA E A 7 26 NATAA T A 8 27 NATAA E A 9 28 NATAA K A 10 29 NATAA W A 11 30 NATAA M A 12 31 NATAA E A 13 32 NATAA E A 14 33 NATAA A A 15 34 NATAA M A 16 35 NATAA H A 17 36 NATAA M A 18 37 NATAA A A 19 38 NATAA K A 20 39 NATAA E A 21 40 NATAA A A 22 41 NATAA L A 23 42 NATAA E A 24 43 NATAA N A 25 44 NATAA T A 26 45 NATAA E A 27 46 NATAA V A 28 47 NATRO P A 29 48 NATAA V A 30 49 NATAA G A 31 50 NATRO C A 32 51 NATAA L A 33 52 NATAA M A 34 53 NATAA V A 35 54 NATAA Y A 36 55 NATAA N A 37 56 NATAA N A 38 57 NATAA E A 39 58 NATAA V A 40 59 NATAA V A 41 60 NATAA G A 42 61 NATAA K A 43 62 NATAA G A 44 63 NATAA R A 45 64 NATAA N A 46 65 NATAA E A 47 66 NATAA V A 48 67 NATAA N A 49 68 NATAA Q A 50 69 NATAA T A 51 70 NATAA K A 52 71 NATAA N A 53 72 NATAA A A 54 73 NATAA T A 55 74 NATAA R A 56 75 NATAA H A 57 76 NATAA A A 58 77 NATAA E A 59 78 NATAA M A 60 79 NATAA V A 61 80 NATAA A A 62 81 NATAA I A 63 82 NATAA D A 64 83 NATAA Q A 65 84 NATAA V A 66 85 NATAA L A 67 86 NATAA D A 68 87 NATAA W A 69 88 NATRO C A 70 89 NATAA R A 71 90 NATAA Q A 72 91 NATAA S A 73 92 NATAA G A 74 93 NATAA K A 75 94 NATAA S A 76 95 NATRO P A 77 96 NATAA S A 78 97 NATAA E A 79 98 NATAA V A 80 99 NATAA F A 81 100 NATAA E A 82 101 NATAA H A 83 102 NATAA T A 84 103 NATAA V A 85 104 NATAA L A 86 105 NATAA Y A 87 106 NATAA V A 88 107 NATAA T A 89 108 NATAA V A 90 109 NATAA E A 91 110 NATRO P A 92 111 NATRO C A 93 112 NATAA I A 94 113 NATAA M A 95 114 NATRO C A 96 115 NATAA A A 97 116 NATAA A A 98 117 NATAA A A 99 118 NATAA L A 100 119 NATAA R A 101 120 NATAA L A 102 121 NATAA M A 103 122 NATAA K A 104 123 NATAA I A 105 124 NATRO P A 106 125 NATAA L A 107 126 NATAA V A 108 127 NATAA V A 109 128 NATAA Y A 110 129 NATAA G A 111 130 NATRO C A 112 131 NATAA Q A 113 132 NATAA N A 114 133 NATAA E A 115 134 NATAA R A 116 135 NATAA F A 117 136 NATAA G A 118 137 NATAA G A 119 138 NATRO C A 120 139 NATAA G A 121 140 NATAA S A 122 141 NATAA V A 123 142 NATAA L A 124 143 NATAA N A 125 144 NATAA I A 126 145 NATAA A A 127 146 NATAA S A 128 147 NATAA A A 129 148 NATAA D A 130 149 NATAA L A 131 150 NATRO P A 132 151 NATAA N A 133 152 NATAA T A 134 153 NATAA G A 135 154 NATAA R A 136 155 NATRO P A 137 156 NATAA F A 138 157 NATAA Q A 139 158 NATRO C A 140 159 NATAA I A 141 160 NATRO P A 142 161 NATAA G A 143 162 NATAA Y A 144 163 NATAA R A 145 164 NATAA A A 146 165 NATAA E A 147 166 NATAA E A 148 167 NATAA A A 149 168 NATAA V A 150 169 NATAA E A 151 170 NATAA M A 152 171 NATAA L A 153 172 NATAA K A 154 173 NATAA T A 155 174 NATAA F A 156 175 NATAA Y A 157 176 NATAA K