# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.014 0.473 0.005 0.011 0.007 0.015 0.038 0.003 0.001 0.233 0.200 2 C 0.012 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.047 0.036 3 R 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 4 S 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.011 5 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 6 L 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.007 7 M 0.002 0.204 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.778 0.005 8 E 0.008 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.148 0.012 9 V 0.006 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.035 0.010 10 A 0.002 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.005 11 T 0.004 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.022 12 E 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 13 L 0.043 0.717 0.042 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.020 0.109 0.029 14 F 0.193 0.115 0.264 0.003 0.001 0.002 0.025 0.032 0.103 0.142 0.120 15 A 0.571 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.002 0.012 0.325 16 Q 0.059 0.060 0.003 0.004 0.001 0.001 0.061 0.002 0.001 0.016 0.792 17 K 0.011 0.049 0.010 0.008 0.001 0.004 0.115 0.003 0.002 0.023 0.773 18 G 0.168 0.072 0.004 0.016 0.005 0.010 0.103 0.006 0.002 0.033 0.581 19 F 0.074 0.037 0.001 0.038 0.010 0.009 0.084 0.004 0.001 0.067 0.675 20 Y 0.022 0.203 0.001 0.058 0.018 0.031 0.075 0.003 0.001 0.055 0.534 21 G 0.013 0.435 0.001 0.053 0.006 0.012 0.044 0.002 0.001 0.117 0.316 22 V 0.004 0.646 0.001 0.068 0.013 0.016 0.028 0.002 0.001 0.078 0.143 23 S 0.005 0.956 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 0.011 24 I 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 25 R 0.003 0.727 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.250 0.008 26 E 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 27 L 0.028 0.900 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.006 0.020 0.013 28 A 0.018 0.012 0.425 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.462 0.019 0.008 29 Q 0.951 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.033 30 A 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 0.949 31 A 0.004 0.010 0.002 0.003 0.001 0.002 0.156 0.001 0.001 0.015 0.805 32 G 0.023 0.015 0.002 0.008 0.001 0.002 0.137 0.002 0.001 0.025 0.783 33 A 0.005 0.009 0.001 0.015 0.005 0.005 0.159 0.001 0.001 0.023 0.779 34 S 0.091 0.312 0.001 0.062 0.010 0.020 0.054 0.007 0.001 0.061 0.381 35 I 0.056 0.197 0.002 0.042 0.006 0.016 0.070 0.003 0.001 0.291 0.316 36 S 0.007 0.127 0.003 0.352 0.008 0.029 0.058 0.001 0.001 0.248 0.165 37 M 0.015 0.165 0.004 0.254 0.060 0.170 0.036 0.002 0.001 0.153 0.141 38 I 0.022 0.087 0.003 0.190 0.141 0.275 0.039 0.004 0.001 0.075 0.162 39 S 0.014 0.019 0.003 0.041 0.191 0.436 0.033 0.001 0.002 0.075 0.185 40 Y 0.010 0.006 0.004 0.046 0.251 0.413 0.032 0.001 0.001 0.053 0.186 41 H 0.226 0.008 0.003 0.026 0.115 0.150 0.053 0.003 0.001 0.062 0.354 42 F 0.310 0.003 0.001 0.023 0.037 0.022 0.087 0.001 0.001 0.046 0.470 43 G 0.003 0.003 0.001 0.009 0.007 0.006 0.051 0.001 0.001 0.010 0.911 44 G 0.136 0.193 0.001 0.002 0.005 0.003 0.028 0.004 0.001 0.013 0.616 45 K 0.101 0.710 0.001 0.001 0.005 0.002 0.013 0.004 0.001 0.043 0.121 46 E 0.001 0.845 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.083 0.057 47 G 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 48 L 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 49 Y 0.002 0.946 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 50 A 0.003 0.868 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.113 0.009 51 A 0.005 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.061 0.008 52 V 0.008 0.835 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.120 0.014 53 L 0.013 0.933 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.017 0.018 54 Q 0.036 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.030 0.049 55 E 0.019 0.872 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.002 0.014 0.073 56 Q 0.032 0.857 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.002 0.015 0.067 57 F 0.102 0.665 0.013 0.002 0.001 0.001 0.015 0.013 0.005 0.045 0.138 58 A 0.080 0.533 0.008 0.004 0.001 0.002 0.033 0.006 0.003 0.060 0.268 59 C 0.062 0.654 0.006 0.004 0.001 0.002 0.021 0.016 0.003 0.025 0.206 60 F 0.095 0.564 0.011 0.006 0.001 0.002 0.032 0.023 0.005 0.047 0.213 61 G 0.064 0.406 0.011 0.007 0.003 0.004 0.040 0.009 0.004 0.072 0.379 62 Q 0.066 0.576 0.004 0.005 0.002 0.003 0.027 0.010 0.002 0.029 0.275 63 L 0.087 0.526 0.010 0.006 0.003 0.004 0.040 0.028 0.006 0.056 0.236 64 D 0.146 0.345 0.024 0.007 0.004 0.008 0.049 0.027 0.013 0.072 0.306 65 D 0.195 0.214 0.010 0.011 0.005 0.009 0.048 0.013 0.006 0.056 0.432 66 I 0.168 0.096 0.013 0.019 0.006 0.008 0.065 0.016 0.008 0.045 0.558 67 R 0.120 0.030 0.022 0.019 0.011 0.015 0.106 0.010 0.008 0.067 0.593 68 G 0.092 0.012 0.004 0.016 0.004 0.007 0.085 0.005 0.002 0.040 0.734 69 Q 0.101 0.012 0.001 0.009 0.002 0.003 0.097 0.002 0.001 0.024 0.750 70 A 0.004 0.022 0.001 0.009 0.003 0.003 0.122 0.001 0.001 0.020 0.816 71 G 0.009 0.209 0.001 0.009 0.002 0.003 0.074 0.002 0.001 0.023 0.668 72 D 0.052 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.010 0.046 73 P 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.022 74 L 0.009 0.221 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.732 0.024 75 A 0.012 0.895 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.067 0.015 76 V 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.007 77 M 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 78 T 0.003 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.010 79 A 0.004 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.056 0.013 80 Y 0.003 0.262 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.716 0.007 81 L 0.005 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.038 0.012 82 R 0.006 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.088 0.020 83 W 0.011 0.854 0.008 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 0.003 0.069 0.032 84 T 0.037 0.760 0.013 0.001 0.002 0.004 0.011 0.008 0.004 0.118 0.042 85 I 0.077 0.662 0.016 0.004 0.004 0.003 0.016 0.007 0.002 0.071 0.138 86 Q 0.088 0.284 0.020 0.006 0.006 0.009 0.070 0.007 0.006 0.236 0.267 87 R 0.129 0.105 0.031 0.012 0.004 0.011 0.097 0.026 0.018 0.163 0.403 88 H 0.353 0.026 0.010 0.010 0.003 0.004 0.091 0.008 0.006 0.082 0.408 89 R 0.009 0.011 0.003 0.009 0.006 0.007 0.124 0.001 0.001 0.023 0.807 90 N 0.021 0.100 0.002 0.004 0.002 0.003 0.068 0.002 0.001 0.014 0.784 91 N 0.258 0.484 0.002 0.002 0.002 0.002 0.038 0.009 0.001 0.022 0.179 92 P 0.033 0.647 0.001 0.003 0.002 0.003 0.040 0.003 0.001 0.034 0.233 93 Q 0.017 0.780 0.001 0.009 0.003 0.014 0.018 0.001 0.001 0.040 0.118 94 L 0.020 0.745 0.001 0.015 0.005 0.019 0.021 0.004 0.001 0.068 0.102 95 L 0.014 0.157 0.003 0.037 0.033 0.046 0.026 0.002 0.001 0.598 0.084 96 R 0.013 0.226 0.006 0.049 0.049 0.085 0.024 0.002 0.001 0.456 0.090 97 F 0.026 0.395 0.008 0.045 0.048 0.048 0.036 0.008 0.001 0.242 0.144 98 Y 0.087 0.380 0.019 0.035 0.059 0.057 0.042 0.029 0.004 0.130 0.158 99 T 0.099 0.095 0.017 0.020 0.036 0.065 0.068 0.007 0.006 0.277 0.310 100 S 0.048 0.042 0.014 0.044 0.026 0.034 0.096 0.006 0.004 0.130 0.558 101 E 0.167 0.033 0.009 0.030 0.020 0.022 0.141 0.010 0.003 0.096 0.468 102 L 0.033 0.008 0.002 0.014 0.008 0.011 0.159 0.003 0.001 0.048 0.711 103 T 0.017 0.007 0.001 0.011 0.003 0.005 0.116 0.001 0.001 0.034 0.805 104 N 0.014 0.028 0.001 0.023 0.005 0.007 0.146 0.002 0.001 0.044 0.730 105 P 0.033 0.227 0.001 0.008 0.002 0.003 0.092 0.010 0.001 0.020 0.604 106 T 0.180 0.602 0.002 0.002 0.002 0.002 0.022 0.015 0.001 0.022 0.149 107 P 0.044 0.737 0.003 0.003 0.001 0.002 0.020 0.006 0.001 0.017 0.166 108 C 0.045 0.798 0.003 0.004 0.001 0.004 0.013 0.006 0.001 0.017 0.109 109 F 0.145 0.674 0.006 0.004 0.001 0.004 0.017 0.018 0.003 0.022 0.106 110 A 0.174 0.225 0.013 0.012 0.008 0.016 0.055 0.018 0.007 0.174 0.297 111 A 0.084 0.131 0.007 0.017 0.011 0.018 0.074 0.006 0.004 0.171 0.478 112 I 0.017 0.400 0.006 0.013 0.011 0.009 0.060 0.004 0.001 0.097 0.382 113 V 0.011 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.012 0.094 114 S 0.040 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.018 0.036 115 P 0.024 0.602 0.004 0.003 0.001 0.003 0.022 0.009 0.003 0.203 0.125 116 A 0.016 0.744 0.006 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.164 0.051 117 I 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 118 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 119 S 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 120 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 121 I 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 122 R 0.005 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.136 0.011 123 L 0.004 0.448 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.521 0.014 124 L 0.003 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.004 125 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 126 E 0.003 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.040 0.008 127 S 0.010 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.069 0.010 128 I 0.013 0.937 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.029 0.012 129 E 0.015 0.385 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.502 0.073 130 A 0.040 0.455 0.027 0.003 0.001 0.001 0.062 0.009 0.013 0.251 0.139 131 G 0.082 0.183 0.133 0.004 0.001 0.002 0.056 0.038 0.045 0.271 0.186 132 M 0.408 0.112 0.022 0.005 0.001 0.001 0.050 0.019 0.011 0.047 0.325 133 T 0.100 0.127 0.003 0.002 0.001 0.001 0.050 0.004 0.001 0.010 0.701 134 R 0.020 0.048 0.002 0.004 0.001 0.003 0.074 0.004 0.001 0.013 0.831 135 G 0.084 0.052 0.005 0.026 0.005 0.010 0.165 0.003 0.002 0.065 0.582 136 L 0.014 0.019 0.003 0.050 0.013 0.019 0.138 0.002 0.001 0.050 0.691 137 F 0.107 0.064 0.003 0.107 0.007 0.011 0.082 0.010 0.001 0.052 0.558 138 R 0.378 0.067 0.003 0.037 0.006 0.008 0.068 0.011 0.002 0.103 0.318 139 R 0.028 0.091 0.001 0.042 0.003 0.006 0.093 0.002 0.001 0.037 0.695 140 D 0.024 0.232 0.002 0.027 0.005 0.011 0.081 0.004 0.001 0.066 0.548 141 L 0.039 0.198 0.004 0.016 0.008 0.010 0.098 0.009 0.001 0.255 0.362 142 H 0.045 0.424 0.003 0.007 0.003 0.004 0.031 0.007 0.001 0.360 0.114 143 A 0.009 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.032 0.039 144 V 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 145 N 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 146 S 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 147 A 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 148 L 0.004 0.807 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.178 0.005 149 A 0.006 0.894 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.081 0.010 150 L 0.006 0.940 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.033 0.010 151 A 0.023 0.618 0.015 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.004 0.285 0.036 152 G 0.036 0.779 0.018 0.002 0.001 0.002 0.014 0.006 0.004 0.074 0.064 153 M 0.026 0.872 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.024 0.053 154 V 0.023 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.020 0.048 155 N 0.014 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.020 0.059 156 Y 0.031 0.557 0.006 0.008 0.002 0.006 0.032 0.008 0.002 0.225 0.123 157 F 0.018 0.111 0.014 0.020 0.007 0.009 0.036 0.004 0.003 0.714 0.063 158 F 0.052 0.470 0.013 0.033 0.011 0.013 0.039 0.011 0.004 0.197 0.157 159 L 0.077 0.531 0.007 0.020 0.008 0.011 0.038 0.021 0.002 0.093 0.192 160 S 0.065 0.118 0.016 0.020 0.010 0.027 0.082 0.013 0.008 0.339 0.302 161 T 0.066 0.113 0.018 0.040 0.023 0.036 0.106 0.007 0.006 0.171 0.415 162 L 0.081 0.064 0.021 0.043 0.032 0.033 0.112 0.012 0.004 0.116 0.482 163 A 0.146 0.025 0.005 0.017 0.019 0.026 0.156 0.010 0.003 0.058 0.536 164 T 0.141 0.012 0.004 0.013 0.007 0.013 0.109 0.003 0.001 0.065 0.632 165 E 0.015 0.004 0.002 0.022 0.007 0.011 0.147 0.001 0.001 0.034 0.757 166 G 0.068 0.009 0.002 0.032 0.011 0.015 0.166 0.004 0.001 0.041 0.652 167 L 0.067 0.006 0.001 0.015 0.010 0.011 0.125 0.004 0.001 0.033 0.729 168 T 0.034 0.007 0.001 0.026 0.008 0.011 0.128 0.002 0.001 0.049 0.735 169 S 0.006 0.014 0.001 0.015 0.005 0.009 0.125 0.001 0.001 0.028 0.797 170 H 0.042 0.159 0.001 0.012 0.004 0.005 0.104 0.007 0.001 0.051 0.613 171 S 0.134 0.512 0.002 0.004 0.002 0.002 0.038 0.017 0.001 0.079 0.208 172 P 0.037 0.749 0.002 0.002 0.001 0.002 0.023 0.007 0.001 0.036 0.141 173 D 0.019 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.020 0.053 174 Q 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.008 0.015 175 D 0.020 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 0.019 176 E 0.017 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.024 0.024 177 E 0.017 0.817 0.011 0.001 0.001 0.003 0.011 0.006 0.004 0.090 0.039 178 L 0.048 0.811 0.021 0.002 0.003 0.005 0.011 0.013 0.004 0.038 0.045 179 I 0.116 0.607 0.012 0.007 0.005 0.010 0.024 0.011 0.004 0.085 0.120 180 R 0.054 0.326 0.034 0.019 0.010 0.021 0.061 0.014 0.009 0.125 0.327 181 Q 0.089 0.292 0.023 0.043 0.027 0.057 0.075 0.012 0.005 0.125 0.252 182 Y 0.098 0.177 0.008 0.071 0.022 0.032 0.086 0.014 0.004 0.079 0.408 183 V 0.044 0.052 0.006 0.110 0.048 0.063 0.119 0.006 0.003 0.153 0.396 184 A 0.028 0.036 0.006 0.212 0.045 0.081 0.092 0.006 0.002 0.123 0.369 185 I 0.042 0.023 0.007 0.202 0.052 0.053 0.108 0.006 0.002 0.126 0.379 186 F 0.055 0.020 0.005 0.140 0.046 0.045 0.119 0.006 0.002 0.088 0.474 187 T 0.127 0.031 0.004 0.080 0.020 0.029 0.111 0.008 0.001 0.069 0.520 188 R 0.084 0.030 0.003 0.044 0.010 0.018 0.134 0.010 0.002 0.037 0.627 189 G 0.167 0.025 0.006 0.023 0.010 0.014 0.129 0.008 0.002 0.060 0.559 190 I 0.099 0.031 0.004 0.034 0.018 0.028 0.139 0.006 0.001 0.049 0.590 191 M 0.097 0.037 0.002 0.018 0.008 0.017 0.124 0.006 0.001 0.037 0.654 192 A 0.088 0.023 0.003 0.021 0.020 0.038 0.158 0.006 0.002 0.049 0.592