# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.007 0.690 0.005 0.004 0.006 0.025 0.141 0.122 2 C 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.013 3 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 4 S 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 5 R 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 6 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 7 M 0.001 0.128 0.002 0.001 0.001 0.001 0.867 0.001 8 E 0.003 0.704 0.002 0.001 0.001 0.002 0.283 0.005 9 V 0.002 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.006 10 A 0.002 0.954 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 11 T 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.013 12 E 0.006 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.021 13 L 0.016 0.771 0.025 0.002 0.002 0.013 0.133 0.036 14 F 0.100 0.144 0.093 0.003 0.003 0.033 0.527 0.096 15 A 0.506 0.082 0.023 0.004 0.005 0.044 0.054 0.281 16 Q 0.090 0.033 0.013 0.002 0.005 0.079 0.027 0.751 17 K 0.016 0.022 0.020 0.003 0.005 0.168 0.030 0.736 18 G 0.047 0.055 0.042 0.008 0.017 0.138 0.091 0.603 19 F 0.062 0.064 0.038 0.019 0.016 0.105 0.192 0.503 20 Y 0.029 0.182 0.121 0.017 0.029 0.074 0.111 0.436 21 G 0.033 0.354 0.081 0.008 0.022 0.066 0.054 0.381 22 V 0.011 0.540 0.098 0.024 0.021 0.048 0.043 0.214 23 S 0.003 0.941 0.007 0.001 0.002 0.005 0.018 0.024 24 I 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 25 R 0.010 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.006 26 E 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 27 L 0.035 0.874 0.013 0.001 0.001 0.005 0.054 0.017 28 A 0.127 0.088 0.220 0.002 0.002 0.016 0.499 0.043 29 Q 0.870 0.010 0.004 0.001 0.001 0.016 0.009 0.089 30 A 0.042 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 0.009 0.906 31 A 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.211 0.004 0.777 32 G 0.007 0.009 0.007 0.003 0.007 0.140 0.029 0.798 33 A 0.010 0.020 0.008 0.012 0.006 0.111 0.021 0.812 34 S 0.183 0.368 0.028 0.009 0.013 0.064 0.140 0.196 35 I 0.045 0.260 0.081 0.012 0.029 0.081 0.239 0.254 36 S 0.012 0.181 0.275 0.022 0.112 0.059 0.114 0.224 37 M 0.028 0.258 0.154 0.083 0.185 0.040 0.070 0.182 38 I 0.023 0.116 0.177 0.171 0.244 0.030 0.091 0.149 39 S 0.052 0.035 0.080 0.141 0.220 0.060 0.154 0.258 40 Y 0.035 0.010 0.096 0.183 0.325 0.063 0.068 0.220 41 H 0.049 0.011 0.038 0.086 0.101 0.095 0.062 0.558 42 F 0.127 0.029 0.017 0.035 0.038 0.137 0.049 0.568 43 G 0.007 0.035 0.014 0.009 0.019 0.114 0.040 0.762 44 G 0.045 0.697 0.002 0.002 0.002 0.021 0.107 0.125 45 K 0.029 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.024 46 E 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.017 47 G 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.010 48 L 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 49 Y 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 50 A 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 51 A 0.002 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.005 52 V 0.005 0.850 0.007 0.001 0.001 0.002 0.127 0.008 53 L 0.013 0.929 0.006 0.001 0.001 0.003 0.037 0.013 54 Q 0.017 0.909 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 0.048 55 E 0.011 0.876 0.008 0.001 0.001 0.009 0.028 0.066 56 Q 0.021 0.861 0.010 0.001 0.001 0.013 0.043 0.052 57 F 0.103 0.667 0.013 0.001 0.002 0.022 0.075 0.117 58 A 0.078 0.549 0.015 0.002 0.003 0.038 0.067 0.249 59 C 0.044 0.669 0.012 0.002 0.003 0.031 0.037 0.203 60 F 0.084 0.527 0.030 0.003 0.004 0.048 0.106 0.198 61 G 0.085 0.479 0.023 0.004 0.006 0.062 0.087 0.254 62 Q 0.068 0.624 0.011 0.003 0.006 0.034 0.026 0.227 63 L 0.073 0.636 0.021 0.004 0.007 0.035 0.046 0.179 64 D 0.109 0.554 0.022 0.005 0.009 0.053 0.052 0.196 65 D 0.162 0.401 0.022 0.005 0.009 0.048 0.056 0.296 66 I 0.208 0.259 0.035 0.007 0.010 0.062 0.056 0.364 67 R 0.250 0.055 0.033 0.006 0.009 0.088 0.052 0.507 68 G 0.184 0.013 0.013 0.002 0.004 0.075 0.031 0.677 69 Q 0.074 0.006 0.007 0.002 0.002 0.085 0.041 0.784 70 A 0.008 0.017 0.004 0.001 0.002 0.100 0.009 0.859 71 G 0.007 0.044 0.003 0.001 0.001 0.101 0.011 0.831 72 D 0.047 0.781 0.001 0.001 0.001 0.011 0.106 0.053 73 P 0.017 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.016 74 L 0.008 0.218 0.002 0.001 0.001 0.004 0.757 0.010 75 A 0.005 0.616 0.003 0.001 0.001 0.006 0.360 0.009 76 V 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 77 M 0.003 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 78 T 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 79 A 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.008 80 Y 0.003 0.530 0.013 0.001 0.001 0.004 0.440 0.009 81 L 0.005 0.945 0.003 0.001 0.001 0.003 0.031 0.012 82 R 0.007 0.946 0.003 0.001 0.001 0.003 0.013 0.027 83 W 0.009 0.891 0.013 0.002 0.003 0.007 0.039 0.037 84 T 0.028 0.815 0.015 0.003 0.005 0.014 0.069 0.050 85 I 0.071 0.686 0.021 0.003 0.005 0.018 0.106 0.090 86 Q 0.146 0.224 0.058 0.011 0.014 0.072 0.232 0.244 87 R 0.155 0.079 0.060 0.012 0.021 0.082 0.134 0.457 88 H 0.327 0.021 0.028 0.008 0.009 0.078 0.071 0.459 89 R 0.012 0.011 0.010 0.006 0.008 0.162 0.021 0.770 90 N 0.003 0.020 0.004 0.001 0.002 0.091 0.010 0.869 91 N 0.176 0.649 0.001 0.001 0.001 0.015 0.082 0.075 92 P 0.074 0.575 0.004 0.002 0.003 0.053 0.058 0.231 93 Q 0.024 0.692 0.008 0.005 0.011 0.027 0.076 0.157 94 L 0.019 0.832 0.005 0.003 0.013 0.016 0.046 0.067 95 L 0.017 0.191 0.052 0.013 0.016 0.021 0.637 0.051 96 R 0.020 0.147 0.035 0.026 0.034 0.025 0.641 0.071 97 F 0.038 0.412 0.112 0.043 0.056 0.039 0.154 0.146 98 Y 0.068 0.382 0.121 0.072 0.071 0.041 0.099 0.145 99 T 0.202 0.069 0.055 0.032 0.043 0.060 0.314 0.225 100 S 0.151 0.026 0.051 0.025 0.033 0.101 0.210 0.403 101 E 0.118 0.012 0.027 0.021 0.027 0.147 0.067 0.581 102 L 0.059 0.005 0.016 0.008 0.012 0.133 0.026 0.741 103 T 0.018 0.004 0.011 0.006 0.011 0.120 0.015 0.815 104 N 0.033 0.041 0.008 0.007 0.010 0.132 0.046 0.723 105 P 0.051 0.223 0.007 0.003 0.005 0.101 0.043 0.566 106 T 0.090 0.762 0.002 0.001 0.002 0.019 0.028 0.096 107 P 0.051 0.779 0.004 0.002 0.004 0.024 0.022 0.113 108 C 0.043 0.750 0.009 0.004 0.007 0.024 0.054 0.110 109 F 0.121 0.620 0.007 0.004 0.008 0.025 0.120 0.094 110 A 0.075 0.128 0.019 0.005 0.007 0.033 0.608 0.125 111 A 0.038 0.200 0.024 0.008 0.011 0.086 0.320 0.313 112 I 0.025 0.503 0.032 0.009 0.010 0.061 0.096 0.265 113 V 0.032 0.758 0.010 0.003 0.004 0.021 0.040 0.132 114 S 0.051 0.797 0.002 0.001 0.002 0.010 0.071 0.067 115 P 0.015 0.609 0.005 0.001 0.001 0.023 0.252 0.093 116 A 0.004 0.896 0.004 0.001 0.001 0.005 0.068 0.022 117 I 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 118 A 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 119 S 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 120 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 121 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 122 R 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 123 L 0.001 0.366 0.004 0.001 0.001 0.001 0.623 0.005 124 L 0.001 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.003 125 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 126 E 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.015 127 S 0.004 0.906 0.003 0.001 0.001 0.002 0.071 0.012 128 I 0.052 0.360 0.010 0.001 0.001 0.005 0.560 0.013 129 E 0.021 0.096 0.007 0.001 0.001 0.010 0.829 0.036 130 A 0.026 0.327 0.024 0.001 0.001 0.068 0.255 0.298 131 G 0.039 0.119 0.316 0.004 0.003 0.037 0.365 0.116 132 M 0.465 0.068 0.045 0.006 0.006 0.089 0.053 0.267 133 T 0.200 0.023 0.005 0.002 0.003 0.050 0.020 0.697 134 R 0.018 0.022 0.007 0.001 0.002 0.133 0.010 0.805 135 G 0.044 0.056 0.033 0.007 0.012 0.163 0.032 0.653 136 L 0.052 0.042 0.049 0.018 0.024 0.095 0.050 0.670 137 F 0.197 0.037 0.045 0.011 0.019 0.078 0.046 0.567 138 R 0.335 0.030 0.031 0.006 0.010 0.080 0.088 0.421 139 R 0.037 0.026 0.019 0.002 0.004 0.126 0.019 0.766 140 D 0.036 0.134 0.013 0.006 0.009 0.101 0.051 0.650 141 L 0.020 0.180 0.010 0.005 0.006 0.135 0.085 0.559 142 H 0.043 0.577 0.003 0.002 0.001 0.019 0.296 0.058 143 A 0.013 0.901 0.001 0.001 0.001 0.008 0.046 0.029 144 V 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.015 145 N 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.007 146 S 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 147 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 148 L 0.003 0.927 0.004 0.001 0.001 0.002 0.054 0.008 149 A 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 150 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 151 A 0.007 0.469 0.013 0.002 0.002 0.004 0.484 0.019 152 G 0.007 0.775 0.010 0.002 0.002 0.006 0.172 0.027 153 M 0.006 0.936 0.005 0.001 0.001 0.004 0.020 0.027 154 V 0.009 0.914 0.006 0.001 0.002 0.005 0.034 0.029 155 N 0.008 0.867 0.002 0.001 0.002 0.007 0.076 0.037 156 Y 0.014 0.249 0.012 0.002 0.003 0.013 0.676 0.031 157 F 0.006 0.042 0.021 0.002 0.002 0.009 0.908 0.011 158 F 0.046 0.585 0.043 0.009 0.013 0.035 0.149 0.120 159 L 0.099 0.444 0.052 0.016 0.023 0.036 0.101 0.229 160 S 0.072 0.111 0.072 0.032 0.039 0.077 0.369 0.228 161 T 0.098 0.085 0.042 0.024 0.039 0.133 0.183 0.395 162 L 0.106 0.044 0.067 0.033 0.031 0.122 0.109 0.489 163 A 0.129 0.023 0.028 0.016 0.026 0.101 0.032 0.644 164 T 0.253 0.015 0.008 0.006 0.010 0.060 0.072 0.575 165 E 0.034 0.007 0.013 0.009 0.011 0.137 0.026 0.764 166 G 0.055 0.012 0.016 0.011 0.019 0.127 0.034 0.725 167 L 0.132 0.009 0.015 0.010 0.014 0.105 0.040 0.675 168 T 0.084 0.010 0.019 0.013 0.016 0.116 0.045 0.696 169 S 0.022 0.026 0.010 0.009 0.017 0.139 0.039 0.738 170 H 0.025 0.103 0.014 0.005 0.008 0.115 0.038 0.693 171 S 0.145 0.592 0.005 0.003 0.003 0.029 0.102 0.121 172 P 0.037 0.741 0.004 0.002 0.003 0.028 0.034 0.151 173 D 0.015 0.869 0.003 0.002 0.002 0.013 0.030 0.066 174 Q 0.011 0.935 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.023 175 D 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.020 176 E 0.007 0.938 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.019 177 E 0.010 0.859 0.011 0.002 0.004 0.007 0.079 0.028 178 L 0.018 0.872 0.010 0.004 0.007 0.008 0.044 0.036 179 I 0.031 0.745 0.019 0.009 0.016 0.018 0.052 0.110 180 R 0.037 0.323 0.107 0.024 0.039 0.049 0.190 0.231 181 Q 0.059 0.277 0.093 0.046 0.060 0.069 0.107 0.288 182 Y 0.126 0.107 0.103 0.036 0.055 0.084 0.130 0.358 183 V 0.058 0.036 0.100 0.036 0.050 0.098 0.149 0.473 184 A 0.035 0.020 0.101 0.034 0.074 0.123 0.073 0.539 185 I 0.033 0.012 0.129 0.070 0.069 0.142 0.049 0.497 186 F 0.034 0.008 0.116 0.044 0.072 0.125 0.038 0.563 187 T 0.113 0.022 0.041 0.014 0.026 0.107 0.100 0.576 188 R 0.101 0.033 0.036 0.012 0.018 0.142 0.061 0.597 189 G 0.102 0.030 0.036 0.012 0.019 0.121 0.054 0.624 190 I 0.109 0.023 0.050 0.031 0.040 0.140 0.065 0.541 191 M 0.053 0.013 0.063 0.030 0.060 0.138 0.066 0.577 192 A 0.034 0.010 0.056 0.038 0.068 0.152 0.061 0.582