# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.654 0.121 0.068 0.079 0.039 0.015 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 2 C 0.029 0.108 0.063 0.114 0.127 0.118 0.177 0.116 0.078 0.050 0.019 3 R 0.009 0.016 0.021 0.054 0.109 0.186 0.299 0.155 0.087 0.050 0.014 4 S 0.124 0.065 0.561 0.170 0.045 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 5 R 0.007 0.029 0.123 0.222 0.199 0.206 0.155 0.042 0.012 0.004 0.002 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.042 0.158 0.267 0.516 7 M 0.001 0.001 0.009 0.021 0.100 0.226 0.352 0.143 0.083 0.048 0.016 8 E 0.006 0.011 0.899 0.068 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.001 0.002 0.015 0.024 0.069 0.223 0.441 0.135 0.052 0.027 0.011 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.037 0.210 0.344 0.391 11 T 0.001 0.004 0.042 0.063 0.157 0.226 0.329 0.106 0.042 0.022 0.006 12 E 0.001 0.008 0.850 0.098 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.002 0.011 0.011 0.028 0.142 0.361 0.178 0.125 0.093 0.048 14 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.028 0.055 0.214 0.334 0.349 15 A 0.004 0.006 0.050 0.056 0.113 0.168 0.265 0.131 0.101 0.074 0.031 16 Q 0.011 0.050 0.510 0.182 0.092 0.071 0.046 0.017 0.010 0.007 0.003 17 K 0.023 0.037 0.056 0.081 0.100 0.187 0.278 0.135 0.060 0.029 0.015 18 G 0.215 0.095 0.037 0.084 0.067 0.069 0.121 0.112 0.087 0.066 0.048 19 F 0.024 0.028 0.027 0.054 0.071 0.096 0.144 0.132 0.149 0.148 0.125 20 Y 0.053 0.107 0.088 0.148 0.156 0.134 0.141 0.081 0.048 0.030 0.013 21 G 0.172 0.121 0.072 0.155 0.122 0.120 0.118 0.056 0.034 0.019 0.011 22 V 0.049 0.017 0.017 0.032 0.044 0.069 0.138 0.145 0.168 0.166 0.154 23 S 0.018 0.085 0.028 0.166 0.200 0.124 0.143 0.103 0.064 0.044 0.024 24 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.046 0.083 0.216 0.280 0.341 25 R 0.042 0.031 0.082 0.197 0.253 0.168 0.136 0.053 0.023 0.009 0.005 26 E 0.027 0.043 0.182 0.274 0.174 0.105 0.130 0.041 0.014 0.007 0.003 27 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.026 0.036 0.187 0.293 0.440 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.044 0.057 0.202 0.359 0.320 29 Q 0.001 0.019 0.435 0.252 0.162 0.074 0.033 0.013 0.007 0.003 0.001 30 A 0.001 0.010 0.107 0.086 0.122 0.229 0.240 0.102 0.049 0.036 0.018 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.036 0.057 0.232 0.275 0.379 32 G 0.247 0.148 0.044 0.182 0.147 0.067 0.090 0.043 0.018 0.008 0.007 33 A 0.006 0.004 0.020 0.016 0.027 0.030 0.059 0.080 0.170 0.211 0.377 34 S 0.029 0.088 0.057 0.131 0.172 0.129 0.153 0.094 0.066 0.049 0.034 35 I 0.016 0.023 0.019 0.063 0.078 0.138 0.192 0.162 0.147 0.103 0.060 36 S 0.060 0.058 0.048 0.128 0.121 0.144 0.160 0.117 0.074 0.050 0.038 37 M 0.004 0.007 0.011 0.031 0.042 0.059 0.122 0.150 0.211 0.198 0.164 38 I 0.002 0.004 0.006 0.012 0.020 0.028 0.059 0.086 0.200 0.262 0.320 39 S 0.017 0.022 0.039 0.098 0.144 0.135 0.165 0.117 0.115 0.085 0.062 40 Y 0.034 0.032 0.049 0.087 0.100 0.145 0.187 0.126 0.117 0.078 0.045 41 H 0.019 0.031 0.025 0.084 0.110 0.096 0.197 0.172 0.123 0.076 0.067 42 F 0.039 0.028 0.019 0.031 0.038 0.058 0.129 0.115 0.189 0.192 0.162 43 G 0.227 0.225 0.105 0.226 0.120 0.045 0.028 0.012 0.007 0.003 0.003 44 G 0.217 0.190 0.069 0.125 0.098 0.065 0.084 0.060 0.044 0.032 0.016 45 K 0.022 0.038 0.018 0.067 0.092 0.142 0.217 0.142 0.126 0.093 0.044 46 E 0.159 0.134 0.160 0.202 0.108 0.096 0.073 0.035 0.019 0.010 0.004 47 G 0.059 0.073 0.137 0.241 0.154 0.155 0.119 0.037 0.015 0.007 0.003 48 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.014 0.018 0.058 0.112 0.207 0.264 0.312 49 Y 0.001 0.003 0.008 0.022 0.060 0.096 0.195 0.182 0.190 0.178 0.066 50 A 0.007 0.018 0.346 0.190 0.147 0.131 0.091 0.034 0.021 0.011 0.004 51 A 0.007 0.010 0.112 0.114 0.142 0.192 0.270 0.098 0.032 0.017 0.007 52 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.013 0.040 0.057 0.232 0.335 0.313 53 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.029 0.106 0.104 0.248 0.291 0.208 54 Q 0.004 0.017 0.489 0.198 0.142 0.079 0.043 0.014 0.008 0.004 0.002 55 E 0.011 0.026 0.287 0.145 0.138 0.162 0.158 0.049 0.014 0.007 0.003 56 Q 0.003 0.007 0.014 0.022 0.031 0.089 0.205 0.180 0.203 0.167 0.078 57 F 0.003 0.004 0.008 0.015 0.030 0.085 0.235 0.176 0.189 0.170 0.084 58 A 0.021 0.051 0.603 0.192 0.079 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 59 C 0.021 0.038 0.151 0.117 0.131 0.180 0.219 0.082 0.034 0.018 0.008 60 F 0.005 0.007 0.010 0.013 0.021 0.043 0.113 0.144 0.230 0.225 0.188 61 G 0.067 0.048 0.089 0.126 0.151 0.137 0.186 0.101 0.052 0.030 0.013 62 Q 0.043 0.087 0.437 0.218 0.100 0.053 0.033 0.015 0.008 0.005 0.002 63 L 0.024 0.026 0.040 0.059 0.084 0.139 0.242 0.154 0.116 0.074 0.043 64 D 0.094 0.067 0.051 0.091 0.092 0.098 0.184 0.136 0.094 0.062 0.030 65 D 0.088 0.101 0.221 0.229 0.140 0.081 0.068 0.037 0.019 0.011 0.005 66 I 0.077 0.069 0.112 0.121 0.110 0.136 0.161 0.088 0.061 0.043 0.021 67 R 0.104 0.113 0.075 0.150 0.129 0.097 0.136 0.093 0.056 0.030 0.017 68 G 0.194 0.119 0.080 0.113 0.097 0.083 0.119 0.084 0.052 0.038 0.021 69 Q 0.133 0.253 0.134 0.186 0.110 0.067 0.054 0.030 0.018 0.011 0.005 70 A 0.432 0.206 0.058 0.111 0.069 0.040 0.040 0.023 0.011 0.006 0.003 71 G 0.594 0.106 0.036 0.068 0.049 0.038 0.046 0.029 0.018 0.011 0.007 72 D 0.176 0.231 0.079 0.195 0.132 0.070 0.056 0.032 0.016 0.009 0.005 73 P 0.036 0.063 0.034 0.076 0.098 0.115 0.183 0.150 0.119 0.086 0.041 74 L 0.065 0.048 0.063 0.141 0.165 0.177 0.181 0.084 0.044 0.023 0.010 75 A 0.120 0.099 0.324 0.239 0.099 0.048 0.039 0.019 0.007 0.004 0.001 76 V 0.005 0.016 0.031 0.100 0.130 0.195 0.242 0.122 0.086 0.052 0.021 77 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 0.046 0.079 0.222 0.313 0.318 78 T 0.007 0.021 0.211 0.219 0.238 0.146 0.091 0.038 0.017 0.009 0.004 79 A 0.009 0.021 0.319 0.156 0.124 0.131 0.135 0.056 0.026 0.016 0.006 80 Y 0.001 0.002 0.007 0.011 0.021 0.058 0.136 0.131 0.237 0.230 0.166 81 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.022 0.080 0.105 0.246 0.288 0.245 82 R 0.010 0.027 0.282 0.228 0.199 0.112 0.071 0.033 0.019 0.011 0.006 83 W 0.009 0.012 0.077 0.064 0.104 0.165 0.269 0.149 0.077 0.050 0.025 84 T 0.003 0.008 0.013 0.026 0.037 0.065 0.146 0.153 0.217 0.197 0.134 85 I 0.002 0.002 0.004 0.008 0.020 0.050 0.136 0.133 0.229 0.230 0.186 86 Q 0.036 0.063 0.332 0.254 0.154 0.073 0.047 0.020 0.011 0.006 0.003 87 R 0.018 0.027 0.081 0.103 0.122 0.181 0.252 0.107 0.058 0.034 0.016 88 H 0.007 0.010 0.011 0.016 0.021 0.044 0.096 0.104 0.214 0.242 0.236 89 R 0.064 0.073 0.063 0.141 0.156 0.130 0.173 0.094 0.056 0.033 0.017 90 N 0.127 0.212 0.252 0.203 0.089 0.048 0.032 0.017 0.010 0.007 0.004 91 N 0.096 0.105 0.057 0.118 0.119 0.130 0.166 0.094 0.056 0.035 0.022 92 P 0.346 0.143 0.049 0.117 0.085 0.071 0.076 0.054 0.030 0.019 0.010 93 Q 0.121 0.095 0.077 0.153 0.128 0.127 0.134 0.076 0.046 0.028 0.015 94 L 0.016 0.026 0.035 0.073 0.091 0.115 0.173 0.139 0.147 0.115 0.070 95 L 0.005 0.009 0.013 0.028 0.043 0.077 0.154 0.150 0.211 0.185 0.126 96 R 0.015 0.038 0.095 0.168 0.171 0.151 0.149 0.091 0.063 0.039 0.022 97 F 0.006 0.007 0.024 0.036 0.057 0.079 0.147 0.167 0.177 0.173 0.127 98 Y 0.003 0.006 0.010 0.024 0.039 0.065 0.126 0.145 0.221 0.213 0.149 99 T 0.008 0.012 0.021 0.045 0.064 0.080 0.154 0.145 0.196 0.160 0.116 100 S 0.035 0.036 0.079 0.131 0.143 0.137 0.167 0.105 0.083 0.053 0.032 101 E 0.044 0.060 0.077 0.144 0.133 0.133 0.179 0.101 0.067 0.040 0.021 102 L 0.018 0.018 0.018 0.036 0.045 0.078 0.150 0.141 0.189 0.171 0.135 103 T 0.086 0.101 0.064 0.127 0.122 0.117 0.142 0.085 0.072 0.051 0.032 104 N 0.170 0.176 0.105 0.173 0.119 0.080 0.073 0.044 0.030 0.019 0.011 105 P 0.226 0.181 0.049 0.112 0.087 0.083 0.105 0.064 0.045 0.031 0.017 106 T 0.225 0.157 0.043 0.128 0.099 0.095 0.105 0.063 0.044 0.027 0.014 107 P 0.453 0.158 0.071 0.133 0.077 0.042 0.032 0.019 0.009 0.005 0.003 108 C 0.089 0.082 0.055 0.140 0.132 0.138 0.150 0.089 0.062 0.041 0.022 109 F 0.007 0.015 0.014 0.035 0.053 0.091 0.177 0.161 0.190 0.162 0.095 110 A 0.032 0.042 0.085 0.161 0.174 0.169 0.170 0.084 0.047 0.027 0.010 111 A 0.063 0.079 0.304 0.230 0.125 0.080 0.062 0.030 0.015 0.009 0.004 112 I 0.019 0.023 0.037 0.078 0.100 0.140 0.214 0.145 0.119 0.081 0.044 113 V 0.011 0.022 0.020 0.031 0.043 0.069 0.164 0.151 0.195 0.182 0.111 114 S 0.060 0.111 0.238 0.236 0.167 0.085 0.057 0.025 0.012 0.006 0.003 115 P 0.411 0.134 0.192 0.137 0.066 0.026 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 116 A 0.070 0.067 0.049 0.097 0.106 0.112 0.190 0.134 0.089 0.057 0.028 117 I 0.017 0.032 0.030 0.065 0.090 0.143 0.243 0.161 0.114 0.076 0.030 118 A 0.080 0.069 0.356 0.213 0.124 0.073 0.048 0.021 0.009 0.005 0.002 119 S 0.062 0.105 0.273 0.235 0.146 0.079 0.063 0.025 0.007 0.003 0.002 120 V 0.003 0.007 0.012 0.018 0.032 0.041 0.123 0.171 0.229 0.224 0.139 121 I 0.006 0.007 0.021 0.044 0.098 0.206 0.317 0.139 0.089 0.056 0.017 122 R 0.020 0.034 0.728 0.157 0.042 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 123 L 0.003 0.007 0.028 0.040 0.078 0.245 0.348 0.122 0.070 0.042 0.016 124 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.033 0.068 0.233 0.309 0.342 125 A 0.006 0.008 0.075 0.101 0.212 0.230 0.234 0.080 0.032 0.015 0.005 126 E 0.014 0.027 0.771 0.134 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 127 S 0.002 0.004 0.013 0.022 0.047 0.139 0.309 0.174 0.143 0.092 0.055 128 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.033 0.062 0.210 0.306 0.375 129 E 0.012 0.033 0.415 0.228 0.172 0.073 0.042 0.016 0.006 0.003 0.001 130 A 0.011 0.029 0.432 0.181 0.123 0.110 0.075 0.024 0.009 0.004 0.002 131 G 0.009 0.010 0.016 0.020 0.029 0.067 0.167 0.155 0.204 0.183 0.142 132 M 0.022 0.019 0.017 0.047 0.072 0.108 0.220 0.180 0.146 0.114 0.054 133 T 0.041 0.180 0.335 0.216 0.099 0.055 0.036 0.018 0.010 0.007 0.003 134 R 0.084 0.078 0.088 0.154 0.164 0.159 0.150 0.067 0.031 0.016 0.009 135 G 0.634 0.108 0.042 0.059 0.036 0.027 0.041 0.028 0.013 0.008 0.004 136 L 0.055 0.065 0.040 0.140 0.126 0.183 0.175 0.085 0.068 0.042 0.020 137 F 0.009 0.011 0.010 0.015 0.023 0.047 0.095 0.100 0.206 0.245 0.239 138 R 0.058 0.151 0.102 0.216 0.190 0.109 0.086 0.044 0.023 0.014 0.006 139 R 0.212 0.153 0.129 0.168 0.106 0.081 0.072 0.040 0.021 0.012 0.005 140 D 0.304 0.179 0.053 0.168 0.099 0.065 0.061 0.035 0.018 0.011 0.006 141 L 0.035 0.025 0.012 0.038 0.050 0.092 0.154 0.148 0.178 0.156 0.112 142 H 0.142 0.210 0.088 0.222 0.153 0.073 0.053 0.031 0.015 0.009 0.004 143 A 0.015 0.021 0.031 0.053 0.072 0.121 0.173 0.137 0.158 0.132 0.087 144 V 0.038 0.044 0.051 0.141 0.164 0.161 0.183 0.104 0.059 0.035 0.020 145 N 0.018 0.035 0.062 0.139 0.133 0.141 0.205 0.118 0.078 0.049 0.022 146 S 0.001 0.003 0.010 0.018 0.033 0.069 0.126 0.116 0.207 0.212 0.203 147 A 0.001 0.002 0.007 0.014 0.030 0.054 0.123 0.126 0.227 0.227 0.189 148 L 0.002 0.007 0.041 0.067 0.101 0.133 0.220 0.140 0.136 0.095 0.057 149 A 0.001 0.001 0.008 0.009 0.021 0.034 0.094 0.126 0.213 0.234 0.260 150 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.024 0.048 0.186 0.293 0.434 151 A 0.001 0.002 0.006 0.013 0.038 0.052 0.122 0.157 0.211 0.194 0.205 152 G 0.001 0.003 0.022 0.027 0.052 0.067 0.144 0.169 0.191 0.184 0.140 153 M 0.001 0.001 0.007 0.008 0.018 0.030 0.085 0.120 0.217 0.257 0.256 154 V 0.001 0.001 0.004 0.008 0.015 0.028 0.070 0.110 0.226 0.269 0.268 155 N 0.005 0.014 0.038 0.075 0.113 0.126 0.203 0.155 0.130 0.086 0.056 156 Y 0.005 0.008 0.028 0.044 0.073 0.098 0.199 0.192 0.148 0.120 0.085 157 F 0.003 0.006 0.014 0.023 0.035 0.057 0.122 0.142 0.197 0.211 0.190 158 F 0.004 0.007 0.015 0.029 0.046 0.063 0.127 0.133 0.196 0.202 0.178 159 L 0.003 0.007 0.017 0.029 0.050 0.079 0.134 0.129 0.204 0.190 0.157 160 S 0.012 0.021 0.039 0.076 0.104 0.126 0.194 0.135 0.131 0.096 0.066 161 T 0.025 0.027 0.048 0.087 0.098 0.121 0.186 0.131 0.121 0.094 0.062 162 L 0.022 0.024 0.028 0.060 0.076 0.129 0.188 0.131 0.147 0.117 0.078 163 A 0.028 0.044 0.034 0.073 0.077 0.100 0.162 0.126 0.148 0.120 0.087 164 T 0.082 0.118 0.063 0.136 0.121 0.115 0.137 0.080 0.069 0.048 0.032 165 E 0.343 0.185 0.075 0.144 0.092 0.054 0.048 0.027 0.016 0.010 0.006 166 G 0.371 0.161 0.052 0.132 0.083 0.057 0.062 0.039 0.022 0.014 0.008 167 L 0.060 0.071 0.027 0.083 0.084 0.135 0.167 0.117 0.112 0.092 0.051 168 T 0.170 0.163 0.069 0.147 0.123 0.105 0.097 0.057 0.036 0.021 0.011 169 S 0.299 0.219 0.095 0.160 0.087 0.050 0.042 0.024 0.013 0.007 0.004 170 H 0.100 0.087 0.037 0.084 0.082 0.104 0.167 0.112 0.103 0.079 0.045 171 S 0.276 0.242 0.070 0.163 0.101 0.055 0.047 0.025 0.013 0.007 0.003 172 P 0.411 0.153 0.090 0.146 0.083 0.047 0.036 0.019 0.008 0.004 0.002 173 D 0.203 0.162 0.082 0.147 0.109 0.084 0.095 0.057 0.031 0.020 0.009 174 Q 0.033 0.063 0.041 0.105 0.114 0.136 0.203 0.137 0.090 0.057 0.022 175 D 0.111 0.123 0.183 0.204 0.135 0.099 0.075 0.039 0.018 0.010 0.004 176 E 0.098 0.092 0.229 0.225 0.138 0.086 0.072 0.037 0.014 0.007 0.003 177 E 0.037 0.044 0.068 0.130 0.135 0.122 0.190 0.132 0.075 0.048 0.020 178 L 0.002 0.004 0.010 0.017 0.031 0.072 0.159 0.159 0.218 0.216 0.112 179 I 0.011 0.031 0.194 0.178 0.162 0.144 0.124 0.070 0.045 0.029 0.012 180 R 0.010 0.023 0.142 0.131 0.135 0.146 0.182 0.105 0.063 0.041 0.020 181 Q 0.002 0.003 0.010 0.013 0.025 0.044 0.102 0.128 0.226 0.232 0.216 182 Y 0.003 0.004 0.008 0.017 0.031 0.061 0.134 0.140 0.230 0.229 0.142 183 V 0.019 0.032 0.091 0.144 0.154 0.160 0.170 0.095 0.071 0.043 0.022 184 A 0.035 0.031 0.063 0.087 0.105 0.118 0.195 0.133 0.102 0.079 0.052 185 I 0.006 0.006 0.009 0.015 0.022 0.049 0.097 0.105 0.227 0.243 0.221 186 F 0.025 0.036 0.023 0.071 0.095 0.116 0.199 0.142 0.137 0.095 0.061 187 T 0.086 0.171 0.120 0.182 0.123 0.092 0.090 0.052 0.040 0.027 0.017 188 R 0.331 0.201 0.072 0.143 0.089 0.054 0.053 0.028 0.015 0.008 0.006 189 G 0.614 0.147 0.028 0.071 0.040 0.026 0.030 0.021 0.012 0.007 0.004 190 I 0.198 0.166 0.040 0.111 0.094 0.093 0.107 0.075 0.056 0.035 0.025 191 M 0.239 0.200 0.062 0.140 0.114 0.074 0.073 0.045 0.027 0.015 0.010 192 A 0.372 0.127 0.065 0.108 0.086 0.057 0.074 0.050 0.031 0.017 0.011