# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.010 0.032 0.001 0.003 0.004 0.007 0.073 0.001 0.001 0.001 0.869 2 C 0.041 0.173 0.001 0.003 0.003 0.007 0.210 0.001 0.001 0.002 0.559 3 R 0.049 0.609 0.001 0.002 0.003 0.006 0.110 0.002 0.001 0.002 0.217 4 S 0.040 0.774 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.148 5 R 0.011 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.053 6 L 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 7 M 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 8 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 9 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 10 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 T 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 12 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 L 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 14 F 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.006 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 16 Q 0.026 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.013 17 K 0.190 0.644 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.001 0.001 0.041 18 G 0.319 0.296 0.112 0.004 0.002 0.002 0.012 0.118 0.001 0.002 0.133 19 F 0.075 0.121 0.555 0.015 0.005 0.006 0.025 0.010 0.001 0.002 0.186 20 Y 0.034 0.080 0.028 0.055 0.024 0.027 0.074 0.008 0.001 0.003 0.668 21 G 0.048 0.068 0.011 0.036 0.007 0.016 0.069 0.005 0.001 0.005 0.734 22 V 0.124 0.165 0.009 0.075 0.019 0.025 0.132 0.002 0.001 0.003 0.445 23 S 0.030 0.110 0.002 0.012 0.005 0.010 0.295 0.002 0.001 0.003 0.531 24 I 0.019 0.301 0.006 0.017 0.006 0.009 0.071 0.001 0.001 0.001 0.568 25 R 0.002 0.493 0.001 0.004 0.002 0.003 0.110 0.001 0.001 0.001 0.385 26 E 0.022 0.452 0.001 0.002 0.001 0.001 0.370 0.002 0.001 0.001 0.148 27 L 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 28 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 A 0.028 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 31 A 0.080 0.846 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.007 32 G 0.314 0.226 0.045 0.002 0.001 0.001 0.004 0.347 0.001 0.001 0.060 33 A 0.029 0.034 0.899 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.025 34 S 0.059 0.075 0.044 0.036 0.034 0.025 0.167 0.032 0.001 0.004 0.523 35 I 0.024 0.019 0.070 0.021 0.006 0.008 0.038 0.002 0.001 0.004 0.808 36 S 0.009 0.065 0.002 0.063 0.015 0.016 0.463 0.001 0.001 0.002 0.364 37 M 0.181 0.046 0.003 0.064 0.013 0.021 0.387 0.002 0.001 0.012 0.272 38 I 0.120 0.558 0.003 0.135 0.039 0.040 0.018 0.001 0.001 0.004 0.082 39 S 0.044 0.482 0.011 0.069 0.075 0.078 0.044 0.003 0.001 0.002 0.191 40 Y 0.061 0.463 0.007 0.093 0.071 0.076 0.036 0.003 0.001 0.004 0.188 41 H 0.105 0.355 0.003 0.035 0.040 0.102 0.056 0.023 0.001 0.004 0.277 42 F 0.218 0.308 0.006 0.029 0.032 0.070 0.066 0.025 0.001 0.005 0.241 43 G 0.086 0.121 0.018 0.017 0.009 0.022 0.086 0.014 0.001 0.005 0.623 44 G 0.081 0.054 0.012 0.006 0.007 0.014 0.277 0.013 0.001 0.007 0.529 45 K 0.038 0.041 0.012 0.004 0.002 0.004 0.061 0.001 0.001 0.003 0.833 46 E 0.003 0.067 0.001 0.001 0.002 0.003 0.352 0.001 0.001 0.001 0.571 47 G 0.028 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.598 0.001 0.001 0.003 0.299 48 L 0.033 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.073 49 Y 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 50 A 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 51 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 52 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 55 E 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 56 Q 0.006 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 57 F 0.008 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 58 A 0.020 0.936 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.027 59 C 0.044 0.890 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.038 60 F 0.065 0.866 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.039 61 G 0.059 0.780 0.017 0.003 0.002 0.002 0.010 0.019 0.001 0.001 0.108 62 Q 0.074 0.599 0.040 0.005 0.002 0.004 0.033 0.021 0.001 0.001 0.220 63 L 0.159 0.542 0.018 0.006 0.004 0.007 0.031 0.026 0.001 0.002 0.206 64 D 0.094 0.559 0.013 0.006 0.006 0.008 0.027 0.018 0.001 0.002 0.267 65 D 0.047 0.514 0.015 0.006 0.006 0.009 0.034 0.009 0.001 0.002 0.358 66 I 0.126 0.492 0.008 0.009 0.007 0.011 0.098 0.019 0.001 0.003 0.227 67 R 0.253 0.497 0.005 0.007 0.006 0.009 0.046 0.025 0.001 0.003 0.150 68 G 0.221 0.470 0.015 0.011 0.010 0.015 0.029 0.023 0.001 0.003 0.202 69 Q 0.166 0.233 0.044 0.018 0.009 0.013 0.054 0.028 0.001 0.003 0.433 70 A 0.158 0.086 0.015 0.016 0.005 0.012 0.036 0.022 0.001 0.003 0.646 71 G 0.068 0.024 0.016 0.010 0.003 0.006 0.036 0.006 0.001 0.003 0.828 72 D 0.042 0.016 0.006 0.003 0.003 0.003 0.242 0.002 0.001 0.002 0.681 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 74 L 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.586 0.001 0.001 0.001 0.390 75 A 0.109 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.528 0.001 0.001 0.002 0.280 76 V 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 77 M 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 78 T 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 79 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 Y 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 81 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 83 W 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 84 T 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 I 0.004 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 86 Q 0.006 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 87 R 0.029 0.934 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.017 88 H 0.052 0.901 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.023 89 R 0.145 0.694 0.019 0.003 0.002 0.004 0.010 0.052 0.001 0.001 0.070 90 N 0.145 0.473 0.072 0.005 0.003 0.006 0.026 0.066 0.001 0.003 0.201 91 N 0.273 0.218 0.047 0.006 0.005 0.009 0.047 0.058 0.001 0.004 0.332 92 P 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 93 Q 0.008 0.027 0.005 0.004 0.003 0.006 0.487 0.001 0.001 0.003 0.456 94 L 0.256 0.079 0.007 0.013 0.003 0.008 0.234 0.003 0.001 0.008 0.389 95 L 0.106 0.626 0.004 0.017 0.014 0.023 0.036 0.002 0.001 0.002 0.170 96 R 0.038 0.703 0.012 0.021 0.021 0.017 0.035 0.001 0.001 0.001 0.151 97 F 0.026 0.833 0.003 0.013 0.015 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.084 98 Y 0.035 0.872 0.003 0.011 0.009 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.044 99 T 0.033 0.877 0.004 0.007 0.008 0.014 0.008 0.008 0.001 0.001 0.041 100 S 0.046 0.765 0.010 0.010 0.012 0.021 0.012 0.014 0.001 0.001 0.109 101 E 0.098 0.578 0.010 0.010 0.008 0.012 0.050 0.043 0.001 0.003 0.188 102 L 0.232 0.482 0.011 0.009 0.007 0.013 0.040 0.039 0.001 0.003 0.164 103 T 0.257 0.342 0.032 0.020 0.009 0.019 0.074 0.047 0.001 0.005 0.197 104 N 0.239 0.182 0.050 0.019 0.016 0.020 0.084 0.034 0.001 0.006 0.350 105 P 0.017 0.009 0.015 0.004 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.944 106 T 0.023 0.021 0.011 0.010 0.007 0.013 0.342 0.004 0.001 0.003 0.567 107 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 108 C 0.020 0.043 0.001 0.007 0.003 0.007 0.352 0.001 0.001 0.002 0.564 109 F 0.299 0.142 0.005 0.010 0.004 0.011 0.204 0.003 0.001 0.006 0.317 110 A 0.167 0.630 0.001 0.006 0.006 0.012 0.026 0.002 0.001 0.001 0.149 111 A 0.049 0.751 0.004 0.004 0.005 0.005 0.023 0.003 0.001 0.001 0.154 112 I 0.154 0.685 0.005 0.004 0.004 0.006 0.017 0.011 0.001 0.001 0.113 113 V 0.157 0.706 0.017 0.004 0.002 0.006 0.015 0.023 0.001 0.002 0.068 114 S 0.073 0.686 0.020 0.005 0.008 0.012 0.034 0.014 0.001 0.001 0.147 115 P 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 116 A 0.029 0.300 0.004 0.004 0.002 0.005 0.331 0.007 0.001 0.002 0.318 117 I 0.188 0.602 0.003 0.002 0.001 0.003 0.060 0.004 0.001 0.002 0.135 118 A 0.015 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.043 119 S 0.007 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.064 120 V 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 121 I 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 122 R 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 123 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 124 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 126 E 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 127 S 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 128 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 129 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 130 A 0.015 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 131 G 0.019 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 132 M 0.016 0.956 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 133 T 0.024 0.853 0.017 0.001 0.001 0.002 0.010 0.034 0.001 0.001 0.057 134 R 0.199 0.553 0.018 0.004 0.002 0.003 0.006 0.106 0.001 0.002 0.107 135 G 0.412 0.185 0.024 0.006 0.004 0.003 0.017 0.138 0.001 0.006 0.205 136 L 0.159 0.015 0.716 0.006 0.002 0.002 0.027 0.003 0.001 0.004 0.067 137 F 0.032 0.062 0.054 0.078 0.028 0.036 0.122 0.004 0.001 0.005 0.578 138 R 0.044 0.038 0.005 0.073 0.044 0.095 0.136 0.004 0.001 0.010 0.549 139 R 0.031 0.046 0.002 0.038 0.010 0.020 0.078 0.003 0.001 0.002 0.770 140 D 0.150 0.060 0.003 0.034 0.018 0.046 0.139 0.007 0.001 0.012 0.531 141 L 0.310 0.067 0.035 0.034 0.012 0.020 0.114 0.003 0.001 0.011 0.393 142 H 0.027 0.046 0.007 0.012 0.008 0.011 0.234 0.001 0.001 0.003 0.651 143 A 0.012 0.029 0.005 0.007 0.002 0.006 0.047 0.001 0.001 0.002 0.889 144 V 0.009 0.250 0.001 0.005 0.003 0.010 0.234 0.001 0.001 0.001 0.487 145 N 0.030 0.446 0.001 0.002 0.001 0.002 0.202 0.001 0.001 0.001 0.315 146 S 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.022 147 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 148 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 149 A 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 L 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 G 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 M 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 154 V 0.006 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 155 N 0.011 0.951 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.018 156 Y 0.023 0.916 0.018 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.029 157 F 0.033 0.882 0.019 0.004 0.005 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.039 158 F 0.036 0.825 0.026 0.010 0.008 0.011 0.009 0.007 0.001 0.001 0.066 159 L 0.026 0.844 0.014 0.012 0.011 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.064 160 S 0.045 0.783 0.006 0.014 0.014 0.020 0.014 0.012 0.001 0.001 0.092 161 T 0.099 0.680 0.006 0.014 0.013 0.018 0.018 0.019 0.001 0.002 0.130 162 L 0.105 0.608 0.014 0.019 0.024 0.035 0.031 0.018 0.001 0.003 0.142 163 A 0.137 0.423 0.026 0.027 0.025 0.051 0.059 0.033 0.001 0.005 0.214 164 T 0.144 0.321 0.021 0.025 0.029 0.048 0.074 0.030 0.001 0.007 0.302 165 E 0.118 0.144 0.034 0.023 0.014 0.021 0.055 0.014 0.001 0.008 0.569 166 G 0.108 0.053 0.018 0.019 0.013 0.016 0.227 0.013 0.001 0.010 0.524 167 L 0.216 0.052 0.040 0.024 0.012 0.019 0.133 0.005 0.001 0.012 0.487 168 T 0.068 0.077 0.008 0.037 0.024 0.033 0.165 0.004 0.001 0.006 0.577 169 S 0.064 0.020 0.006 0.016 0.010 0.015 0.083 0.003 0.001 0.006 0.776 170 H 0.131 0.043 0.022 0.028 0.008 0.017 0.135 0.004 0.001 0.008 0.604 171 S 0.077 0.026 0.007 0.013 0.009 0.017 0.264 0.003 0.001 0.003 0.581 172 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 173 D 0.015 0.031 0.001 0.004 0.004 0.011 0.385 0.001 0.001 0.002 0.546 174 Q 0.290 0.129 0.003 0.004 0.002 0.005 0.147 0.002 0.001 0.003 0.416 175 D 0.071 0.583 0.001 0.002 0.002 0.005 0.053 0.001 0.001 0.001 0.281 176 E 0.041 0.681 0.003 0.001 0.002 0.002 0.083 0.001 0.001 0.001 0.185 177 E 0.027 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.053 178 L 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 179 I 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 180 R 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 181 Q 0.020 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 182 Y 0.020 0.942 0.006 0.002 0.003 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 183 V 0.033 0.811 0.029 0.011 0.016 0.017 0.005 0.012 0.001 0.001 0.064 184 A 0.084 0.581 0.038 0.037 0.023 0.029 0.020 0.032 0.001 0.002 0.154 185 I 0.165 0.443 0.022 0.051 0.042 0.044 0.027 0.019 0.001 0.003 0.182 186 F 0.090 0.301 0.030 0.097 0.049 0.077 0.035 0.017 0.001 0.005 0.298 187 T 0.058 0.159 0.025 0.075 0.048 0.071 0.072 0.015 0.001 0.006 0.472 188 R 0.094 0.080 0.026 0.069 0.023 0.046 0.080 0.009 0.001 0.011 0.563 189 G 0.066 0.018 0.011 0.029 0.009 0.017 0.107 0.004 0.001 0.009 0.730 190 I 0.101 0.018 0.027 0.037 0.021 0.029 0.164 0.002 0.001 0.016 0.583 191 M 0.072 0.032 0.008 0.050 0.023 0.046 0.091 0.002 0.001 0.009 0.666 192 A 0.055 0.053 0.009 0.055 0.031 0.075 0.108 0.002 0.001 0.006 0.605