# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.028 0.021 0.006 0.002 0.005 0.089 0.004 0.845 2 C 0.104 0.135 0.016 0.004 0.012 0.127 0.008 0.593 3 R 0.072 0.287 0.015 0.004 0.010 0.140 0.006 0.466 4 S 0.016 0.362 0.007 0.001 0.004 0.130 0.003 0.476 5 R 0.018 0.762 0.003 0.001 0.002 0.025 0.002 0.189 6 L 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 7 M 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 8 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 9 V 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 10 A 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 11 T 0.006 0.973 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 12 E 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 13 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 F 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 A 0.013 0.973 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 16 Q 0.020 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 17 K 0.081 0.835 0.005 0.001 0.001 0.001 0.058 0.018 18 G 0.308 0.335 0.119 0.007 0.003 0.010 0.128 0.090 19 F 0.045 0.106 0.649 0.028 0.009 0.036 0.014 0.113 20 Y 0.044 0.083 0.173 0.049 0.034 0.086 0.014 0.516 21 G 0.088 0.073 0.101 0.017 0.051 0.055 0.014 0.601 22 V 0.115 0.068 0.255 0.030 0.033 0.108 0.011 0.380 23 S 0.041 0.065 0.067 0.010 0.021 0.325 0.006 0.466 24 I 0.048 0.157 0.074 0.007 0.034 0.085 0.006 0.590 25 R 0.004 0.090 0.009 0.002 0.007 0.256 0.002 0.630 26 E 0.007 0.157 0.004 0.001 0.003 0.703 0.001 0.124 27 L 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 28 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 29 Q 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 30 A 0.019 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 31 A 0.103 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.005 32 G 0.357 0.095 0.087 0.002 0.001 0.005 0.406 0.048 33 A 0.035 0.034 0.833 0.012 0.003 0.016 0.012 0.054 34 S 0.016 0.019 0.192 0.022 0.017 0.318 0.004 0.412 35 I 0.013 0.016 0.062 0.010 0.046 0.067 0.003 0.783 36 S 0.005 0.017 0.097 0.012 0.018 0.311 0.002 0.537 37 M 0.122 0.059 0.055 0.025 0.032 0.414 0.015 0.277 38 I 0.061 0.776 0.019 0.014 0.019 0.024 0.003 0.085 39 S 0.011 0.888 0.011 0.013 0.033 0.006 0.001 0.037 40 Y 0.028 0.835 0.017 0.017 0.028 0.011 0.008 0.055 41 H 0.120 0.631 0.023 0.026 0.049 0.012 0.045 0.095 42 F 0.222 0.450 0.028 0.033 0.051 0.018 0.050 0.147 43 G 0.071 0.110 0.041 0.011 0.013 0.077 0.035 0.642 44 G 0.088 0.057 0.058 0.005 0.010 0.097 0.020 0.665 45 K 0.143 0.080 0.027 0.004 0.010 0.097 0.008 0.631 46 E 0.012 0.040 0.007 0.001 0.002 0.151 0.002 0.785 47 G 0.051 0.247 0.012 0.002 0.005 0.196 0.004 0.485 48 L 0.036 0.804 0.003 0.001 0.002 0.020 0.001 0.133 49 Y 0.006 0.940 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.044 50 A 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 51 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 52 V 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 53 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 54 Q 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 55 E 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 56 Q 0.016 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 57 F 0.017 0.953 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 58 A 0.021 0.912 0.007 0.001 0.001 0.006 0.008 0.044 59 C 0.051 0.818 0.006 0.001 0.001 0.014 0.020 0.089 60 F 0.075 0.828 0.010 0.001 0.002 0.010 0.013 0.061 61 G 0.066 0.758 0.028 0.002 0.002 0.019 0.013 0.113 62 Q 0.095 0.605 0.023 0.003 0.004 0.041 0.024 0.207 63 L 0.156 0.605 0.019 0.003 0.005 0.027 0.024 0.161 64 D 0.076 0.673 0.014 0.003 0.005 0.032 0.015 0.182 65 D 0.071 0.547 0.030 0.004 0.007 0.074 0.015 0.252 66 I 0.097 0.613 0.013 0.004 0.005 0.050 0.015 0.203 67 R 0.131 0.635 0.008 0.004 0.006 0.050 0.017 0.148 68 G 0.180 0.577 0.017 0.006 0.007 0.037 0.022 0.155 69 Q 0.240 0.414 0.022 0.005 0.006 0.028 0.034 0.250 70 A 0.214 0.204 0.036 0.006 0.008 0.024 0.049 0.459 71 G 0.182 0.068 0.067 0.005 0.006 0.069 0.065 0.538 72 D 0.110 0.027 0.057 0.005 0.004 0.123 0.015 0.658 73 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 74 L 0.009 0.031 0.014 0.002 0.004 0.412 0.001 0.526 75 A 0.039 0.116 0.018 0.001 0.003 0.632 0.002 0.189 76 V 0.023 0.827 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.126 77 M 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 78 T 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 79 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 80 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 83 W 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 84 T 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 85 I 0.004 0.984 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 86 Q 0.007 0.969 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 87 R 0.036 0.902 0.005 0.001 0.002 0.007 0.016 0.032 88 H 0.095 0.828 0.010 0.002 0.003 0.006 0.019 0.037 89 R 0.148 0.646 0.040 0.007 0.005 0.017 0.035 0.102 90 N 0.210 0.281 0.036 0.006 0.006 0.066 0.104 0.291 91 N 0.353 0.122 0.036 0.008 0.010 0.059 0.039 0.373 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 93 Q 0.010 0.013 0.015 0.005 0.005 0.471 0.003 0.479 94 L 0.300 0.109 0.033 0.007 0.016 0.146 0.011 0.379 95 L 0.073 0.588 0.027 0.018 0.033 0.047 0.004 0.211 96 R 0.035 0.639 0.041 0.013 0.034 0.061 0.005 0.174 97 F 0.036 0.787 0.023 0.012 0.026 0.013 0.006 0.096 98 Y 0.029 0.849 0.015 0.011 0.027 0.007 0.008 0.056 99 T 0.026 0.824 0.024 0.017 0.026 0.014 0.009 0.060 100 S 0.038 0.770 0.027 0.015 0.020 0.018 0.014 0.097 101 E 0.138 0.577 0.024 0.015 0.023 0.037 0.031 0.154 102 L 0.280 0.415 0.030 0.016 0.024 0.039 0.053 0.144 103 T 0.303 0.262 0.041 0.014 0.016 0.060 0.063 0.241 104 N 0.283 0.117 0.037 0.017 0.021 0.045 0.039 0.442 105 P 0.019 0.007 0.010 0.001 0.002 0.016 0.005 0.939 106 T 0.034 0.011 0.016 0.007 0.012 0.154 0.005 0.761 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 108 C 0.018 0.027 0.007 0.004 0.007 0.296 0.003 0.640 109 F 0.286 0.092 0.019 0.004 0.009 0.288 0.011 0.292 110 A 0.093 0.654 0.008 0.006 0.012 0.030 0.004 0.192 111 A 0.105 0.659 0.006 0.004 0.008 0.035 0.007 0.177 112 I 0.194 0.623 0.006 0.005 0.007 0.019 0.019 0.127 113 V 0.138 0.709 0.008 0.003 0.007 0.010 0.031 0.093 114 S 0.104 0.543 0.021 0.008 0.013 0.033 0.012 0.265 115 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 116 A 0.029 0.236 0.010 0.002 0.004 0.232 0.007 0.480 117 I 0.219 0.533 0.017 0.001 0.002 0.085 0.007 0.135 118 A 0.019 0.856 0.005 0.001 0.001 0.015 0.002 0.101 119 S 0.022 0.829 0.002 0.001 0.001 0.016 0.003 0.127 120 V 0.017 0.927 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.042 121 I 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 122 R 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 123 L 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 124 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 126 E 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 127 S 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 128 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 129 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 130 A 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 131 G 0.021 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 132 M 0.034 0.934 0.010 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 133 T 0.048 0.839 0.026 0.002 0.001 0.005 0.031 0.048 134 R 0.119 0.655 0.024 0.002 0.003 0.007 0.091 0.099 135 G 0.337 0.266 0.082 0.007 0.004 0.023 0.125 0.155 136 L 0.112 0.089 0.456 0.025 0.008 0.102 0.019 0.190 137 F 0.039 0.059 0.273 0.032 0.028 0.114 0.008 0.446 138 R 0.086 0.085 0.074 0.036 0.098 0.084 0.010 0.526 139 R 0.023 0.024 0.022 0.006 0.009 0.050 0.005 0.861 140 D 0.089 0.038 0.051 0.008 0.018 0.113 0.016 0.666 141 L 0.410 0.051 0.045 0.007 0.010 0.108 0.021 0.348 142 H 0.077 0.070 0.020 0.006 0.008 0.331 0.008 0.480 143 A 0.024 0.064 0.023 0.002 0.009 0.113 0.003 0.761 144 V 0.015 0.179 0.012 0.002 0.005 0.327 0.002 0.458 145 N 0.033 0.352 0.012 0.001 0.004 0.391 0.004 0.203 146 S 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.042 147 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 148 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 149 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 G 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 153 M 0.012 0.970 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 154 V 0.011 0.961 0.012 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 155 N 0.009 0.945 0.011 0.001 0.002 0.003 0.004 0.025 156 Y 0.028 0.877 0.019 0.002 0.004 0.008 0.008 0.053 157 F 0.032 0.857 0.023 0.005 0.006 0.015 0.007 0.055 158 F 0.030 0.814 0.032 0.010 0.012 0.023 0.009 0.070 159 L 0.036 0.806 0.029 0.011 0.020 0.011 0.009 0.078 160 S 0.049 0.767 0.021 0.013 0.020 0.015 0.015 0.100 161 T 0.100 0.608 0.032 0.021 0.026 0.022 0.026 0.165 162 L 0.118 0.530 0.058 0.032 0.038 0.029 0.023 0.171 163 A 0.126 0.371 0.056 0.039 0.053 0.064 0.031 0.260 164 T 0.150 0.258 0.050 0.031 0.061 0.078 0.033 0.340 165 E 0.120 0.129 0.042 0.018 0.026 0.053 0.022 0.589 166 G 0.100 0.056 0.037 0.015 0.021 0.131 0.023 0.617 167 L 0.238 0.045 0.056 0.018 0.027 0.098 0.028 0.489 168 T 0.125 0.049 0.035 0.020 0.022 0.203 0.016 0.530 169 S 0.113 0.025 0.027 0.011 0.018 0.107 0.016 0.682 170 H 0.130 0.026 0.033 0.007 0.014 0.151 0.017 0.622 171 S 0.096 0.019 0.018 0.010 0.013 0.253 0.007 0.584 172 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 173 D 0.023 0.042 0.006 0.004 0.011 0.397 0.003 0.514 174 Q 0.242 0.139 0.014 0.004 0.009 0.282 0.010 0.300 175 D 0.038 0.622 0.005 0.003 0.007 0.059 0.003 0.263 176 E 0.035 0.733 0.003 0.002 0.005 0.054 0.004 0.164 177 E 0.028 0.871 0.002 0.001 0.002 0.028 0.004 0.063 178 L 0.012 0.954 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.019 179 I 0.007 0.967 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.017 180 R 0.011 0.957 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.018 181 Q 0.030 0.914 0.010 0.005 0.006 0.003 0.010 0.022 182 Y 0.035 0.830 0.040 0.016 0.016 0.005 0.015 0.042 183 V 0.036 0.622 0.103 0.044 0.040 0.017 0.021 0.117 184 A 0.081 0.379 0.124 0.046 0.050 0.032 0.034 0.254 185 I 0.105 0.257 0.206 0.064 0.075 0.034 0.019 0.240 186 F 0.042 0.110 0.384 0.070 0.087 0.054 0.011 0.241 187 T 0.049 0.104 0.162 0.051 0.093 0.070 0.014 0.456 188 R 0.051 0.042 0.100 0.020 0.053 0.047 0.013 0.674 189 G 0.040 0.021 0.073 0.012 0.021 0.087 0.013 0.732 190 I 0.133 0.024 0.102 0.018 0.022 0.179 0.016 0.506 191 M 0.067 0.027 0.033 0.010 0.018 0.076 0.007 0.760 192 A 0.094 0.036 0.049 0.023 0.056 0.145 0.010 0.586