# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.717 0.012 0.051 0.122 0.021 0.032 0.031 0.006 0.004 0.004 0.001 2 C 0.882 0.018 0.024 0.056 0.004 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 3 R 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.932 0.001 0.002 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.362 0.004 0.052 0.526 0.002 0.005 0.045 0.001 0.003 0.001 0.001 18 G 0.064 0.002 0.013 0.017 0.009 0.003 0.201 0.607 0.001 0.083 0.001 19 F 0.375 0.086 0.357 0.090 0.016 0.055 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 20 Y 0.460 0.152 0.169 0.128 0.034 0.023 0.015 0.002 0.013 0.002 0.001 21 G 0.500 0.075 0.088 0.043 0.188 0.029 0.033 0.019 0.010 0.015 0.001 22 V 0.551 0.218 0.101 0.065 0.039 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 23 S 0.354 0.175 0.255 0.029 0.062 0.079 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 24 I 0.987 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.207 0.001 0.010 0.754 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.021 0.001 0.008 0.006 0.003 0.001 0.375 0.537 0.001 0.047 0.001 33 A 0.184 0.172 0.454 0.120 0.015 0.042 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 34 S 0.093 0.092 0.470 0.064 0.025 0.187 0.018 0.002 0.045 0.005 0.001 35 I 0.806 0.029 0.088 0.042 0.011 0.013 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 36 S 0.798 0.027 0.030 0.072 0.044 0.009 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 37 M 0.640 0.168 0.042 0.081 0.041 0.013 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 38 I 0.585 0.312 0.052 0.015 0.018 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 S 0.652 0.222 0.046 0.022 0.027 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 Y 0.578 0.152 0.076 0.087 0.044 0.021 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 41 H 0.477 0.109 0.137 0.175 0.032 0.020 0.014 0.001 0.032 0.002 0.001 42 F 0.195 0.079 0.146 0.310 0.044 0.024 0.144 0.012 0.031 0.015 0.001 43 G 0.063 0.011 0.110 0.083 0.042 0.018 0.165 0.249 0.003 0.255 0.001 44 G 0.096 0.024 0.203 0.130 0.094 0.076 0.048 0.078 0.012 0.239 0.001 45 K 0.848 0.008 0.098 0.016 0.005 0.014 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 46 E 0.990 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 G 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.979 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 C 0.960 0.003 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.851 0.008 0.013 0.117 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 61 G 0.840 0.008 0.016 0.050 0.015 0.004 0.046 0.012 0.003 0.005 0.001 62 Q 0.795 0.038 0.045 0.091 0.008 0.012 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 63 L 0.797 0.040 0.059 0.072 0.008 0.012 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 64 D 0.835 0.030 0.037 0.066 0.010 0.007 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 65 D 0.798 0.030 0.047 0.074 0.017 0.011 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 66 I 0.785 0.049 0.049 0.082 0.010 0.008 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 67 R 0.530 0.054 0.092 0.260 0.014 0.010 0.025 0.001 0.012 0.002 0.001 68 G 0.290 0.028 0.102 0.107 0.072 0.022 0.143 0.118 0.011 0.106 0.001 69 Q 0.461 0.108 0.176 0.179 0.019 0.020 0.015 0.002 0.018 0.003 0.001 70 A 0.221 0.051 0.244 0.331 0.021 0.033 0.072 0.006 0.013 0.006 0.001 71 G 0.112 0.030 0.139 0.090 0.053 0.027 0.076 0.288 0.007 0.178 0.001 72 D 0.053 0.066 0.685 0.014 0.032 0.044 0.007 0.001 0.087 0.011 0.001 73 P 0.933 0.001 0.055 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 L 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 W 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.981 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.911 0.004 0.006 0.071 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 88 H 0.731 0.014 0.017 0.210 0.004 0.006 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 89 R 0.690 0.021 0.044 0.154 0.007 0.015 0.060 0.002 0.006 0.001 0.001 90 N 0.256 0.028 0.077 0.523 0.010 0.030 0.061 0.006 0.005 0.003 0.001 91 N 0.092 0.099 0.361 0.035 0.032 0.046 0.050 0.003 0.267 0.016 0.001 92 P 0.905 0.001 0.076 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 93 Q 0.895 0.005 0.015 0.065 0.004 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 94 L 0.917 0.017 0.027 0.025 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 95 L 0.948 0.025 0.013 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.959 0.018 0.005 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 97 F 0.941 0.029 0.006 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 98 Y 0.916 0.036 0.014 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 99 T 0.933 0.019 0.014 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 100 S 0.918 0.010 0.013 0.044 0.008 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 101 E 0.834 0.019 0.020 0.106 0.006 0.005 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 102 L 0.643 0.027 0.050 0.222 0.009 0.015 0.025 0.001 0.006 0.001 0.001 103 T 0.476 0.070 0.086 0.287 0.008 0.016 0.042 0.003 0.010 0.001 0.001 104 N 0.082 0.135 0.390 0.035 0.048 0.043 0.047 0.001 0.212 0.007 0.001 105 P 0.470 0.004 0.410 0.051 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 106 T 0.328 0.087 0.355 0.033 0.024 0.036 0.008 0.002 0.120 0.006 0.001 107 P 0.955 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 108 C 0.895 0.003 0.013 0.073 0.003 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 109 F 0.903 0.017 0.021 0.047 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 A 0.973 0.008 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.979 0.005 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.926 0.012 0.009 0.041 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 113 V 0.882 0.025 0.019 0.061 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 114 S 0.881 0.018 0.047 0.010 0.010 0.006 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 115 P 0.988 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.932 0.002 0.008 0.049 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.980 0.003 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 S 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.952 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 G 0.919 0.002 0.007 0.057 0.004 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 132 M 0.909 0.009 0.025 0.050 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 T 0.846 0.013 0.027 0.082 0.005 0.010 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 134 R 0.246 0.013 0.066 0.595 0.005 0.007 0.062 0.002 0.004 0.001 0.001 135 G 0.032 0.003 0.014 0.008 0.016 0.002 0.115 0.706 0.001 0.102 0.001 136 L 0.267 0.179 0.390 0.100 0.025 0.023 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 137 F 0.190 0.221 0.395 0.070 0.029 0.052 0.011 0.002 0.027 0.003 0.001 138 R 0.282 0.182 0.363 0.050 0.033 0.043 0.010 0.001 0.029 0.003 0.004 139 R 0.724 0.035 0.115 0.077 0.017 0.013 0.007 0.001 0.008 0.002 0.002 140 D 0.316 0.045 0.101 0.401 0.027 0.042 0.041 0.008 0.016 0.003 0.001 141 L 0.311 0.111 0.344 0.130 0.018 0.034 0.025 0.004 0.018 0.003 0.001 142 H 0.196 0.067 0.479 0.041 0.019 0.131 0.019 0.001 0.041 0.006 0.001 143 A 0.975 0.001 0.015 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 N 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 G 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 M 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 V 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 N 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.969 0.003 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 F 0.973 0.009 0.004 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 F 0.968 0.008 0.005 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 L 0.940 0.011 0.007 0.034 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 160 S 0.841 0.023 0.023 0.086 0.011 0.005 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 161 T 0.684 0.068 0.050 0.136 0.023 0.011 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 162 L 0.581 0.100 0.123 0.117 0.019 0.026 0.016 0.001 0.016 0.001 0.001 163 A 0.508 0.100 0.142 0.164 0.019 0.034 0.016 0.002 0.013 0.002 0.001 164 T 0.328 0.156 0.164 0.183 0.039 0.039 0.031 0.003 0.051 0.004 0.001 165 E 0.225 0.058 0.291 0.259 0.027 0.021 0.090 0.005 0.015 0.007 0.002 166 G 0.043 0.014 0.050 0.031 0.061 0.013 0.084 0.453 0.006 0.245 0.001 167 L 0.324 0.119 0.366 0.120 0.025 0.024 0.005 0.001 0.009 0.002 0.004 168 T 0.238 0.227 0.287 0.124 0.029 0.042 0.014 0.003 0.031 0.004 0.001 169 S 0.198 0.118 0.402 0.104 0.042 0.075 0.024 0.001 0.024 0.004 0.006 170 H 0.391 0.121 0.237 0.153 0.030 0.034 0.007 0.002 0.017 0.003 0.004 171 S 0.245 0.092 0.468 0.014 0.028 0.023 0.010 0.001 0.107 0.009 0.001 172 P 0.864 0.001 0.111 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 173 D 0.665 0.020 0.083 0.164 0.010 0.039 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 174 Q 0.901 0.016 0.044 0.025 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 175 D 0.968 0.004 0.006 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 176 E 0.968 0.004 0.004 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 E 0.979 0.006 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 L 0.985 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 I 0.985 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.947 0.009 0.003 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 181 Q 0.845 0.055 0.015 0.059 0.012 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 182 Y 0.702 0.073 0.106 0.070 0.009 0.026 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 183 V 0.584 0.112 0.083 0.169 0.017 0.012 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 184 A 0.311 0.098 0.127 0.130 0.148 0.043 0.088 0.021 0.025 0.010 0.001 185 I 0.314 0.261 0.191 0.140 0.026 0.038 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 186 F 0.270 0.296 0.195 0.105 0.044 0.044 0.014 0.002 0.025 0.003 0.001 187 T 0.164 0.244 0.278 0.096 0.048 0.073 0.026 0.001 0.064 0.003 0.002 188 R 0.200 0.092 0.270 0.271 0.041 0.025 0.065 0.005 0.019 0.008 0.003 189 G 0.042 0.020 0.056 0.037 0.075 0.015 0.070 0.398 0.009 0.279 0.001 190 I 0.289 0.128 0.376 0.132 0.026 0.020 0.009 0.001 0.012 0.003 0.003 191 M 0.131 0.148 0.280 0.186 0.062 0.062 0.068 0.015 0.029 0.019 0.001 192 A 0.226 0.184 0.266 0.093 0.106 0.032 0.029 0.019 0.022 0.020 0.003