# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.037 0.073 0.023 0.004 0.070 0.006 0.020 0.561 0.080 0.106 0.019 2 C 0.020 0.057 0.009 0.001 0.036 0.003 0.007 0.700 0.110 0.043 0.013 3 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.892 0.084 0.006 0.003 4 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.001 0.001 5 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.008 0.002 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.002 0.001 7 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 11 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.031 0.004 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.896 0.096 0.004 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.813 0.148 0.007 0.001 16 Q 0.007 0.017 0.012 0.002 0.009 0.004 0.141 0.618 0.125 0.061 0.004 17 K 0.020 0.339 0.125 0.022 0.052 0.032 0.086 0.163 0.053 0.086 0.022 18 G 0.062 0.039 0.038 0.031 0.051 0.016 0.016 0.089 0.057 0.394 0.207 19 F 0.120 0.133 0.039 0.009 0.182 0.010 0.034 0.208 0.124 0.085 0.055 20 Y 0.033 0.118 0.049 0.039 0.076 0.079 0.144 0.251 0.112 0.070 0.028 21 G 0.102 0.079 0.046 0.021 0.137 0.013 0.025 0.306 0.080 0.127 0.064 22 V 0.060 0.223 0.056 0.009 0.193 0.014 0.024 0.311 0.050 0.045 0.015 23 S 0.028 0.405 0.078 0.003 0.085 0.002 0.004 0.328 0.033 0.017 0.016 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.096 0.001 0.002 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.002 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.062 0.001 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.886 0.110 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.604 0.076 0.017 0.001 31 A 0.002 0.845 0.101 0.002 0.009 0.003 0.008 0.014 0.004 0.010 0.002 32 G 0.026 0.007 0.007 0.021 0.009 0.007 0.005 0.019 0.018 0.401 0.480 33 A 0.074 0.280 0.098 0.011 0.171 0.012 0.032 0.106 0.048 0.137 0.031 34 S 0.044 0.460 0.141 0.016 0.170 0.006 0.018 0.071 0.034 0.020 0.021 35 I 0.035 0.016 0.006 0.003 0.030 0.007 0.029 0.577 0.265 0.016 0.015 36 S 0.025 0.046 0.016 0.007 0.049 0.020 0.030 0.648 0.113 0.035 0.011 37 M 0.138 0.080 0.005 0.001 0.134 0.002 0.008 0.508 0.055 0.051 0.017 38 I 0.088 0.061 0.004 0.001 0.130 0.005 0.016 0.594 0.055 0.030 0.016 39 S 0.101 0.040 0.007 0.005 0.150 0.013 0.033 0.493 0.099 0.033 0.024 40 Y 0.060 0.089 0.020 0.005 0.121 0.008 0.037 0.477 0.108 0.049 0.026 41 H 0.106 0.063 0.032 0.013 0.130 0.021 0.090 0.229 0.091 0.158 0.066 42 F 0.063 0.222 0.120 0.035 0.116 0.027 0.043 0.155 0.064 0.107 0.049 43 G 0.020 0.084 0.080 0.144 0.031 0.091 0.105 0.153 0.064 0.190 0.040 44 G 0.028 0.342 0.363 0.017 0.087 0.004 0.007 0.064 0.026 0.047 0.014 45 K 0.003 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.006 0.569 0.393 0.008 0.003 46 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.873 0.108 0.005 0.001 47 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.056 0.014 0.001 48 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.015 0.008 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.023 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.002 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.021 0.002 0.001 56 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.043 0.014 0.001 57 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.878 0.106 0.009 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.877 0.102 0.005 0.001 59 C 0.004 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.041 0.792 0.096 0.048 0.002 60 F 0.017 0.056 0.013 0.002 0.025 0.004 0.021 0.655 0.112 0.081 0.015 61 G 0.012 0.019 0.012 0.012 0.015 0.015 0.033 0.670 0.145 0.050 0.017 62 Q 0.031 0.042 0.013 0.002 0.044 0.003 0.022 0.662 0.087 0.084 0.012 63 L 0.029 0.043 0.007 0.001 0.043 0.003 0.024 0.640 0.144 0.054 0.013 64 D 0.018 0.022 0.009 0.005 0.028 0.012 0.037 0.637 0.182 0.037 0.013 65 D 0.023 0.019 0.008 0.002 0.027 0.004 0.035 0.642 0.185 0.046 0.009 66 I 0.028 0.059 0.022 0.003 0.045 0.007 0.085 0.524 0.134 0.079 0.013 67 R 0.050 0.130 0.058 0.019 0.075 0.027 0.104 0.243 0.114 0.135 0.046 68 G 0.045 0.110 0.090 0.060 0.065 0.037 0.055 0.194 0.118 0.170 0.055 69 Q 0.050 0.129 0.091 0.045 0.089 0.040 0.094 0.153 0.108 0.164 0.038 70 A 0.046 0.154 0.139 0.045 0.091 0.024 0.054 0.120 0.099 0.179 0.049 71 G 0.023 0.106 0.090 0.085 0.039 0.056 0.051 0.113 0.077 0.311 0.049 72 D 0.011 0.494 0.382 0.006 0.063 0.001 0.002 0.022 0.007 0.007 0.004 73 P 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.606 0.372 0.005 0.002 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.068 0.002 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 0.001 77 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 80 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.003 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 82 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 83 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.002 0.001 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.019 0.006 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.053 0.004 0.001 86 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.883 0.098 0.005 0.001 87 R 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.019 0.811 0.128 0.027 0.001 88 H 0.013 0.015 0.006 0.001 0.017 0.003 0.048 0.553 0.253 0.079 0.011 89 R 0.026 0.044 0.022 0.008 0.034 0.013 0.109 0.493 0.142 0.089 0.018 90 N 0.035 0.075 0.053 0.030 0.052 0.032 0.095 0.166 0.065 0.359 0.036 91 N 0.109 0.232 0.149 0.012 0.283 0.004 0.006 0.091 0.045 0.045 0.024 92 P 0.007 0.012 0.005 0.002 0.012 0.005 0.018 0.586 0.335 0.012 0.006 93 Q 0.015 0.023 0.009 0.002 0.020 0.005 0.028 0.692 0.126 0.068 0.014 94 L 0.045 0.033 0.003 0.001 0.041 0.002 0.011 0.701 0.107 0.038 0.018 95 L 0.024 0.024 0.003 0.002 0.042 0.006 0.011 0.814 0.049 0.018 0.007 96 R 0.033 0.023 0.003 0.001 0.050 0.002 0.005 0.816 0.047 0.014 0.005 97 F 0.021 0.021 0.002 0.001 0.030 0.001 0.011 0.843 0.046 0.018 0.006 98 Y 0.048 0.041 0.004 0.001 0.055 0.004 0.019 0.725 0.051 0.037 0.014 99 T 0.044 0.036 0.008 0.005 0.048 0.010 0.029 0.627 0.117 0.053 0.023 100 S 0.017 0.035 0.014 0.008 0.030 0.012 0.045 0.572 0.223 0.034 0.009 101 E 0.028 0.028 0.012 0.003 0.040 0.006 0.082 0.464 0.233 0.088 0.015 102 L 0.052 0.073 0.025 0.004 0.079 0.007 0.072 0.316 0.208 0.136 0.028 103 T 0.046 0.122 0.057 0.035 0.084 0.061 0.114 0.161 0.107 0.162 0.050 104 N 0.101 0.211 0.188 0.022 0.217 0.011 0.025 0.074 0.030 0.083 0.037 105 P 0.054 0.159 0.098 0.026 0.096 0.027 0.052 0.125 0.124 0.195 0.044 106 T 0.023 0.407 0.343 0.017 0.087 0.005 0.008 0.050 0.032 0.017 0.011 107 P 0.005 0.023 0.010 0.003 0.009 0.006 0.023 0.571 0.329 0.016 0.005 108 C 0.013 0.040 0.014 0.003 0.023 0.005 0.025 0.601 0.140 0.126 0.011 109 F 0.028 0.044 0.007 0.002 0.041 0.004 0.012 0.601 0.160 0.086 0.016 110 A 0.010 0.018 0.005 0.003 0.019 0.006 0.016 0.712 0.178 0.026 0.007 111 A 0.010 0.010 0.004 0.001 0.014 0.003 0.019 0.745 0.163 0.028 0.004 112 I 0.012 0.027 0.005 0.001 0.020 0.002 0.031 0.748 0.096 0.051 0.007 113 V 0.050 0.073 0.016 0.004 0.062 0.009 0.028 0.510 0.094 0.125 0.028 114 S 0.019 0.104 0.040 0.007 0.042 0.006 0.011 0.631 0.107 0.022 0.011 115 P 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.856 0.111 0.008 0.001 116 A 0.003 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.866 0.082 0.029 0.002 117 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.938 0.043 0.010 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.001 0.001 119 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.011 0.002 0.001 120 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.014 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.004 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.054 0.001 0.001 130 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.928 0.045 0.007 0.001 131 G 0.004 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.013 0.733 0.139 0.085 0.004 132 M 0.005 0.009 0.005 0.001 0.006 0.001 0.012 0.781 0.163 0.014 0.004 133 T 0.006 0.005 0.006 0.004 0.004 0.010 0.196 0.636 0.084 0.045 0.004 134 R 0.004 0.666 0.132 0.023 0.018 0.021 0.061 0.042 0.014 0.015 0.003 135 G 0.020 0.015 0.015 0.041 0.014 0.015 0.008 0.028 0.047 0.480 0.318 136 L 0.086 0.265 0.089 0.009 0.222 0.009 0.025 0.100 0.056 0.099 0.041 137 F 0.136 0.330 0.067 0.012 0.260 0.012 0.033 0.029 0.020 0.062 0.040 138 R 0.075 0.364 0.228 0.029 0.170 0.013 0.013 0.038 0.030 0.017 0.023 139 R 0.015 0.063 0.029 0.016 0.031 0.043 0.086 0.373 0.292 0.038 0.013 140 D 0.061 0.066 0.050 0.012 0.090 0.009 0.030 0.203 0.123 0.302 0.053 141 L 0.040 0.210 0.050 0.007 0.099 0.011 0.020 0.304 0.090 0.139 0.031 142 H 0.034 0.307 0.119 0.009 0.113 0.005 0.008 0.320 0.046 0.021 0.017 143 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.783 0.202 0.004 0.001 144 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 145 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 146 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 149 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 0.001 150 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 152 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.016 0.002 0.001 153 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.020 0.009 0.001 154 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.903 0.070 0.006 0.001 155 N 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.003 0.013 0.876 0.082 0.010 0.002 156 Y 0.013 0.013 0.006 0.002 0.015 0.002 0.012 0.795 0.094 0.040 0.007 157 F 0.021 0.040 0.005 0.001 0.031 0.002 0.015 0.760 0.079 0.038 0.008 158 F 0.040 0.030 0.004 0.002 0.045 0.005 0.026 0.711 0.081 0.039 0.017 159 L 0.048 0.035 0.008 0.005 0.061 0.010 0.039 0.627 0.116 0.034 0.017 160 S 0.051 0.056 0.024 0.010 0.081 0.016 0.051 0.517 0.119 0.055 0.020 161 T 0.075 0.071 0.021 0.004 0.117 0.007 0.035 0.429 0.131 0.083 0.026 162 L 0.066 0.101 0.031 0.007 0.122 0.010 0.064 0.352 0.139 0.073 0.034 163 A 0.100 0.088 0.050 0.021 0.114 0.027 0.091 0.211 0.086 0.155 0.058 164 T 0.065 0.245 0.171 0.054 0.123 0.031 0.042 0.108 0.050 0.077 0.035 165 E 0.036 0.098 0.071 0.105 0.055 0.073 0.108 0.164 0.131 0.124 0.036 166 G 0.063 0.123 0.120 0.053 0.112 0.024 0.033 0.084 0.088 0.241 0.059 167 L 0.093 0.151 0.063 0.015 0.172 0.015 0.036 0.121 0.149 0.134 0.051 168 T 0.064 0.249 0.126 0.032 0.159 0.032 0.048 0.095 0.079 0.078 0.039 169 S 0.088 0.198 0.116 0.020 0.189 0.017 0.035 0.144 0.076 0.077 0.039 170 H 0.061 0.159 0.080 0.019 0.113 0.024 0.041 0.165 0.114 0.184 0.042 171 S 0.057 0.342 0.190 0.016 0.166 0.007 0.010 0.110 0.051 0.033 0.019 172 P 0.008 0.044 0.015 0.004 0.017 0.007 0.022 0.640 0.216 0.021 0.006 173 D 0.014 0.030 0.012 0.003 0.022 0.004 0.017 0.651 0.131 0.103 0.013 174 Q 0.009 0.019 0.003 0.001 0.014 0.001 0.004 0.773 0.141 0.029 0.007 175 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.920 0.060 0.005 0.001 176 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.034 0.004 0.001 177 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.015 0.009 0.001 178 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.929 0.056 0.004 0.001 179 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.033 0.002 0.001 180 R 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.916 0.047 0.010 0.001 181 Q 0.017 0.034 0.003 0.001 0.022 0.001 0.013 0.820 0.038 0.046 0.006 182 Y 0.076 0.024 0.006 0.005 0.055 0.008 0.041 0.590 0.129 0.035 0.031 183 V 0.034 0.042 0.018 0.017 0.053 0.040 0.116 0.473 0.145 0.040 0.020 184 A 0.082 0.092 0.057 0.015 0.153 0.014 0.050 0.264 0.092 0.132 0.050 185 I 0.136 0.141 0.039 0.004 0.292 0.006 0.036 0.136 0.058 0.097 0.054 186 F 0.138 0.202 0.122 0.023 0.212 0.016 0.039 0.081 0.030 0.067 0.070 187 T 0.078 0.145 0.142 0.141 0.106 0.084 0.050 0.128 0.036 0.051 0.040 188 R 0.017 0.140 0.151 0.197 0.032 0.094 0.180 0.098 0.049 0.031 0.010 189 G 0.029 0.017 0.043 0.161 0.026 0.041 0.013 0.052 0.066 0.451 0.100 190 I 0.052 0.416 0.106 0.018 0.172 0.017 0.042 0.063 0.055 0.037 0.021 191 M 0.090 0.074 0.054 0.062 0.086 0.035 0.042 0.053 0.064 0.235 0.205 192 A 0.100 0.335 0.136 0.028 0.225 0.020 0.022 0.034 0.025 0.038 0.034