# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5079 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.666 0.255 0.052 0.021 0.006 0.001 0.001 2 C 0.254 0.203 0.256 0.193 0.077 0.016 0.001 3 R 0.244 0.245 0.257 0.179 0.061 0.014 0.001 4 S 0.664 0.283 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 5 R 0.134 0.270 0.287 0.235 0.064 0.009 0.001 6 L 0.023 0.036 0.061 0.112 0.315 0.402 0.052 7 M 0.013 0.055 0.175 0.360 0.275 0.113 0.007 8 E 0.190 0.453 0.223 0.090 0.035 0.009 0.001 9 V 0.009 0.039 0.149 0.338 0.337 0.116 0.013 10 A 0.004 0.010 0.016 0.039 0.189 0.573 0.169 11 T 0.014 0.090 0.287 0.374 0.169 0.060 0.006 12 E 0.100 0.328 0.310 0.194 0.050 0.016 0.002 13 L 0.009 0.027 0.088 0.249 0.383 0.228 0.016 14 F 0.018 0.027 0.045 0.134 0.319 0.387 0.070 15 A 0.043 0.145 0.230 0.294 0.188 0.089 0.011 16 Q 0.209 0.348 0.237 0.134 0.054 0.016 0.001 17 K 0.077 0.178 0.295 0.291 0.112 0.043 0.004 18 G 0.080 0.102 0.126 0.213 0.280 0.176 0.023 19 F 0.062 0.098 0.169 0.243 0.258 0.145 0.025 20 Y 0.140 0.251 0.241 0.180 0.114 0.064 0.010 21 G 0.098 0.216 0.238 0.208 0.148 0.078 0.014 22 V 0.026 0.049 0.094 0.196 0.322 0.250 0.062 23 S 0.020 0.069 0.149 0.217 0.283 0.202 0.060 24 I 0.005 0.013 0.021 0.053 0.178 0.504 0.225 25 R 0.019 0.109 0.259 0.322 0.204 0.080 0.007 26 E 0.023 0.129 0.259 0.337 0.174 0.071 0.008 27 L 0.002 0.006 0.018 0.057 0.255 0.552 0.111 28 A 0.007 0.024 0.063 0.208 0.318 0.324 0.056 29 Q 0.098 0.360 0.280 0.160 0.070 0.030 0.003 30 A 0.046 0.152 0.280 0.359 0.114 0.044 0.005 31 A 0.017 0.020 0.044 0.116 0.315 0.434 0.054 32 G 0.151 0.318 0.252 0.165 0.074 0.034 0.006 33 A 0.066 0.077 0.109 0.214 0.264 0.202 0.069 34 S 0.062 0.145 0.161 0.195 0.226 0.168 0.044 35 I 0.049 0.093 0.159 0.221 0.234 0.186 0.059 36 S 0.079 0.118 0.124 0.152 0.213 0.207 0.108 37 M 0.053 0.051 0.064 0.129 0.165 0.279 0.260 38 I 0.023 0.020 0.028 0.067 0.119 0.312 0.431 39 S 0.047 0.070 0.100 0.145 0.190 0.274 0.174 40 Y 0.061 0.105 0.148 0.204 0.225 0.181 0.077 41 H 0.065 0.115 0.119 0.179 0.202 0.239 0.081 42 F 0.051 0.069 0.136 0.240 0.276 0.190 0.038 43 G 0.270 0.321 0.200 0.126 0.059 0.021 0.003 44 G 0.133 0.201 0.216 0.205 0.164 0.072 0.010 45 K 0.067 0.097 0.141 0.245 0.249 0.172 0.029 46 E 0.201 0.281 0.215 0.154 0.100 0.044 0.004 47 G 0.143 0.266 0.291 0.211 0.067 0.020 0.003 48 L 0.020 0.033 0.076 0.159 0.325 0.304 0.083 49 Y 0.012 0.027 0.045 0.117 0.253 0.414 0.133 50 A 0.026 0.120 0.257 0.298 0.192 0.096 0.010 51 A 0.027 0.115 0.236 0.311 0.210 0.089 0.011 52 V 0.005 0.013 0.032 0.086 0.237 0.499 0.128 53 L 0.010 0.023 0.054 0.183 0.338 0.320 0.073 54 Q 0.097 0.316 0.302 0.178 0.078 0.026 0.002 55 E 0.069 0.200 0.292 0.284 0.119 0.033 0.002 56 Q 0.041 0.094 0.154 0.249 0.271 0.176 0.014 57 F 0.037 0.081 0.166 0.300 0.296 0.114 0.006 58 A 0.284 0.369 0.207 0.093 0.036 0.011 0.001 59 C 0.113 0.203 0.256 0.261 0.125 0.039 0.003 60 F 0.074 0.083 0.111 0.197 0.315 0.199 0.021 61 G 0.153 0.234 0.253 0.214 0.109 0.034 0.002 62 Q 0.345 0.357 0.169 0.084 0.034 0.011 0.001 63 L 0.114 0.149 0.219 0.274 0.173 0.065 0.006 64 D 0.166 0.167 0.188 0.215 0.191 0.068 0.005 65 D 0.345 0.331 0.185 0.090 0.037 0.012 0.001 66 I 0.311 0.259 0.200 0.147 0.065 0.018 0.001 67 R 0.258 0.244 0.233 0.165 0.078 0.022 0.001 68 G 0.316 0.211 0.215 0.170 0.070 0.017 0.001 69 Q 0.624 0.247 0.081 0.033 0.012 0.003 0.001 70 A 0.606 0.254 0.085 0.039 0.013 0.003 0.001 71 G 0.559 0.254 0.114 0.052 0.016 0.003 0.001 72 D 0.356 0.364 0.172 0.075 0.026 0.006 0.001 73 P 0.078 0.121 0.188 0.270 0.235 0.098 0.010 74 L 0.045 0.145 0.252 0.285 0.185 0.084 0.005 75 A 0.140 0.286 0.235 0.192 0.106 0.038 0.003 76 V 0.014 0.060 0.189 0.309 0.283 0.125 0.021 77 M 0.005 0.010 0.014 0.043 0.189 0.535 0.203 78 T 0.007 0.058 0.203 0.366 0.222 0.130 0.014 79 A 0.021 0.095 0.195 0.305 0.221 0.138 0.026 80 Y 0.004 0.013 0.046 0.122 0.264 0.415 0.135 81 L 0.004 0.009 0.016 0.061 0.198 0.467 0.245 82 R 0.023 0.130 0.259 0.271 0.189 0.106 0.021 83 W 0.021 0.079 0.169 0.289 0.254 0.158 0.031 84 T 0.011 0.034 0.066 0.144 0.285 0.380 0.080 85 I 0.017 0.037 0.066 0.179 0.336 0.310 0.055 86 Q 0.090 0.263 0.285 0.195 0.118 0.046 0.004 87 R 0.060 0.146 0.259 0.308 0.160 0.062 0.005 88 H 0.060 0.080 0.151 0.244 0.292 0.161 0.012 89 R 0.232 0.276 0.231 0.166 0.077 0.017 0.001 90 N 0.479 0.337 0.107 0.049 0.022 0.006 0.001 91 N 0.294 0.270 0.202 0.159 0.057 0.016 0.001 92 P 0.341 0.293 0.197 0.110 0.044 0.014 0.001 93 Q 0.216 0.285 0.236 0.173 0.067 0.022 0.002 94 L 0.042 0.088 0.157 0.249 0.270 0.166 0.028 95 L 0.022 0.039 0.055 0.129 0.254 0.388 0.113 96 R 0.019 0.070 0.146 0.258 0.238 0.215 0.054 97 F 0.014 0.029 0.051 0.111 0.238 0.361 0.195 98 Y 0.011 0.025 0.049 0.104 0.209 0.377 0.225 99 T 0.016 0.041 0.071 0.155 0.254 0.316 0.148 100 S 0.048 0.127 0.198 0.236 0.215 0.143 0.034 101 E 0.081 0.195 0.234 0.236 0.160 0.084 0.011 102 L 0.057 0.087 0.144 0.227 0.288 0.178 0.019 103 T 0.164 0.200 0.238 0.217 0.131 0.047 0.004 104 N 0.344 0.293 0.196 0.110 0.042 0.014 0.001 105 P 0.345 0.244 0.172 0.142 0.070 0.024 0.002 106 T 0.407 0.275 0.153 0.098 0.049 0.016 0.001 107 P 0.431 0.309 0.156 0.074 0.023 0.007 0.001 108 C 0.175 0.260 0.260 0.191 0.086 0.025 0.003 109 F 0.060 0.090 0.130 0.226 0.300 0.176 0.018 110 A 0.059 0.180 0.261 0.286 0.153 0.059 0.003 111 A 0.175 0.338 0.234 0.154 0.072 0.024 0.002 112 I 0.030 0.086 0.184 0.321 0.257 0.111 0.010 113 V 0.030 0.058 0.099 0.204 0.344 0.243 0.021 114 S 0.106 0.261 0.309 0.209 0.087 0.027 0.002 115 P 0.234 0.361 0.224 0.126 0.042 0.011 0.001 116 A 0.064 0.121 0.189 0.280 0.240 0.099 0.007 117 I 0.042 0.096 0.179 0.278 0.274 0.125 0.007 118 A 0.228 0.338 0.249 0.122 0.047 0.014 0.001 119 S 0.127 0.283 0.280 0.205 0.084 0.018 0.002 120 V 0.023 0.046 0.073 0.159 0.331 0.322 0.047 121 I 0.012 0.061 0.168 0.303 0.292 0.154 0.010 122 R 0.117 0.355 0.273 0.168 0.065 0.020 0.002 123 L 0.009 0.045 0.175 0.320 0.344 0.095 0.012 124 L 0.003 0.009 0.012 0.037 0.205 0.582 0.152 125 A 0.007 0.069 0.258 0.398 0.195 0.070 0.004 126 E 0.049 0.254 0.347 0.278 0.055 0.017 0.001 127 S 0.005 0.020 0.091 0.265 0.391 0.217 0.012 128 I 0.010 0.018 0.030 0.108 0.365 0.423 0.046 129 E 0.071 0.318 0.338 0.185 0.071 0.016 0.001 130 A 0.132 0.395 0.262 0.162 0.040 0.009 0.001 131 G 0.047 0.100 0.235 0.326 0.224 0.066 0.002 132 M 0.099 0.143 0.231 0.294 0.192 0.039 0.001 133 T 0.437 0.366 0.130 0.046 0.017 0.004 0.001 134 R 0.363 0.323 0.178 0.104 0.026 0.005 0.001 135 G 0.401 0.327 0.151 0.081 0.033 0.007 0.001 136 L 0.137 0.288 0.288 0.198 0.071 0.018 0.001 137 F 0.073 0.090 0.142 0.255 0.319 0.115 0.006 138 R 0.132 0.256 0.288 0.228 0.076 0.020 0.001 139 R 0.370 0.333 0.170 0.086 0.033 0.009 0.001 140 D 0.326 0.320 0.201 0.108 0.034 0.010 0.001 141 L 0.086 0.105 0.177 0.290 0.251 0.084 0.007 142 H 0.195 0.354 0.222 0.124 0.069 0.031 0.004 143 A 0.069 0.114 0.157 0.252 0.227 0.153 0.029 144 V 0.088 0.151 0.206 0.239 0.187 0.111 0.018 145 N 0.053 0.110 0.174 0.229 0.214 0.163 0.057 146 S 0.020 0.030 0.054 0.121 0.185 0.304 0.285 147 A 0.012 0.018 0.030 0.082 0.176 0.358 0.323 148 L 0.013 0.029 0.055 0.116 0.196 0.303 0.288 149 A 0.008 0.012 0.022 0.065 0.106 0.268 0.520 150 L 0.002 0.004 0.007 0.024 0.049 0.230 0.684 151 A 0.004 0.006 0.011 0.032 0.094 0.282 0.571 152 G 0.009 0.018 0.028 0.063 0.126 0.270 0.486 153 M 0.008 0.012 0.017 0.064 0.071 0.253 0.575 154 V 0.006 0.009 0.017 0.052 0.103 0.300 0.512 155 N 0.017 0.037 0.076 0.145 0.210 0.268 0.248 156 Y 0.022 0.040 0.058 0.108 0.189 0.302 0.281 157 F 0.021 0.027 0.036 0.108 0.131 0.300 0.375 158 F 0.022 0.025 0.035 0.094 0.166 0.328 0.331 159 L 0.028 0.042 0.058 0.118 0.192 0.303 0.260 160 S 0.047 0.082 0.107 0.175 0.213 0.243 0.132 161 T 0.060 0.113 0.141 0.198 0.217 0.205 0.065 162 L 0.064 0.104 0.149 0.225 0.242 0.176 0.040 163 A 0.099 0.114 0.144 0.223 0.236 0.158 0.027 164 T 0.200 0.205 0.210 0.194 0.130 0.056 0.006 165 E 0.457 0.289 0.137 0.076 0.031 0.010 0.001 166 G 0.467 0.273 0.126 0.083 0.038 0.012 0.001 167 L 0.313 0.206 0.201 0.168 0.085 0.026 0.001 168 T 0.456 0.262 0.158 0.084 0.032 0.008 0.001 169 S 0.543 0.280 0.110 0.048 0.015 0.004 0.001 170 H 0.302 0.205 0.197 0.183 0.090 0.021 0.001 171 S 0.499 0.291 0.127 0.055 0.023 0.005 0.001 172 P 0.571 0.283 0.095 0.039 0.010 0.002 0.001 173 D 0.392 0.275 0.183 0.102 0.039 0.009 0.001 174 Q 0.212 0.208 0.237 0.217 0.097 0.028 0.002 175 D 0.366 0.303 0.189 0.096 0.036 0.010 0.001 176 E 0.288 0.313 0.210 0.133 0.042 0.012 0.001 177 E 0.063 0.126 0.188 0.265 0.230 0.113 0.015 178 L 0.034 0.065 0.103 0.204 0.295 0.255 0.044 179 I 0.050 0.138 0.229 0.286 0.188 0.097 0.012 180 R 0.037 0.090 0.171 0.235 0.265 0.161 0.040 181 Q 0.017 0.027 0.044 0.121 0.182 0.365 0.243 182 Y 0.017 0.029 0.052 0.115 0.244 0.352 0.190 183 V 0.045 0.118 0.206 0.246 0.172 0.154 0.058 184 A 0.079 0.095 0.117 0.183 0.220 0.225 0.081 185 I 0.043 0.041 0.055 0.128 0.184 0.376 0.174 186 F 0.099 0.126 0.169 0.219 0.212 0.142 0.032 187 T 0.269 0.248 0.185 0.149 0.095 0.047 0.008 188 R 0.498 0.270 0.109 0.069 0.036 0.015 0.002 189 G 0.555 0.229 0.102 0.062 0.033 0.016 0.003 190 I 0.429 0.195 0.148 0.121 0.069 0.033 0.006 191 M 0.516 0.225 0.120 0.076 0.038 0.020 0.004 192 A 0.467 0.173 0.126 0.109 0.070 0.045 0.010