# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.008 0.500 0.002 0.009 0.004 0.008 0.063 0.001 0.001 0.105 0.300 2 C 0.009 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.017 0.028 3 R 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 4 S 0.003 0.956 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 0.011 5 R 0.002 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.011 6 L 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.003 7 M 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 8 E 0.001 0.667 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.315 0.009 9 V 0.004 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.006 10 A 0.003 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.026 0.007 11 T 0.004 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.039 0.020 12 E 0.011 0.861 0.006 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.066 0.039 13 L 0.024 0.800 0.025 0.004 0.001 0.002 0.014 0.008 0.005 0.082 0.035 14 F 0.049 0.135 0.369 0.006 0.003 0.003 0.045 0.016 0.116 0.190 0.070 15 A 0.489 0.091 0.005 0.004 0.002 0.003 0.054 0.017 0.004 0.033 0.296 16 Q 0.099 0.052 0.004 0.008 0.002 0.004 0.066 0.005 0.001 0.025 0.733 17 K 0.028 0.035 0.012 0.032 0.005 0.010 0.127 0.003 0.001 0.027 0.720 18 G 0.073 0.063 0.004 0.020 0.007 0.022 0.117 0.009 0.001 0.069 0.614 19 F 0.063 0.038 0.002 0.012 0.019 0.009 0.123 0.003 0.001 0.084 0.644 20 Y 0.030 0.136 0.002 0.117 0.015 0.030 0.088 0.003 0.001 0.071 0.508 21 G 0.024 0.313 0.001 0.026 0.009 0.024 0.062 0.004 0.001 0.057 0.481 22 V 0.006 0.478 0.003 0.073 0.059 0.037 0.048 0.001 0.001 0.035 0.259 23 S 0.003 0.945 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 0.019 24 I 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.004 25 R 0.005 0.937 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.034 0.012 26 E 0.012 0.938 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 27 L 0.037 0.838 0.025 0.002 0.001 0.002 0.009 0.015 0.004 0.045 0.021 28 A 0.018 0.020 0.395 0.004 0.002 0.002 0.015 0.007 0.367 0.147 0.023 29 Q 0.811 0.016 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.004 0.001 0.010 0.130 30 A 0.022 0.013 0.001 0.010 0.001 0.003 0.050 0.002 0.001 0.018 0.878 31 A 0.037 0.010 0.006 0.031 0.004 0.006 0.171 0.001 0.001 0.018 0.716 32 G 0.015 0.018 0.002 0.011 0.005 0.013 0.108 0.003 0.001 0.092 0.733 33 A 0.011 0.027 0.001 0.007 0.017 0.004 0.085 0.002 0.001 0.026 0.820 34 S 0.132 0.436 0.003 0.068 0.007 0.011 0.044 0.022 0.001 0.121 0.155 35 I 0.069 0.202 0.003 0.017 0.008 0.015 0.123 0.014 0.001 0.293 0.256 36 S 0.024 0.201 0.008 0.153 0.024 0.071 0.075 0.007 0.002 0.168 0.267 37 M 0.071 0.146 0.009 0.053 0.054 0.136 0.084 0.011 0.002 0.173 0.261 38 I 0.051 0.109 0.010 0.116 0.091 0.220 0.083 0.013 0.003 0.089 0.215 39 S 0.053 0.054 0.005 0.085 0.084 0.150 0.087 0.004 0.003 0.073 0.403 40 Y 0.015 0.031 0.014 0.095 0.089 0.191 0.103 0.003 0.006 0.062 0.391 41 H 0.113 0.042 0.002 0.054 0.030 0.073 0.104 0.006 0.001 0.064 0.510 42 F 0.193 0.038 0.002 0.025 0.022 0.033 0.126 0.005 0.001 0.032 0.524 43 G 0.004 0.040 0.001 0.022 0.007 0.010 0.088 0.001 0.001 0.005 0.824 44 G 0.033 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.010 0.063 45 K 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.005 46 E 0.007 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.019 47 G 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 48 L 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.005 49 Y 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 50 A 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.050 0.008 51 A 0.001 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.006 52 V 0.005 0.865 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.098 0.013 53 L 0.006 0.926 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.039 0.012 54 Q 0.010 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.035 0.036 55 E 0.011 0.905 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.018 0.047 56 Q 0.020 0.875 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.008 0.001 0.035 0.038 57 F 0.036 0.766 0.016 0.003 0.001 0.002 0.026 0.011 0.004 0.061 0.075 58 A 0.050 0.703 0.013 0.004 0.003 0.002 0.026 0.008 0.003 0.034 0.154 59 C 0.077 0.636 0.009 0.006 0.002 0.003 0.028 0.009 0.001 0.027 0.201 60 F 0.101 0.570 0.014 0.009 0.004 0.005 0.044 0.019 0.002 0.036 0.197 61 G 0.076 0.416 0.017 0.011 0.006 0.008 0.056 0.013 0.004 0.043 0.351 62 Q 0.104 0.484 0.006 0.009 0.006 0.008 0.039 0.011 0.001 0.023 0.308 63 L 0.147 0.346 0.009 0.014 0.008 0.010 0.059 0.017 0.002 0.047 0.343 64 D 0.096 0.257 0.017 0.019 0.011 0.012 0.078 0.013 0.005 0.063 0.429 65 D 0.172 0.280 0.008 0.013 0.008 0.013 0.059 0.024 0.003 0.038 0.383 66 I 0.247 0.121 0.010 0.019 0.010 0.012 0.075 0.016 0.004 0.041 0.444 67 R 0.184 0.054 0.022 0.031 0.010 0.016 0.088 0.013 0.009 0.055 0.518 68 G 0.200 0.018 0.002 0.014 0.004 0.009 0.075 0.008 0.001 0.029 0.641 69 Q 0.159 0.009 0.001 0.017 0.005 0.007 0.081 0.003 0.001 0.054 0.664 70 A 0.006 0.008 0.001 0.018 0.004 0.007 0.105 0.001 0.001 0.018 0.834 71 G 0.007 0.040 0.001 0.029 0.004 0.004 0.138 0.001 0.001 0.011 0.764 72 D 0.081 0.660 0.002 0.004 0.005 0.001 0.033 0.018 0.001 0.091 0.104 73 P 0.024 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.009 74 L 0.010 0.244 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.719 0.021 75 A 0.002 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.119 0.023 76 V 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.007 77 M 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.005 78 T 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.011 79 A 0.003 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.007 80 Y 0.001 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.914 0.002 81 L 0.002 0.868 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.101 0.010 82 R 0.007 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.023 0.020 83 W 0.006 0.831 0.008 0.003 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.084 0.049 84 T 0.012 0.836 0.007 0.002 0.001 0.002 0.017 0.012 0.001 0.079 0.032 85 I 0.048 0.784 0.011 0.005 0.001 0.003 0.019 0.018 0.003 0.050 0.057 86 Q 0.068 0.387 0.034 0.009 0.004 0.007 0.044 0.011 0.011 0.259 0.167 87 R 0.126 0.152 0.053 0.012 0.007 0.014 0.085 0.020 0.011 0.185 0.335 88 H 0.312 0.027 0.006 0.011 0.004 0.006 0.086 0.010 0.001 0.070 0.468 89 R 0.011 0.017 0.003 0.017 0.005 0.014 0.150 0.001 0.001 0.023 0.758 90 N 0.004 0.093 0.001 0.004 0.002 0.002 0.058 0.001 0.001 0.013 0.821 91 N 0.091 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.019 0.022 92 P 0.022 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.019 0.028 93 Q 0.003 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.029 94 L 0.013 0.910 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.034 0.024 95 L 0.003 0.232 0.002 0.005 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.728 0.015 96 R 0.002 0.195 0.001 0.004 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.753 0.026 97 F 0.023 0.648 0.011 0.006 0.008 0.005 0.031 0.011 0.001 0.150 0.108 98 Y 0.049 0.604 0.024 0.014 0.010 0.016 0.038 0.041 0.004 0.085 0.115 99 T 0.076 0.204 0.015 0.013 0.004 0.015 0.071 0.013 0.009 0.327 0.254 100 S 0.093 0.074 0.021 0.015 0.012 0.014 0.124 0.011 0.007 0.189 0.439 101 E 0.144 0.027 0.009 0.016 0.007 0.013 0.107 0.010 0.002 0.081 0.583 102 L 0.042 0.012 0.006 0.018 0.009 0.017 0.150 0.004 0.001 0.056 0.684 103 T 0.036 0.006 0.001 0.014 0.005 0.009 0.125 0.001 0.001 0.034 0.769 104 N 0.015 0.011 0.001 0.009 0.006 0.011 0.161 0.001 0.001 0.031 0.753 105 P 0.015 0.059 0.001 0.008 0.006 0.005 0.098 0.003 0.001 0.018 0.786 106 T 0.189 0.648 0.001 0.003 0.002 0.002 0.025 0.017 0.001 0.019 0.093 107 P 0.063 0.752 0.002 0.005 0.003 0.003 0.030 0.007 0.001 0.016 0.120 108 C 0.040 0.765 0.008 0.006 0.004 0.005 0.019 0.005 0.001 0.024 0.124 109 F 0.128 0.661 0.005 0.011 0.004 0.010 0.020 0.022 0.001 0.045 0.093 110 A 0.103 0.456 0.006 0.012 0.008 0.011 0.038 0.009 0.001 0.163 0.193 111 A 0.031 0.142 0.006 0.012 0.012 0.015 0.050 0.002 0.001 0.322 0.408 112 I 0.013 0.305 0.007 0.019 0.007 0.008 0.112 0.006 0.001 0.150 0.371 113 V 0.027 0.801 0.004 0.003 0.003 0.003 0.015 0.020 0.001 0.038 0.087 114 S 0.029 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.017 0.040 115 P 0.010 0.433 0.004 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.446 0.072 116 A 0.004 0.818 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.140 0.022 117 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 118 A 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.010 119 S 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 120 V 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 121 I 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.005 122 R 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.014 123 L 0.003 0.227 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.739 0.017 124 L 0.003 0.848 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.122 0.005 125 A 0.007 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.013 0.011 126 E 0.005 0.887 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.048 0.041 127 S 0.010 0.787 0.028 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.002 0.105 0.038 128 I 0.037 0.876 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.001 0.026 0.014 129 E 0.036 0.390 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 0.002 0.435 0.096 130 A 0.024 0.442 0.014 0.004 0.001 0.002 0.050 0.004 0.004 0.246 0.206 131 G 0.072 0.133 0.303 0.006 0.003 0.004 0.050 0.070 0.082 0.131 0.145 132 M 0.464 0.048 0.011 0.006 0.003 0.004 0.063 0.017 0.007 0.032 0.345 133 T 0.230 0.046 0.002 0.007 0.002 0.004 0.048 0.006 0.001 0.019 0.636 134 R 0.014 0.025 0.001 0.017 0.002 0.006 0.111 0.002 0.001 0.012 0.810 135 G 0.038 0.047 0.003 0.033 0.014 0.038 0.120 0.005 0.001 0.088 0.613 136 L 0.028 0.026 0.005 0.022 0.088 0.044 0.135 0.003 0.002 0.066 0.580 137 F 0.059 0.044 0.002 0.101 0.014 0.018 0.103 0.004 0.001 0.036 0.618 138 R 0.483 0.092 0.007 0.029 0.008 0.012 0.055 0.018 0.002 0.055 0.239 139 R 0.075 0.082 0.002 0.033 0.004 0.007 0.088 0.005 0.001 0.030 0.672 140 D 0.059 0.299 0.002 0.012 0.004 0.006 0.057 0.007 0.001 0.043 0.510 141 L 0.030 0.235 0.002 0.015 0.011 0.007 0.070 0.003 0.001 0.353 0.274 142 H 0.004 0.249 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.682 0.043 143 A 0.006 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.073 0.017 144 V 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.008 145 N 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 146 S 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 147 A 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 148 L 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.004 149 A 0.002 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.045 0.006 150 L 0.004 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.036 0.007 151 A 0.003 0.496 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.469 0.017 152 G 0.002 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.083 0.016 153 M 0.008 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.022 0.012 154 V 0.006 0.908 0.008 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.037 0.025 155 N 0.004 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.020 0.027 156 Y 0.009 0.542 0.006 0.003 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.387 0.037 157 F 0.002 0.076 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.890 0.009 158 F 0.010 0.768 0.011 0.003 0.002 0.002 0.020 0.012 0.002 0.124 0.046 159 L 0.024 0.821 0.006 0.002 0.002 0.002 0.013 0.012 0.001 0.037 0.079 160 S 0.011 0.176 0.005 0.007 0.003 0.009 0.033 0.004 0.002 0.654 0.096 161 T 0.026 0.326 0.015 0.010 0.005 0.009 0.078 0.010 0.007 0.357 0.157 162 L 0.127 0.193 0.101 0.017 0.011 0.010 0.063 0.041 0.028 0.095 0.314 163 A 0.264 0.084 0.011 0.015 0.007 0.014 0.074 0.016 0.006 0.051 0.458 164 T 0.134 0.029 0.003 0.010 0.005 0.010 0.096 0.007 0.001 0.068 0.635 165 E 0.028 0.012 0.003 0.018 0.005 0.012 0.130 0.002 0.001 0.046 0.742 166 G 0.045 0.013 0.003 0.016 0.009 0.019 0.120 0.005 0.001 0.062 0.708 167 L 0.066 0.006 0.002 0.016 0.026 0.024 0.137 0.005 0.001 0.048 0.671 168 T 0.067 0.003 0.001 0.038 0.015 0.022 0.119 0.001 0.001 0.057 0.677 169 S 0.006 0.002 0.001 0.026 0.008 0.021 0.154 0.001 0.001 0.018 0.763 170 H 0.010 0.010 0.001 0.022 0.009 0.010 0.121 0.001 0.001 0.017 0.798 171 S 0.443 0.121 0.001 0.009 0.007 0.005 0.061 0.018 0.001 0.060 0.274 172 P 0.073 0.132 0.001 0.008 0.003 0.005 0.092 0.006 0.001 0.036 0.644 173 D 0.012 0.217 0.002 0.010 0.005 0.006 0.069 0.001 0.001 0.022 0.655 174 Q 0.024 0.853 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.006 0.001 0.031 0.068 175 D 0.015 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.004 176 E 0.008 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.015 177 E 0.004 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.049 0.029 178 L 0.006 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.045 0.007 179 I 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.003 180 R 0.002 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.055 0.015 181 Q 0.001 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.008 182 Y 0.005 0.943 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.032 0.005 183 V 0.001 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.893 0.006 184 A 0.004 0.505 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.002 0.437 0.027 185 I 0.083 0.478 0.137 0.002 0.002 0.001 0.020 0.059 0.026 0.098 0.094 186 F 0.284 0.203 0.066 0.011 0.003 0.010 0.054 0.065 0.041 0.081 0.181 187 T 0.190 0.032 0.004 0.004 0.002 0.004 0.062 0.009 0.004 0.027 0.662 188 R 0.044 0.006 0.003 0.019 0.004 0.007 0.099 0.001 0.001 0.015 0.803 189 G 0.011 0.004 0.002 0.014 0.003 0.009 0.112 0.001 0.001 0.028 0.817 190 I 0.058 0.003 0.002 0.009 0.011 0.007 0.165 0.002 0.001 0.025 0.717 191 M 0.161 0.009 0.001 0.017 0.005 0.006 0.114 0.004 0.001 0.036 0.647 192 A 0.034 0.008 0.001 0.015 0.003 0.006 0.109 0.002 0.001 0.024 0.799