# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.018 0.391 0.004 0.006 0.007 0.055 0.150 0.370 2 C 0.013 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.016 3 R 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 4 S 0.002 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.009 5 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 6 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 7 M 0.001 0.241 0.001 0.001 0.001 0.001 0.757 0.001 8 E 0.001 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.001 9 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 10 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 11 T 0.009 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.010 12 E 0.007 0.904 0.007 0.001 0.001 0.004 0.044 0.034 13 L 0.066 0.620 0.089 0.003 0.002 0.020 0.159 0.043 14 F 0.305 0.073 0.173 0.003 0.002 0.039 0.293 0.111 15 A 0.559 0.021 0.022 0.001 0.001 0.029 0.025 0.343 16 Q 0.052 0.007 0.015 0.001 0.001 0.027 0.009 0.889 17 K 0.004 0.003 0.013 0.001 0.002 0.121 0.008 0.847 18 G 0.056 0.013 0.039 0.006 0.013 0.119 0.040 0.715 19 F 0.051 0.022 0.038 0.028 0.015 0.109 0.098 0.639 20 Y 0.014 0.192 0.097 0.014 0.025 0.069 0.059 0.530 21 G 0.013 0.351 0.061 0.020 0.027 0.058 0.064 0.407 22 V 0.008 0.482 0.152 0.051 0.019 0.036 0.071 0.182 23 S 0.007 0.959 0.005 0.001 0.002 0.001 0.019 0.005 24 I 0.007 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 25 R 0.002 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 26 E 0.002 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 27 L 0.086 0.870 0.015 0.001 0.001 0.003 0.016 0.008 28 A 0.254 0.070 0.258 0.007 0.002 0.011 0.351 0.047 29 Q 0.689 0.029 0.003 0.001 0.001 0.011 0.009 0.257 30 A 0.130 0.003 0.005 0.001 0.001 0.022 0.036 0.803 31 A 0.007 0.007 0.004 0.001 0.002 0.129 0.018 0.831 32 G 0.006 0.007 0.003 0.001 0.003 0.063 0.011 0.905 33 A 0.010 0.021 0.012 0.008 0.003 0.099 0.032 0.815 34 S 0.257 0.449 0.024 0.008 0.008 0.037 0.137 0.081 35 I 0.138 0.257 0.023 0.006 0.010 0.086 0.118 0.363 36 S 0.016 0.151 0.213 0.024 0.068 0.074 0.205 0.249 37 M 0.023 0.258 0.136 0.049 0.108 0.055 0.187 0.183 38 I 0.019 0.118 0.147 0.136 0.220 0.058 0.115 0.188 39 S 0.036 0.044 0.190 0.179 0.224 0.046 0.083 0.198 40 Y 0.021 0.021 0.092 0.214 0.223 0.079 0.069 0.281 41 H 0.066 0.027 0.065 0.045 0.086 0.122 0.047 0.542 42 F 0.127 0.059 0.023 0.056 0.054 0.123 0.051 0.507 43 G 0.009 0.046 0.006 0.006 0.009 0.076 0.019 0.829 44 G 0.038 0.790 0.002 0.002 0.003 0.015 0.046 0.103 45 K 0.017 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.015 46 E 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.016 47 G 0.002 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.009 48 L 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 49 Y 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 50 A 0.001 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.004 51 A 0.002 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.004 52 V 0.010 0.942 0.003 0.001 0.001 0.002 0.037 0.005 53 L 0.016 0.900 0.004 0.001 0.001 0.003 0.064 0.013 54 Q 0.012 0.912 0.003 0.001 0.001 0.004 0.035 0.032 55 E 0.011 0.887 0.005 0.001 0.001 0.008 0.035 0.053 56 Q 0.025 0.882 0.008 0.001 0.001 0.009 0.046 0.030 57 F 0.080 0.674 0.016 0.001 0.001 0.017 0.134 0.077 58 A 0.042 0.624 0.023 0.002 0.001 0.027 0.099 0.182 59 C 0.065 0.583 0.032 0.001 0.002 0.036 0.086 0.195 60 F 0.102 0.489 0.029 0.003 0.003 0.052 0.123 0.199 61 G 0.082 0.368 0.034 0.005 0.005 0.053 0.081 0.372 62 Q 0.067 0.396 0.019 0.004 0.004 0.056 0.043 0.411 63 L 0.117 0.377 0.036 0.006 0.006 0.069 0.083 0.305 64 D 0.152 0.246 0.044 0.009 0.009 0.074 0.097 0.369 65 D 0.130 0.164 0.034 0.007 0.008 0.077 0.072 0.509 66 I 0.141 0.075 0.046 0.008 0.010 0.105 0.106 0.509 67 R 0.173 0.030 0.038 0.011 0.012 0.105 0.068 0.562 68 G 0.155 0.013 0.011 0.004 0.007 0.076 0.033 0.701 69 Q 0.096 0.018 0.010 0.003 0.004 0.114 0.045 0.711 70 A 0.013 0.033 0.008 0.002 0.004 0.148 0.016 0.776 71 G 0.014 0.088 0.004 0.002 0.001 0.075 0.009 0.807 72 D 0.036 0.920 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.025 73 P 0.035 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 74 L 0.004 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.005 75 A 0.002 0.649 0.001 0.001 0.001 0.004 0.334 0.010 76 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 77 M 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 78 T 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 79 A 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.005 80 Y 0.003 0.306 0.007 0.001 0.001 0.003 0.677 0.003 81 L 0.004 0.866 0.002 0.001 0.001 0.002 0.121 0.005 82 R 0.004 0.953 0.006 0.001 0.001 0.003 0.017 0.017 83 W 0.005 0.871 0.036 0.002 0.002 0.010 0.042 0.032 84 T 0.021 0.836 0.026 0.002 0.002 0.013 0.076 0.024 85 I 0.152 0.585 0.031 0.003 0.003 0.022 0.110 0.095 86 Q 0.110 0.157 0.108 0.010 0.008 0.075 0.207 0.325 87 R 0.097 0.056 0.040 0.006 0.008 0.088 0.240 0.464 88 H 0.256 0.040 0.029 0.004 0.005 0.103 0.109 0.454 89 R 0.015 0.013 0.009 0.004 0.004 0.114 0.022 0.819 90 N 0.007 0.026 0.002 0.001 0.001 0.050 0.013 0.901 91 N 0.107 0.780 0.001 0.001 0.001 0.015 0.030 0.064 92 P 0.031 0.854 0.003 0.001 0.001 0.021 0.017 0.073 93 Q 0.008 0.916 0.004 0.001 0.002 0.007 0.025 0.037 94 L 0.010 0.896 0.007 0.001 0.002 0.008 0.059 0.017 95 L 0.009 0.305 0.016 0.003 0.005 0.011 0.631 0.020 96 R 0.005 0.202 0.017 0.004 0.007 0.011 0.736 0.018 97 F 0.020 0.585 0.045 0.008 0.017 0.031 0.221 0.073 98 Y 0.072 0.463 0.101 0.022 0.043 0.061 0.121 0.116 99 T 0.052 0.069 0.072 0.021 0.030 0.060 0.476 0.220 100 S 0.061 0.057 0.032 0.015 0.026 0.116 0.308 0.384 101 E 0.190 0.025 0.027 0.011 0.018 0.176 0.074 0.479 102 L 0.042 0.007 0.015 0.009 0.013 0.179 0.094 0.641 103 T 0.028 0.008 0.009 0.003 0.006 0.133 0.046 0.767 104 N 0.041 0.030 0.011 0.005 0.008 0.184 0.047 0.675 105 P 0.048 0.135 0.008 0.003 0.003 0.099 0.028 0.675 106 T 0.167 0.666 0.004 0.001 0.002 0.027 0.026 0.107 107 P 0.049 0.747 0.012 0.002 0.003 0.033 0.021 0.132 108 C 0.063 0.738 0.017 0.003 0.005 0.024 0.046 0.105 109 F 0.157 0.615 0.014 0.003 0.004 0.020 0.119 0.067 110 A 0.084 0.405 0.017 0.006 0.011 0.037 0.262 0.178 111 A 0.033 0.300 0.024 0.008 0.012 0.064 0.165 0.393 112 I 0.015 0.510 0.017 0.010 0.010 0.077 0.063 0.299 113 V 0.021 0.798 0.006 0.003 0.003 0.021 0.028 0.120 114 S 0.043 0.899 0.002 0.001 0.001 0.006 0.021 0.027 115 P 0.019 0.508 0.005 0.002 0.002 0.017 0.380 0.066 116 A 0.008 0.835 0.002 0.001 0.001 0.005 0.134 0.015 117 I 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 118 A 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.014 119 S 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.006 120 V 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 121 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 122 R 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 123 L 0.004 0.331 0.004 0.001 0.001 0.003 0.652 0.005 124 L 0.004 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.003 125 A 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 126 E 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 127 S 0.015 0.839 0.010 0.001 0.001 0.007 0.117 0.012 128 I 0.055 0.895 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 0.011 129 E 0.084 0.283 0.030 0.002 0.002 0.027 0.420 0.153 130 A 0.016 0.358 0.031 0.002 0.002 0.063 0.256 0.271 131 G 0.099 0.190 0.162 0.004 0.006 0.079 0.166 0.294 132 M 0.492 0.046 0.041 0.006 0.004 0.065 0.042 0.303 133 T 0.212 0.022 0.007 0.002 0.002 0.047 0.026 0.682 134 R 0.014 0.013 0.018 0.002 0.007 0.117 0.010 0.819 135 G 0.025 0.019 0.067 0.015 0.029 0.141 0.050 0.654 136 L 0.021 0.014 0.097 0.087 0.034 0.124 0.061 0.561 137 F 0.065 0.021 0.074 0.017 0.020 0.072 0.033 0.699 138 R 0.471 0.052 0.043 0.018 0.014 0.049 0.093 0.259 139 R 0.049 0.072 0.020 0.007 0.009 0.081 0.027 0.734 140 D 0.029 0.157 0.010 0.003 0.006 0.061 0.023 0.711 141 L 0.033 0.193 0.015 0.007 0.006 0.101 0.211 0.433 142 H 0.017 0.268 0.003 0.001 0.001 0.013 0.662 0.035 143 A 0.009 0.903 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.013 144 V 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.009 145 N 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 146 S 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 147 A 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 148 L 0.001 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 149 A 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 150 L 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 151 A 0.003 0.660 0.008 0.001 0.001 0.003 0.315 0.009 152 G 0.003 0.880 0.007 0.001 0.001 0.006 0.089 0.014 153 M 0.011 0.939 0.008 0.001 0.001 0.006 0.022 0.013 154 V 0.025 0.828 0.020 0.003 0.002 0.014 0.063 0.044 155 N 0.021 0.784 0.014 0.002 0.004 0.024 0.061 0.089 156 Y 0.041 0.296 0.043 0.004 0.007 0.054 0.405 0.150 157 F 0.008 0.066 0.035 0.010 0.008 0.038 0.794 0.042 158 F 0.036 0.406 0.047 0.011 0.025 0.066 0.212 0.197 159 L 0.113 0.392 0.042 0.014 0.029 0.081 0.062 0.267 160 S 0.019 0.071 0.068 0.030 0.033 0.060 0.493 0.226 161 T 0.073 0.185 0.028 0.015 0.025 0.117 0.216 0.344 162 L 0.144 0.106 0.047 0.020 0.023 0.167 0.094 0.400 163 A 0.114 0.076 0.020 0.009 0.011 0.120 0.043 0.605 164 T 0.177 0.046 0.016 0.004 0.010 0.073 0.191 0.484 165 E 0.045 0.031 0.027 0.011 0.016 0.168 0.158 0.544 166 G 0.066 0.023 0.052 0.014 0.027 0.122 0.083 0.614 167 L 0.078 0.012 0.031 0.020 0.025 0.142 0.046 0.645 168 T 0.073 0.015 0.039 0.012 0.025 0.140 0.083 0.614 169 S 0.034 0.014 0.029 0.012 0.021 0.157 0.045 0.688 170 H 0.036 0.012 0.016 0.007 0.009 0.128 0.028 0.766 171 S 0.238 0.106 0.011 0.006 0.006 0.103 0.118 0.411 172 P 0.094 0.236 0.008 0.002 0.003 0.107 0.039 0.512 173 D 0.035 0.347 0.005 0.002 0.002 0.070 0.032 0.505 174 Q 0.016 0.930 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.033 175 D 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 176 E 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 177 E 0.002 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.005 178 L 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 179 I 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 180 R 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 181 Q 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 182 Y 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 183 V 0.004 0.249 0.005 0.001 0.001 0.002 0.737 0.003 184 A 0.004 0.657 0.010 0.001 0.001 0.005 0.303 0.019 185 I 0.112 0.440 0.165 0.002 0.003 0.030 0.174 0.074 186 F 0.341 0.152 0.109 0.009 0.005 0.069 0.138 0.176 187 T 0.117 0.014 0.017 0.002 0.002 0.040 0.035 0.773 188 R 0.012 0.008 0.016 0.002 0.004 0.112 0.015 0.830 189 G 0.017 0.005 0.045 0.009 0.012 0.182 0.046 0.685 190 I 0.108 0.006 0.027 0.023 0.014 0.155 0.046 0.622 191 M 0.078 0.006 0.019 0.004 0.008 0.081 0.035 0.769 192 A 0.055 0.012 0.033 0.010 0.017 0.113 0.047 0.713