# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.415 0.186 0.088 0.122 0.070 0.038 0.037 0.021 0.011 0.008 0.003 2 C 0.104 0.167 0.056 0.130 0.117 0.116 0.138 0.073 0.056 0.030 0.013 3 R 0.051 0.058 0.039 0.090 0.135 0.163 0.207 0.120 0.076 0.041 0.021 4 S 0.402 0.097 0.214 0.158 0.058 0.034 0.020 0.008 0.004 0.003 0.001 5 R 0.007 0.020 0.057 0.198 0.265 0.185 0.166 0.074 0.020 0.006 0.002 6 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.005 0.043 0.078 0.234 0.348 0.281 7 M 0.001 0.001 0.019 0.033 0.061 0.196 0.400 0.121 0.097 0.046 0.024 8 E 0.011 0.014 0.785 0.126 0.039 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 9 V 0.001 0.002 0.013 0.024 0.044 0.205 0.475 0.134 0.064 0.028 0.010 10 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.019 0.046 0.207 0.325 0.395 11 T 0.001 0.002 0.050 0.068 0.186 0.241 0.299 0.081 0.041 0.024 0.007 12 E 0.003 0.012 0.714 0.140 0.077 0.030 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 13 L 0.001 0.002 0.020 0.013 0.018 0.076 0.340 0.206 0.160 0.109 0.055 14 F 0.002 0.002 0.011 0.004 0.004 0.008 0.057 0.101 0.217 0.274 0.322 15 A 0.003 0.008 0.213 0.130 0.170 0.162 0.153 0.073 0.042 0.031 0.014 16 Q 0.011 0.023 0.379 0.191 0.211 0.091 0.064 0.018 0.008 0.004 0.002 17 K 0.046 0.031 0.088 0.070 0.089 0.122 0.274 0.117 0.080 0.060 0.022 18 G 0.222 0.083 0.052 0.080 0.053 0.086 0.161 0.086 0.084 0.053 0.040 19 F 0.026 0.026 0.039 0.039 0.035 0.062 0.109 0.114 0.198 0.184 0.169 20 Y 0.089 0.190 0.115 0.172 0.136 0.114 0.095 0.038 0.027 0.016 0.008 21 G 0.174 0.131 0.077 0.207 0.149 0.107 0.081 0.031 0.021 0.012 0.008 22 V 0.027 0.012 0.013 0.018 0.027 0.034 0.096 0.174 0.167 0.185 0.247 23 S 0.017 0.187 0.072 0.182 0.175 0.101 0.115 0.056 0.047 0.035 0.015 24 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.058 0.116 0.236 0.270 0.295 25 R 0.099 0.056 0.189 0.351 0.152 0.077 0.042 0.013 0.009 0.009 0.002 26 E 0.012 0.041 0.113 0.298 0.221 0.136 0.116 0.038 0.015 0.007 0.003 27 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.028 0.052 0.170 0.254 0.487 28 A 0.001 0.002 0.026 0.021 0.028 0.095 0.257 0.119 0.174 0.127 0.150 29 Q 0.001 0.005 0.507 0.210 0.173 0.067 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 30 A 0.003 0.015 0.098 0.117 0.160 0.277 0.260 0.042 0.017 0.008 0.003 31 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.046 0.210 0.212 0.276 0.237 32 G 0.431 0.245 0.107 0.108 0.049 0.025 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 33 A 0.006 0.008 0.037 0.021 0.013 0.022 0.047 0.056 0.174 0.298 0.317 34 S 0.055 0.077 0.044 0.109 0.120 0.101 0.163 0.090 0.112 0.070 0.058 35 I 0.037 0.056 0.037 0.072 0.097 0.115 0.158 0.109 0.133 0.107 0.078 36 S 0.034 0.048 0.074 0.116 0.128 0.151 0.153 0.102 0.085 0.060 0.049 37 M 0.008 0.015 0.026 0.045 0.053 0.072 0.161 0.170 0.181 0.154 0.114 38 I 0.002 0.002 0.006 0.009 0.009 0.016 0.057 0.104 0.217 0.268 0.310 39 S 0.006 0.013 0.043 0.093 0.101 0.133 0.188 0.122 0.140 0.093 0.068 40 Y 0.007 0.021 0.051 0.069 0.083 0.131 0.215 0.156 0.137 0.083 0.048 41 H 0.012 0.023 0.032 0.071 0.076 0.102 0.203 0.152 0.142 0.119 0.068 42 F 0.013 0.010 0.015 0.028 0.030 0.056 0.138 0.179 0.213 0.171 0.148 43 G 0.185 0.224 0.139 0.196 0.122 0.048 0.038 0.022 0.012 0.010 0.004 44 G 0.091 0.176 0.071 0.150 0.122 0.109 0.128 0.058 0.048 0.032 0.014 45 K 0.016 0.018 0.012 0.040 0.060 0.097 0.182 0.169 0.185 0.130 0.092 46 E 0.263 0.163 0.149 0.197 0.097 0.053 0.042 0.016 0.010 0.007 0.002 47 G 0.032 0.058 0.113 0.266 0.218 0.137 0.109 0.047 0.014 0.005 0.002 48 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.018 0.073 0.103 0.247 0.286 0.251 49 Y 0.001 0.001 0.014 0.018 0.027 0.057 0.224 0.152 0.235 0.155 0.118 50 A 0.001 0.007 0.321 0.188 0.236 0.100 0.086 0.029 0.019 0.010 0.003 51 A 0.002 0.007 0.093 0.087 0.133 0.221 0.325 0.082 0.033 0.012 0.005 52 V 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.008 0.059 0.105 0.237 0.317 0.256 53 L 0.001 0.002 0.015 0.012 0.015 0.043 0.194 0.168 0.242 0.175 0.134 54 Q 0.003 0.010 0.376 0.195 0.215 0.087 0.061 0.027 0.014 0.009 0.003 55 E 0.007 0.013 0.122 0.109 0.174 0.214 0.271 0.055 0.021 0.010 0.003 56 Q 0.004 0.005 0.024 0.015 0.013 0.032 0.134 0.147 0.233 0.239 0.155 57 F 0.007 0.007 0.027 0.024 0.033 0.077 0.219 0.216 0.178 0.125 0.087 58 A 0.026 0.036 0.517 0.179 0.111 0.050 0.036 0.021 0.013 0.009 0.003 59 C 0.009 0.022 0.080 0.085 0.094 0.198 0.261 0.121 0.073 0.038 0.018 60 F 0.009 0.008 0.018 0.017 0.017 0.034 0.122 0.150 0.217 0.228 0.180 61 G 0.068 0.053 0.119 0.119 0.119 0.130 0.159 0.089 0.070 0.049 0.025 62 Q 0.063 0.111 0.290 0.202 0.118 0.084 0.061 0.030 0.020 0.013 0.007 63 L 0.041 0.037 0.035 0.068 0.066 0.111 0.208 0.158 0.131 0.089 0.055 64 D 0.108 0.072 0.046 0.092 0.095 0.101 0.163 0.120 0.093 0.071 0.039 65 D 0.214 0.189 0.132 0.189 0.099 0.066 0.049 0.026 0.019 0.012 0.006 66 I 0.073 0.053 0.048 0.077 0.067 0.112 0.163 0.116 0.126 0.096 0.070 67 R 0.134 0.127 0.050 0.159 0.144 0.092 0.118 0.069 0.050 0.037 0.021 68 G 0.249 0.150 0.061 0.115 0.090 0.080 0.090 0.061 0.050 0.033 0.022 69 Q 0.198 0.266 0.092 0.158 0.103 0.066 0.052 0.026 0.019 0.013 0.007 70 A 0.324 0.144 0.039 0.114 0.103 0.080 0.092 0.051 0.029 0.016 0.009 71 G 0.503 0.126 0.042 0.084 0.069 0.053 0.052 0.029 0.020 0.014 0.008 72 D 0.113 0.190 0.076 0.221 0.164 0.095 0.075 0.031 0.019 0.012 0.005 73 P 0.024 0.025 0.019 0.035 0.043 0.058 0.166 0.194 0.205 0.133 0.100 74 L 0.035 0.054 0.051 0.159 0.203 0.215 0.153 0.061 0.036 0.022 0.009 75 A 0.130 0.107 0.255 0.223 0.088 0.078 0.060 0.025 0.016 0.012 0.005 76 V 0.002 0.006 0.014 0.058 0.098 0.154 0.261 0.198 0.119 0.059 0.031 77 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.029 0.072 0.211 0.329 0.347 78 T 0.001 0.004 0.103 0.173 0.294 0.194 0.152 0.035 0.023 0.016 0.005 79 A 0.001 0.010 0.204 0.131 0.146 0.172 0.190 0.081 0.041 0.017 0.007 80 Y 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.015 0.084 0.170 0.243 0.284 0.188 81 L 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.013 0.072 0.122 0.251 0.300 0.223 82 R 0.004 0.011 0.202 0.201 0.219 0.142 0.107 0.052 0.032 0.022 0.008 83 W 0.003 0.009 0.055 0.051 0.074 0.213 0.331 0.140 0.075 0.035 0.015 84 T 0.002 0.003 0.016 0.010 0.009 0.016 0.074 0.107 0.232 0.317 0.214 85 I 0.002 0.003 0.011 0.013 0.016 0.052 0.160 0.204 0.223 0.174 0.142 86 Q 0.017 0.039 0.361 0.226 0.150 0.078 0.056 0.034 0.019 0.014 0.005 87 R 0.009 0.022 0.065 0.085 0.099 0.168 0.283 0.120 0.081 0.048 0.020 88 H 0.013 0.011 0.021 0.022 0.019 0.036 0.124 0.127 0.218 0.221 0.187 89 R 0.054 0.046 0.090 0.126 0.134 0.151 0.192 0.098 0.056 0.034 0.017 90 N 0.128 0.177 0.275 0.176 0.085 0.060 0.046 0.022 0.015 0.010 0.004 91 N 0.047 0.046 0.033 0.076 0.091 0.142 0.223 0.145 0.099 0.061 0.037 92 P 0.360 0.126 0.056 0.095 0.073 0.077 0.085 0.050 0.037 0.027 0.015 93 Q 0.093 0.105 0.116 0.222 0.157 0.133 0.091 0.038 0.023 0.014 0.007 94 L 0.006 0.012 0.029 0.046 0.058 0.080 0.157 0.188 0.184 0.127 0.112 95 L 0.002 0.003 0.010 0.015 0.022 0.046 0.130 0.157 0.226 0.218 0.172 96 R 0.004 0.018 0.107 0.153 0.170 0.173 0.159 0.087 0.066 0.042 0.021 97 F 0.001 0.005 0.030 0.027 0.033 0.075 0.159 0.186 0.202 0.169 0.113 98 Y 0.001 0.003 0.010 0.012 0.013 0.025 0.089 0.162 0.237 0.254 0.195 99 T 0.004 0.007 0.025 0.032 0.032 0.059 0.129 0.167 0.199 0.203 0.143 100 S 0.012 0.025 0.075 0.116 0.121 0.134 0.167 0.116 0.105 0.085 0.045 101 E 0.031 0.040 0.055 0.110 0.105 0.128 0.196 0.127 0.106 0.069 0.033 102 L 0.023 0.021 0.021 0.046 0.043 0.064 0.143 0.151 0.194 0.180 0.115 103 T 0.088 0.088 0.059 0.122 0.109 0.113 0.148 0.093 0.080 0.060 0.038 104 N 0.194 0.197 0.094 0.152 0.107 0.074 0.073 0.044 0.030 0.022 0.012 105 P 0.207 0.151 0.049 0.111 0.089 0.092 0.111 0.070 0.056 0.042 0.023 106 T 0.226 0.148 0.043 0.116 0.115 0.097 0.102 0.064 0.043 0.029 0.016 107 P 0.464 0.151 0.071 0.111 0.064 0.049 0.040 0.022 0.013 0.009 0.004 108 C 0.056 0.070 0.063 0.168 0.156 0.155 0.151 0.083 0.051 0.032 0.015 109 F 0.006 0.011 0.017 0.028 0.033 0.051 0.143 0.188 0.212 0.177 0.136 110 A 0.017 0.029 0.079 0.148 0.159 0.197 0.183 0.081 0.056 0.037 0.015 111 A 0.062 0.059 0.350 0.223 0.118 0.076 0.055 0.023 0.017 0.012 0.005 112 I 0.006 0.016 0.038 0.068 0.082 0.136 0.252 0.169 0.117 0.076 0.040 113 V 0.003 0.009 0.020 0.020 0.023 0.041 0.134 0.178 0.219 0.222 0.130 114 S 0.032 0.042 0.216 0.188 0.189 0.135 0.112 0.047 0.020 0.014 0.004 115 P 0.243 0.102 0.403 0.147 0.048 0.028 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 116 A 0.012 0.019 0.025 0.049 0.054 0.127 0.256 0.155 0.150 0.106 0.048 117 I 0.008 0.014 0.023 0.032 0.050 0.083 0.204 0.192 0.180 0.135 0.079 118 A 0.091 0.059 0.457 0.167 0.091 0.066 0.039 0.015 0.008 0.006 0.002 119 S 0.021 0.041 0.281 0.229 0.164 0.126 0.091 0.029 0.012 0.006 0.002 120 V 0.001 0.002 0.005 0.004 0.005 0.014 0.087 0.120 0.267 0.276 0.221 121 I 0.002 0.004 0.032 0.044 0.083 0.173 0.315 0.137 0.112 0.065 0.033 122 R 0.017 0.019 0.757 0.121 0.045 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 123 L 0.001 0.003 0.031 0.041 0.062 0.227 0.405 0.125 0.063 0.031 0.011 124 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.026 0.081 0.222 0.326 0.335 125 A 0.002 0.004 0.095 0.103 0.205 0.243 0.227 0.064 0.030 0.023 0.005 126 E 0.006 0.013 0.741 0.132 0.066 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 127 S 0.001 0.003 0.013 0.009 0.013 0.062 0.309 0.215 0.180 0.135 0.061 128 I 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.013 0.087 0.132 0.249 0.260 0.241 129 E 0.013 0.016 0.449 0.192 0.152 0.087 0.052 0.022 0.009 0.006 0.002 130 A 0.009 0.026 0.350 0.181 0.189 0.128 0.087 0.017 0.008 0.004 0.001 131 G 0.011 0.012 0.031 0.019 0.019 0.042 0.181 0.152 0.198 0.201 0.133 132 M 0.015 0.016 0.032 0.037 0.051 0.124 0.265 0.205 0.127 0.082 0.046 133 T 0.078 0.154 0.563 0.125 0.035 0.020 0.012 0.006 0.004 0.003 0.001 134 R 0.072 0.064 0.073 0.162 0.182 0.193 0.166 0.056 0.020 0.009 0.004 135 G 0.696 0.093 0.044 0.044 0.026 0.023 0.029 0.015 0.014 0.011 0.005 136 L 0.065 0.103 0.072 0.167 0.164 0.141 0.134 0.060 0.047 0.030 0.017 137 F 0.009 0.020 0.045 0.039 0.032 0.051 0.129 0.138 0.194 0.174 0.170 138 R 0.058 0.128 0.109 0.218 0.207 0.109 0.095 0.037 0.021 0.012 0.006 139 R 0.311 0.239 0.168 0.131 0.063 0.038 0.025 0.012 0.007 0.005 0.002 140 D 0.238 0.123 0.056 0.169 0.135 0.109 0.092 0.033 0.022 0.014 0.008 141 L 0.023 0.018 0.013 0.033 0.042 0.086 0.186 0.213 0.170 0.119 0.099 142 H 0.163 0.262 0.178 0.221 0.100 0.036 0.021 0.009 0.005 0.004 0.001 143 A 0.028 0.026 0.051 0.066 0.079 0.113 0.176 0.153 0.140 0.096 0.073 144 V 0.079 0.086 0.078 0.180 0.182 0.139 0.119 0.048 0.042 0.032 0.015 145 N 0.017 0.037 0.061 0.154 0.168 0.175 0.187 0.093 0.059 0.032 0.016 146 S 0.002 0.005 0.031 0.028 0.037 0.053 0.121 0.158 0.204 0.192 0.169 147 A 0.001 0.002 0.016 0.015 0.023 0.044 0.140 0.168 0.224 0.200 0.167 148 L 0.001 0.007 0.077 0.086 0.110 0.173 0.225 0.151 0.093 0.053 0.023 149 A 0.001 0.002 0.023 0.013 0.017 0.056 0.143 0.168 0.220 0.225 0.133 150 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.007 0.038 0.106 0.225 0.312 0.299 151 A 0.001 0.002 0.017 0.012 0.018 0.041 0.120 0.194 0.239 0.226 0.130 152 G 0.001 0.006 0.044 0.027 0.034 0.085 0.196 0.186 0.178 0.156 0.086 153 M 0.001 0.002 0.015 0.008 0.009 0.020 0.083 0.107 0.220 0.282 0.253 154 V 0.001 0.001 0.007 0.006 0.007 0.018 0.068 0.107 0.244 0.249 0.292 155 N 0.003 0.009 0.033 0.047 0.070 0.134 0.215 0.170 0.157 0.097 0.065 156 Y 0.004 0.008 0.032 0.033 0.044 0.101 0.224 0.179 0.168 0.122 0.083 157 F 0.003 0.004 0.018 0.019 0.019 0.035 0.104 0.134 0.219 0.237 0.209 158 F 0.002 0.003 0.012 0.016 0.016 0.036 0.101 0.153 0.226 0.217 0.217 159 L 0.002 0.006 0.025 0.029 0.033 0.067 0.139 0.170 0.198 0.179 0.152 160 S 0.007 0.012 0.045 0.059 0.063 0.100 0.193 0.153 0.156 0.129 0.083 161 T 0.015 0.017 0.043 0.062 0.058 0.089 0.178 0.147 0.163 0.134 0.094 162 L 0.016 0.018 0.031 0.048 0.045 0.079 0.160 0.165 0.172 0.154 0.112 163 A 0.036 0.043 0.059 0.106 0.087 0.116 0.168 0.129 0.109 0.088 0.057 164 T 0.076 0.072 0.068 0.130 0.111 0.119 0.142 0.098 0.080 0.063 0.041 165 E 0.247 0.144 0.073 0.142 0.103 0.081 0.082 0.046 0.038 0.028 0.016 166 G 0.251 0.114 0.048 0.124 0.093 0.087 0.102 0.062 0.054 0.040 0.025 167 L 0.060 0.050 0.029 0.071 0.068 0.090 0.145 0.129 0.145 0.121 0.092 168 T 0.105 0.118 0.061 0.135 0.119 0.111 0.136 0.082 0.063 0.045 0.026 169 S 0.166 0.110 0.071 0.144 0.115 0.091 0.112 0.074 0.054 0.041 0.022 170 H 0.140 0.102 0.045 0.109 0.097 0.103 0.139 0.098 0.081 0.053 0.032 171 S 0.151 0.211 0.051 0.121 0.104 0.095 0.112 0.060 0.045 0.034 0.015 172 P 0.369 0.138 0.052 0.114 0.096 0.072 0.075 0.041 0.021 0.015 0.007 173 D 0.586 0.152 0.062 0.082 0.048 0.024 0.021 0.013 0.007 0.004 0.002 174 Q 0.134 0.395 0.058 0.130 0.095 0.058 0.071 0.029 0.017 0.010 0.004 175 D 0.082 0.135 0.037 0.085 0.118 0.124 0.208 0.121 0.053 0.024 0.012 176 E 0.584 0.074 0.127 0.097 0.038 0.044 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 177 E 0.120 0.067 0.260 0.328 0.093 0.084 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 178 L 0.001 0.002 0.006 0.009 0.015 0.038 0.155 0.204 0.238 0.188 0.144 179 I 0.001 0.001 0.016 0.015 0.041 0.096 0.234 0.211 0.179 0.125 0.082 180 R 0.004 0.008 0.837 0.088 0.036 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 181 Q 0.001 0.004 0.093 0.084 0.120 0.274 0.303 0.073 0.031 0.013 0.004 182 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.079 0.229 0.322 0.338 183 V 0.001 0.003 0.027 0.029 0.052 0.167 0.275 0.147 0.135 0.114 0.050 184 A 0.002 0.012 0.529 0.191 0.139 0.056 0.036 0.017 0.010 0.005 0.002 185 I 0.001 0.002 0.009 0.007 0.011 0.047 0.204 0.248 0.211 0.161 0.100 186 F 0.002 0.002 0.008 0.008 0.005 0.010 0.051 0.084 0.223 0.312 0.294 187 T 0.004 0.010 0.057 0.080 0.098 0.158 0.204 0.132 0.122 0.080 0.056 188 R 0.013 0.044 0.141 0.158 0.197 0.160 0.151 0.065 0.040 0.021 0.010 189 G 0.058 0.041 0.045 0.067 0.059 0.090 0.196 0.147 0.132 0.111 0.054 190 I 0.020 0.015 0.010 0.018 0.017 0.033 0.099 0.165 0.213 0.216 0.194 191 M 0.139 0.298 0.087 0.164 0.112 0.070 0.055 0.035 0.019 0.013 0.007 192 A 0.428 0.159 0.059 0.096 0.070 0.054 0.048 0.033 0.024 0.019 0.011