# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.031 0.009 0.003 0.011 0.008 0.014 0.148 0.001 0.001 0.005 0.768 2 C 0.022 0.005 0.002 0.006 0.002 0.007 0.117 0.001 0.001 0.003 0.837 3 R 0.031 0.034 0.003 0.016 0.004 0.016 0.409 0.001 0.001 0.006 0.482 4 S 0.058 0.113 0.001 0.006 0.002 0.004 0.226 0.001 0.001 0.007 0.582 5 R 0.046 0.547 0.003 0.004 0.003 0.004 0.107 0.001 0.001 0.003 0.282 6 L 0.015 0.856 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.109 7 M 0.006 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 8 E 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 9 V 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 10 A 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 11 T 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 12 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 13 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 14 F 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 16 Q 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.005 17 K 0.154 0.715 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.090 0.001 0.001 0.032 18 G 0.383 0.272 0.097 0.007 0.002 0.003 0.009 0.118 0.001 0.003 0.106 19 F 0.047 0.029 0.839 0.009 0.002 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.045 20 Y 0.052 0.061 0.045 0.145 0.053 0.044 0.103 0.005 0.001 0.006 0.485 21 G 0.031 0.057 0.015 0.110 0.017 0.039 0.110 0.003 0.001 0.002 0.615 22 V 0.061 0.100 0.011 0.190 0.036 0.044 0.104 0.002 0.001 0.005 0.447 23 S 0.013 0.112 0.005 0.047 0.018 0.037 0.359 0.001 0.001 0.003 0.405 24 I 0.015 0.349 0.004 0.079 0.011 0.057 0.035 0.001 0.001 0.003 0.447 25 R 0.002 0.414 0.001 0.005 0.003 0.006 0.216 0.001 0.001 0.002 0.351 26 E 0.075 0.415 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.001 0.001 0.004 0.168 27 L 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 28 A 0.001 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 29 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 A 0.015 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 31 A 0.109 0.772 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.001 0.001 0.004 32 G 0.421 0.198 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.326 0.001 0.003 0.032 33 A 0.013 0.010 0.950 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.015 34 S 0.047 0.025 0.082 0.092 0.014 0.011 0.214 0.007 0.001 0.004 0.504 35 I 0.010 0.020 0.006 0.070 0.009 0.014 0.066 0.001 0.001 0.004 0.800 36 S 0.018 0.043 0.005 0.134 0.027 0.036 0.326 0.001 0.001 0.009 0.400 37 M 0.163 0.043 0.003 0.089 0.023 0.032 0.429 0.001 0.001 0.019 0.197 38 I 0.109 0.347 0.005 0.122 0.089 0.127 0.043 0.003 0.001 0.005 0.150 39 S 0.026 0.281 0.006 0.117 0.170 0.243 0.032 0.002 0.001 0.002 0.121 40 Y 0.029 0.248 0.004 0.055 0.296 0.192 0.021 0.005 0.001 0.002 0.149 41 H 0.045 0.200 0.003 0.026 0.157 0.237 0.032 0.014 0.001 0.001 0.285 42 F 0.137 0.115 0.006 0.028 0.130 0.242 0.033 0.015 0.001 0.002 0.291 43 G 0.030 0.022 0.010 0.011 0.014 0.025 0.089 0.005 0.001 0.002 0.791 44 G 0.023 0.005 0.008 0.005 0.003 0.007 0.168 0.003 0.001 0.003 0.775 45 K 0.070 0.007 0.005 0.014 0.002 0.010 0.062 0.001 0.001 0.004 0.826 46 E 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.269 0.001 0.001 0.001 0.717 47 G 0.063 0.062 0.001 0.002 0.001 0.003 0.449 0.001 0.001 0.008 0.410 48 L 0.036 0.864 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.081 49 Y 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 50 A 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 51 A 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 52 V 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 53 L 0.003 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 54 Q 0.005 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 55 E 0.015 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.030 56 Q 0.020 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.023 57 F 0.014 0.947 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.026 58 A 0.009 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.032 59 C 0.040 0.882 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.055 60 F 0.077 0.854 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.040 61 G 0.074 0.757 0.017 0.004 0.001 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 0.119 62 Q 0.075 0.578 0.069 0.008 0.003 0.003 0.024 0.024 0.001 0.001 0.215 63 L 0.099 0.571 0.030 0.014 0.003 0.005 0.025 0.019 0.001 0.001 0.233 64 D 0.053 0.542 0.011 0.012 0.005 0.009 0.043 0.012 0.001 0.002 0.312 65 D 0.076 0.426 0.016 0.015 0.006 0.011 0.058 0.015 0.001 0.004 0.372 66 I 0.165 0.401 0.018 0.017 0.005 0.010 0.059 0.022 0.001 0.004 0.299 67 R 0.161 0.508 0.015 0.011 0.007 0.011 0.083 0.018 0.001 0.004 0.180 68 G 0.156 0.408 0.016 0.012 0.008 0.011 0.038 0.036 0.001 0.011 0.305 69 Q 0.197 0.223 0.040 0.017 0.008 0.012 0.055 0.053 0.001 0.004 0.391 70 A 0.181 0.065 0.021 0.012 0.004 0.007 0.069 0.029 0.001 0.004 0.607 71 G 0.196 0.065 0.059 0.020 0.007 0.012 0.108 0.014 0.001 0.017 0.502 72 D 0.127 0.020 0.042 0.018 0.003 0.006 0.299 0.004 0.001 0.005 0.475 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.986 74 L 0.003 0.014 0.001 0.005 0.001 0.005 0.564 0.001 0.001 0.003 0.404 75 A 0.078 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.001 0.001 0.007 0.257 76 V 0.027 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.082 77 M 0.003 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 78 T 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 79 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 80 Y 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 81 L 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 82 R 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 83 W 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 84 T 0.011 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 85 I 0.010 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 86 Q 0.009 0.953 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.023 87 R 0.033 0.900 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.042 88 H 0.075 0.834 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.034 0.001 0.001 0.044 89 R 0.129 0.683 0.022 0.005 0.005 0.005 0.009 0.047 0.001 0.001 0.094 90 N 0.191 0.414 0.107 0.006 0.003 0.004 0.031 0.065 0.001 0.002 0.177 91 N 0.340 0.253 0.064 0.018 0.003 0.008 0.028 0.036 0.001 0.005 0.246 92 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.990 93 Q 0.006 0.009 0.014 0.004 0.001 0.002 0.534 0.001 0.001 0.004 0.425 94 L 0.238 0.133 0.004 0.010 0.002 0.005 0.281 0.001 0.001 0.007 0.320 95 L 0.035 0.809 0.002 0.012 0.003 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.116 96 R 0.014 0.838 0.002 0.012 0.006 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.108 97 F 0.021 0.897 0.001 0.005 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.060 98 Y 0.033 0.907 0.002 0.003 0.003 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 0.037 99 T 0.026 0.911 0.005 0.006 0.005 0.007 0.003 0.005 0.001 0.001 0.031 100 S 0.041 0.796 0.007 0.009 0.008 0.011 0.008 0.017 0.001 0.001 0.102 101 E 0.180 0.565 0.013 0.012 0.006 0.009 0.019 0.054 0.001 0.002 0.141 102 L 0.208 0.467 0.021 0.007 0.004 0.008 0.021 0.062 0.001 0.002 0.198 103 T 0.208 0.251 0.066 0.015 0.006 0.013 0.051 0.067 0.001 0.004 0.319 104 N 0.225 0.118 0.080 0.016 0.009 0.010 0.037 0.050 0.001 0.006 0.449 105 P 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.960 106 T 0.035 0.012 0.018 0.016 0.004 0.011 0.533 0.001 0.001 0.002 0.366 107 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.990 108 C 0.005 0.008 0.003 0.005 0.001 0.003 0.355 0.001 0.001 0.002 0.617 109 F 0.226 0.094 0.002 0.016 0.002 0.008 0.339 0.001 0.001 0.009 0.303 110 A 0.051 0.714 0.001 0.008 0.004 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.199 111 A 0.041 0.720 0.001 0.005 0.003 0.004 0.018 0.002 0.001 0.001 0.204 112 I 0.128 0.698 0.003 0.003 0.002 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.143 113 V 0.108 0.770 0.012 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.001 0.001 0.079 114 S 0.052 0.746 0.024 0.007 0.002 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.149 115 P 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.982 116 A 0.044 0.417 0.014 0.004 0.001 0.004 0.084 0.004 0.001 0.002 0.426 117 I 0.057 0.769 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.149 118 A 0.009 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.095 119 S 0.011 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.081 120 V 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 121 I 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 122 R 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 123 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 124 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 125 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 126 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 127 S 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 128 I 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 129 E 0.002 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 130 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 131 G 0.044 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.011 132 M 0.018 0.961 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 133 T 0.026 0.889 0.016 0.002 0.003 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.031 134 R 0.119 0.676 0.012 0.005 0.001 0.002 0.010 0.066 0.001 0.001 0.109 135 G 0.416 0.279 0.022 0.013 0.004 0.005 0.012 0.088 0.001 0.012 0.150 136 L 0.121 0.028 0.650 0.012 0.003 0.003 0.074 0.009 0.001 0.002 0.098 137 F 0.058 0.040 0.073 0.155 0.026 0.031 0.187 0.007 0.001 0.007 0.415 138 R 0.065 0.056 0.011 0.137 0.033 0.090 0.080 0.002 0.001 0.004 0.522 139 R 0.010 0.029 0.001 0.033 0.008 0.014 0.139 0.003 0.001 0.001 0.762 140 D 0.089 0.038 0.002 0.029 0.014 0.028 0.284 0.005 0.001 0.010 0.501 141 L 0.343 0.114 0.016 0.025 0.008 0.017 0.111 0.003 0.001 0.009 0.355 142 H 0.064 0.153 0.021 0.028 0.022 0.027 0.285 0.002 0.001 0.014 0.384 143 A 0.018 0.120 0.007 0.013 0.006 0.011 0.099 0.001 0.001 0.004 0.720 144 V 0.022 0.382 0.003 0.012 0.006 0.021 0.111 0.001 0.001 0.003 0.440 145 N 0.049 0.527 0.002 0.004 0.002 0.003 0.155 0.002 0.001 0.002 0.255 146 S 0.016 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.043 147 A 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 148 L 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 149 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 150 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 151 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 152 G 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 153 M 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 154 V 0.012 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 155 N 0.016 0.943 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.026 156 Y 0.031 0.891 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.052 157 F 0.036 0.902 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.035 158 F 0.023 0.897 0.011 0.006 0.004 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.045 159 L 0.031 0.845 0.012 0.012 0.007 0.008 0.007 0.008 0.001 0.001 0.070 160 S 0.073 0.755 0.010 0.012 0.007 0.010 0.012 0.016 0.001 0.001 0.102 161 T 0.103 0.631 0.015 0.017 0.010 0.016 0.020 0.024 0.001 0.001 0.165 162 L 0.100 0.476 0.040 0.027 0.017 0.026 0.051 0.023 0.001 0.002 0.237 163 A 0.102 0.371 0.038 0.037 0.020 0.026 0.091 0.021 0.001 0.005 0.290 164 T 0.142 0.380 0.021 0.024 0.017 0.031 0.064 0.023 0.001 0.005 0.295 165 E 0.154 0.224 0.018 0.022 0.016 0.029 0.073 0.028 0.001 0.010 0.424 166 G 0.191 0.108 0.040 0.021 0.013 0.023 0.110 0.031 0.001 0.014 0.449 167 L 0.257 0.098 0.060 0.032 0.019 0.030 0.122 0.012 0.001 0.009 0.361 168 T 0.083 0.097 0.012 0.040 0.037 0.043 0.134 0.012 0.001 0.008 0.534 169 S 0.092 0.052 0.008 0.026 0.020 0.041 0.091 0.014 0.001 0.007 0.649 170 H 0.193 0.033 0.012 0.031 0.011 0.030 0.121 0.011 0.001 0.011 0.547 171 S 0.154 0.012 0.009 0.019 0.007 0.012 0.247 0.005 0.001 0.007 0.528 172 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.987 173 D 0.009 0.003 0.002 0.009 0.003 0.007 0.394 0.001 0.001 0.003 0.570 174 Q 0.179 0.010 0.001 0.008 0.002 0.004 0.336 0.001 0.001 0.013 0.447 175 D 0.030 0.057 0.002 0.009 0.001 0.005 0.125 0.001 0.001 0.005 0.766 176 E 0.017 0.088 0.001 0.005 0.001 0.003 0.196 0.001 0.001 0.007 0.681 177 E 0.059 0.206 0.001 0.001 0.001 0.001 0.408 0.001 0.001 0.004 0.318 178 L 0.059 0.836 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.083 179 I 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 180 R 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 181 Q 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 182 Y 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 183 V 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 184 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 185 I 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 186 F 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 187 T 0.018 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 188 R 0.056 0.840 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.045 189 G 0.331 0.410 0.038 0.009 0.001 0.002 0.006 0.103 0.001 0.001 0.099 190 I 0.189 0.336 0.200 0.026 0.008 0.008 0.033 0.032 0.001 0.001 0.167 191 M 0.018 0.038 0.031 0.020 0.006 0.009 0.054 0.008 0.001 0.001 0.814 192 A 0.027 0.043 0.015 0.039 0.020 0.033 0.103 0.004 0.001 0.003 0.713