# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.092 0.021 0.019 0.014 0.021 0.221 0.008 0.605 2 C 0.062 0.055 0.015 0.008 0.012 0.138 0.006 0.703 3 R 0.044 0.038 0.014 0.003 0.014 0.502 0.006 0.379 4 S 0.042 0.116 0.004 0.002 0.005 0.337 0.004 0.490 5 R 0.036 0.422 0.002 0.001 0.003 0.173 0.003 0.360 6 L 0.012 0.894 0.002 0.001 0.002 0.017 0.002 0.071 7 M 0.004 0.949 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.038 8 E 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 9 V 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 10 A 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 11 T 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 12 E 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 14 F 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 15 A 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 16 Q 0.044 0.919 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 17 K 0.130 0.734 0.020 0.005 0.001 0.002 0.073 0.035 18 G 0.172 0.271 0.099 0.011 0.008 0.016 0.113 0.310 19 F 0.128 0.119 0.332 0.024 0.030 0.059 0.022 0.286 20 Y 0.035 0.065 0.138 0.027 0.030 0.092 0.012 0.600 21 G 0.061 0.045 0.064 0.012 0.022 0.072 0.008 0.715 22 V 0.123 0.081 0.207 0.039 0.033 0.127 0.009 0.380 23 S 0.034 0.102 0.044 0.034 0.036 0.268 0.007 0.475 24 I 0.046 0.185 0.060 0.027 0.121 0.053 0.006 0.502 25 R 0.013 0.139 0.012 0.007 0.028 0.283 0.004 0.514 26 E 0.035 0.168 0.002 0.001 0.003 0.295 0.004 0.491 27 L 0.006 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 28 A 0.001 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 29 Q 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 30 A 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 31 A 0.017 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 32 G 0.844 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.120 0.012 33 A 0.021 0.029 0.918 0.004 0.002 0.005 0.004 0.017 34 S 0.020 0.128 0.101 0.023 0.055 0.181 0.013 0.478 35 I 0.012 0.038 0.132 0.006 0.012 0.042 0.005 0.752 36 S 0.011 0.126 0.116 0.014 0.012 0.349 0.006 0.366 37 M 0.099 0.155 0.143 0.013 0.017 0.321 0.019 0.234 38 I 0.080 0.650 0.048 0.040 0.049 0.036 0.009 0.088 39 S 0.034 0.642 0.059 0.060 0.115 0.029 0.006 0.054 40 Y 0.071 0.473 0.053 0.147 0.122 0.014 0.022 0.098 41 H 0.130 0.249 0.067 0.075 0.119 0.031 0.046 0.283 42 F 0.148 0.139 0.075 0.120 0.156 0.038 0.031 0.294 43 G 0.023 0.027 0.030 0.020 0.028 0.062 0.011 0.799 44 G 0.076 0.024 0.011 0.009 0.017 0.141 0.015 0.706 45 K 0.130 0.030 0.018 0.003 0.009 0.069 0.009 0.732 46 E 0.009 0.033 0.007 0.001 0.003 0.150 0.002 0.795 47 G 0.030 0.126 0.003 0.002 0.002 0.257 0.004 0.576 48 L 0.040 0.648 0.003 0.002 0.003 0.049 0.002 0.252 49 Y 0.006 0.849 0.002 0.001 0.004 0.019 0.001 0.117 50 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 51 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 52 V 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 L 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 54 Q 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 E 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 56 Q 0.013 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 57 F 0.010 0.949 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.028 58 A 0.010 0.939 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.035 59 C 0.033 0.890 0.007 0.001 0.001 0.005 0.012 0.051 60 F 0.041 0.895 0.013 0.002 0.002 0.003 0.010 0.035 61 G 0.037 0.798 0.024 0.004 0.005 0.014 0.016 0.101 62 Q 0.136 0.585 0.028 0.007 0.007 0.036 0.031 0.169 63 L 0.190 0.490 0.045 0.007 0.012 0.029 0.029 0.199 64 D 0.094 0.396 0.039 0.011 0.015 0.040 0.022 0.384 65 D 0.046 0.191 0.040 0.008 0.013 0.064 0.016 0.622 66 I 0.089 0.191 0.027 0.010 0.017 0.119 0.017 0.530 67 R 0.125 0.301 0.034 0.013 0.024 0.105 0.018 0.379 68 G 0.113 0.268 0.027 0.012 0.019 0.084 0.020 0.458 69 Q 0.154 0.243 0.039 0.009 0.013 0.115 0.023 0.403 70 A 0.154 0.136 0.023 0.006 0.008 0.059 0.024 0.590 71 G 0.238 0.078 0.029 0.008 0.007 0.051 0.045 0.545 72 D 0.160 0.035 0.037 0.008 0.011 0.181 0.011 0.557 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 74 L 0.005 0.011 0.004 0.002 0.010 0.567 0.001 0.401 75 A 0.053 0.041 0.001 0.001 0.001 0.615 0.002 0.287 76 V 0.013 0.907 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.066 77 M 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.045 78 T 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 79 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 Y 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 83 W 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 84 T 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 85 I 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 86 Q 0.003 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 87 R 0.014 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 88 H 0.029 0.934 0.003 0.001 0.002 0.002 0.009 0.019 89 R 0.074 0.803 0.012 0.003 0.004 0.010 0.022 0.072 90 N 0.137 0.534 0.017 0.004 0.004 0.024 0.076 0.204 91 N 0.338 0.246 0.020 0.005 0.005 0.025 0.035 0.325 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 93 Q 0.008 0.033 0.007 0.005 0.010 0.406 0.004 0.526 94 L 0.200 0.225 0.016 0.004 0.006 0.194 0.010 0.344 95 L 0.039 0.815 0.011 0.006 0.009 0.026 0.002 0.093 96 R 0.016 0.869 0.014 0.006 0.008 0.015 0.002 0.070 97 F 0.023 0.888 0.011 0.007 0.008 0.008 0.005 0.050 98 Y 0.036 0.887 0.008 0.010 0.016 0.006 0.009 0.028 99 T 0.040 0.835 0.015 0.014 0.026 0.006 0.011 0.053 100 S 0.053 0.704 0.022 0.016 0.024 0.015 0.022 0.145 101 E 0.185 0.458 0.026 0.015 0.017 0.047 0.068 0.185 102 L 0.328 0.350 0.041 0.015 0.018 0.041 0.042 0.164 103 T 0.198 0.198 0.062 0.018 0.027 0.095 0.059 0.342 104 N 0.165 0.086 0.046 0.022 0.023 0.058 0.027 0.572 105 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.987 106 T 0.026 0.010 0.013 0.008 0.019 0.519 0.005 0.401 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 108 C 0.007 0.026 0.003 0.003 0.009 0.419 0.001 0.531 109 F 0.224 0.146 0.008 0.003 0.009 0.253 0.007 0.350 110 A 0.059 0.781 0.003 0.003 0.005 0.020 0.002 0.127 111 A 0.050 0.775 0.004 0.004 0.006 0.025 0.006 0.130 112 I 0.137 0.717 0.005 0.003 0.003 0.011 0.015 0.110 113 V 0.073 0.838 0.008 0.003 0.006 0.006 0.016 0.049 114 S 0.057 0.689 0.015 0.010 0.016 0.019 0.011 0.182 115 P 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 116 A 0.023 0.544 0.006 0.005 0.010 0.086 0.006 0.320 117 I 0.064 0.742 0.008 0.002 0.002 0.023 0.010 0.148 118 A 0.013 0.894 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.077 119 S 0.025 0.854 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.099 120 V 0.024 0.913 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.051 121 I 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 122 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 123 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 124 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 125 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 126 E 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 127 S 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 128 I 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 129 E 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 130 A 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 131 G 0.076 0.883 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 132 M 0.042 0.880 0.019 0.003 0.005 0.003 0.014 0.033 133 T 0.047 0.754 0.022 0.005 0.006 0.016 0.028 0.121 134 R 0.136 0.505 0.046 0.008 0.007 0.019 0.082 0.197 135 G 0.541 0.145 0.029 0.009 0.003 0.009 0.122 0.142 136 L 0.141 0.030 0.574 0.014 0.013 0.058 0.023 0.148 137 F 0.035 0.037 0.154 0.042 0.069 0.098 0.006 0.559 138 R 0.043 0.057 0.124 0.053 0.152 0.109 0.005 0.455 139 R 0.021 0.039 0.040 0.017 0.030 0.117 0.005 0.732 140 D 0.103 0.060 0.025 0.009 0.014 0.171 0.017 0.603 141 L 0.472 0.070 0.020 0.010 0.011 0.060 0.019 0.339 142 H 0.048 0.108 0.033 0.015 0.017 0.284 0.011 0.484 143 A 0.027 0.074 0.011 0.005 0.014 0.089 0.004 0.778 144 V 0.023 0.443 0.011 0.005 0.012 0.098 0.003 0.405 145 N 0.017 0.560 0.005 0.003 0.004 0.154 0.004 0.253 146 S 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 147 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 148 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 149 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 L 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 151 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 152 G 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 M 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 154 V 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 155 N 0.005 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 156 Y 0.011 0.951 0.005 0.002 0.001 0.002 0.007 0.022 157 F 0.016 0.940 0.008 0.003 0.003 0.004 0.007 0.021 158 F 0.022 0.904 0.013 0.006 0.007 0.009 0.008 0.031 159 L 0.039 0.873 0.018 0.009 0.011 0.008 0.008 0.033 160 S 0.065 0.782 0.022 0.016 0.013 0.012 0.021 0.067 161 T 0.103 0.595 0.041 0.019 0.021 0.020 0.032 0.170 162 L 0.105 0.540 0.052 0.030 0.042 0.040 0.025 0.166 163 A 0.115 0.417 0.047 0.033 0.052 0.080 0.035 0.220 164 T 0.128 0.362 0.047 0.025 0.038 0.057 0.033 0.309 165 E 0.138 0.269 0.057 0.023 0.030 0.073 0.032 0.380 166 G 0.182 0.163 0.049 0.019 0.021 0.093 0.050 0.423 167 L 0.287 0.129 0.117 0.027 0.037 0.081 0.028 0.293 168 T 0.090 0.106 0.077 0.037 0.047 0.138 0.020 0.485 169 S 0.097 0.043 0.053 0.018 0.037 0.075 0.019 0.658 170 H 0.167 0.041 0.076 0.016 0.027 0.133 0.032 0.507 171 S 0.151 0.012 0.022 0.010 0.016 0.445 0.010 0.334 172 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 173 D 0.007 0.002 0.005 0.005 0.015 0.455 0.002 0.509 174 Q 0.252 0.003 0.003 0.001 0.002 0.341 0.005 0.394 175 D 0.137 0.048 0.005 0.002 0.009 0.099 0.002 0.699 176 E 0.023 0.048 0.004 0.001 0.006 0.094 0.001 0.823 177 E 0.020 0.074 0.001 0.001 0.001 0.248 0.002 0.653 178 L 0.049 0.505 0.001 0.001 0.002 0.160 0.003 0.280 179 I 0.008 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.061 180 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 181 Q 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 182 Y 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 183 V 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 184 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 185 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 186 F 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 187 T 0.007 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 188 R 0.042 0.910 0.004 0.002 0.001 0.002 0.019 0.020 189 G 0.345 0.443 0.019 0.004 0.003 0.006 0.103 0.077 190 I 0.219 0.454 0.115 0.017 0.014 0.017 0.041 0.123 191 M 0.011 0.085 0.055 0.010 0.016 0.034 0.010 0.779 192 A 0.031 0.075 0.031 0.014 0.025 0.070 0.012 0.743