# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.259 0.032 0.104 0.333 0.023 0.143 0.066 0.008 0.030 0.001 0.001 2 C 0.788 0.024 0.045 0.117 0.009 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 3 R 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 S 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.932 0.001 0.001 0.061 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.229 0.003 0.012 0.727 0.001 0.002 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 18 G 0.048 0.001 0.007 0.019 0.020 0.001 0.245 0.495 0.001 0.162 0.001 19 F 0.455 0.073 0.230 0.157 0.020 0.041 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 20 Y 0.376 0.117 0.136 0.276 0.032 0.030 0.020 0.001 0.009 0.002 0.001 21 G 0.327 0.046 0.104 0.117 0.138 0.043 0.098 0.082 0.010 0.035 0.001 22 V 0.362 0.248 0.188 0.138 0.039 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 S 0.323 0.203 0.290 0.025 0.089 0.050 0.002 0.001 0.017 0.003 0.001 24 I 0.995 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.977 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.156 0.001 0.007 0.807 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.008 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.595 0.342 0.001 0.030 0.001 33 A 0.053 0.203 0.542 0.167 0.012 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 34 S 0.081 0.167 0.554 0.030 0.063 0.065 0.006 0.001 0.027 0.007 0.001 35 I 0.796 0.024 0.102 0.030 0.015 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 36 S 0.717 0.062 0.056 0.084 0.053 0.009 0.007 0.003 0.006 0.003 0.001 37 M 0.497 0.250 0.086 0.052 0.085 0.017 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 38 I 0.393 0.410 0.089 0.014 0.018 0.047 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 39 S 0.263 0.562 0.063 0.035 0.045 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 40 Y 0.257 0.440 0.076 0.060 0.106 0.038 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 41 H 0.291 0.240 0.138 0.095 0.033 0.095 0.042 0.003 0.060 0.001 0.001 42 F 0.235 0.107 0.104 0.376 0.036 0.040 0.066 0.003 0.031 0.002 0.001 43 G 0.127 0.015 0.085 0.279 0.088 0.014 0.122 0.137 0.004 0.128 0.001 44 G 0.085 0.034 0.248 0.051 0.174 0.025 0.049 0.037 0.014 0.283 0.001 45 K 0.937 0.004 0.037 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.951 0.004 0.008 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 G 0.981 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.958 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.957 0.001 0.003 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 C 0.920 0.002 0.004 0.068 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.762 0.006 0.016 0.202 0.002 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 61 G 0.708 0.004 0.025 0.109 0.020 0.005 0.080 0.033 0.001 0.015 0.001 62 Q 0.659 0.048 0.072 0.162 0.018 0.018 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 63 L 0.672 0.058 0.122 0.098 0.011 0.020 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 64 D 0.726 0.033 0.083 0.097 0.012 0.021 0.017 0.003 0.007 0.001 0.001 65 D 0.611 0.047 0.102 0.121 0.018 0.041 0.036 0.008 0.013 0.002 0.001 66 I 0.629 0.071 0.117 0.129 0.009 0.024 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 67 R 0.497 0.073 0.199 0.163 0.012 0.024 0.013 0.001 0.017 0.001 0.001 68 G 0.451 0.019 0.140 0.089 0.053 0.018 0.062 0.078 0.007 0.080 0.001 69 Q 0.449 0.089 0.197 0.171 0.028 0.021 0.020 0.005 0.012 0.007 0.001 70 A 0.215 0.051 0.240 0.326 0.031 0.026 0.077 0.009 0.013 0.008 0.003 71 G 0.109 0.019 0.102 0.073 0.087 0.015 0.060 0.346 0.008 0.181 0.001 72 D 0.053 0.072 0.717 0.036 0.026 0.042 0.004 0.001 0.046 0.003 0.001 73 P 0.974 0.001 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 W 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.900 0.001 0.002 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 H 0.786 0.007 0.010 0.178 0.002 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 89 R 0.819 0.008 0.024 0.129 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 90 N 0.448 0.016 0.029 0.460 0.005 0.014 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 91 N 0.068 0.055 0.201 0.037 0.019 0.044 0.033 0.001 0.541 0.001 0.001 92 P 0.928 0.001 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 93 Q 0.971 0.003 0.006 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.970 0.003 0.007 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.989 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.991 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 F 0.977 0.003 0.003 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 Y 0.904 0.009 0.007 0.064 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 T 0.881 0.015 0.012 0.068 0.005 0.008 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 100 S 0.892 0.013 0.017 0.059 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.806 0.021 0.026 0.108 0.005 0.015 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 102 L 0.600 0.034 0.077 0.233 0.007 0.021 0.020 0.001 0.007 0.001 0.001 103 T 0.430 0.066 0.080 0.340 0.017 0.014 0.036 0.004 0.009 0.003 0.001 104 N 0.048 0.142 0.318 0.019 0.059 0.061 0.041 0.002 0.306 0.003 0.001 105 P 0.338 0.004 0.508 0.066 0.001 0.047 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 106 T 0.155 0.125 0.473 0.027 0.034 0.021 0.005 0.001 0.152 0.005 0.001 107 P 0.834 0.001 0.122 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 108 C 0.885 0.010 0.025 0.061 0.004 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 109 F 0.877 0.015 0.026 0.063 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 110 A 0.962 0.006 0.016 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.970 0.005 0.007 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.905 0.010 0.017 0.052 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 V 0.839 0.032 0.041 0.058 0.004 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 114 S 0.856 0.012 0.079 0.010 0.005 0.012 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 115 P 0.979 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.960 0.002 0.004 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.986 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.918 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 G 0.823 0.002 0.012 0.123 0.005 0.002 0.017 0.013 0.001 0.003 0.001 132 M 0.838 0.012 0.071 0.056 0.002 0.008 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 133 T 0.752 0.024 0.057 0.138 0.004 0.011 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 134 R 0.292 0.015 0.064 0.583 0.009 0.005 0.024 0.003 0.003 0.001 0.001 135 G 0.035 0.003 0.016 0.014 0.035 0.003 0.114 0.674 0.002 0.104 0.001 136 L 0.258 0.196 0.401 0.062 0.024 0.028 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 137 F 0.172 0.223 0.399 0.075 0.017 0.078 0.007 0.001 0.025 0.001 0.003 138 R 0.220 0.183 0.397 0.060 0.038 0.052 0.007 0.002 0.035 0.002 0.002 139 R 0.577 0.051 0.212 0.085 0.020 0.024 0.011 0.005 0.007 0.003 0.005 140 D 0.280 0.079 0.128 0.233 0.039 0.078 0.109 0.018 0.031 0.004 0.003 141 L 0.325 0.137 0.275 0.194 0.010 0.027 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 142 H 0.232 0.095 0.440 0.044 0.040 0.078 0.016 0.001 0.050 0.003 0.001 143 A 0.961 0.002 0.024 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 N 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 N 0.954 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.951 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 157 F 0.965 0.004 0.002 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 F 0.916 0.007 0.006 0.053 0.001 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 159 L 0.822 0.017 0.011 0.135 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 160 S 0.796 0.017 0.022 0.133 0.011 0.008 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 161 T 0.804 0.029 0.035 0.090 0.014 0.010 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 162 L 0.753 0.037 0.069 0.097 0.006 0.022 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 163 A 0.635 0.048 0.091 0.170 0.011 0.021 0.014 0.002 0.008 0.001 0.001 164 T 0.547 0.086 0.092 0.189 0.027 0.020 0.022 0.003 0.012 0.002 0.001 165 E 0.369 0.042 0.126 0.310 0.021 0.021 0.087 0.006 0.015 0.003 0.001 166 G 0.108 0.012 0.046 0.059 0.050 0.014 0.157 0.435 0.006 0.112 0.001 167 L 0.236 0.149 0.365 0.166 0.022 0.034 0.011 0.001 0.012 0.002 0.001 168 T 0.216 0.225 0.295 0.116 0.049 0.036 0.023 0.004 0.026 0.008 0.003 169 S 0.272 0.141 0.272 0.127 0.078 0.034 0.033 0.010 0.020 0.010 0.002 170 H 0.124 0.129 0.298 0.247 0.042 0.079 0.030 0.012 0.030 0.007 0.002 171 S 0.031 0.207 0.528 0.012 0.062 0.026 0.006 0.001 0.114 0.013 0.001 172 P 0.681 0.005 0.236 0.019 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 173 D 0.399 0.035 0.101 0.375 0.015 0.023 0.022 0.014 0.013 0.003 0.001 174 Q 0.260 0.099 0.392 0.104 0.027 0.039 0.011 0.002 0.062 0.003 0.001 175 D 0.938 0.002 0.049 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 I 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 F 0.967 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 T 0.924 0.002 0.006 0.059 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 188 R 0.478 0.005 0.019 0.464 0.002 0.004 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 189 G 0.227 0.008 0.054 0.167 0.038 0.006 0.120 0.313 0.003 0.063 0.001 190 I 0.245 0.106 0.447 0.124 0.012 0.026 0.016 0.001 0.020 0.001 0.001 191 M 0.231 0.063 0.476 0.074 0.031 0.047 0.032 0.010 0.020 0.014 0.002 192 A 0.412 0.081 0.314 0.120 0.029 0.022 0.007 0.004 0.008 0.003 0.001