# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.038 0.139 0.138 0.042 0.061 0.029 0.039 0.243 0.062 0.164 0.044 2 C 0.034 0.143 0.065 0.007 0.057 0.005 0.008 0.502 0.096 0.064 0.019 3 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.881 0.094 0.006 0.002 4 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.944 0.044 0.003 0.001 5 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.013 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 7 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 11 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.010 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.929 0.061 0.004 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.865 0.114 0.005 0.001 16 Q 0.004 0.009 0.008 0.002 0.006 0.008 0.223 0.630 0.076 0.027 0.007 17 K 0.020 0.368 0.181 0.024 0.050 0.027 0.154 0.082 0.026 0.051 0.015 18 G 0.040 0.022 0.017 0.028 0.021 0.014 0.015 0.074 0.040 0.435 0.294 19 F 0.087 0.118 0.040 0.024 0.116 0.015 0.021 0.228 0.153 0.123 0.075 20 Y 0.030 0.097 0.055 0.035 0.066 0.097 0.081 0.303 0.137 0.075 0.024 21 G 0.082 0.066 0.036 0.023 0.079 0.016 0.034 0.286 0.116 0.195 0.067 22 V 0.047 0.276 0.099 0.007 0.201 0.010 0.019 0.239 0.052 0.033 0.016 23 S 0.051 0.447 0.095 0.002 0.098 0.002 0.005 0.252 0.012 0.012 0.024 24 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.893 0.095 0.003 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.078 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 0.811 0.056 0.040 0.007 31 A 0.002 0.820 0.119 0.002 0.015 0.002 0.024 0.010 0.002 0.003 0.001 32 G 0.012 0.002 0.003 0.013 0.003 0.011 0.006 0.019 0.010 0.515 0.406 33 A 0.025 0.434 0.184 0.036 0.112 0.007 0.010 0.063 0.034 0.071 0.023 34 S 0.082 0.355 0.194 0.008 0.205 0.008 0.004 0.093 0.015 0.011 0.024 35 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.712 0.259 0.005 0.001 36 S 0.003 0.007 0.004 0.001 0.007 0.002 0.010 0.863 0.096 0.008 0.001 37 M 0.010 0.008 0.002 0.001 0.013 0.001 0.003 0.873 0.071 0.014 0.005 38 I 0.018 0.007 0.002 0.001 0.016 0.002 0.016 0.820 0.104 0.010 0.005 39 S 0.009 0.010 0.003 0.001 0.022 0.006 0.013 0.717 0.204 0.013 0.003 40 Y 0.024 0.034 0.012 0.002 0.041 0.008 0.118 0.595 0.133 0.024 0.008 41 H 0.061 0.034 0.031 0.010 0.049 0.018 0.272 0.261 0.085 0.134 0.047 42 F 0.060 0.278 0.137 0.060 0.154 0.025 0.057 0.060 0.036 0.092 0.041 43 G 0.013 0.052 0.048 0.372 0.013 0.128 0.093 0.075 0.054 0.121 0.030 44 G 0.029 0.268 0.371 0.066 0.075 0.006 0.006 0.032 0.013 0.095 0.037 45 K 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.663 0.293 0.019 0.004 46 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.870 0.107 0.009 0.001 47 G 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.911 0.049 0.026 0.002 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.020 0.003 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.973 0.019 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.036 0.008 0.001 57 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.890 0.097 0.007 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.910 0.072 0.003 0.001 59 C 0.004 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.045 0.840 0.066 0.027 0.003 60 F 0.024 0.025 0.008 0.005 0.031 0.007 0.032 0.653 0.129 0.067 0.019 61 G 0.011 0.012 0.007 0.008 0.013 0.013 0.030 0.676 0.153 0.063 0.014 62 Q 0.019 0.026 0.013 0.005 0.031 0.006 0.041 0.596 0.127 0.117 0.017 63 L 0.059 0.063 0.025 0.008 0.090 0.011 0.033 0.463 0.144 0.075 0.028 64 D 0.030 0.047 0.019 0.009 0.057 0.019 0.039 0.526 0.173 0.066 0.017 65 D 0.036 0.039 0.020 0.006 0.060 0.009 0.042 0.509 0.165 0.094 0.021 66 I 0.058 0.048 0.025 0.009 0.071 0.015 0.062 0.431 0.159 0.092 0.031 67 R 0.048 0.148 0.062 0.032 0.098 0.041 0.077 0.251 0.117 0.099 0.029 68 G 0.049 0.083 0.072 0.044 0.063 0.028 0.056 0.244 0.146 0.162 0.053 69 Q 0.040 0.094 0.083 0.031 0.081 0.024 0.062 0.210 0.143 0.181 0.051 70 A 0.039 0.180 0.096 0.031 0.104 0.032 0.073 0.168 0.106 0.137 0.032 71 G 0.029 0.135 0.104 0.052 0.044 0.039 0.048 0.077 0.066 0.360 0.045 72 D 0.038 0.409 0.320 0.007 0.132 0.002 0.003 0.048 0.010 0.016 0.015 73 P 0.003 0.023 0.004 0.001 0.006 0.002 0.005 0.750 0.194 0.011 0.002 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.089 0.003 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.002 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 77 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 80 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 82 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 83 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.975 0.016 0.001 0.001 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.034 0.005 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.877 0.113 0.003 0.001 86 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.895 0.075 0.003 0.001 87 R 0.005 0.007 0.003 0.001 0.007 0.002 0.067 0.765 0.116 0.023 0.004 88 H 0.022 0.014 0.006 0.004 0.021 0.007 0.039 0.506 0.228 0.122 0.029 89 R 0.011 0.032 0.012 0.006 0.021 0.012 0.085 0.612 0.152 0.046 0.010 90 N 0.018 0.039 0.029 0.016 0.020 0.023 0.084 0.121 0.086 0.524 0.039 91 N 0.064 0.352 0.234 0.004 0.259 0.002 0.002 0.042 0.014 0.015 0.012 92 P 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.018 0.655 0.280 0.024 0.002 93 Q 0.002 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.013 0.855 0.092 0.019 0.002 94 L 0.008 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.878 0.065 0.025 0.007 95 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.902 0.083 0.005 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.918 0.068 0.003 0.001 97 F 0.005 0.005 0.002 0.001 0.009 0.002 0.026 0.881 0.053 0.014 0.002 98 Y 0.019 0.015 0.006 0.003 0.021 0.004 0.032 0.761 0.091 0.038 0.010 99 T 0.017 0.015 0.005 0.003 0.025 0.005 0.014 0.659 0.209 0.040 0.010 100 S 0.006 0.015 0.006 0.002 0.013 0.007 0.059 0.672 0.196 0.019 0.004 101 E 0.020 0.024 0.013 0.004 0.028 0.009 0.079 0.464 0.203 0.137 0.018 102 L 0.052 0.056 0.018 0.005 0.077 0.006 0.034 0.296 0.268 0.149 0.038 103 T 0.033 0.068 0.038 0.018 0.045 0.040 0.075 0.178 0.196 0.264 0.046 104 N 0.057 0.281 0.178 0.013 0.197 0.010 0.032 0.096 0.050 0.068 0.019 105 P 0.029 0.139 0.048 0.011 0.054 0.021 0.056 0.094 0.189 0.336 0.024 106 T 0.047 0.359 0.237 0.004 0.268 0.002 0.003 0.046 0.020 0.009 0.007 107 P 0.004 0.015 0.003 0.001 0.007 0.004 0.025 0.579 0.345 0.013 0.003 108 C 0.009 0.021 0.010 0.002 0.015 0.004 0.046 0.660 0.139 0.086 0.007 109 F 0.036 0.026 0.004 0.003 0.034 0.004 0.007 0.527 0.180 0.146 0.034 110 A 0.006 0.011 0.004 0.002 0.013 0.005 0.010 0.723 0.197 0.026 0.004 111 A 0.005 0.011 0.004 0.001 0.012 0.004 0.023 0.770 0.139 0.029 0.003 112 I 0.012 0.020 0.007 0.002 0.022 0.003 0.030 0.714 0.116 0.067 0.007 113 V 0.023 0.043 0.015 0.004 0.038 0.004 0.012 0.569 0.194 0.083 0.016 114 S 0.015 0.094 0.042 0.002 0.050 0.003 0.010 0.668 0.100 0.011 0.005 115 P 0.001 0.009 0.002 0.001 0.003 0.002 0.021 0.866 0.088 0.006 0.001 116 A 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.011 0.878 0.063 0.027 0.003 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.070 0.005 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 119 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 120 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.022 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.010 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.042 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.044 0.001 0.001 130 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.954 0.026 0.001 0.001 131 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.045 0.861 0.042 0.032 0.007 132 M 0.004 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.006 0.716 0.228 0.019 0.004 133 T 0.005 0.004 0.004 0.003 0.005 0.016 0.134 0.674 0.105 0.035 0.014 134 R 0.008 0.420 0.203 0.032 0.030 0.020 0.151 0.081 0.031 0.021 0.004 135 G 0.024 0.016 0.027 0.044 0.017 0.015 0.012 0.046 0.036 0.491 0.272 136 L 0.069 0.273 0.068 0.009 0.202 0.005 0.020 0.134 0.079 0.102 0.038 137 F 0.095 0.253 0.073 0.016 0.205 0.026 0.026 0.092 0.063 0.080 0.072 138 R 0.114 0.211 0.227 0.031 0.211 0.017 0.014 0.084 0.046 0.022 0.023 139 R 0.009 0.073 0.031 0.009 0.026 0.024 0.076 0.473 0.241 0.030 0.008 140 D 0.080 0.090 0.062 0.012 0.108 0.009 0.028 0.237 0.082 0.234 0.058 141 L 0.037 0.233 0.057 0.007 0.121 0.011 0.022 0.273 0.115 0.097 0.025 142 H 0.043 0.206 0.115 0.008 0.083 0.008 0.015 0.417 0.046 0.034 0.024 143 A 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.880 0.093 0.007 0.002 144 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.031 0.002 0.001 145 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 146 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 149 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 150 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 152 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.009 0.001 0.001 153 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.014 0.001 0.001 154 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.001 0.001 155 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.044 0.002 0.001 156 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.936 0.037 0.005 0.001 157 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.897 0.061 0.009 0.004 158 F 0.008 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.013 0.839 0.101 0.014 0.006 159 L 0.008 0.009 0.003 0.001 0.011 0.004 0.024 0.811 0.110 0.014 0.005 160 S 0.012 0.019 0.009 0.003 0.019 0.006 0.039 0.731 0.126 0.030 0.007 161 T 0.023 0.028 0.011 0.003 0.037 0.006 0.030 0.653 0.145 0.050 0.015 162 L 0.036 0.040 0.013 0.005 0.052 0.010 0.057 0.561 0.145 0.061 0.020 163 A 0.042 0.059 0.031 0.009 0.050 0.014 0.067 0.456 0.145 0.098 0.029 164 T 0.050 0.085 0.058 0.025 0.084 0.029 0.078 0.333 0.126 0.094 0.038 165 E 0.024 0.146 0.092 0.077 0.048 0.068 0.139 0.205 0.106 0.076 0.019 166 G 0.053 0.043 0.042 0.052 0.056 0.021 0.032 0.110 0.082 0.398 0.111 167 L 0.101 0.148 0.054 0.017 0.186 0.011 0.025 0.145 0.143 0.116 0.055 168 T 0.073 0.151 0.081 0.026 0.155 0.043 0.063 0.148 0.116 0.097 0.047 169 S 0.081 0.153 0.086 0.027 0.140 0.021 0.056 0.164 0.127 0.103 0.042 170 H 0.046 0.130 0.084 0.026 0.092 0.031 0.059 0.095 0.134 0.259 0.043 171 S 0.066 0.341 0.245 0.007 0.259 0.004 0.005 0.023 0.017 0.018 0.016 172 P 0.021 0.091 0.021 0.004 0.041 0.013 0.054 0.367 0.317 0.055 0.015 173 D 0.016 0.089 0.057 0.012 0.041 0.018 0.106 0.355 0.142 0.146 0.017 174 Q 0.040 0.259 0.080 0.006 0.059 0.004 0.010 0.312 0.064 0.124 0.042 175 D 0.004 0.012 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.795 0.152 0.021 0.003 176 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.080 0.001 0.001 177 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 178 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.002 0.001 179 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 181 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 182 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 183 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 184 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 185 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.975 0.015 0.001 0.001 186 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.875 0.108 0.006 0.001 187 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 0.733 0.208 0.015 0.003 188 R 0.006 0.045 0.024 0.005 0.013 0.014 0.334 0.372 0.123 0.057 0.007 189 G 0.037 0.056 0.050 0.015 0.043 0.012 0.075 0.106 0.080 0.448 0.079 190 I 0.074 0.300 0.118 0.015 0.168 0.008 0.017 0.060 0.060 0.122 0.059 191 M 0.074 0.304 0.147 0.017 0.160 0.015 0.027 0.096 0.070 0.048 0.042 192 A 0.048 0.171 0.085 0.018 0.104 0.022 0.068 0.220 0.188 0.052 0.024