# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10175 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.665 0.233 0.062 0.029 0.010 0.001 0.001 2 C 0.452 0.251 0.171 0.086 0.034 0.007 0.001 3 R 0.300 0.257 0.231 0.147 0.053 0.012 0.001 4 S 0.591 0.311 0.071 0.020 0.006 0.001 0.001 5 R 0.121 0.264 0.309 0.232 0.063 0.011 0.001 6 L 0.019 0.031 0.059 0.116 0.314 0.404 0.058 7 M 0.011 0.047 0.152 0.327 0.302 0.149 0.012 8 E 0.165 0.413 0.247 0.113 0.047 0.014 0.001 9 V 0.007 0.035 0.134 0.288 0.364 0.149 0.023 10 A 0.002 0.007 0.011 0.030 0.160 0.559 0.230 11 T 0.010 0.071 0.261 0.373 0.198 0.078 0.010 12 E 0.056 0.261 0.340 0.247 0.069 0.024 0.002 13 L 0.006 0.022 0.079 0.232 0.397 0.247 0.017 14 F 0.013 0.022 0.042 0.137 0.331 0.388 0.066 15 A 0.049 0.192 0.272 0.280 0.146 0.055 0.006 16 Q 0.227 0.375 0.226 0.119 0.041 0.011 0.001 17 K 0.096 0.215 0.298 0.273 0.089 0.027 0.002 18 G 0.076 0.121 0.149 0.233 0.273 0.135 0.012 19 F 0.057 0.099 0.189 0.268 0.251 0.119 0.016 20 Y 0.152 0.289 0.253 0.163 0.095 0.042 0.005 21 G 0.085 0.239 0.261 0.211 0.136 0.059 0.009 22 V 0.017 0.040 0.091 0.212 0.350 0.242 0.047 23 S 0.015 0.075 0.179 0.253 0.282 0.161 0.035 24 I 0.003 0.010 0.019 0.050 0.187 0.538 0.193 25 R 0.014 0.108 0.275 0.345 0.192 0.061 0.004 26 E 0.026 0.167 0.282 0.330 0.142 0.048 0.004 27 L 0.001 0.005 0.020 0.072 0.307 0.520 0.074 28 A 0.006 0.024 0.070 0.236 0.337 0.289 0.038 29 Q 0.121 0.435 0.256 0.122 0.048 0.017 0.002 30 A 0.061 0.193 0.286 0.331 0.097 0.030 0.003 31 A 0.017 0.025 0.057 0.150 0.348 0.367 0.036 32 G 0.172 0.355 0.247 0.138 0.060 0.024 0.003 33 A 0.071 0.089 0.132 0.238 0.263 0.161 0.046 34 S 0.076 0.168 0.180 0.193 0.209 0.140 0.034 35 I 0.056 0.108 0.182 0.228 0.222 0.161 0.044 36 S 0.108 0.164 0.162 0.165 0.192 0.148 0.062 37 M 0.055 0.058 0.082 0.157 0.183 0.262 0.202 38 I 0.021 0.018 0.028 0.069 0.130 0.325 0.409 39 S 0.039 0.067 0.104 0.156 0.213 0.275 0.145 40 Y 0.063 0.132 0.176 0.208 0.219 0.150 0.052 41 H 0.057 0.115 0.129 0.218 0.213 0.211 0.057 42 F 0.045 0.064 0.130 0.242 0.284 0.199 0.036 43 G 0.224 0.292 0.229 0.154 0.074 0.024 0.003 44 G 0.177 0.249 0.218 0.176 0.124 0.050 0.006 45 K 0.074 0.115 0.163 0.270 0.233 0.127 0.018 46 E 0.226 0.305 0.217 0.135 0.081 0.033 0.003 47 G 0.109 0.230 0.312 0.243 0.080 0.023 0.003 48 L 0.017 0.029 0.065 0.143 0.332 0.325 0.089 49 Y 0.009 0.025 0.048 0.129 0.266 0.402 0.122 50 A 0.024 0.116 0.256 0.291 0.195 0.104 0.014 51 A 0.018 0.092 0.221 0.309 0.234 0.110 0.016 52 V 0.003 0.009 0.023 0.067 0.211 0.514 0.174 53 L 0.007 0.020 0.047 0.163 0.311 0.347 0.106 54 Q 0.076 0.276 0.308 0.208 0.093 0.035 0.005 55 E 0.051 0.171 0.284 0.303 0.142 0.046 0.004 56 Q 0.033 0.081 0.123 0.233 0.295 0.214 0.020 57 F 0.035 0.079 0.156 0.284 0.301 0.135 0.010 58 A 0.244 0.348 0.230 0.115 0.045 0.016 0.001 59 C 0.125 0.202 0.245 0.252 0.127 0.044 0.005 60 F 0.083 0.084 0.114 0.208 0.299 0.189 0.022 61 G 0.181 0.240 0.245 0.194 0.103 0.033 0.003 62 Q 0.397 0.349 0.147 0.069 0.028 0.009 0.001 63 L 0.176 0.192 0.210 0.238 0.132 0.046 0.004 64 D 0.238 0.191 0.201 0.197 0.129 0.041 0.003 65 D 0.471 0.329 0.125 0.051 0.018 0.006 0.001 66 I 0.280 0.231 0.200 0.170 0.091 0.026 0.002 67 R 0.200 0.210 0.246 0.204 0.110 0.029 0.001 68 G 0.400 0.274 0.183 0.099 0.035 0.008 0.001 69 Q 0.601 0.247 0.094 0.040 0.014 0.004 0.001 70 A 0.490 0.251 0.138 0.081 0.031 0.009 0.001 71 G 0.461 0.276 0.153 0.077 0.026 0.007 0.001 72 D 0.272 0.348 0.216 0.110 0.042 0.012 0.001 73 P 0.056 0.089 0.141 0.240 0.286 0.166 0.022 74 L 0.038 0.132 0.247 0.288 0.190 0.097 0.007 75 A 0.122 0.268 0.242 0.208 0.113 0.043 0.004 76 V 0.011 0.054 0.179 0.295 0.302 0.134 0.026 77 M 0.002 0.006 0.009 0.030 0.161 0.544 0.248 78 T 0.005 0.048 0.188 0.367 0.230 0.144 0.018 79 A 0.016 0.083 0.193 0.310 0.222 0.146 0.030 80 Y 0.002 0.008 0.031 0.092 0.238 0.456 0.172 81 L 0.002 0.005 0.010 0.043 0.168 0.481 0.291 82 R 0.017 0.114 0.247 0.276 0.199 0.118 0.029 83 W 0.014 0.065 0.153 0.280 0.275 0.176 0.038 84 T 0.006 0.022 0.043 0.108 0.262 0.447 0.111 85 I 0.012 0.031 0.063 0.179 0.337 0.318 0.060 86 Q 0.096 0.293 0.283 0.180 0.101 0.042 0.005 87 R 0.048 0.128 0.240 0.320 0.182 0.075 0.007 88 H 0.050 0.072 0.133 0.232 0.307 0.189 0.017 89 R 0.195 0.259 0.254 0.186 0.084 0.021 0.002 90 N 0.477 0.342 0.108 0.047 0.020 0.006 0.001 91 N 0.216 0.247 0.216 0.203 0.087 0.028 0.003 92 P 0.228 0.247 0.219 0.168 0.096 0.038 0.004 93 Q 0.136 0.239 0.248 0.214 0.110 0.047 0.007 94 L 0.030 0.055 0.103 0.182 0.288 0.266 0.077 95 L 0.012 0.025 0.043 0.102 0.219 0.415 0.183 96 R 0.017 0.058 0.125 0.215 0.240 0.244 0.102 97 F 0.009 0.021 0.038 0.083 0.207 0.369 0.274 98 Y 0.007 0.016 0.028 0.071 0.167 0.395 0.315 99 T 0.013 0.034 0.059 0.138 0.235 0.326 0.195 100 S 0.045 0.122 0.187 0.234 0.213 0.156 0.043 101 E 0.078 0.182 0.227 0.239 0.163 0.097 0.015 102 L 0.060 0.087 0.139 0.224 0.274 0.189 0.027 103 T 0.184 0.204 0.230 0.206 0.121 0.049 0.006 104 N 0.341 0.274 0.199 0.116 0.048 0.019 0.002 105 P 0.351 0.243 0.161 0.138 0.074 0.029 0.004 106 T 0.359 0.266 0.161 0.117 0.066 0.028 0.003 107 P 0.348 0.294 0.185 0.111 0.043 0.017 0.002 108 C 0.136 0.224 0.256 0.213 0.120 0.044 0.007 109 F 0.050 0.075 0.099 0.188 0.306 0.242 0.041 110 A 0.045 0.148 0.234 0.299 0.180 0.087 0.007 111 A 0.134 0.280 0.238 0.192 0.106 0.046 0.005 112 I 0.028 0.078 0.163 0.295 0.271 0.147 0.019 113 V 0.028 0.051 0.084 0.189 0.333 0.277 0.037 114 S 0.107 0.257 0.297 0.206 0.095 0.034 0.003 115 P 0.202 0.332 0.239 0.152 0.057 0.017 0.002 116 A 0.055 0.100 0.158 0.260 0.274 0.139 0.014 117 I 0.043 0.102 0.184 0.273 0.257 0.130 0.011 118 A 0.229 0.335 0.242 0.124 0.051 0.018 0.002 119 S 0.100 0.243 0.288 0.234 0.107 0.025 0.003 120 V 0.017 0.033 0.052 0.130 0.323 0.378 0.068 121 I 0.009 0.054 0.160 0.307 0.295 0.162 0.012 122 R 0.099 0.339 0.278 0.182 0.075 0.025 0.002 123 L 0.006 0.036 0.156 0.306 0.372 0.109 0.015 124 L 0.002 0.006 0.009 0.031 0.192 0.586 0.174 125 A 0.006 0.067 0.263 0.399 0.195 0.066 0.004 126 E 0.041 0.240 0.349 0.294 0.058 0.018 0.001 127 S 0.004 0.018 0.086 0.255 0.404 0.220 0.011 128 I 0.008 0.016 0.029 0.111 0.372 0.418 0.046 129 E 0.074 0.334 0.335 0.176 0.066 0.014 0.001 130 A 0.126 0.377 0.276 0.171 0.041 0.009 0.001 131 G 0.054 0.109 0.239 0.320 0.216 0.060 0.002 132 M 0.120 0.165 0.245 0.273 0.162 0.034 0.001 133 T 0.471 0.355 0.116 0.040 0.015 0.003 0.001 134 R 0.399 0.322 0.161 0.090 0.023 0.005 0.001 135 G 0.385 0.322 0.160 0.090 0.036 0.007 0.001 136 L 0.145 0.309 0.286 0.180 0.063 0.015 0.001 137 F 0.062 0.083 0.147 0.267 0.326 0.109 0.006 138 R 0.138 0.267 0.283 0.221 0.072 0.018 0.001 139 R 0.382 0.335 0.165 0.078 0.031 0.008 0.001 140 D 0.306 0.322 0.214 0.116 0.032 0.009 0.001 141 L 0.077 0.094 0.172 0.291 0.271 0.089 0.008 142 H 0.209 0.363 0.219 0.119 0.059 0.028 0.004 143 A 0.073 0.118 0.166 0.255 0.220 0.142 0.026 144 V 0.108 0.167 0.222 0.235 0.162 0.092 0.015 145 N 0.060 0.118 0.180 0.225 0.211 0.155 0.052 146 S 0.022 0.034 0.064 0.138 0.190 0.292 0.259 147 A 0.012 0.018 0.033 0.087 0.190 0.356 0.304 148 L 0.015 0.035 0.068 0.125 0.210 0.293 0.254 149 A 0.008 0.013 0.023 0.068 0.109 0.266 0.513 150 L 0.002 0.004 0.008 0.030 0.055 0.230 0.670 151 A 0.003 0.006 0.013 0.034 0.113 0.306 0.525 152 G 0.007 0.017 0.027 0.058 0.131 0.275 0.485 153 M 0.005 0.009 0.014 0.058 0.064 0.245 0.604 154 V 0.003 0.005 0.011 0.039 0.090 0.294 0.558 155 N 0.008 0.020 0.045 0.096 0.205 0.306 0.319 156 Y 0.009 0.022 0.035 0.073 0.163 0.321 0.377 157 F 0.008 0.013 0.019 0.064 0.099 0.295 0.501 158 F 0.008 0.011 0.017 0.046 0.128 0.343 0.447 159 L 0.016 0.028 0.038 0.081 0.165 0.313 0.358 160 S 0.035 0.067 0.084 0.148 0.194 0.278 0.194 161 T 0.060 0.105 0.125 0.184 0.200 0.232 0.093 162 L 0.080 0.104 0.136 0.198 0.227 0.201 0.055 163 A 0.161 0.171 0.168 0.187 0.163 0.120 0.029 164 T 0.270 0.205 0.187 0.165 0.102 0.058 0.013 165 E 0.499 0.254 0.121 0.071 0.034 0.017 0.004 166 G 0.391 0.235 0.150 0.118 0.068 0.031 0.006 167 L 0.242 0.180 0.168 0.188 0.141 0.071 0.009 168 T 0.259 0.240 0.190 0.158 0.100 0.049 0.004 169 S 0.305 0.257 0.195 0.137 0.075 0.030 0.002 170 H 0.337 0.241 0.189 0.141 0.069 0.022 0.002 171 S 0.384 0.242 0.176 0.116 0.061 0.019 0.001 172 P 0.452 0.269 0.169 0.076 0.028 0.007 0.001 173 D 0.553 0.272 0.114 0.047 0.013 0.002 0.001 174 Q 0.450 0.296 0.150 0.072 0.025 0.006 0.001 175 D 0.205 0.212 0.244 0.224 0.091 0.024 0.001 176 E 0.447 0.366 0.126 0.044 0.014 0.003 0.001 177 E 0.247 0.441 0.196 0.092 0.021 0.003 0.001 178 L 0.016 0.047 0.108 0.240 0.384 0.194 0.012 179 I 0.011 0.053 0.143 0.312 0.308 0.164 0.009 180 R 0.101 0.306 0.300 0.189 0.080 0.023 0.002 181 Q 0.020 0.100 0.281 0.347 0.199 0.047 0.006 182 Y 0.002 0.007 0.011 0.036 0.183 0.567 0.194 183 V 0.005 0.030 0.127 0.302 0.310 0.196 0.031 184 A 0.030 0.147 0.310 0.313 0.114 0.071 0.014 185 I 0.011 0.019 0.053 0.143 0.315 0.369 0.090 186 F 0.011 0.017 0.023 0.082 0.197 0.454 0.215 187 T 0.041 0.116 0.215 0.237 0.222 0.140 0.028 188 R 0.110 0.278 0.270 0.216 0.085 0.036 0.004 189 G 0.204 0.221 0.168 0.186 0.139 0.074 0.009 190 I 0.159 0.118 0.190 0.260 0.181 0.082 0.010 191 M 0.617 0.238 0.093 0.035 0.012 0.005 0.001 192 A 0.655 0.196 0.077 0.046 0.018 0.007 0.001