# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2159 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.034 0.391 0.003 0.009 0.008 0.008 0.065 0.005 0.002 0.141 0.336 2 C 0.012 0.882 0.001 0.003 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.014 0.073 3 R 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 0.025 4 S 0.004 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.050 0.027 5 R 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 6 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 7 M 0.003 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.836 0.011 8 E 0.001 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.003 9 V 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 10 A 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 11 T 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.006 12 E 0.003 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.006 13 L 0.010 0.766 0.070 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.016 0.101 0.024 14 F 0.073 0.120 0.368 0.007 0.002 0.004 0.023 0.024 0.143 0.170 0.066 15 A 0.513 0.105 0.045 0.006 0.001 0.003 0.042 0.018 0.034 0.031 0.201 16 Q 0.152 0.035 0.006 0.025 0.003 0.004 0.066 0.011 0.006 0.034 0.658 17 K 0.017 0.019 0.006 0.031 0.005 0.006 0.138 0.004 0.004 0.036 0.734 18 G 0.093 0.033 0.005 0.023 0.005 0.017 0.139 0.020 0.003 0.060 0.601 19 F 0.096 0.023 0.004 0.023 0.011 0.007 0.097 0.013 0.001 0.065 0.660 20 Y 0.040 0.056 0.001 0.101 0.024 0.025 0.131 0.004 0.001 0.045 0.573 21 G 0.008 0.136 0.001 0.087 0.018 0.030 0.109 0.002 0.001 0.035 0.574 22 V 0.008 0.283 0.005 0.043 0.052 0.045 0.062 0.011 0.002 0.057 0.432 23 S 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 24 I 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 25 R 0.003 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.039 0.015 26 E 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 27 L 0.015 0.773 0.093 0.003 0.005 0.002 0.004 0.006 0.010 0.066 0.024 28 A 0.185 0.142 0.342 0.004 0.005 0.023 0.012 0.028 0.134 0.073 0.051 29 Q 0.656 0.024 0.007 0.002 0.002 0.005 0.028 0.007 0.008 0.023 0.239 30 A 0.027 0.006 0.002 0.011 0.005 0.003 0.052 0.002 0.001 0.037 0.853 31 A 0.007 0.004 0.001 0.018 0.004 0.005 0.247 0.001 0.001 0.035 0.678 32 G 0.010 0.008 0.002 0.030 0.005 0.017 0.146 0.003 0.001 0.053 0.725 33 A 0.010 0.041 0.003 0.023 0.013 0.005 0.176 0.003 0.001 0.040 0.686 34 S 0.113 0.480 0.003 0.082 0.013 0.024 0.049 0.009 0.001 0.080 0.146 35 I 0.078 0.245 0.003 0.131 0.016 0.027 0.049 0.006 0.001 0.156 0.289 36 S 0.012 0.267 0.007 0.203 0.048 0.074 0.049 0.003 0.001 0.106 0.230 37 M 0.030 0.128 0.010 0.166 0.075 0.232 0.045 0.011 0.002 0.110 0.192 38 I 0.027 0.075 0.007 0.126 0.224 0.218 0.047 0.010 0.002 0.062 0.202 39 S 0.023 0.039 0.003 0.116 0.195 0.204 0.072 0.005 0.002 0.062 0.279 40 Y 0.021 0.039 0.009 0.098 0.187 0.187 0.106 0.007 0.003 0.052 0.291 41 H 0.093 0.067 0.005 0.049 0.074 0.089 0.086 0.017 0.003 0.037 0.481 42 F 0.248 0.118 0.004 0.032 0.034 0.035 0.075 0.016 0.003 0.045 0.389 43 G 0.029 0.176 0.003 0.015 0.013 0.014 0.114 0.006 0.002 0.027 0.602 44 G 0.034 0.806 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.008 0.001 0.016 0.115 45 K 0.046 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.008 0.017 46 E 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 47 G 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 48 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 49 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 50 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 51 A 0.002 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 52 V 0.007 0.948 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.006 53 L 0.014 0.936 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.015 54 Q 0.019 0.912 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.019 0.032 55 E 0.015 0.893 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.025 0.045 56 Q 0.026 0.861 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.008 0.029 0.053 57 F 0.067 0.745 0.013 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.012 0.049 0.085 58 A 0.076 0.629 0.015 0.002 0.001 0.001 0.027 0.011 0.013 0.060 0.165 59 C 0.077 0.614 0.014 0.003 0.001 0.001 0.022 0.013 0.011 0.047 0.197 60 F 0.146 0.437 0.016 0.006 0.002 0.002 0.033 0.019 0.013 0.067 0.259 61 G 0.096 0.296 0.016 0.009 0.003 0.005 0.061 0.016 0.012 0.070 0.416 62 Q 0.072 0.295 0.008 0.009 0.003 0.005 0.070 0.013 0.006 0.050 0.469 63 L 0.094 0.405 0.010 0.011 0.004 0.004 0.055 0.016 0.006 0.058 0.338 64 D 0.153 0.288 0.011 0.018 0.007 0.009 0.073 0.020 0.006 0.080 0.335 65 D 0.162 0.225 0.007 0.017 0.005 0.008 0.080 0.012 0.004 0.065 0.415 66 I 0.142 0.092 0.006 0.020 0.008 0.010 0.080 0.010 0.003 0.075 0.553 67 R 0.163 0.030 0.009 0.016 0.007 0.011 0.115 0.013 0.005 0.093 0.538 68 G 0.315 0.012 0.003 0.009 0.005 0.007 0.039 0.012 0.002 0.040 0.556 69 Q 0.083 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.067 0.002 0.001 0.033 0.793 70 A 0.003 0.005 0.001 0.007 0.001 0.002 0.246 0.001 0.001 0.008 0.727 71 G 0.004 0.099 0.001 0.004 0.001 0.001 0.090 0.002 0.001 0.025 0.773 72 D 0.029 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 0.022 73 P 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 74 L 0.005 0.192 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.786 0.012 75 A 0.001 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 76 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 77 M 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 78 T 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 79 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 80 Y 0.005 0.415 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.557 0.010 81 L 0.003 0.959 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.003 82 R 0.007 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.013 83 W 0.005 0.930 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.029 0.020 84 T 0.025 0.814 0.012 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.011 0.078 0.040 85 I 0.064 0.724 0.022 0.003 0.002 0.002 0.019 0.007 0.014 0.070 0.073 86 Q 0.124 0.303 0.031 0.008 0.004 0.004 0.058 0.018 0.024 0.151 0.275 87 R 0.130 0.113 0.033 0.011 0.007 0.010 0.047 0.027 0.023 0.114 0.486 88 H 0.274 0.038 0.009 0.013 0.007 0.010 0.060 0.012 0.011 0.068 0.499 89 R 0.023 0.017 0.005 0.013 0.005 0.007 0.106 0.003 0.004 0.026 0.792 90 N 0.011 0.067 0.003 0.007 0.004 0.004 0.125 0.004 0.002 0.019 0.755 91 N 0.177 0.575 0.002 0.003 0.002 0.003 0.050 0.012 0.001 0.042 0.132 92 P 0.074 0.643 0.002 0.004 0.003 0.002 0.035 0.004 0.001 0.069 0.164 93 Q 0.011 0.767 0.002 0.006 0.002 0.005 0.016 0.002 0.001 0.061 0.127 94 L 0.008 0.847 0.003 0.008 0.005 0.007 0.007 0.002 0.001 0.048 0.063 95 L 0.009 0.103 0.002 0.018 0.023 0.027 0.022 0.003 0.001 0.724 0.069 96 R 0.005 0.133 0.005 0.038 0.030 0.033 0.023 0.002 0.002 0.666 0.064 97 F 0.016 0.421 0.017 0.074 0.081 0.036 0.035 0.004 0.006 0.175 0.136 98 Y 0.063 0.417 0.014 0.046 0.048 0.070 0.030 0.009 0.006 0.114 0.184 99 T 0.111 0.085 0.006 0.025 0.020 0.048 0.073 0.009 0.004 0.311 0.308 100 S 0.072 0.056 0.013 0.038 0.041 0.051 0.124 0.006 0.006 0.206 0.385 101 E 0.117 0.021 0.005 0.031 0.023 0.030 0.118 0.007 0.004 0.102 0.543 102 L 0.052 0.008 0.002 0.018 0.014 0.019 0.080 0.006 0.001 0.046 0.754 103 T 0.018 0.007 0.001 0.010 0.008 0.009 0.072 0.002 0.001 0.024 0.848 104 N 0.041 0.080 0.002 0.014 0.010 0.012 0.107 0.004 0.001 0.045 0.684 105 P 0.031 0.277 0.001 0.007 0.006 0.005 0.102 0.004 0.001 0.035 0.531 106 T 0.055 0.718 0.001 0.003 0.002 0.003 0.035 0.004 0.001 0.057 0.122 107 P 0.040 0.809 0.003 0.003 0.002 0.002 0.015 0.003 0.001 0.042 0.081 108 C 0.044 0.795 0.006 0.003 0.002 0.003 0.013 0.004 0.002 0.038 0.090 109 F 0.101 0.745 0.008 0.003 0.003 0.005 0.009 0.011 0.004 0.032 0.080 110 A 0.137 0.250 0.005 0.008 0.016 0.016 0.042 0.014 0.003 0.224 0.284 111 A 0.042 0.262 0.006 0.012 0.012 0.013 0.078 0.006 0.004 0.201 0.362 112 I 0.025 0.501 0.007 0.008 0.009 0.007 0.053 0.005 0.004 0.057 0.325 113 V 0.029 0.749 0.004 0.002 0.003 0.004 0.016 0.009 0.003 0.024 0.158 114 S 0.032 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 0.039 115 P 0.019 0.705 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.003 0.001 0.155 0.094 116 A 0.005 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.039 0.025 117 I 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 118 A 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 119 S 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 120 V 0.003 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 121 I 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 122 R 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 123 L 0.006 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.449 0.025 124 L 0.002 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.003 125 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 126 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 127 S 0.003 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 128 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 129 E 0.019 0.187 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.743 0.035 130 A 0.007 0.269 0.066 0.004 0.001 0.001 0.016 0.002 0.022 0.565 0.048 131 G 0.151 0.162 0.251 0.010 0.002 0.003 0.033 0.015 0.108 0.147 0.118 132 M 0.463 0.045 0.029 0.005 0.002 0.003 0.031 0.018 0.019 0.036 0.349 133 T 0.124 0.023 0.003 0.011 0.002 0.004 0.110 0.007 0.004 0.024 0.690 134 R 0.021 0.025 0.001 0.018 0.005 0.008 0.211 0.002 0.001 0.026 0.681 135 G 0.031 0.026 0.002 0.052 0.011 0.020 0.228 0.005 0.001 0.074 0.551 136 L 0.021 0.027 0.006 0.108 0.036 0.037 0.155 0.004 0.001 0.068 0.537 137 F 0.045 0.024 0.003 0.086 0.035 0.055 0.152 0.007 0.001 0.072 0.520 138 R 0.292 0.018 0.001 0.109 0.022 0.036 0.060 0.010 0.001 0.093 0.360 139 R 0.023 0.007 0.001 0.073 0.012 0.010 0.052 0.001 0.001 0.049 0.771 140 D 0.007 0.043 0.001 0.049 0.009 0.013 0.089 0.001 0.001 0.053 0.733 141 L 0.010 0.069 0.001 0.012 0.004 0.004 0.080 0.003 0.001 0.242 0.575 142 H 0.028 0.203 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.003 0.001 0.687 0.056 143 A 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.019 144 V 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 145 N 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 146 S 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 147 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 148 L 0.001 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 149 A 0.001 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 150 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 151 A 0.008 0.663 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.290 0.013 152 G 0.006 0.878 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.072 0.009 153 M 0.017 0.899 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.039 0.023 154 V 0.008 0.915 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.026 0.032 155 N 0.007 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.025 0.030 156 Y 0.015 0.312 0.003 0.003 0.003 0.004 0.018 0.005 0.002 0.566 0.067 157 F 0.011 0.123 0.008 0.005 0.003 0.002 0.019 0.004 0.006 0.776 0.044 158 F 0.025 0.757 0.014 0.008 0.004 0.003 0.016 0.004 0.010 0.085 0.074 159 L 0.044 0.676 0.008 0.011 0.011 0.011 0.013 0.007 0.004 0.064 0.152 160 S 0.043 0.110 0.004 0.011 0.015 0.035 0.047 0.008 0.004 0.515 0.209 161 T 0.039 0.178 0.024 0.022 0.021 0.025 0.114 0.005 0.010 0.341 0.220 162 L 0.113 0.145 0.031 0.031 0.027 0.026 0.130 0.011 0.013 0.127 0.345 163 A 0.191 0.078 0.008 0.016 0.016 0.022 0.072 0.016 0.004 0.067 0.510 164 T 0.147 0.025 0.002 0.016 0.014 0.025 0.101 0.007 0.002 0.091 0.570 165 E 0.042 0.016 0.003 0.028 0.023 0.030 0.132 0.002 0.001 0.083 0.639 166 G 0.057 0.012 0.002 0.028 0.019 0.031 0.169 0.005 0.001 0.079 0.598 167 L 0.083 0.006 0.001 0.021 0.021 0.028 0.082 0.006 0.001 0.056 0.696 168 T 0.079 0.003 0.001 0.027 0.019 0.020 0.100 0.002 0.001 0.061 0.688 169 S 0.014 0.003 0.001 0.021 0.011 0.019 0.146 0.001 0.001 0.024 0.760 170 H 0.020 0.006 0.001 0.011 0.007 0.008 0.107 0.002 0.001 0.029 0.810 171 S 0.316 0.042 0.001 0.013 0.011 0.012 0.066 0.007 0.001 0.067 0.465 172 P 0.048 0.056 0.001 0.007 0.004 0.004 0.108 0.001 0.001 0.031 0.740 173 D 0.019 0.329 0.001 0.008 0.003 0.004 0.094 0.002 0.001 0.052 0.488 174 Q 0.013 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.010 0.043 175 D 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 176 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 177 E 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 178 L 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 179 I 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 180 R 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 181 Q 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 182 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 183 V 0.006 0.233 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.741 0.010 184 A 0.007 0.656 0.034 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.262 0.012 185 I 0.044 0.631 0.075 0.009 0.003 0.002 0.012 0.005 0.044 0.102 0.074 186 F 0.137 0.389 0.048 0.008 0.002 0.006 0.030 0.025 0.047 0.087 0.221 187 T 0.191 0.212 0.013 0.006 0.003 0.005 0.050 0.016 0.016 0.048 0.441 188 R 0.095 0.110 0.013 0.013 0.007 0.009 0.135 0.010 0.009 0.065 0.533 189 G 0.090 0.046 0.010 0.014 0.006 0.013 0.155 0.014 0.006 0.073 0.572 190 I 0.101 0.025 0.007 0.016 0.010 0.010 0.110 0.010 0.003 0.050 0.657 191 M 0.109 0.024 0.005 0.027 0.017 0.020 0.117 0.007 0.003 0.044 0.628 192 A 0.043 0.014 0.002 0.019 0.012 0.019 0.109 0.003 0.001 0.029 0.749