# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2159 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.031 0.308 0.012 0.023 0.014 0.069 0.175 0.367 2 C 0.034 0.694 0.004 0.004 0.009 0.020 0.043 0.191 3 R 0.011 0.949 0.001 0.002 0.001 0.003 0.017 0.016 4 S 0.004 0.946 0.001 0.002 0.002 0.003 0.024 0.017 5 R 0.004 0.960 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 0.008 6 L 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 7 M 0.002 0.265 0.004 0.002 0.001 0.003 0.717 0.005 8 E 0.001 0.913 0.002 0.002 0.001 0.001 0.078 0.004 9 V 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 10 A 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 11 T 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 12 E 0.015 0.878 0.003 0.001 0.001 0.004 0.085 0.015 13 L 0.030 0.717 0.011 0.002 0.002 0.012 0.180 0.047 14 F 0.083 0.411 0.033 0.005 0.004 0.039 0.295 0.131 15 A 0.167 0.200 0.024 0.004 0.005 0.072 0.112 0.416 16 Q 0.097 0.111 0.035 0.004 0.005 0.093 0.048 0.607 17 K 0.053 0.106 0.040 0.005 0.006 0.100 0.042 0.649 18 G 0.119 0.126 0.040 0.007 0.007 0.126 0.040 0.536 19 F 0.094 0.080 0.081 0.005 0.009 0.101 0.177 0.453 20 Y 0.009 0.119 0.122 0.010 0.012 0.082 0.118 0.528 21 G 0.014 0.294 0.103 0.014 0.020 0.074 0.095 0.386 22 V 0.006 0.352 0.267 0.022 0.016 0.039 0.081 0.218 23 S 0.011 0.916 0.008 0.001 0.002 0.002 0.048 0.013 24 I 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 25 R 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 26 E 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 27 L 0.025 0.828 0.010 0.001 0.001 0.006 0.102 0.027 28 A 0.058 0.073 0.137 0.012 0.003 0.032 0.633 0.052 29 Q 0.831 0.015 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.114 30 A 0.028 0.003 0.015 0.001 0.001 0.085 0.030 0.837 31 A 0.008 0.008 0.059 0.002 0.002 0.144 0.018 0.759 32 G 0.021 0.012 0.013 0.002 0.002 0.151 0.026 0.773 33 A 0.007 0.009 0.058 0.006 0.003 0.157 0.014 0.746 34 S 0.132 0.246 0.092 0.011 0.032 0.066 0.139 0.284 35 I 0.034 0.065 0.231 0.011 0.017 0.101 0.194 0.348 36 S 0.008 0.055 0.408 0.058 0.095 0.064 0.140 0.172 37 M 0.021 0.060 0.282 0.075 0.250 0.041 0.131 0.140 38 I 0.012 0.052 0.282 0.213 0.202 0.042 0.080 0.117 39 S 0.016 0.023 0.167 0.169 0.264 0.083 0.061 0.217 40 Y 0.020 0.032 0.142 0.173 0.220 0.071 0.097 0.244 41 H 0.042 0.025 0.056 0.072 0.089 0.101 0.049 0.567 42 F 0.070 0.104 0.054 0.070 0.073 0.123 0.089 0.417 43 G 0.018 0.129 0.017 0.010 0.013 0.083 0.023 0.707 44 G 0.064 0.762 0.003 0.002 0.003 0.017 0.059 0.089 45 K 0.039 0.802 0.001 0.002 0.001 0.008 0.105 0.042 46 E 0.010 0.920 0.002 0.001 0.001 0.004 0.034 0.028 47 G 0.010 0.958 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.014 48 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 49 Y 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 50 A 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 51 A 0.007 0.923 0.002 0.001 0.001 0.002 0.059 0.007 52 V 0.011 0.911 0.003 0.001 0.001 0.002 0.062 0.009 53 L 0.013 0.903 0.003 0.001 0.001 0.005 0.059 0.017 54 Q 0.027 0.842 0.004 0.001 0.001 0.011 0.063 0.052 55 E 0.027 0.853 0.003 0.001 0.001 0.009 0.036 0.071 56 Q 0.029 0.846 0.005 0.001 0.001 0.011 0.042 0.066 57 F 0.071 0.733 0.008 0.002 0.001 0.020 0.083 0.081 58 A 0.066 0.585 0.013 0.002 0.003 0.032 0.078 0.222 59 C 0.120 0.436 0.024 0.003 0.004 0.044 0.092 0.277 60 F 0.190 0.400 0.021 0.005 0.005 0.051 0.113 0.215 61 G 0.070 0.176 0.039 0.005 0.008 0.099 0.106 0.496 62 Q 0.054 0.305 0.017 0.005 0.008 0.072 0.047 0.490 63 L 0.087 0.409 0.026 0.009 0.009 0.075 0.092 0.292 64 D 0.080 0.291 0.027 0.014 0.011 0.077 0.084 0.416 65 D 0.230 0.155 0.016 0.008 0.012 0.050 0.084 0.444 66 I 0.188 0.045 0.046 0.015 0.017 0.088 0.057 0.546 67 R 0.146 0.025 0.059 0.011 0.015 0.089 0.034 0.622 68 G 0.331 0.010 0.013 0.002 0.003 0.045 0.029 0.567 69 Q 0.187 0.009 0.008 0.002 0.003 0.059 0.045 0.687 70 A 0.002 0.007 0.010 0.002 0.002 0.121 0.013 0.843 71 G 0.005 0.053 0.004 0.001 0.002 0.093 0.006 0.837 72 D 0.019 0.900 0.002 0.001 0.001 0.011 0.033 0.032 73 P 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.010 74 L 0.002 0.101 0.003 0.001 0.001 0.001 0.888 0.004 75 A 0.001 0.826 0.009 0.002 0.001 0.004 0.142 0.016 76 V 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 77 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 78 T 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 79 A 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 80 Y 0.008 0.188 0.005 0.001 0.001 0.003 0.789 0.007 81 L 0.002 0.892 0.003 0.003 0.001 0.007 0.076 0.018 82 R 0.013 0.866 0.011 0.001 0.001 0.009 0.057 0.042 83 W 0.005 0.906 0.010 0.003 0.002 0.008 0.034 0.033 84 T 0.019 0.828 0.012 0.002 0.003 0.010 0.090 0.036 85 I 0.055 0.674 0.025 0.010 0.006 0.024 0.115 0.091 86 Q 0.118 0.305 0.043 0.010 0.011 0.046 0.244 0.223 87 R 0.159 0.278 0.044 0.012 0.009 0.061 0.080 0.358 88 H 0.526 0.015 0.008 0.002 0.004 0.055 0.050 0.339 89 R 0.010 0.012 0.023 0.005 0.007 0.170 0.024 0.747 90 N 0.008 0.036 0.008 0.001 0.003 0.082 0.009 0.853 91 N 0.215 0.507 0.002 0.003 0.001 0.032 0.120 0.120 92 P 0.042 0.499 0.005 0.004 0.002 0.057 0.073 0.319 93 Q 0.029 0.673 0.015 0.003 0.011 0.026 0.043 0.200 94 L 0.025 0.775 0.022 0.004 0.014 0.019 0.058 0.083 95 L 0.009 0.340 0.098 0.028 0.046 0.032 0.382 0.066 96 R 0.004 0.261 0.052 0.083 0.078 0.025 0.443 0.055 97 F 0.019 0.376 0.131 0.079 0.110 0.029 0.148 0.109 98 Y 0.070 0.328 0.138 0.097 0.070 0.045 0.109 0.143 99 T 0.120 0.074 0.070 0.049 0.042 0.096 0.295 0.254 100 S 0.101 0.052 0.083 0.028 0.028 0.121 0.156 0.431 101 E 0.129 0.018 0.038 0.007 0.012 0.109 0.059 0.628 102 L 0.044 0.022 0.024 0.012 0.010 0.133 0.030 0.727 103 T 0.022 0.006 0.018 0.004 0.007 0.168 0.024 0.752 104 N 0.010 0.029 0.020 0.004 0.006 0.156 0.043 0.732 105 P 0.044 0.385 0.008 0.002 0.003 0.066 0.059 0.433 106 T 0.054 0.824 0.001 0.001 0.001 0.011 0.043 0.065 107 P 0.022 0.815 0.003 0.001 0.001 0.014 0.039 0.106 108 C 0.084 0.757 0.011 0.001 0.003 0.012 0.051 0.081 109 F 0.163 0.573 0.016 0.003 0.004 0.018 0.158 0.063 110 A 0.084 0.259 0.020 0.008 0.011 0.060 0.230 0.328 111 A 0.047 0.125 0.018 0.008 0.016 0.094 0.181 0.510 112 I 0.014 0.381 0.036 0.011 0.014 0.091 0.083 0.370 113 V 0.025 0.742 0.010 0.003 0.003 0.033 0.024 0.160 114 S 0.090 0.808 0.002 0.001 0.001 0.010 0.045 0.045 115 P 0.025 0.393 0.014 0.001 0.001 0.034 0.376 0.155 116 A 0.008 0.785 0.011 0.001 0.001 0.014 0.118 0.062 117 I 0.014 0.910 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.012 118 A 0.003 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.026 119 S 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 120 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 121 I 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 122 R 0.009 0.872 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.012 123 L 0.004 0.207 0.009 0.001 0.001 0.006 0.752 0.023 124 L 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.007 125 A 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 126 E 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 127 S 0.004 0.920 0.003 0.001 0.001 0.003 0.061 0.008 128 I 0.024 0.917 0.002 0.001 0.001 0.002 0.050 0.005 129 E 0.025 0.059 0.008 0.001 0.001 0.026 0.770 0.112 130 A 0.006 0.343 0.025 0.002 0.002 0.086 0.201 0.334 131 G 0.044 0.135 0.204 0.003 0.002 0.084 0.360 0.168 132 M 0.534 0.054 0.023 0.003 0.001 0.048 0.065 0.271 133 T 0.108 0.040 0.009 0.001 0.002 0.082 0.024 0.735 134 R 0.007 0.015 0.053 0.003 0.005 0.139 0.018 0.760 135 G 0.057 0.044 0.034 0.017 0.036 0.124 0.056 0.631 136 L 0.017 0.013 0.074 0.037 0.036 0.138 0.033 0.653 137 F 0.073 0.022 0.078 0.029 0.060 0.094 0.058 0.586 138 R 0.241 0.033 0.057 0.019 0.021 0.074 0.158 0.397 139 R 0.095 0.026 0.027 0.005 0.008 0.078 0.022 0.740 140 D 0.018 0.064 0.009 0.005 0.010 0.118 0.035 0.740 141 L 0.015 0.104 0.022 0.007 0.011 0.156 0.094 0.591 142 H 0.022 0.331 0.005 0.004 0.003 0.022 0.556 0.057 143 A 0.012 0.776 0.003 0.001 0.001 0.013 0.138 0.055 144 V 0.006 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.010 145 N 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.008 146 S 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 147 A 0.002 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 148 L 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.002 149 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 150 L 0.003 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 151 A 0.003 0.257 0.006 0.001 0.001 0.002 0.725 0.004 152 G 0.004 0.835 0.003 0.001 0.001 0.003 0.142 0.010 153 M 0.011 0.957 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.009 154 V 0.004 0.951 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 0.017 155 N 0.005 0.938 0.003 0.001 0.002 0.005 0.033 0.013 156 Y 0.017 0.472 0.020 0.002 0.004 0.011 0.458 0.016 157 F 0.005 0.083 0.021 0.008 0.005 0.016 0.835 0.027 158 F 0.011 0.675 0.039 0.017 0.011 0.033 0.142 0.072 159 L 0.046 0.660 0.044 0.008 0.010 0.040 0.058 0.134 160 S 0.055 0.225 0.054 0.016 0.013 0.089 0.296 0.252 161 T 0.048 0.238 0.048 0.017 0.023 0.127 0.153 0.346 162 L 0.108 0.094 0.074 0.016 0.032 0.104 0.185 0.388 163 A 0.135 0.089 0.020 0.017 0.015 0.101 0.070 0.553 164 T 0.137 0.031 0.017 0.008 0.016 0.128 0.100 0.563 165 E 0.017 0.011 0.045 0.013 0.023 0.186 0.052 0.653 166 G 0.035 0.012 0.030 0.010 0.016 0.153 0.040 0.704 167 L 0.092 0.024 0.026 0.025 0.019 0.132 0.063 0.619 168 T 0.114 0.009 0.023 0.008 0.014 0.130 0.039 0.663 169 S 0.010 0.005 0.034 0.006 0.013 0.188 0.042 0.702 170 H 0.011 0.011 0.034 0.004 0.006 0.144 0.033 0.757 171 S 0.208 0.263 0.008 0.005 0.004 0.068 0.149 0.296 172 P 0.081 0.236 0.003 0.002 0.001 0.083 0.067 0.527 173 D 0.018 0.509 0.006 0.001 0.002 0.049 0.075 0.339 174 Q 0.007 0.915 0.002 0.001 0.001 0.007 0.036 0.032 175 D 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 176 E 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 177 E 0.002 0.886 0.001 0.001 0.001 0.002 0.101 0.008 178 L 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 179 I 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 180 R 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 181 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 182 Y 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 183 V 0.003 0.244 0.004 0.001 0.001 0.003 0.741 0.004 184 A 0.002 0.723 0.010 0.003 0.001 0.007 0.236 0.017 185 I 0.038 0.649 0.060 0.003 0.003 0.014 0.182 0.050 186 F 0.071 0.584 0.048 0.009 0.004 0.033 0.130 0.122 187 T 0.102 0.351 0.037 0.004 0.007 0.073 0.080 0.345 188 R 0.113 0.123 0.071 0.011 0.016 0.091 0.094 0.482 189 G 0.085 0.045 0.034 0.012 0.019 0.098 0.058 0.649 190 I 0.091 0.035 0.028 0.019 0.026 0.112 0.046 0.644 191 M 0.094 0.026 0.027 0.012 0.024 0.107 0.048 0.661 192 A 0.070 0.018 0.026 0.011 0.018 0.110 0.041 0.706