# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2159 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.288 0.142 0.072 0.130 0.104 0.071 0.082 0.048 0.029 0.020 0.013 2 C 0.066 0.163 0.061 0.137 0.137 0.100 0.128 0.090 0.059 0.041 0.018 3 R 0.037 0.041 0.034 0.097 0.135 0.178 0.225 0.119 0.074 0.044 0.015 4 S 0.188 0.084 0.294 0.219 0.095 0.054 0.037 0.016 0.007 0.004 0.001 5 R 0.012 0.042 0.069 0.208 0.207 0.209 0.169 0.053 0.019 0.007 0.004 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.040 0.153 0.258 0.532 7 M 0.001 0.001 0.006 0.017 0.077 0.198 0.342 0.153 0.109 0.068 0.028 8 E 0.009 0.018 0.847 0.101 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.012 0.020 0.055 0.211 0.424 0.148 0.071 0.038 0.019 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.187 0.327 0.446 11 T 0.001 0.003 0.031 0.054 0.145 0.235 0.340 0.110 0.048 0.027 0.007 12 E 0.001 0.010 0.838 0.104 0.032 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.002 0.002 0.013 0.015 0.036 0.150 0.391 0.201 0.098 0.062 0.031 14 F 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.009 0.030 0.064 0.220 0.326 0.341 15 A 0.004 0.006 0.041 0.047 0.092 0.143 0.255 0.148 0.125 0.094 0.046 16 Q 0.016 0.055 0.465 0.194 0.105 0.076 0.048 0.017 0.012 0.008 0.003 17 K 0.026 0.042 0.070 0.098 0.117 0.182 0.249 0.117 0.055 0.028 0.015 18 G 0.186 0.089 0.036 0.083 0.072 0.076 0.128 0.119 0.092 0.068 0.052 19 F 0.022 0.026 0.024 0.048 0.065 0.086 0.143 0.142 0.154 0.156 0.134 20 Y 0.053 0.117 0.088 0.156 0.162 0.129 0.133 0.074 0.045 0.029 0.013 21 G 0.204 0.127 0.069 0.155 0.122 0.111 0.105 0.049 0.030 0.017 0.010 22 V 0.083 0.022 0.022 0.038 0.048 0.069 0.146 0.147 0.155 0.145 0.124 23 S 0.023 0.122 0.029 0.198 0.204 0.123 0.129 0.084 0.044 0.028 0.016 24 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.042 0.087 0.214 0.272 0.360 25 R 0.058 0.035 0.090 0.218 0.267 0.161 0.111 0.037 0.015 0.005 0.003 26 E 0.027 0.044 0.216 0.306 0.182 0.090 0.095 0.027 0.009 0.004 0.002 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.026 0.038 0.206 0.290 0.427 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.054 0.200 0.362 0.340 29 Q 0.001 0.014 0.504 0.244 0.143 0.062 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 30 A 0.001 0.008 0.119 0.089 0.131 0.246 0.227 0.090 0.042 0.030 0.017 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.055 0.231 0.265 0.409 32 G 0.263 0.148 0.042 0.179 0.138 0.067 0.091 0.042 0.017 0.007 0.006 33 A 0.005 0.004 0.025 0.014 0.022 0.024 0.054 0.076 0.177 0.212 0.388 34 S 0.027 0.086 0.058 0.136 0.170 0.129 0.156 0.093 0.064 0.046 0.035 35 I 0.011 0.020 0.017 0.053 0.067 0.122 0.176 0.161 0.165 0.127 0.079 36 S 0.045 0.051 0.047 0.119 0.122 0.146 0.158 0.131 0.080 0.056 0.044 37 M 0.004 0.006 0.012 0.033 0.043 0.056 0.134 0.186 0.208 0.184 0.136 38 I 0.003 0.004 0.008 0.013 0.019 0.027 0.065 0.101 0.206 0.256 0.299 39 S 0.019 0.024 0.046 0.108 0.141 0.127 0.165 0.119 0.113 0.080 0.059 40 Y 0.034 0.032 0.053 0.086 0.098 0.135 0.183 0.126 0.120 0.082 0.051 41 H 0.019 0.030 0.029 0.087 0.111 0.088 0.190 0.178 0.121 0.076 0.072 42 F 0.041 0.030 0.024 0.033 0.039 0.059 0.137 0.116 0.184 0.187 0.149 43 G 0.182 0.190 0.117 0.246 0.140 0.058 0.036 0.015 0.009 0.005 0.004 44 G 0.213 0.182 0.082 0.131 0.098 0.069 0.081 0.056 0.042 0.031 0.015 45 K 0.018 0.033 0.017 0.064 0.089 0.137 0.220 0.144 0.131 0.100 0.047 46 E 0.115 0.131 0.159 0.203 0.119 0.111 0.082 0.038 0.024 0.014 0.005 47 G 0.069 0.081 0.156 0.249 0.156 0.139 0.098 0.031 0.013 0.006 0.003 48 L 0.002 0.003 0.008 0.010 0.020 0.024 0.086 0.156 0.206 0.241 0.245 49 Y 0.001 0.003 0.009 0.023 0.056 0.089 0.186 0.186 0.194 0.182 0.070 50 A 0.010 0.022 0.292 0.189 0.158 0.146 0.106 0.036 0.024 0.012 0.004 51 A 0.011 0.016 0.164 0.164 0.167 0.162 0.201 0.074 0.025 0.012 0.006 52 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.039 0.064 0.234 0.315 0.327 53 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.022 0.096 0.117 0.249 0.286 0.217 54 Q 0.004 0.017 0.442 0.197 0.150 0.102 0.053 0.016 0.011 0.007 0.003 55 E 0.012 0.028 0.301 0.162 0.149 0.156 0.130 0.040 0.013 0.007 0.003 56 Q 0.003 0.007 0.013 0.022 0.031 0.087 0.213 0.191 0.203 0.161 0.069 57 F 0.003 0.003 0.006 0.011 0.022 0.066 0.202 0.174 0.209 0.199 0.107 58 A 0.021 0.055 0.580 0.199 0.087 0.034 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 59 C 0.023 0.034 0.144 0.112 0.130 0.186 0.220 0.083 0.037 0.020 0.009 60 F 0.006 0.007 0.010 0.014 0.020 0.038 0.107 0.147 0.225 0.222 0.203 61 G 0.064 0.044 0.069 0.113 0.142 0.137 0.196 0.114 0.063 0.040 0.018 62 Q 0.052 0.109 0.392 0.219 0.105 0.057 0.033 0.015 0.009 0.006 0.003 63 L 0.042 0.043 0.050 0.083 0.109 0.138 0.222 0.141 0.086 0.053 0.033 64 D 0.172 0.089 0.049 0.089 0.086 0.089 0.153 0.113 0.080 0.051 0.029 65 D 0.190 0.160 0.158 0.209 0.125 0.061 0.048 0.024 0.013 0.007 0.004 66 I 0.121 0.065 0.071 0.092 0.098 0.102 0.154 0.107 0.085 0.064 0.040 67 R 0.142 0.143 0.069 0.160 0.132 0.089 0.116 0.070 0.042 0.024 0.013 68 G 0.199 0.168 0.106 0.150 0.106 0.080 0.083 0.048 0.030 0.020 0.010 69 Q 0.178 0.314 0.110 0.183 0.097 0.051 0.033 0.017 0.009 0.005 0.003 70 A 0.418 0.180 0.045 0.112 0.076 0.050 0.052 0.033 0.018 0.010 0.005 71 G 0.571 0.099 0.040 0.074 0.054 0.043 0.052 0.030 0.019 0.011 0.006 72 D 0.125 0.224 0.098 0.230 0.142 0.076 0.052 0.027 0.014 0.008 0.004 73 P 0.019 0.037 0.024 0.045 0.068 0.097 0.183 0.166 0.161 0.131 0.070 74 L 0.050 0.039 0.048 0.136 0.177 0.194 0.191 0.085 0.046 0.023 0.010 75 A 0.105 0.082 0.354 0.242 0.102 0.049 0.037 0.017 0.007 0.004 0.001 76 V 0.003 0.011 0.023 0.087 0.123 0.209 0.269 0.122 0.083 0.048 0.021 77 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.057 0.201 0.308 0.402 78 T 0.004 0.014 0.171 0.203 0.264 0.174 0.103 0.036 0.017 0.009 0.004 79 A 0.006 0.016 0.377 0.160 0.121 0.120 0.115 0.044 0.022 0.014 0.005 80 Y 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.048 0.127 0.124 0.253 0.249 0.174 81 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.058 0.090 0.247 0.304 0.281 82 R 0.006 0.020 0.266 0.212 0.205 0.130 0.080 0.035 0.023 0.015 0.008 83 W 0.006 0.009 0.084 0.058 0.093 0.161 0.268 0.156 0.083 0.056 0.026 84 T 0.003 0.009 0.013 0.031 0.043 0.079 0.185 0.183 0.199 0.159 0.096 85 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.030 0.101 0.126 0.234 0.255 0.232 86 Q 0.030 0.052 0.303 0.248 0.174 0.091 0.056 0.022 0.013 0.007 0.004 87 R 0.016 0.025 0.089 0.102 0.122 0.171 0.250 0.111 0.061 0.036 0.018 88 H 0.003 0.005 0.008 0.009 0.014 0.031 0.078 0.097 0.219 0.257 0.278 89 R 0.046 0.046 0.049 0.112 0.145 0.142 0.216 0.111 0.068 0.043 0.021 90 N 0.085 0.214 0.321 0.214 0.083 0.041 0.020 0.009 0.006 0.004 0.002 91 N 0.064 0.079 0.050 0.106 0.128 0.149 0.194 0.107 0.061 0.038 0.025 92 P 0.349 0.122 0.044 0.104 0.081 0.076 0.088 0.061 0.038 0.024 0.014 93 Q 0.118 0.120 0.108 0.193 0.140 0.113 0.105 0.051 0.028 0.016 0.008 94 L 0.008 0.014 0.028 0.049 0.068 0.094 0.169 0.147 0.179 0.148 0.095 95 L 0.003 0.006 0.011 0.020 0.034 0.062 0.146 0.151 0.219 0.198 0.149 96 R 0.009 0.032 0.113 0.171 0.169 0.160 0.143 0.081 0.061 0.039 0.023 97 F 0.003 0.004 0.018 0.022 0.040 0.065 0.149 0.185 0.193 0.186 0.135 98 Y 0.001 0.003 0.006 0.012 0.020 0.032 0.086 0.140 0.237 0.257 0.206 99 T 0.004 0.005 0.013 0.026 0.041 0.061 0.131 0.141 0.222 0.197 0.160 100 S 0.027 0.033 0.093 0.136 0.148 0.133 0.162 0.101 0.082 0.052 0.032 101 E 0.011 0.020 0.037 0.074 0.097 0.121 0.217 0.167 0.122 0.084 0.050 102 L 0.009 0.009 0.012 0.021 0.028 0.049 0.115 0.137 0.210 0.218 0.192 103 T 0.077 0.094 0.086 0.148 0.138 0.123 0.144 0.073 0.057 0.037 0.023 104 N 0.102 0.131 0.101 0.166 0.135 0.107 0.104 0.062 0.044 0.030 0.017 105 P 0.183 0.157 0.043 0.102 0.085 0.089 0.125 0.079 0.063 0.048 0.026 106 T 0.271 0.167 0.047 0.130 0.094 0.082 0.089 0.049 0.036 0.022 0.013 107 P 0.400 0.159 0.086 0.147 0.087 0.048 0.036 0.019 0.010 0.005 0.003 108 C 0.066 0.067 0.047 0.125 0.131 0.138 0.162 0.107 0.075 0.052 0.031 109 F 0.006 0.013 0.013 0.031 0.049 0.086 0.181 0.172 0.189 0.165 0.097 110 A 0.026 0.035 0.083 0.155 0.177 0.180 0.175 0.080 0.049 0.030 0.011 111 A 0.058 0.065 0.288 0.218 0.130 0.097 0.076 0.034 0.019 0.012 0.005 112 I 0.015 0.022 0.036 0.081 0.098 0.151 0.228 0.140 0.116 0.076 0.037 113 V 0.006 0.010 0.011 0.014 0.021 0.043 0.127 0.134 0.226 0.241 0.167 114 S 0.054 0.122 0.244 0.254 0.170 0.080 0.045 0.017 0.009 0.004 0.002 115 P 0.418 0.135 0.187 0.135 0.066 0.027 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 116 A 0.077 0.068 0.038 0.086 0.102 0.117 0.186 0.138 0.092 0.062 0.033 117 I 0.016 0.032 0.023 0.061 0.087 0.147 0.247 0.163 0.115 0.079 0.031 118 A 0.095 0.067 0.325 0.213 0.131 0.079 0.052 0.020 0.009 0.005 0.002 119 S 0.073 0.117 0.242 0.253 0.151 0.079 0.056 0.019 0.006 0.003 0.001 120 V 0.001 0.003 0.006 0.008 0.017 0.025 0.087 0.145 0.246 0.272 0.189 121 I 0.003 0.005 0.015 0.038 0.101 0.225 0.332 0.130 0.083 0.051 0.016 122 R 0.011 0.025 0.767 0.145 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.002 0.004 0.016 0.026 0.055 0.258 0.377 0.124 0.076 0.048 0.015 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.063 0.229 0.320 0.355 125 A 0.004 0.006 0.075 0.101 0.222 0.257 0.225 0.067 0.026 0.012 0.004 126 E 0.011 0.022 0.791 0.127 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.001 0.002 0.006 0.010 0.024 0.096 0.264 0.173 0.195 0.134 0.095 128 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.046 0.187 0.286 0.456 129 E 0.008 0.023 0.472 0.224 0.164 0.064 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 130 A 0.007 0.023 0.426 0.183 0.132 0.120 0.076 0.020 0.007 0.003 0.002 131 G 0.003 0.004 0.007 0.008 0.014 0.038 0.117 0.142 0.229 0.220 0.219 132 M 0.018 0.013 0.015 0.044 0.075 0.106 0.232 0.197 0.138 0.109 0.052 133 T 0.023 0.139 0.436 0.197 0.087 0.058 0.031 0.012 0.008 0.006 0.002 134 R 0.046 0.057 0.080 0.146 0.178 0.183 0.172 0.074 0.034 0.018 0.010 135 G 0.594 0.095 0.037 0.051 0.035 0.035 0.060 0.044 0.025 0.016 0.007 136 L 0.073 0.092 0.060 0.198 0.152 0.147 0.136 0.063 0.043 0.023 0.013 137 F 0.005 0.006 0.009 0.009 0.015 0.027 0.071 0.097 0.198 0.260 0.305 138 R 0.036 0.099 0.087 0.216 0.220 0.136 0.099 0.051 0.029 0.018 0.010 139 R 0.165 0.125 0.144 0.158 0.109 0.099 0.096 0.050 0.030 0.016 0.007 140 D 0.134 0.113 0.056 0.207 0.151 0.116 0.105 0.055 0.032 0.019 0.012 141 L 0.017 0.011 0.008 0.018 0.025 0.049 0.113 0.137 0.215 0.224 0.183 142 H 0.062 0.136 0.080 0.240 0.192 0.110 0.084 0.046 0.026 0.016 0.009 143 A 0.005 0.009 0.020 0.026 0.043 0.076 0.140 0.141 0.198 0.185 0.156 144 V 0.026 0.033 0.047 0.140 0.173 0.164 0.186 0.106 0.064 0.037 0.024 145 N 0.011 0.022 0.044 0.103 0.113 0.128 0.232 0.138 0.105 0.070 0.035 146 S 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.031 0.074 0.092 0.216 0.255 0.305 147 A 0.001 0.002 0.005 0.012 0.025 0.051 0.128 0.128 0.232 0.230 0.186 148 L 0.001 0.006 0.041 0.062 0.092 0.118 0.220 0.145 0.146 0.103 0.065 149 A 0.001 0.001 0.006 0.007 0.014 0.027 0.089 0.127 0.225 0.241 0.264 150 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.043 0.187 0.290 0.450 151 A 0.001 0.001 0.006 0.012 0.030 0.045 0.118 0.167 0.213 0.193 0.213 152 G 0.001 0.003 0.022 0.029 0.048 0.066 0.151 0.184 0.193 0.174 0.128 153 M 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.023 0.076 0.129 0.213 0.253 0.277 154 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.022 0.061 0.112 0.225 0.276 0.282 155 N 0.003 0.011 0.032 0.070 0.105 0.120 0.192 0.159 0.140 0.101 0.066 156 Y 0.003 0.005 0.023 0.033 0.055 0.079 0.179 0.201 0.170 0.147 0.104 157 F 0.003 0.006 0.017 0.029 0.040 0.068 0.147 0.151 0.192 0.191 0.157 158 F 0.002 0.004 0.012 0.018 0.028 0.043 0.105 0.126 0.210 0.231 0.220 159 L 0.003 0.007 0.019 0.034 0.055 0.090 0.153 0.139 0.195 0.176 0.128 160 S 0.009 0.016 0.035 0.063 0.085 0.110 0.188 0.145 0.150 0.119 0.080 161 T 0.021 0.025 0.045 0.085 0.097 0.124 0.187 0.132 0.123 0.095 0.066 162 L 0.016 0.018 0.026 0.052 0.065 0.104 0.171 0.143 0.161 0.136 0.109 163 A 0.016 0.024 0.026 0.052 0.062 0.079 0.137 0.138 0.172 0.151 0.142 164 T 0.050 0.064 0.044 0.100 0.114 0.111 0.152 0.112 0.106 0.080 0.067 165 E 0.215 0.119 0.068 0.149 0.127 0.085 0.091 0.059 0.042 0.025 0.019 166 G 0.260 0.108 0.049 0.134 0.105 0.082 0.098 0.066 0.046 0.030 0.022 167 L 0.039 0.046 0.020 0.056 0.061 0.089 0.137 0.127 0.158 0.139 0.127 168 T 0.132 0.129 0.044 0.128 0.136 0.103 0.120 0.083 0.060 0.038 0.027 169 S 0.384 0.140 0.062 0.131 0.088 0.055 0.058 0.036 0.023 0.014 0.009 170 H 0.192 0.126 0.044 0.121 0.097 0.099 0.121 0.072 0.059 0.044 0.025 171 S 0.170 0.256 0.041 0.147 0.108 0.079 0.085 0.049 0.033 0.021 0.010 172 P 0.375 0.190 0.049 0.126 0.085 0.059 0.053 0.030 0.017 0.010 0.005 173 D 0.550 0.135 0.053 0.089 0.056 0.038 0.038 0.019 0.011 0.007 0.004 174 Q 0.106 0.348 0.065 0.175 0.108 0.075 0.059 0.032 0.017 0.011 0.005 175 D 0.047 0.079 0.028 0.089 0.115 0.159 0.210 0.125 0.083 0.047 0.019 176 E 0.558 0.082 0.107 0.114 0.062 0.034 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 177 E 0.067 0.087 0.278 0.302 0.148 0.061 0.038 0.012 0.003 0.002 0.001 178 L 0.001 0.003 0.010 0.014 0.028 0.063 0.143 0.158 0.240 0.240 0.100 179 I 0.001 0.001 0.005 0.011 0.034 0.121 0.287 0.179 0.173 0.143 0.046 180 R 0.002 0.013 0.825 0.117 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 181 Q 0.002 0.006 0.065 0.078 0.127 0.278 0.312 0.089 0.026 0.014 0.004 182 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.049 0.208 0.321 0.399 183 V 0.001 0.001 0.006 0.014 0.048 0.115 0.303 0.203 0.148 0.110 0.051 184 A 0.004 0.020 0.643 0.178 0.079 0.036 0.021 0.008 0.006 0.004 0.002 185 I 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 0.063 0.198 0.151 0.217 0.188 0.158 186 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.042 0.087 0.228 0.269 0.346 187 T 0.008 0.012 0.036 0.055 0.085 0.114 0.194 0.151 0.146 0.116 0.083 188 R 0.028 0.040 0.133 0.161 0.174 0.143 0.142 0.085 0.049 0.027 0.020 189 G 0.087 0.056 0.045 0.088 0.088 0.098 0.186 0.144 0.099 0.063 0.046 190 I 0.031 0.031 0.019 0.041 0.049 0.065 0.135 0.142 0.173 0.153 0.163 191 M 0.119 0.151 0.084 0.170 0.150 0.101 0.095 0.054 0.038 0.022 0.015 192 A 0.283 0.162 0.097 0.142 0.100 0.064 0.065 0.038 0.025 0.014 0.011