# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2159 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.073 0.020 0.005 0.011 0.015 0.020 0.127 0.001 0.001 0.006 0.721 2 C 0.047 0.016 0.003 0.006 0.004 0.007 0.078 0.001 0.001 0.002 0.837 3 R 0.020 0.035 0.003 0.010 0.005 0.011 0.402 0.001 0.001 0.003 0.509 4 S 0.044 0.082 0.001 0.007 0.007 0.016 0.254 0.001 0.001 0.004 0.584 5 R 0.032 0.290 0.002 0.007 0.003 0.006 0.237 0.001 0.001 0.001 0.420 6 L 0.015 0.836 0.002 0.002 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.001 0.099 7 M 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.046 8 E 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 9 V 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.024 10 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 11 T 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 13 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 14 F 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.985 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.006 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 17 K 0.106 0.779 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.016 18 G 0.496 0.181 0.052 0.002 0.003 0.004 0.006 0.137 0.001 0.001 0.117 19 F 0.038 0.018 0.820 0.010 0.002 0.002 0.012 0.006 0.001 0.001 0.092 20 Y 0.043 0.025 0.043 0.114 0.046 0.050 0.096 0.005 0.001 0.002 0.577 21 G 0.042 0.012 0.008 0.080 0.017 0.027 0.071 0.002 0.001 0.003 0.737 22 V 0.137 0.068 0.013 0.334 0.034 0.059 0.105 0.002 0.001 0.007 0.240 23 S 0.030 0.029 0.002 0.054 0.008 0.018 0.215 0.001 0.001 0.002 0.641 24 I 0.013 0.095 0.003 0.065 0.005 0.022 0.164 0.001 0.001 0.001 0.632 25 R 0.003 0.052 0.001 0.007 0.001 0.005 0.342 0.001 0.001 0.001 0.589 26 E 0.023 0.127 0.001 0.004 0.001 0.001 0.388 0.001 0.001 0.001 0.455 27 L 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 28 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 29 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 30 A 0.019 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.003 31 A 0.099 0.780 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.001 0.001 0.008 32 G 0.305 0.149 0.086 0.001 0.002 0.002 0.004 0.377 0.001 0.001 0.074 33 A 0.015 0.015 0.942 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.014 34 S 0.017 0.026 0.021 0.092 0.018 0.014 0.120 0.005 0.001 0.001 0.685 35 I 0.005 0.007 0.003 0.020 0.007 0.008 0.028 0.001 0.001 0.001 0.920 36 S 0.013 0.045 0.002 0.203 0.031 0.111 0.252 0.001 0.001 0.014 0.328 37 M 0.158 0.049 0.004 0.100 0.021 0.045 0.373 0.001 0.001 0.008 0.241 38 I 0.029 0.663 0.009 0.126 0.042 0.047 0.023 0.003 0.001 0.001 0.057 39 S 0.015 0.506 0.004 0.086 0.087 0.129 0.022 0.004 0.001 0.002 0.145 40 Y 0.032 0.382 0.003 0.070 0.093 0.125 0.030 0.011 0.001 0.002 0.252 41 H 0.068 0.207 0.006 0.017 0.119 0.179 0.055 0.013 0.001 0.002 0.335 42 F 0.045 0.138 0.034 0.028 0.100 0.223 0.052 0.011 0.001 0.002 0.365 43 G 0.034 0.072 0.020 0.010 0.025 0.053 0.090 0.005 0.001 0.002 0.691 44 G 0.037 0.017 0.004 0.006 0.004 0.007 0.138 0.001 0.001 0.002 0.784 45 K 0.186 0.080 0.010 0.006 0.004 0.008 0.094 0.001 0.001 0.003 0.608 46 E 0.023 0.157 0.002 0.003 0.002 0.007 0.237 0.001 0.001 0.002 0.566 47 G 0.072 0.192 0.003 0.005 0.002 0.005 0.291 0.002 0.001 0.002 0.427 48 L 0.032 0.855 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.083 49 Y 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 50 A 0.003 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.046 51 A 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 52 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 53 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 54 Q 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 55 E 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 56 Q 0.017 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.016 57 F 0.018 0.940 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.023 58 A 0.016 0.921 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.040 59 C 0.053 0.851 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.069 60 F 0.084 0.857 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.033 61 G 0.059 0.764 0.016 0.002 0.001 0.002 0.010 0.024 0.001 0.001 0.121 62 Q 0.081 0.642 0.035 0.004 0.002 0.002 0.026 0.021 0.001 0.001 0.186 63 L 0.137 0.553 0.013 0.008 0.002 0.004 0.023 0.016 0.001 0.001 0.243 64 D 0.117 0.455 0.013 0.012 0.005 0.009 0.050 0.014 0.001 0.002 0.322 65 D 0.095 0.288 0.018 0.014 0.005 0.010 0.091 0.011 0.001 0.003 0.465 66 I 0.129 0.309 0.017 0.018 0.005 0.010 0.080 0.008 0.001 0.003 0.422 67 R 0.110 0.407 0.008 0.027 0.007 0.014 0.104 0.010 0.001 0.003 0.310 68 G 0.168 0.279 0.021 0.019 0.014 0.019 0.077 0.016 0.001 0.006 0.382 69 Q 0.183 0.288 0.026 0.012 0.008 0.011 0.052 0.022 0.001 0.004 0.394 70 A 0.117 0.098 0.022 0.017 0.005 0.009 0.041 0.011 0.001 0.002 0.679 71 G 0.155 0.046 0.018 0.018 0.005 0.009 0.077 0.010 0.001 0.003 0.660 72 D 0.064 0.035 0.007 0.006 0.006 0.003 0.213 0.003 0.001 0.002 0.659 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 74 L 0.003 0.019 0.001 0.003 0.003 0.031 0.593 0.001 0.001 0.002 0.345 75 A 0.111 0.083 0.001 0.002 0.001 0.002 0.312 0.001 0.001 0.007 0.481 76 V 0.021 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.054 77 M 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 78 T 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 79 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 80 Y 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 81 L 0.002 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 82 R 0.002 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 83 W 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 84 T 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 85 I 0.004 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 86 Q 0.006 0.963 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 87 R 0.016 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.018 88 H 0.039 0.919 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.013 89 R 0.060 0.794 0.031 0.002 0.002 0.004 0.004 0.043 0.001 0.001 0.060 90 N 0.238 0.440 0.046 0.003 0.001 0.003 0.020 0.083 0.001 0.001 0.165 91 N 0.393 0.227 0.051 0.003 0.005 0.004 0.038 0.043 0.001 0.002 0.232 92 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 93 Q 0.008 0.013 0.011 0.002 0.002 0.007 0.542 0.001 0.001 0.002 0.412 94 L 0.273 0.099 0.005 0.005 0.003 0.003 0.219 0.001 0.001 0.008 0.383 95 L 0.027 0.788 0.005 0.009 0.011 0.011 0.038 0.002 0.001 0.001 0.108 96 R 0.010 0.815 0.005 0.011 0.012 0.015 0.029 0.002 0.001 0.001 0.100 97 F 0.012 0.871 0.001 0.013 0.007 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 0.071 98 Y 0.014 0.906 0.001 0.014 0.009 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.031 99 T 0.017 0.881 0.003 0.016 0.011 0.022 0.005 0.008 0.001 0.001 0.037 100 S 0.041 0.776 0.014 0.013 0.015 0.027 0.010 0.016 0.001 0.001 0.088 101 E 0.168 0.606 0.017 0.009 0.008 0.017 0.022 0.030 0.001 0.001 0.120 102 L 0.268 0.473 0.045 0.012 0.014 0.030 0.016 0.037 0.001 0.002 0.102 103 T 0.289 0.271 0.037 0.015 0.011 0.025 0.025 0.071 0.001 0.002 0.255 104 N 0.241 0.095 0.074 0.018 0.013 0.015 0.048 0.039 0.001 0.004 0.452 105 P 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.978 106 T 0.009 0.005 0.004 0.009 0.006 0.011 0.415 0.001 0.001 0.001 0.540 107 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 108 C 0.032 0.028 0.001 0.009 0.003 0.009 0.164 0.001 0.001 0.001 0.751 109 F 0.217 0.114 0.003 0.010 0.003 0.007 0.102 0.001 0.001 0.006 0.538 110 A 0.086 0.499 0.002 0.015 0.008 0.021 0.041 0.002 0.001 0.001 0.325 111 A 0.076 0.533 0.003 0.014 0.005 0.008 0.029 0.004 0.001 0.001 0.326 112 I 0.126 0.697 0.003 0.004 0.002 0.004 0.014 0.008 0.001 0.001 0.141 113 V 0.082 0.802 0.006 0.003 0.001 0.004 0.012 0.015 0.001 0.001 0.074 114 S 0.075 0.674 0.016 0.003 0.005 0.009 0.019 0.019 0.001 0.001 0.180 115 P 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.971 116 A 0.055 0.332 0.008 0.002 0.001 0.003 0.134 0.004 0.001 0.001 0.460 117 I 0.103 0.644 0.006 0.001 0.001 0.001 0.071 0.004 0.001 0.001 0.169 118 A 0.017 0.841 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.122 119 S 0.012 0.810 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.154 120 V 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.043 121 I 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 122 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 123 L 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 124 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 126 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 127 S 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 128 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 E 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 130 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 131 G 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.003 132 M 0.001 0.963 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 133 T 0.003 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.006 134 R 0.125 0.753 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.076 0.001 0.001 0.027 135 G 0.519 0.229 0.027 0.004 0.004 0.004 0.005 0.124 0.001 0.002 0.082 136 L 0.038 0.039 0.776 0.010 0.005 0.003 0.030 0.009 0.001 0.002 0.088 137 F 0.018 0.016 0.021 0.057 0.023 0.043 0.043 0.003 0.001 0.001 0.774 138 R 0.037 0.021 0.010 0.076 0.062 0.119 0.069 0.002 0.001 0.004 0.601 139 R 0.061 0.020 0.002 0.066 0.018 0.037 0.050 0.002 0.001 0.004 0.741 140 D 0.178 0.016 0.006 0.032 0.017 0.041 0.111 0.002 0.001 0.010 0.585 141 L 0.375 0.041 0.021 0.068 0.010 0.017 0.125 0.003 0.001 0.013 0.326 142 H 0.022 0.022 0.002 0.015 0.010 0.011 0.555 0.001 0.001 0.006 0.355 143 A 0.012 0.013 0.002 0.003 0.001 0.002 0.108 0.001 0.001 0.002 0.857 144 V 0.008 0.076 0.001 0.004 0.003 0.011 0.445 0.001 0.001 0.004 0.447 145 N 0.044 0.141 0.001 0.003 0.002 0.003 0.499 0.001 0.001 0.002 0.305 146 S 0.006 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.044 147 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 148 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 149 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 150 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 151 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 152 G 0.004 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 153 M 0.007 0.972 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 154 V 0.006 0.974 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 155 N 0.016 0.925 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.034 156 Y 0.027 0.890 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.047 157 F 0.025 0.897 0.020 0.002 0.001 0.002 0.007 0.010 0.001 0.001 0.037 158 F 0.022 0.864 0.013 0.004 0.003 0.004 0.011 0.010 0.001 0.001 0.068 159 L 0.033 0.832 0.012 0.007 0.006 0.008 0.012 0.012 0.001 0.001 0.078 160 S 0.050 0.774 0.011 0.012 0.008 0.012 0.018 0.015 0.001 0.001 0.101 161 T 0.078 0.668 0.017 0.011 0.010 0.017 0.026 0.016 0.001 0.001 0.155 162 L 0.075 0.577 0.020 0.022 0.016 0.030 0.049 0.016 0.001 0.002 0.194 163 A 0.090 0.534 0.017 0.026 0.020 0.037 0.059 0.018 0.001 0.003 0.196 164 T 0.123 0.555 0.018 0.021 0.018 0.031 0.039 0.020 0.001 0.004 0.170 165 E 0.166 0.376 0.020 0.020 0.017 0.032 0.058 0.017 0.001 0.006 0.287 166 G 0.189 0.155 0.020 0.024 0.017 0.034 0.129 0.016 0.001 0.008 0.409 167 L 0.278 0.133 0.048 0.021 0.024 0.040 0.093 0.011 0.001 0.007 0.344 168 T 0.067 0.097 0.010 0.034 0.022 0.033 0.148 0.008 0.001 0.004 0.576 169 S 0.096 0.038 0.013 0.021 0.018 0.027 0.054 0.005 0.001 0.005 0.724 170 H 0.081 0.023 0.011 0.022 0.008 0.018 0.089 0.003 0.001 0.005 0.739 171 S 0.065 0.013 0.005 0.015 0.014 0.010 0.310 0.002 0.001 0.006 0.560 172 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 173 D 0.012 0.009 0.002 0.016 0.006 0.018 0.382 0.001 0.001 0.003 0.552 174 Q 0.133 0.020 0.002 0.003 0.002 0.003 0.318 0.001 0.001 0.011 0.509 175 D 0.036 0.132 0.002 0.002 0.001 0.002 0.146 0.001 0.001 0.003 0.675 176 E 0.013 0.125 0.002 0.002 0.001 0.005 0.341 0.001 0.001 0.006 0.504 177 E 0.038 0.220 0.001 0.001 0.001 0.001 0.458 0.001 0.001 0.002 0.280 178 L 0.013 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.037 179 I 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 180 R 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 181 Q 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 182 Y 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 183 V 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 184 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 185 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 186 F 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 187 T 0.002 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 188 R 0.023 0.930 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.016 189 G 0.150 0.691 0.014 0.002 0.001 0.001 0.006 0.067 0.001 0.001 0.067 190 I 0.144 0.546 0.166 0.004 0.002 0.003 0.011 0.043 0.001 0.001 0.079 191 M 0.086 0.340 0.104 0.020 0.013 0.023 0.053 0.030 0.001 0.002 0.329 192 A 0.055 0.082 0.015 0.017 0.008 0.015 0.043 0.009 0.001 0.002 0.755