# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2159 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.113 0.031 0.023 0.034 0.043 0.130 0.018 0.608 2 C 0.020 0.005 0.005 0.003 0.006 0.033 0.003 0.926 3 R 0.026 0.023 0.013 0.013 0.021 0.390 0.005 0.509 4 S 0.077 0.043 0.008 0.005 0.008 0.294 0.006 0.559 5 R 0.109 0.257 0.019 0.011 0.014 0.149 0.005 0.436 6 L 0.025 0.596 0.036 0.003 0.011 0.085 0.002 0.241 7 M 0.021 0.679 0.012 0.006 0.013 0.058 0.002 0.210 8 E 0.006 0.893 0.004 0.001 0.003 0.023 0.001 0.071 9 V 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.028 10 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 11 T 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 12 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 14 F 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 A 0.009 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 16 Q 0.020 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 17 K 0.059 0.825 0.003 0.001 0.001 0.004 0.067 0.043 18 G 0.262 0.401 0.049 0.002 0.001 0.007 0.146 0.132 19 F 0.075 0.174 0.528 0.014 0.006 0.026 0.018 0.159 20 Y 0.033 0.228 0.199 0.063 0.028 0.072 0.011 0.365 21 G 0.099 0.165 0.057 0.006 0.015 0.030 0.012 0.616 22 V 0.283 0.265 0.114 0.010 0.010 0.063 0.013 0.243 23 S 0.048 0.221 0.050 0.012 0.013 0.149 0.007 0.500 24 I 0.019 0.176 0.031 0.009 0.022 0.103 0.003 0.637 25 R 0.008 0.206 0.008 0.003 0.008 0.319 0.002 0.446 26 E 0.008 0.174 0.002 0.001 0.001 0.625 0.001 0.188 27 L 0.007 0.968 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 28 A 0.002 0.990 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 29 Q 0.016 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 30 A 0.020 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 31 A 0.042 0.791 0.001 0.001 0.001 0.002 0.143 0.019 32 G 0.424 0.212 0.030 0.002 0.001 0.003 0.259 0.070 33 A 0.029 0.034 0.854 0.007 0.002 0.010 0.006 0.058 34 S 0.016 0.061 0.133 0.085 0.026 0.186 0.010 0.483 35 I 0.034 0.049 0.062 0.015 0.031 0.041 0.004 0.764 36 S 0.028 0.083 0.146 0.019 0.029 0.164 0.004 0.526 37 M 0.065 0.131 0.047 0.053 0.045 0.313 0.011 0.334 38 I 0.083 0.515 0.049 0.063 0.128 0.027 0.005 0.130 39 S 0.034 0.649 0.070 0.053 0.114 0.011 0.005 0.063 40 Y 0.097 0.467 0.047 0.074 0.135 0.018 0.017 0.144 41 H 0.169 0.435 0.022 0.022 0.051 0.047 0.036 0.218 42 F 0.138 0.328 0.022 0.040 0.070 0.032 0.042 0.328 43 G 0.044 0.089 0.026 0.014 0.019 0.124 0.013 0.670 44 G 0.030 0.040 0.005 0.002 0.003 0.294 0.008 0.618 45 K 0.180 0.177 0.011 0.004 0.010 0.075 0.012 0.530 46 E 0.030 0.375 0.012 0.003 0.003 0.128 0.003 0.447 47 G 0.020 0.580 0.004 0.001 0.001 0.069 0.003 0.323 48 L 0.034 0.903 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.052 49 Y 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 50 A 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 51 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 52 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 53 L 0.003 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 54 Q 0.021 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 55 E 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 56 Q 0.021 0.909 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.045 57 F 0.031 0.913 0.013 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 58 A 0.022 0.848 0.062 0.002 0.001 0.009 0.007 0.049 59 C 0.034 0.873 0.005 0.001 0.001 0.008 0.008 0.071 60 F 0.049 0.892 0.006 0.001 0.001 0.003 0.008 0.041 61 G 0.061 0.819 0.019 0.002 0.001 0.010 0.016 0.072 62 Q 0.118 0.533 0.033 0.006 0.005 0.041 0.034 0.229 63 L 0.154 0.485 0.039 0.007 0.007 0.045 0.028 0.235 64 D 0.102 0.431 0.043 0.015 0.014 0.058 0.021 0.317 65 D 0.095 0.358 0.053 0.009 0.011 0.054 0.019 0.400 66 I 0.153 0.342 0.040 0.010 0.014 0.085 0.021 0.335 67 R 0.149 0.316 0.020 0.011 0.015 0.156 0.027 0.306 68 G 0.287 0.218 0.024 0.009 0.013 0.075 0.049 0.325 69 Q 0.270 0.146 0.052 0.007 0.008 0.080 0.042 0.394 70 A 0.094 0.043 0.029 0.006 0.005 0.067 0.021 0.735 71 G 0.154 0.034 0.023 0.003 0.007 0.066 0.028 0.684 72 D 0.156 0.019 0.019 0.003 0.003 0.330 0.006 0.463 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 L 0.005 0.019 0.003 0.001 0.002 0.553 0.001 0.417 75 A 0.039 0.044 0.001 0.001 0.001 0.660 0.001 0.256 76 V 0.011 0.927 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.043 77 M 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 78 T 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 Y 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 81 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 R 0.009 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 83 W 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 84 T 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 85 I 0.006 0.981 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 86 Q 0.012 0.935 0.021 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 87 R 0.033 0.925 0.004 0.001 0.001 0.004 0.009 0.024 88 H 0.098 0.840 0.007 0.001 0.001 0.002 0.019 0.031 89 R 0.170 0.700 0.022 0.004 0.003 0.009 0.036 0.057 90 N 0.259 0.311 0.021 0.005 0.007 0.042 0.104 0.250 91 N 0.349 0.185 0.021 0.008 0.006 0.087 0.074 0.271 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 93 Q 0.010 0.014 0.009 0.003 0.003 0.572 0.003 0.385 94 L 0.290 0.074 0.014 0.005 0.004 0.248 0.009 0.356 95 L 0.033 0.650 0.025 0.017 0.024 0.053 0.002 0.196 96 R 0.023 0.726 0.037 0.015 0.025 0.030 0.002 0.143 97 F 0.021 0.853 0.026 0.010 0.018 0.005 0.002 0.063 98 Y 0.015 0.909 0.011 0.011 0.024 0.004 0.004 0.023 99 T 0.015 0.896 0.015 0.014 0.023 0.004 0.005 0.029 100 S 0.033 0.766 0.044 0.021 0.034 0.009 0.018 0.075 101 E 0.124 0.584 0.039 0.016 0.021 0.027 0.052 0.138 102 L 0.244 0.342 0.042 0.018 0.024 0.051 0.062 0.217 103 T 0.227 0.218 0.055 0.016 0.021 0.094 0.066 0.303 104 N 0.331 0.075 0.040 0.014 0.016 0.083 0.050 0.392 105 P 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.970 106 T 0.031 0.014 0.012 0.006 0.008 0.289 0.006 0.634 107 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 108 C 0.028 0.037 0.013 0.004 0.007 0.278 0.003 0.630 109 F 0.185 0.250 0.027 0.006 0.010 0.136 0.004 0.382 110 A 0.070 0.684 0.017 0.004 0.009 0.021 0.003 0.194 111 A 0.058 0.759 0.012 0.003 0.006 0.016 0.005 0.141 112 I 0.157 0.712 0.009 0.002 0.004 0.013 0.016 0.087 113 V 0.087 0.823 0.009 0.002 0.007 0.004 0.014 0.052 114 S 0.074 0.623 0.020 0.005 0.007 0.041 0.021 0.209 115 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 116 A 0.069 0.188 0.018 0.003 0.005 0.190 0.012 0.515 117 I 0.173 0.399 0.016 0.003 0.003 0.087 0.007 0.313 118 A 0.034 0.748 0.008 0.001 0.002 0.026 0.002 0.180 119 S 0.018 0.811 0.004 0.001 0.001 0.022 0.002 0.143 120 V 0.017 0.902 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.065 121 I 0.006 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 122 R 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 123 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 124 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 125 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 126 E 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 127 S 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 128 I 0.004 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 129 E 0.008 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 130 A 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 131 G 0.083 0.862 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.018 132 M 0.036 0.889 0.042 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 133 T 0.029 0.798 0.040 0.009 0.004 0.016 0.018 0.085 134 R 0.097 0.666 0.019 0.005 0.005 0.006 0.056 0.145 135 G 0.465 0.198 0.058 0.007 0.006 0.013 0.117 0.135 136 L 0.206 0.095 0.294 0.046 0.017 0.080 0.023 0.240 137 F 0.028 0.063 0.210 0.093 0.100 0.060 0.008 0.439 138 R 0.048 0.042 0.103 0.117 0.167 0.080 0.006 0.436 139 R 0.015 0.013 0.022 0.010 0.018 0.063 0.002 0.856 140 D 0.066 0.031 0.045 0.018 0.044 0.195 0.016 0.586 141 L 0.373 0.032 0.028 0.008 0.014 0.078 0.020 0.447 142 H 0.031 0.058 0.019 0.011 0.013 0.429 0.005 0.434 143 A 0.006 0.017 0.003 0.001 0.003 0.055 0.001 0.915 144 V 0.021 0.177 0.011 0.002 0.006 0.208 0.003 0.572 145 N 0.023 0.399 0.004 0.001 0.002 0.249 0.002 0.321 146 S 0.006 0.932 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.046 147 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 148 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 149 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 G 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 153 M 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 154 V 0.006 0.980 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 155 N 0.013 0.943 0.011 0.001 0.001 0.002 0.008 0.021 156 Y 0.018 0.942 0.010 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 157 F 0.033 0.887 0.012 0.001 0.001 0.006 0.011 0.049 158 F 0.018 0.906 0.020 0.003 0.003 0.006 0.005 0.038 159 L 0.029 0.822 0.046 0.009 0.012 0.013 0.010 0.060 160 S 0.046 0.815 0.024 0.011 0.011 0.013 0.011 0.069 161 T 0.045 0.724 0.029 0.008 0.010 0.018 0.016 0.150 162 L 0.076 0.597 0.045 0.017 0.022 0.040 0.021 0.182 163 A 0.094 0.576 0.043 0.020 0.029 0.068 0.026 0.143 164 T 0.114 0.583 0.031 0.022 0.030 0.043 0.029 0.148 165 E 0.129 0.355 0.035 0.012 0.015 0.058 0.046 0.350 166 G 0.214 0.161 0.056 0.012 0.015 0.059 0.065 0.417 167 L 0.273 0.080 0.073 0.025 0.027 0.093 0.033 0.395 168 T 0.076 0.088 0.060 0.052 0.040 0.179 0.016 0.489 169 S 0.081 0.023 0.021 0.010 0.018 0.053 0.012 0.781 170 H 0.153 0.030 0.039 0.006 0.013 0.145 0.017 0.596 171 S 0.125 0.014 0.017 0.007 0.007 0.375 0.012 0.442 172 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 173 D 0.034 0.009 0.011 0.002 0.005 0.366 0.004 0.569 174 Q 0.175 0.009 0.002 0.001 0.001 0.477 0.003 0.333 175 D 0.108 0.128 0.003 0.001 0.002 0.170 0.005 0.583 176 E 0.053 0.233 0.007 0.001 0.001 0.155 0.004 0.547 177 E 0.019 0.236 0.002 0.001 0.001 0.398 0.002 0.342 178 L 0.019 0.911 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.047 179 I 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 180 R 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 181 Q 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 182 Y 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 183 V 0.002 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 184 A 0.003 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 185 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 F 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 T 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 188 R 0.011 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 189 G 0.154 0.725 0.007 0.001 0.001 0.003 0.076 0.034 190 I 0.122 0.708 0.055 0.003 0.002 0.007 0.037 0.066 191 M 0.054 0.511 0.143 0.024 0.020 0.035 0.023 0.189 192 A 0.043 0.101 0.027 0.009 0.012 0.019 0.010 0.780