# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2159 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.036 0.164 0.085 0.033 0.092 0.026 0.032 0.364 0.081 0.060 0.026 2 C 0.026 0.034 0.019 0.006 0.027 0.006 0.009 0.619 0.151 0.084 0.018 3 R 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.864 0.104 0.008 0.002 4 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.026 0.001 0.001 5 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.024 0.002 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 7 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.002 0.001 11 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.008 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.053 0.005 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.814 0.160 0.017 0.001 16 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.154 0.796 0.032 0.007 0.001 17 K 0.005 0.604 0.277 0.010 0.022 0.007 0.030 0.021 0.009 0.012 0.004 18 G 0.052 0.008 0.013 0.014 0.014 0.005 0.003 0.013 0.016 0.422 0.439 19 F 0.138 0.126 0.062 0.028 0.136 0.029 0.050 0.167 0.136 0.077 0.052 20 Y 0.020 0.105 0.059 0.035 0.045 0.097 0.277 0.170 0.095 0.075 0.023 21 G 0.136 0.101 0.055 0.034 0.155 0.016 0.018 0.100 0.065 0.217 0.103 22 V 0.050 0.348 0.069 0.008 0.273 0.026 0.031 0.117 0.032 0.027 0.019 23 S 0.149 0.389 0.101 0.001 0.267 0.001 0.001 0.037 0.004 0.011 0.039 24 I 0.005 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.703 0.265 0.010 0.003 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.087 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.018 0.002 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.047 0.007 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.903 0.090 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.846 0.109 0.023 0.001 30 A 0.007 0.007 0.007 0.003 0.004 0.004 0.146 0.731 0.051 0.037 0.002 31 A 0.005 0.802 0.102 0.008 0.036 0.004 0.013 0.013 0.007 0.005 0.004 32 G 0.023 0.005 0.007 0.011 0.007 0.010 0.011 0.035 0.036 0.547 0.308 33 A 0.051 0.398 0.129 0.013 0.177 0.010 0.028 0.055 0.041 0.071 0.025 34 S 0.122 0.305 0.135 0.017 0.252 0.013 0.018 0.053 0.032 0.020 0.033 35 I 0.031 0.056 0.015 0.009 0.055 0.022 0.041 0.316 0.405 0.035 0.014 36 S 0.038 0.035 0.018 0.009 0.060 0.021 0.041 0.472 0.171 0.111 0.024 37 M 0.132 0.081 0.013 0.005 0.259 0.007 0.019 0.322 0.077 0.058 0.027 38 I 0.168 0.053 0.017 0.010 0.218 0.014 0.037 0.350 0.068 0.036 0.030 39 S 0.158 0.090 0.025 0.010 0.270 0.010 0.032 0.270 0.067 0.024 0.044 40 Y 0.128 0.087 0.027 0.012 0.248 0.010 0.046 0.264 0.095 0.048 0.037 41 H 0.212 0.068 0.027 0.017 0.165 0.014 0.091 0.209 0.060 0.075 0.061 42 F 0.064 0.128 0.058 0.031 0.110 0.039 0.102 0.173 0.075 0.150 0.070 43 G 0.011 0.045 0.062 0.227 0.024 0.105 0.079 0.141 0.071 0.205 0.030 44 G 0.036 0.197 0.435 0.102 0.075 0.008 0.005 0.054 0.026 0.045 0.018 45 K 0.004 0.011 0.004 0.001 0.007 0.002 0.005 0.548 0.385 0.028 0.003 46 E 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.881 0.092 0.009 0.001 47 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.037 0.005 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.027 0.002 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.047 0.002 0.001 54 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.042 0.002 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.960 0.017 0.001 0.001 56 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.914 0.047 0.014 0.001 57 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.821 0.142 0.019 0.002 58 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.839 0.117 0.010 0.001 59 C 0.005 0.017 0.008 0.001 0.007 0.003 0.072 0.760 0.076 0.049 0.003 60 F 0.014 0.023 0.008 0.002 0.020 0.005 0.018 0.597 0.200 0.101 0.012 61 G 0.015 0.033 0.016 0.008 0.021 0.015 0.033 0.617 0.181 0.048 0.011 62 Q 0.026 0.069 0.026 0.004 0.045 0.009 0.043 0.555 0.110 0.096 0.015 63 L 0.025 0.028 0.009 0.002 0.035 0.005 0.018 0.553 0.235 0.078 0.012 64 D 0.022 0.050 0.012 0.006 0.046 0.016 0.037 0.560 0.204 0.035 0.011 65 D 0.038 0.028 0.015 0.005 0.057 0.013 0.047 0.477 0.163 0.137 0.020 66 I 0.042 0.050 0.023 0.006 0.071 0.013 0.063 0.455 0.141 0.114 0.022 67 R 0.049 0.166 0.058 0.031 0.101 0.037 0.077 0.206 0.114 0.122 0.039 68 G 0.064 0.100 0.113 0.072 0.080 0.025 0.042 0.164 0.110 0.170 0.061 69 Q 0.045 0.114 0.103 0.035 0.089 0.038 0.068 0.207 0.118 0.137 0.046 70 A 0.039 0.160 0.064 0.025 0.075 0.025 0.098 0.241 0.105 0.132 0.035 71 G 0.018 0.058 0.075 0.059 0.028 0.053 0.055 0.133 0.087 0.376 0.059 72 D 0.042 0.506 0.185 0.006 0.188 0.002 0.002 0.036 0.008 0.012 0.013 73 P 0.008 0.020 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.576 0.331 0.045 0.004 74 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.080 0.003 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.031 0.004 0.001 77 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.004 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 80 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 82 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 83 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.007 0.001 0.001 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.975 0.015 0.002 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.922 0.068 0.003 0.001 86 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.943 0.037 0.002 0.001 87 R 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.040 0.848 0.073 0.018 0.002 88 H 0.014 0.015 0.005 0.002 0.017 0.005 0.035 0.667 0.173 0.055 0.012 89 R 0.011 0.028 0.010 0.005 0.021 0.010 0.058 0.660 0.144 0.043 0.011 90 N 0.015 0.053 0.042 0.010 0.026 0.024 0.089 0.220 0.108 0.391 0.023 91 N 0.137 0.244 0.039 0.003 0.413 0.002 0.006 0.075 0.025 0.024 0.031 92 P 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.003 0.006 0.551 0.399 0.017 0.003 93 Q 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.019 0.802 0.131 0.029 0.003 94 L 0.013 0.015 0.004 0.001 0.019 0.002 0.005 0.800 0.091 0.045 0.006 95 L 0.016 0.011 0.004 0.002 0.021 0.004 0.007 0.850 0.070 0.010 0.005 96 R 0.012 0.016 0.005 0.003 0.028 0.003 0.019 0.842 0.061 0.007 0.004 97 F 0.033 0.011 0.003 0.003 0.020 0.001 0.039 0.847 0.027 0.012 0.003 98 Y 0.033 0.026 0.005 0.003 0.030 0.003 0.023 0.784 0.058 0.025 0.008 99 T 0.019 0.030 0.007 0.004 0.031 0.007 0.015 0.705 0.141 0.028 0.011 100 S 0.009 0.025 0.008 0.004 0.022 0.008 0.028 0.661 0.201 0.028 0.007 101 E 0.021 0.031 0.013 0.004 0.040 0.011 0.093 0.473 0.214 0.088 0.012 102 L 0.066 0.060 0.016 0.005 0.110 0.011 0.063 0.245 0.198 0.193 0.033 103 T 0.041 0.127 0.064 0.026 0.090 0.048 0.122 0.137 0.126 0.167 0.052 104 N 0.084 0.230 0.205 0.020 0.179 0.010 0.024 0.055 0.029 0.100 0.064 105 P 0.031 0.287 0.148 0.022 0.050 0.014 0.035 0.088 0.103 0.198 0.023 106 T 0.040 0.432 0.205 0.013 0.141 0.005 0.007 0.094 0.029 0.018 0.016 107 P 0.003 0.013 0.003 0.001 0.005 0.004 0.009 0.705 0.245 0.010 0.002 108 C 0.002 0.007 0.004 0.001 0.003 0.003 0.016 0.792 0.125 0.044 0.003 109 F 0.005 0.009 0.003 0.001 0.006 0.002 0.003 0.747 0.143 0.076 0.003 110 A 0.004 0.008 0.003 0.002 0.006 0.004 0.009 0.827 0.123 0.012 0.003 111 A 0.003 0.008 0.003 0.001 0.005 0.003 0.022 0.819 0.115 0.020 0.002 112 I 0.009 0.008 0.004 0.001 0.009 0.002 0.035 0.782 0.083 0.062 0.004 113 V 0.017 0.033 0.014 0.005 0.018 0.009 0.022 0.519 0.137 0.215 0.011 114 S 0.015 0.092 0.040 0.008 0.041 0.008 0.022 0.647 0.100 0.020 0.008 115 P 0.002 0.011 0.006 0.001 0.004 0.004 0.018 0.815 0.124 0.013 0.002 116 A 0.005 0.011 0.007 0.001 0.005 0.002 0.017 0.780 0.108 0.060 0.004 117 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.887 0.076 0.018 0.002 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.033 0.001 0.001 119 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.024 0.002 0.001 120 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.024 0.005 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.003 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.002 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.029 0.001 0.001 130 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.963 0.009 0.001 0.001 131 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.907 0.055 0.020 0.002 132 M 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.835 0.127 0.013 0.003 133 T 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.006 0.082 0.835 0.046 0.016 0.002 134 R 0.004 0.656 0.179 0.012 0.025 0.011 0.053 0.037 0.013 0.007 0.003 135 G 0.029 0.017 0.016 0.021 0.016 0.012 0.006 0.031 0.031 0.433 0.389 136 L 0.121 0.206 0.065 0.012 0.193 0.010 0.057 0.141 0.059 0.089 0.048 137 F 0.102 0.335 0.102 0.017 0.181 0.016 0.027 0.048 0.035 0.076 0.061 138 R 0.058 0.351 0.205 0.056 0.154 0.023 0.023 0.053 0.042 0.012 0.022 139 R 0.017 0.042 0.025 0.014 0.035 0.056 0.176 0.355 0.212 0.052 0.016 140 D 0.080 0.064 0.033 0.007 0.110 0.007 0.034 0.107 0.063 0.415 0.081 141 L 0.057 0.279 0.051 0.011 0.172 0.017 0.027 0.135 0.083 0.130 0.038 142 H 0.125 0.290 0.082 0.005 0.345 0.003 0.003 0.085 0.017 0.013 0.031 143 A 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.610 0.350 0.014 0.003 144 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.053 0.004 0.001 145 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.024 0.003 0.001 146 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 149 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 150 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 152 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 153 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 154 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.029 0.001 0.001 155 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.962 0.027 0.002 0.001 156 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.941 0.039 0.004 0.001 157 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.927 0.035 0.004 0.001 158 F 0.005 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.011 0.898 0.058 0.009 0.003 159 L 0.005 0.009 0.003 0.001 0.007 0.002 0.011 0.853 0.090 0.016 0.003 160 S 0.010 0.017 0.005 0.002 0.017 0.003 0.018 0.811 0.091 0.021 0.005 161 T 0.014 0.027 0.006 0.002 0.030 0.003 0.023 0.763 0.107 0.019 0.006 162 L 0.025 0.024 0.008 0.003 0.044 0.004 0.037 0.715 0.104 0.027 0.009 163 A 0.043 0.027 0.015 0.007 0.041 0.012 0.064 0.564 0.113 0.095 0.019 164 T 0.036 0.081 0.038 0.021 0.061 0.035 0.091 0.409 0.118 0.086 0.025 165 E 0.032 0.135 0.068 0.049 0.059 0.048 0.082 0.230 0.126 0.133 0.039 166 G 0.065 0.099 0.086 0.039 0.099 0.021 0.034 0.118 0.099 0.257 0.083 167 L 0.113 0.172 0.076 0.020 0.161 0.017 0.049 0.134 0.106 0.105 0.048 168 T 0.057 0.198 0.129 0.046 0.125 0.048 0.067 0.112 0.086 0.080 0.052 169 S 0.109 0.172 0.071 0.026 0.198 0.021 0.061 0.120 0.091 0.091 0.042 170 H 0.049 0.113 0.087 0.046 0.096 0.041 0.096 0.106 0.133 0.192 0.040 171 S 0.069 0.277 0.308 0.017 0.225 0.004 0.006 0.018 0.014 0.021 0.042 172 P 0.036 0.077 0.017 0.005 0.063 0.007 0.028 0.298 0.345 0.096 0.027 173 D 0.013 0.096 0.107 0.027 0.035 0.058 0.100 0.226 0.126 0.192 0.021 174 Q 0.091 0.416 0.092 0.006 0.148 0.003 0.006 0.112 0.023 0.082 0.021 175 D 0.004 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.741 0.213 0.019 0.003 176 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.056 0.001 0.001 177 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 178 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.025 0.004 0.001 179 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 181 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 182 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 183 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 184 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 0.001 185 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.982 0.008 0.001 0.001 186 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.939 0.041 0.006 0.001 187 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.862 0.101 0.011 0.001 188 R 0.005 0.038 0.016 0.006 0.011 0.009 0.099 0.638 0.130 0.042 0.005 189 G 0.035 0.088 0.054 0.015 0.071 0.012 0.049 0.341 0.141 0.151 0.043 190 I 0.088 0.077 0.027 0.009 0.092 0.010 0.060 0.306 0.152 0.138 0.041 191 M 0.059 0.188 0.099 0.023 0.124 0.023 0.051 0.221 0.096 0.071 0.047 192 A 0.059 0.172 0.078 0.021 0.113 0.024 0.058 0.270 0.109 0.063 0.032