# TARGET TR454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2159 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.520 0.257 0.157 0.045 0.016 0.005 0.001 2 C 0.247 0.227 0.252 0.159 0.092 0.022 0.002 3 R 0.078 0.138 0.196 0.364 0.155 0.066 0.003 4 S 0.440 0.282 0.218 0.043 0.014 0.003 0.001 5 R 0.049 0.211 0.328 0.299 0.095 0.017 0.002 6 L 0.007 0.011 0.018 0.063 0.287 0.535 0.079 7 M 0.008 0.038 0.116 0.348 0.295 0.176 0.019 8 E 0.144 0.360 0.348 0.100 0.032 0.013 0.002 9 V 0.006 0.048 0.195 0.404 0.260 0.080 0.008 10 A 0.003 0.010 0.018 0.059 0.251 0.510 0.148 11 T 0.015 0.105 0.222 0.321 0.225 0.098 0.014 12 E 0.075 0.294 0.321 0.203 0.077 0.025 0.004 13 L 0.011 0.053 0.150 0.278 0.299 0.185 0.023 14 F 0.007 0.013 0.023 0.068 0.231 0.462 0.196 15 A 0.033 0.100 0.158 0.267 0.262 0.152 0.028 16 Q 0.150 0.266 0.247 0.204 0.089 0.036 0.008 17 K 0.117 0.202 0.246 0.209 0.131 0.081 0.015 18 G 0.084 0.121 0.145 0.205 0.233 0.175 0.037 19 F 0.094 0.145 0.168 0.208 0.208 0.148 0.029 20 Y 0.166 0.250 0.184 0.205 0.118 0.064 0.013 21 G 0.097 0.200 0.302 0.205 0.121 0.064 0.012 22 V 0.035 0.067 0.131 0.216 0.271 0.251 0.029 23 S 0.025 0.099 0.204 0.254 0.254 0.133 0.032 24 I 0.005 0.011 0.025 0.081 0.253 0.520 0.104 25 R 0.030 0.201 0.345 0.279 0.110 0.029 0.004 26 E 0.015 0.150 0.310 0.350 0.130 0.040 0.007 27 L 0.003 0.008 0.023 0.092 0.414 0.414 0.046 28 A 0.005 0.021 0.073 0.250 0.384 0.238 0.029 29 Q 0.107 0.375 0.337 0.130 0.039 0.010 0.001 30 A 0.047 0.240 0.300 0.252 0.118 0.037 0.005 31 A 0.011 0.034 0.061 0.195 0.344 0.323 0.032 32 G 0.077 0.292 0.268 0.216 0.100 0.040 0.007 33 A 0.042 0.077 0.097 0.205 0.272 0.254 0.052 34 S 0.061 0.148 0.174 0.235 0.201 0.135 0.046 35 I 0.066 0.126 0.160 0.236 0.198 0.153 0.061 36 S 0.103 0.160 0.184 0.209 0.184 0.115 0.045 37 M 0.050 0.065 0.086 0.143 0.210 0.288 0.158 38 I 0.047 0.050 0.054 0.098 0.182 0.347 0.222 39 S 0.089 0.129 0.151 0.210 0.179 0.161 0.081 40 Y 0.093 0.129 0.161 0.192 0.187 0.166 0.072 41 H 0.057 0.071 0.115 0.175 0.226 0.265 0.089 42 F 0.069 0.084 0.136 0.199 0.250 0.217 0.045 43 G 0.180 0.274 0.245 0.166 0.083 0.045 0.008 44 G 0.121 0.207 0.237 0.192 0.151 0.077 0.016 45 K 0.038 0.075 0.125 0.245 0.256 0.216 0.045 46 E 0.080 0.226 0.265 0.263 0.113 0.047 0.006 47 G 0.072 0.216 0.280 0.248 0.137 0.042 0.005 48 L 0.007 0.017 0.035 0.101 0.304 0.428 0.108 49 Y 0.006 0.025 0.051 0.137 0.223 0.423 0.135 50 A 0.030 0.130 0.253 0.293 0.186 0.087 0.020 51 A 0.023 0.130 0.220 0.304 0.207 0.092 0.024 52 V 0.006 0.016 0.037 0.089 0.248 0.461 0.142 53 L 0.007 0.020 0.035 0.109 0.280 0.435 0.115 54 Q 0.050 0.195 0.283 0.288 0.131 0.045 0.010 55 E 0.056 0.199 0.232 0.252 0.167 0.078 0.016 56 Q 0.034 0.086 0.127 0.212 0.255 0.236 0.049 57 F 0.024 0.050 0.099 0.234 0.336 0.215 0.042 58 A 0.140 0.326 0.288 0.158 0.058 0.024 0.004 59 C 0.048 0.132 0.221 0.289 0.212 0.088 0.009 60 F 0.048 0.068 0.098 0.183 0.307 0.264 0.032 61 G 0.133 0.205 0.247 0.238 0.125 0.047 0.006 62 Q 0.288 0.356 0.202 0.104 0.037 0.011 0.001 63 L 0.137 0.191 0.205 0.250 0.150 0.063 0.005 64 D 0.246 0.227 0.225 0.181 0.091 0.029 0.003 65 D 0.475 0.365 0.102 0.044 0.010 0.003 0.001 66 I 0.198 0.195 0.224 0.216 0.136 0.030 0.001 67 R 0.249 0.252 0.227 0.183 0.070 0.019 0.001 68 G 0.471 0.262 0.155 0.082 0.024 0.004 0.001 69 Q 0.655 0.239 0.072 0.026 0.007 0.001 0.001 70 A 0.517 0.264 0.143 0.054 0.017 0.004 0.001 71 G 0.428 0.276 0.169 0.094 0.029 0.006 0.001 72 D 0.260 0.381 0.202 0.109 0.038 0.010 0.001 73 P 0.046 0.082 0.126 0.226 0.319 0.187 0.013 74 L 0.045 0.136 0.259 0.335 0.169 0.050 0.006 75 A 0.114 0.353 0.277 0.166 0.064 0.022 0.003 76 V 0.011 0.053 0.178 0.326 0.310 0.110 0.013 77 M 0.002 0.005 0.012 0.046 0.224 0.538 0.172 78 T 0.012 0.092 0.244 0.306 0.224 0.101 0.020 79 A 0.020 0.132 0.208 0.294 0.208 0.106 0.033 80 Y 0.005 0.017 0.039 0.091 0.206 0.467 0.176 81 L 0.004 0.012 0.022 0.078 0.203 0.414 0.267 82 R 0.022 0.123 0.214 0.280 0.206 0.112 0.043 83 W 0.023 0.088 0.142 0.243 0.253 0.190 0.061 84 T 0.022 0.065 0.102 0.173 0.241 0.294 0.105 85 I 0.016 0.028 0.061 0.149 0.308 0.339 0.098 86 Q 0.091 0.243 0.264 0.215 0.115 0.059 0.013 87 R 0.068 0.160 0.237 0.258 0.175 0.090 0.013 88 H 0.053 0.067 0.101 0.206 0.315 0.229 0.029 89 R 0.179 0.261 0.238 0.197 0.088 0.032 0.004 90 N 0.375 0.339 0.162 0.080 0.031 0.011 0.002 91 N 0.173 0.208 0.211 0.210 0.128 0.061 0.009 92 P 0.191 0.225 0.214 0.213 0.099 0.049 0.009 93 Q 0.183 0.254 0.250 0.163 0.097 0.044 0.009 94 L 0.039 0.072 0.120 0.195 0.245 0.247 0.082 95 L 0.014 0.027 0.045 0.098 0.209 0.413 0.194 96 R 0.030 0.072 0.121 0.207 0.232 0.216 0.121 97 F 0.020 0.036 0.057 0.105 0.186 0.322 0.275 98 Y 0.012 0.019 0.030 0.061 0.141 0.379 0.358 99 T 0.021 0.030 0.047 0.107 0.206 0.330 0.257 100 S 0.068 0.132 0.160 0.212 0.193 0.158 0.078 101 E 0.079 0.134 0.182 0.208 0.190 0.160 0.046 102 L 0.067 0.081 0.119 0.208 0.264 0.224 0.037 103 T 0.228 0.257 0.206 0.171 0.090 0.041 0.006 104 N 0.311 0.274 0.195 0.124 0.065 0.027 0.003 105 P 0.237 0.189 0.178 0.192 0.129 0.066 0.009 106 T 0.366 0.254 0.196 0.125 0.041 0.016 0.002 107 P 0.468 0.303 0.151 0.053 0.018 0.007 0.001 108 C 0.092 0.153 0.252 0.260 0.177 0.061 0.005 109 F 0.046 0.062 0.093 0.194 0.324 0.251 0.031 110 A 0.106 0.216 0.291 0.241 0.109 0.033 0.004 111 A 0.210 0.366 0.229 0.128 0.048 0.017 0.002 112 I 0.048 0.109 0.215 0.289 0.235 0.096 0.009 113 V 0.039 0.049 0.084 0.192 0.345 0.255 0.036 114 S 0.152 0.301 0.268 0.192 0.067 0.018 0.002 115 P 0.305 0.355 0.204 0.088 0.035 0.012 0.001 116 A 0.078 0.139 0.198 0.250 0.212 0.111 0.013 117 I 0.070 0.116 0.181 0.267 0.224 0.123 0.018 118 A 0.234 0.332 0.234 0.136 0.048 0.014 0.002 119 S 0.111 0.252 0.311 0.196 0.096 0.031 0.003 120 V 0.017 0.030 0.047 0.125 0.312 0.408 0.061 121 I 0.019 0.067 0.201 0.315 0.269 0.112 0.017 122 R 0.118 0.415 0.288 0.121 0.039 0.017 0.003 123 L 0.007 0.046 0.186 0.353 0.293 0.105 0.010 124 L 0.002 0.005 0.011 0.048 0.250 0.561 0.124 125 A 0.011 0.110 0.327 0.334 0.169 0.044 0.005 126 E 0.053 0.326 0.351 0.185 0.064 0.018 0.003 127 S 0.004 0.023 0.086 0.234 0.383 0.247 0.022 128 I 0.003 0.007 0.022 0.099 0.361 0.447 0.060 129 E 0.060 0.328 0.375 0.178 0.049 0.010 0.001 130 A 0.072 0.356 0.303 0.191 0.063 0.013 0.001 131 G 0.019 0.051 0.115 0.288 0.364 0.158 0.005 132 M 0.062 0.205 0.248 0.304 0.138 0.040 0.003 133 T 0.344 0.406 0.162 0.062 0.022 0.005 0.001 134 R 0.236 0.354 0.207 0.151 0.043 0.008 0.001 135 G 0.199 0.356 0.218 0.149 0.059 0.018 0.001 136 L 0.070 0.181 0.292 0.271 0.149 0.035 0.002 137 F 0.025 0.034 0.075 0.211 0.419 0.223 0.013 138 R 0.075 0.233 0.300 0.258 0.106 0.026 0.002 139 R 0.280 0.340 0.208 0.111 0.045 0.015 0.002 140 D 0.218 0.317 0.238 0.145 0.057 0.022 0.003 141 L 0.035 0.068 0.113 0.277 0.322 0.166 0.019 142 H 0.105 0.269 0.283 0.189 0.095 0.049 0.011 143 A 0.028 0.057 0.093 0.180 0.275 0.286 0.080 144 V 0.037 0.123 0.160 0.260 0.229 0.145 0.045 145 N 0.019 0.049 0.079 0.156 0.253 0.271 0.173 146 S 0.006 0.009 0.015 0.030 0.078 0.323 0.539 147 A 0.004 0.011 0.021 0.059 0.131 0.322 0.452 148 L 0.005 0.014 0.024 0.068 0.156 0.276 0.456 149 A 0.002 0.004 0.007 0.018 0.057 0.231 0.680 150 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.191 0.782 151 A 0.003 0.006 0.009 0.031 0.082 0.231 0.638 152 G 0.003 0.006 0.010 0.025 0.067 0.223 0.665 153 M 0.003 0.005 0.008 0.020 0.054 0.220 0.689 154 V 0.004 0.006 0.009 0.023 0.065 0.256 0.637 155 N 0.013 0.032 0.048 0.107 0.175 0.244 0.382 156 Y 0.016 0.027 0.040 0.078 0.148 0.295 0.396 157 F 0.016 0.024 0.037 0.073 0.149 0.309 0.391 158 F 0.023 0.033 0.046 0.090 0.169 0.313 0.327 159 L 0.045 0.064 0.084 0.141 0.205 0.255 0.206 160 S 0.070 0.086 0.096 0.147 0.188 0.243 0.170 161 T 0.110 0.117 0.123 0.159 0.172 0.196 0.124 162 L 0.151 0.135 0.135 0.178 0.166 0.158 0.077 163 A 0.207 0.173 0.142 0.165 0.151 0.116 0.046 164 T 0.287 0.208 0.153 0.153 0.104 0.072 0.023 165 E 0.420 0.234 0.149 0.098 0.057 0.033 0.010 166 G 0.328 0.244 0.166 0.136 0.078 0.040 0.009 167 L 0.261 0.184 0.172 0.180 0.129 0.066 0.008 168 T 0.328 0.239 0.185 0.141 0.076 0.028 0.003 169 S 0.429 0.280 0.153 0.089 0.036 0.012 0.001 170 H 0.317 0.269 0.180 0.148 0.070 0.015 0.001 171 S 0.397 0.354 0.135 0.084 0.024 0.006 0.001 172 P 0.461 0.286 0.145 0.076 0.027 0.004 0.001 173 D 0.443 0.311 0.125 0.098 0.020 0.003 0.001 174 Q 0.551 0.277 0.118 0.040 0.012 0.002 0.001 175 D 0.229 0.267 0.252 0.179 0.062 0.010 0.001 176 E 0.499 0.307 0.134 0.050 0.008 0.001 0.001 177 E 0.188 0.384 0.267 0.112 0.041 0.008 0.001 178 L 0.021 0.051 0.128 0.280 0.356 0.156 0.008 179 I 0.014 0.062 0.173 0.320 0.295 0.125 0.011 180 R 0.132 0.366 0.302 0.138 0.048 0.014 0.002 181 Q 0.017 0.097 0.220 0.307 0.270 0.078 0.011 182 Y 0.003 0.007 0.017 0.053 0.197 0.521 0.202 183 V 0.006 0.034 0.090 0.202 0.299 0.294 0.075 184 A 0.029 0.143 0.232 0.295 0.185 0.086 0.029 185 I 0.007 0.021 0.042 0.100 0.227 0.403 0.200 186 F 0.008 0.014 0.020 0.049 0.129 0.438 0.341 187 T 0.029 0.076 0.116 0.248 0.270 0.199 0.061 188 R 0.126 0.234 0.236 0.211 0.114 0.061 0.018 189 G 0.085 0.128 0.203 0.231 0.194 0.138 0.021 190 I 0.118 0.123 0.160 0.218 0.240 0.123 0.018 191 M 0.381 0.327 0.156 0.094 0.032 0.009 0.001 192 A 0.699 0.215 0.057 0.021 0.006 0.001 0.001