# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.030 0.035 0.086 0.071 0.152 0.007 0.256 0.044 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.034 0.013 0.088 0.035 0.036 0.094 0.001 2 E 0.073 0.113 0.146 0.242 0.178 0.003 0.073 0.023 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.017 0.008 0.029 0.022 0.023 0.035 0.003 3 I 0.097 0.142 0.038 0.066 0.519 0.002 0.026 0.020 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.002 0.009 0.013 0.012 0.014 0.011 0.009 0.007 4 V 0.078 0.107 0.399 0.263 0.071 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.022 0.002 0.002 0.004 0.005 0.012 0.005 5 Q 0.032 0.087 0.016 0.034 0.782 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.004 0.004 0.009 6 R 0.118 0.099 0.173 0.376 0.101 0.001 0.004 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.043 0.002 0.006 0.011 0.018 0.017 0.004 7 E 0.012 0.009 0.186 0.518 0.172 0.001 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.028 0.003 0.006 0.020 0.001 8 D 0.005 0.015 0.020 0.037 0.036 0.001 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.037 0.015 0.003 0.026 0.001 9 G 0.045 0.032 0.137 0.035 0.088 0.001 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.004 0.011 0.464 0.008 0.013 0.001 10 S 0.128 0.128 0.161 0.033 0.500 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.006 0.004 0.004 0.008 0.005 0.009 0.002 11 W 0.160 0.154 0.100 0.041 0.440 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.020 0.006 0.046 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 12 L 0.160 0.213 0.041 0.139 0.228 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.021 0.077 0.014 0.061 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.011 13 V 0.214 0.227 0.058 0.123 0.130 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.023 0.022 0.067 0.028 0.055 0.013 0.007 0.004 0.005 0.006 0.008 14 D 0.238 0.148 0.060 0.074 0.206 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.012 0.015 0.025 0.024 0.095 0.014 0.020 0.006 0.010 0.015 0.004 15 G 0.075 0.112 0.079 0.088 0.123 0.008 0.118 0.013 0.002 0.001 0.012 0.010 0.026 0.020 0.090 0.031 0.042 0.076 0.028 0.042 0.004 16 M 0.022 0.027 0.034 0.026 0.192 0.005 0.126 0.019 0.002 0.001 0.009 0.007 0.018 0.008 0.056 0.045 0.089 0.157 0.111 0.046 0.002 17 V 0.013 0.013 0.271 0.079 0.041 0.004 0.035 0.024 0.002 0.001 0.004 0.004 0.010 0.006 0.101 0.016 0.069 0.045 0.059 0.202 0.002 18 S 0.003 0.003 0.008 0.010 0.276 0.002 0.017 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.024 0.035 0.126 0.407 0.001 19 L 0.001 0.001 0.003 0.013 0.003 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.895 0.003 0.009 0.017 0.001 20 D 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.005 0.046 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 0.006 0.005 0.011 0.001 21 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.018 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.012 0.008 0.002 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.002 0.002 0.002 0.001 23 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.005 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.063 0.833 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.003 0.002 0.002 0.001 25 F 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.031 0.240 0.450 0.054 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.136 0.021 0.015 0.012 0.001 26 F 0.001 0.001 0.007 0.010 0.007 0.008 0.223 0.245 0.023 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.216 0.049 0.103 0.076 0.001 27 E 0.002 0.003 0.014 0.009 0.041 0.036 0.154 0.156 0.046 0.013 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.028 0.095 0.202 0.072 0.111 0.001 28 L 0.001 0.002 0.017 0.014 0.017 0.011 0.104 0.039 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.016 0.197 0.097 0.237 0.197 0.001 29 E 0.001 0.002 0.028 0.010 0.047 0.010 0.156 0.019 0.008 0.002 0.003 0.002 0.005 0.010 0.038 0.043 0.170 0.128 0.141 0.177 0.001 30 A 0.001 0.001 0.066 0.027 0.025 0.003 0.053 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 0.045 0.080 0.078 0.246 0.311 0.001 31 P 0.001 0.001 0.021 0.012 0.096 0.002 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.066 0.224 0.062 0.143 0.301 0.001 32 L 0.001 0.001 0.029 0.031 0.009 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.025 0.068 0.017 0.205 0.580 0.001 33 P 0.001 0.001 0.006 0.012 0.078 0.002 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 0.459 0.044 0.097 0.215 0.001 34 G 0.001 0.001 0.042 0.026 0.027 0.009 0.285 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.015 0.198 0.069 0.092 0.175 0.001 35 E 0.001 0.001 0.040 0.026 0.042 0.004 0.143 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.347 0.067 0.112 0.176 0.001 36 A 0.001 0.001 0.031 0.020 0.042 0.002 0.353 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.333 0.028 0.040 0.128 0.001 37 G 0.001 0.002 0.044 0.026 0.027 0.001 0.365 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.137 0.176 0.080 0.121 0.001 38 G 0.003 0.003 0.045 0.019 0.108 0.001 0.165 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.015 0.223 0.064 0.065 0.268 0.001 39 N 0.006 0.007 0.136 0.053 0.091 0.002 0.147 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.042 0.016 0.100 0.106 0.084 0.191 0.001 40 I 0.012 0.017 0.048 0.030 0.293 0.002 0.066 0.027 0.001 0.001 0.008 0.008 0.017 0.008 0.033 0.082 0.161 0.055 0.070 0.058 0.003 41 H 0.031 0.030 0.217 0.066 0.052 0.006 0.040 0.100 0.002 0.001 0.009 0.009 0.024 0.014 0.256 0.009 0.039 0.020 0.031 0.044 0.003 42 T 0.055 0.051 0.030 0.038 0.212 0.005 0.041 0.205 0.004 0.001 0.015 0.014 0.028 0.028 0.029 0.049 0.075 0.032 0.051 0.035 0.003 43 L 0.041 0.041 0.043 0.047 0.047 0.003 0.026 0.295 0.005 0.001 0.009 0.007 0.025 0.037 0.161 0.019 0.146 0.012 0.020 0.016 0.002 44 A 0.032 0.043 0.020 0.022 0.026 0.004 0.050 0.534 0.003 0.001 0.005 0.005 0.014 0.014 0.029 0.011 0.160 0.007 0.009 0.010 0.001 45 G 0.078 0.060 0.009 0.013 0.032 0.004 0.030 0.625 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.013 0.010 0.008 0.087 0.007 0.005 0.003 0.001 46 V 0.060 0.051 0.004 0.008 0.014 0.005 0.010 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.009 0.002 0.035 0.005 0.004 0.001 0.001 47 M 0.081 0.057 0.005 0.009 0.014 0.008 0.009 0.755 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.003 0.025 0.005 0.006 0.002 0.001 48 L 0.040 0.047 0.006 0.013 0.021 0.016 0.022 0.708 0.013 0.005 0.003 0.001 0.008 0.009 0.011 0.004 0.055 0.007 0.008 0.002 0.001 49 Y 0.014 0.021 0.007 0.012 0.011 0.023 0.078 0.666 0.028 0.009 0.002 0.001 0.006 0.005 0.010 0.003 0.084 0.007 0.008 0.005 0.001 50 Q 0.007 0.012 0.020 0.037 0.031 0.012 0.219 0.091 0.193 0.108 0.003 0.002 0.006 0.009 0.018 0.009 0.141 0.041 0.025 0.015 0.001 51 L 0.006 0.007 0.014 0.020 0.030 0.007 0.367 0.017 0.040 0.023 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.014 0.133 0.056 0.071 0.173 0.001 52 G 0.004 0.004 0.027 0.032 0.039 0.004 0.120 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.092 0.360 0.084 0.198 0.001 53 R 0.005 0.009 0.020 0.015 0.191 0.005 0.115 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.036 0.067 0.211 0.127 0.175 0.002 54 V 0.004 0.004 0.164 0.074 0.044 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.021 0.025 0.029 0.216 0.372 0.002 55 P 0.005 0.006 0.029 0.057 0.382 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.036 0.043 0.036 0.154 0.214 0.005 56 S 0.012 0.011 0.137 0.180 0.088 0.003 0.023 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.078 0.018 0.092 0.022 0.095 0.215 0.003 57 V 0.006 0.012 0.103 0.224 0.132 0.001 0.134 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.039 0.021 0.139 0.022 0.045 0.104 0.002 58 T 0.040 0.056 0.085 0.072 0.178 0.001 0.337 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.003 0.023 0.023 0.065 0.038 0.017 0.038 0.003 59 D 0.073 0.070 0.346 0.240 0.136 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.024 0.012 0.011 0.019 0.008 0.015 0.004 60 R 0.119 0.194 0.027 0.024 0.584 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.004 0.006 0.002 0.005 0.002 0.003 0.007 61 F 0.271 0.235 0.202 0.100 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.020 0.002 0.026 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 62 E 0.175 0.209 0.031 0.092 0.446 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 63 W 0.258 0.177 0.152 0.170 0.140 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.012 0.003 0.049 0.002 0.003 0.003 0.005 0.005 0.003 64 N 0.065 0.054 0.168 0.352 0.144 0.001 0.073 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.027 0.004 0.024 0.003 0.009 0.065 0.002 65 G 0.043 0.130 0.050 0.053 0.259 0.001 0.248 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.001 0.011 0.013 0.020 0.133 0.008 0.014 0.003 66 F 0.203 0.120 0.299 0.044 0.171 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.002 0.042 0.010 0.006 0.013 0.009 0.028 0.007 67 S 0.112 0.204 0.221 0.109 0.276 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.004 0.025 0.009 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 68 F 0.182 0.319 0.007 0.011 0.376 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.021 0.006 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 69 E 0.183 0.302 0.118 0.121 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.082 0.021 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 70 V 0.302 0.266 0.002 0.009 0.307 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.030 0.020 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 71 V 0.222 0.251 0.051 0.072 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.030 0.032 0.283 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 72 D 0.203 0.235 0.022 0.123 0.223 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.031 0.018 0.026 0.058 0.003 0.004 0.006 0.008 0.007 73 M 0.158 0.111 0.112 0.109 0.175 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.007 0.201 0.023 0.017 0.024 0.015 0.019 0.001 74 D 0.055 0.063 0.097 0.202 0.150 0.002 0.066 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.044 0.015 0.059 0.028 0.048 0.157 0.001 75 R 0.061 0.047 0.050 0.060 0.364 0.003 0.076 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.021 0.012 0.115 0.106 0.028 0.042 0.001 76 T 0.072 0.069 0.176 0.124 0.193 0.010 0.100 0.019 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.055 0.006 0.048 0.030 0.026 0.056 0.002 77 R 0.068 0.079 0.081 0.115 0.397 0.005 0.042 0.016 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.030 0.010 0.022 0.023 0.042 0.050 0.006 78 V 0.115 0.165 0.064 0.116 0.261 0.002 0.014 0.021 0.003 0.002 0.009 0.006 0.016 0.010 0.056 0.024 0.020 0.022 0.040 0.019 0.015 79 D 0.104 0.098 0.156 0.238 0.092 0.003 0.025 0.014 0.002 0.003 0.010 0.010 0.022 0.014 0.128 0.012 0.023 0.003 0.011 0.015 0.017 80 K 0.110 0.279 0.044 0.089 0.143 0.002 0.062 0.004 0.003 0.001 0.023 0.016 0.040 0.051 0.030 0.045 0.006 0.009 0.005 0.004 0.033 81 I 0.194 0.180 0.034 0.030 0.113 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.024 0.024 0.056 0.118 0.068 0.067 0.002 0.011 0.008 0.003 0.052 82 L 0.109 0.188 0.173 0.082 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.065 0.102 0.093 0.039 0.001 0.004 0.004 0.004 0.030 83 V 0.121 0.152 0.014 0.013 0.342 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 0.054 0.097 0.030 0.091 0.002 0.003 0.007 0.004 0.027 84 Q 0.092 0.083 0.079 0.088 0.049 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.015 0.040 0.090 0.388 0.011 0.003 0.004 0.011 0.021 0.007 85 R 0.032 0.028 0.031 0.102 0.321 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.010 0.018 0.056 0.145 0.082 0.013 0.041 0.088 0.004 86 H 0.014 0.026 0.054 0.050 0.097 0.004 0.149 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.011 0.235 0.041 0.113 0.067 0.040 0.078 0.002 87 H 0.012 0.010 0.099 0.093 0.076 0.003 0.080 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.035 0.033 0.081 0.079 0.143 0.241 0.001