# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.007 0.007 0.373 0.031 0.067 0.032 0.002 0.001 0.015 0.167 0.240 0.032 0.026 2 E 0.041 0.014 0.417 0.016 0.066 0.032 0.012 0.001 0.034 0.091 0.083 0.084 0.109 3 I 0.142 0.021 0.096 0.017 0.031 0.025 0.022 0.007 0.043 0.031 0.025 0.121 0.418 4 V 0.212 0.019 0.042 0.025 0.006 0.008 0.022 0.007 0.023 0.011 0.006 0.465 0.155 5 Q 0.163 0.028 0.080 0.011 0.007 0.009 0.013 0.005 0.031 0.012 0.011 0.138 0.492 6 R 0.041 0.024 0.331 0.011 0.008 0.008 0.006 0.002 0.024 0.048 0.027 0.173 0.297 7 E 0.016 0.010 0.226 0.037 0.021 0.007 0.002 0.001 0.008 0.164 0.221 0.154 0.133 8 D 0.003 0.002 0.042 0.050 0.015 0.002 0.001 0.001 0.002 0.138 0.700 0.016 0.030 9 G 0.009 0.006 0.221 0.032 0.010 0.002 0.002 0.001 0.006 0.239 0.406 0.048 0.021 10 S 0.127 0.025 0.332 0.016 0.009 0.002 0.014 0.002 0.018 0.087 0.022 0.063 0.283 11 W 0.381 0.017 0.028 0.011 0.002 0.001 0.046 0.007 0.015 0.010 0.002 0.325 0.154 12 L 0.660 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 0.066 0.008 0.004 0.001 0.001 0.041 0.200 13 V 0.655 0.002 0.005 0.057 0.001 0.001 0.031 0.006 0.004 0.001 0.001 0.166 0.070 14 D 0.389 0.001 0.055 0.060 0.005 0.003 0.026 0.007 0.016 0.009 0.009 0.074 0.347 15 G 0.197 0.002 0.051 0.092 0.016 0.014 0.030 0.005 0.033 0.060 0.168 0.232 0.100 16 M 0.167 0.021 0.117 0.016 0.020 0.016 0.029 0.004 0.050 0.127 0.142 0.074 0.216 17 V 0.030 0.079 0.282 0.005 0.002 0.007 0.008 0.002 0.012 0.163 0.008 0.360 0.041 18 S 0.004 0.020 0.761 0.001 0.003 0.015 0.002 0.001 0.012 0.032 0.005 0.011 0.133 19 L 0.001 0.003 0.066 0.002 0.096 0.792 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.003 0.013 20 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.118 0.868 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.091 0.888 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 22 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 26 F 0.001 0.002 0.060 0.001 0.022 0.735 0.001 0.001 0.005 0.022 0.146 0.004 0.002 27 E 0.002 0.005 0.238 0.003 0.022 0.232 0.001 0.001 0.008 0.096 0.369 0.004 0.017 28 L 0.003 0.009 0.423 0.002 0.050 0.173 0.002 0.002 0.015 0.157 0.129 0.021 0.015 29 E 0.002 0.023 0.435 0.005 0.056 0.080 0.002 0.002 0.040 0.155 0.164 0.009 0.026 30 A 0.001 0.020 0.580 0.003 0.026 0.025 0.001 0.002 0.027 0.216 0.061 0.026 0.013 31 P 0.001 0.013 0.748 0.001 0.021 0.011 0.001 0.001 0.012 0.117 0.053 0.003 0.019 32 L 0.001 0.016 0.636 0.003 0.052 0.018 0.001 0.001 0.011 0.173 0.067 0.017 0.007 33 P 0.001 0.027 0.361 0.003 0.134 0.040 0.001 0.001 0.008 0.150 0.241 0.004 0.031 34 G 0.001 0.027 0.343 0.003 0.119 0.038 0.001 0.001 0.004 0.294 0.130 0.030 0.011 35 E 0.001 0.021 0.322 0.002 0.151 0.071 0.001 0.001 0.007 0.158 0.231 0.008 0.027 36 A 0.002 0.019 0.177 0.009 0.092 0.043 0.001 0.001 0.004 0.149 0.471 0.017 0.015 37 G 0.001 0.008 0.160 0.006 0.037 0.021 0.001 0.001 0.004 0.132 0.613 0.011 0.007 38 G 0.002 0.013 0.333 0.007 0.013 0.017 0.001 0.001 0.007 0.184 0.394 0.010 0.021 39 N 0.005 0.041 0.501 0.004 0.010 0.030 0.001 0.001 0.018 0.202 0.080 0.068 0.040 40 I 0.023 0.061 0.399 0.008 0.015 0.055 0.005 0.002 0.031 0.073 0.028 0.040 0.261 41 H 0.030 0.042 0.220 0.026 0.011 0.128 0.006 0.003 0.023 0.083 0.032 0.316 0.079 42 T 0.027 0.013 0.175 0.009 0.026 0.333 0.005 0.002 0.015 0.035 0.035 0.021 0.304 43 L 0.008 0.003 0.044 0.007 0.023 0.828 0.001 0.001 0.003 0.015 0.018 0.038 0.010 44 A 0.002 0.001 0.007 0.001 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.008 45 G 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 46 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 47 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 51 L 0.002 0.001 0.022 0.001 0.017 0.780 0.001 0.001 0.001 0.010 0.160 0.002 0.003 52 G 0.003 0.003 0.117 0.002 0.037 0.228 0.001 0.001 0.001 0.083 0.507 0.012 0.006 53 R 0.002 0.012 0.361 0.001 0.027 0.071 0.001 0.001 0.003 0.245 0.246 0.005 0.026 54 V 0.001 0.016 0.596 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.003 0.276 0.031 0.056 0.008 55 P 0.001 0.027 0.727 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.007 0.118 0.050 0.003 0.046 56 S 0.001 0.009 0.695 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.005 0.166 0.084 0.014 0.008 57 V 0.001 0.006 0.178 0.018 0.086 0.004 0.001 0.001 0.009 0.191 0.472 0.009 0.024 58 T 0.001 0.004 0.332 0.024 0.023 0.001 0.001 0.001 0.018 0.140 0.434 0.007 0.015 59 D 0.016 0.013 0.443 0.027 0.012 0.002 0.006 0.001 0.027 0.155 0.063 0.181 0.054 60 R 0.155 0.026 0.054 0.004 0.003 0.001 0.017 0.003 0.024 0.014 0.003 0.063 0.634 61 F 0.251 0.016 0.011 0.008 0.001 0.001 0.023 0.004 0.006 0.003 0.001 0.603 0.075 62 E 0.398 0.011 0.017 0.019 0.001 0.001 0.022 0.004 0.007 0.002 0.001 0.085 0.433 63 W 0.247 0.003 0.081 0.024 0.004 0.001 0.019 0.002 0.013 0.008 0.009 0.256 0.332 64 N 0.028 0.001 0.025 0.505 0.004 0.001 0.004 0.001 0.007 0.048 0.247 0.086 0.045 65 G 0.057 0.001 0.045 0.066 0.004 0.001 0.004 0.001 0.008 0.167 0.537 0.039 0.072 66 F 0.185 0.005 0.117 0.021 0.001 0.001 0.025 0.001 0.015 0.071 0.009 0.448 0.100 67 S 0.455 0.009 0.009 0.006 0.001 0.001 0.037 0.004 0.021 0.004 0.001 0.057 0.397 68 F 0.567 0.002 0.008 0.020 0.001 0.001 0.101 0.018 0.018 0.001 0.001 0.199 0.065 69 E 0.515 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.129 0.020 0.015 0.001 0.001 0.170 0.120 70 V 0.574 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.092 0.028 0.018 0.001 0.001 0.026 0.252 71 V 0.577 0.002 0.005 0.100 0.001 0.001 0.040 0.012 0.014 0.004 0.002 0.203 0.040 72 D 0.352 0.005 0.054 0.008 0.006 0.002 0.018 0.004 0.023 0.021 0.010 0.108 0.388 73 M 0.060 0.021 0.326 0.013 0.016 0.005 0.008 0.003 0.027 0.125 0.095 0.087 0.214 74 D 0.019 0.008 0.418 0.045 0.014 0.007 0.002 0.001 0.010 0.183 0.190 0.059 0.046 75 R 0.024 0.008 0.171 0.015 0.081 0.032 0.001 0.001 0.004 0.260 0.264 0.038 0.102 76 T 0.043 0.016 0.201 0.023 0.054 0.031 0.003 0.001 0.006 0.200 0.220 0.103 0.101 77 R 0.104 0.016 0.134 0.018 0.023 0.014 0.007 0.001 0.012 0.063 0.029 0.275 0.302 78 V 0.147 0.008 0.135 0.024 0.012 0.009 0.013 0.004 0.040 0.021 0.013 0.069 0.506 79 D 0.237 0.004 0.066 0.158 0.006 0.003 0.029 0.007 0.043 0.026 0.013 0.324 0.083 80 K 0.301 0.002 0.044 0.024 0.005 0.003 0.057 0.025 0.092 0.019 0.013 0.099 0.316 81 I 0.470 0.002 0.025 0.022 0.001 0.001 0.134 0.044 0.080 0.005 0.001 0.105 0.110 82 L 0.393 0.002 0.009 0.015 0.001 0.001 0.106 0.041 0.050 0.003 0.001 0.315 0.065 83 V 0.289 0.004 0.031 0.007 0.001 0.001 0.092 0.042 0.057 0.005 0.003 0.042 0.427 84 Q 0.100 0.009 0.193 0.064 0.003 0.002 0.027 0.016 0.096 0.043 0.008 0.358 0.081 85 R 0.021 0.008 0.337 0.005 0.023 0.010 0.009 0.004 0.098 0.105 0.066 0.051 0.262 86 H 0.007 0.030 0.392 0.010 0.024 0.007 0.003 0.001 0.021 0.252 0.167 0.038 0.048 87 H 0.001 0.010 0.705 0.003 0.011 0.004 0.001 0.001 0.005 0.180 0.055 0.015 0.010