# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.043 0.315 0.053 0.148 0.001 0.053 0.001 0.008 0.030 0.003 0.042 0.208 0.061 0.001 0.008 0.025 2 E 0.069 0.082 0.340 0.341 0.001 0.015 0.002 0.001 0.006 0.001 0.011 0.019 0.051 0.001 0.001 0.062 3 I 0.018 0.007 0.666 0.278 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 4 V 0.001 0.019 0.197 0.766 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.001 0.010 0.015 0.735 0.019 0.204 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 6 R 0.002 0.033 0.008 0.091 0.216 0.429 0.005 0.022 0.003 0.001 0.165 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 7 E 0.001 0.040 0.002 0.018 0.490 0.011 0.076 0.022 0.002 0.004 0.109 0.028 0.002 0.194 0.001 0.001 8 D 0.001 0.013 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.401 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.559 0.001 9 G 0.002 0.006 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.711 10 S 0.951 0.005 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 W 0.005 0.005 0.920 0.055 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.004 0.036 0.093 0.846 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.005 0.011 0.595 0.193 0.182 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.001 0.304 0.007 0.546 0.010 0.033 0.001 0.073 0.005 0.001 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 G 0.005 0.012 0.006 0.800 0.002 0.069 0.001 0.005 0.040 0.024 0.015 0.012 0.005 0.001 0.001 0.005 16 M 0.073 0.077 0.233 0.554 0.004 0.018 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.014 0.006 0.001 0.001 0.006 17 V 0.002 0.021 0.171 0.783 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 18 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.950 0.001 0.001 0.022 22 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.978 0.002 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.979 0.002 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.019 25 F 0.002 0.001 0.006 0.002 0.012 0.001 0.069 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.169 0.715 0.002 0.015 26 F 0.003 0.003 0.026 0.003 0.001 0.002 0.004 0.026 0.001 0.001 0.002 0.002 0.148 0.003 0.774 0.002 27 E 0.002 0.019 0.016 0.013 0.001 0.004 0.006 0.001 0.036 0.021 0.002 0.003 0.073 0.007 0.003 0.793 28 L 0.849 0.004 0.035 0.034 0.001 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.039 0.004 0.007 0.007 29 E 0.003 0.090 0.769 0.054 0.001 0.023 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 0.021 0.001 0.005 0.016 30 A 0.024 0.017 0.057 0.586 0.033 0.162 0.029 0.004 0.002 0.002 0.029 0.005 0.036 0.009 0.002 0.005 31 P 0.016 0.258 0.134 0.458 0.012 0.017 0.007 0.025 0.006 0.001 0.017 0.017 0.014 0.001 0.006 0.010 32 L 0.006 0.011 0.039 0.427 0.203 0.110 0.097 0.007 0.013 0.017 0.012 0.015 0.014 0.023 0.001 0.004 33 P 0.027 0.083 0.116 0.273 0.010 0.046 0.006 0.329 0.005 0.002 0.034 0.010 0.015 0.002 0.040 0.004 34 G 0.007 0.037 0.011 0.167 0.021 0.204 0.006 0.011 0.242 0.097 0.073 0.053 0.027 0.002 0.003 0.039 35 E 0.165 0.044 0.023 0.052 0.186 0.052 0.039 0.014 0.005 0.003 0.204 0.132 0.035 0.040 0.002 0.005 36 A 0.009 0.081 0.056 0.035 0.069 0.053 0.075 0.305 0.007 0.005 0.077 0.073 0.029 0.029 0.091 0.006 37 G 0.009 0.032 0.073 0.044 0.026 0.040 0.037 0.143 0.158 0.075 0.045 0.043 0.054 0.009 0.132 0.079 38 G 0.228 0.036 0.062 0.064 0.001 0.038 0.005 0.029 0.118 0.043 0.046 0.052 0.081 0.001 0.021 0.174 39 N 0.247 0.077 0.280 0.090 0.001 0.042 0.006 0.002 0.037 0.008 0.029 0.038 0.073 0.001 0.002 0.068 40 I 0.064 0.018 0.262 0.101 0.002 0.271 0.003 0.002 0.001 0.001 0.045 0.072 0.155 0.001 0.001 0.002 41 H 0.003 0.328 0.079 0.101 0.005 0.109 0.003 0.005 0.001 0.001 0.078 0.069 0.210 0.001 0.001 0.007 42 T 0.003 0.012 0.009 0.086 0.005 0.261 0.008 0.003 0.002 0.001 0.110 0.118 0.377 0.001 0.001 0.003 43 L 0.001 0.006 0.019 0.007 0.007 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.360 0.149 0.403 0.004 0.002 0.001 44 A 0.001 0.007 0.003 0.018 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.045 0.463 0.444 0.001 0.006 0.001 45 G 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.947 0.001 0.001 0.005 46 V 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.001 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.002 50 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.943 0.001 0.002 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.963 0.001 52 G 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.020 0.001 0.002 0.028 0.005 0.006 0.901 53 R 0.902 0.007 0.028 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.035 54 V 0.018 0.021 0.837 0.045 0.001 0.035 0.009 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.001 0.002 0.011 55 P 0.033 0.105 0.208 0.398 0.018 0.158 0.006 0.010 0.001 0.001 0.025 0.013 0.017 0.002 0.002 0.004 56 S 0.007 0.093 0.045 0.442 0.054 0.224 0.007 0.017 0.007 0.002 0.044 0.038 0.010 0.005 0.002 0.004 57 V 0.020 0.187 0.093 0.401 0.010 0.059 0.009 0.033 0.011 0.003 0.093 0.036 0.017 0.002 0.012 0.013 58 T 0.025 0.152 0.075 0.242 0.005 0.327 0.012 0.009 0.024 0.006 0.014 0.063 0.023 0.003 0.006 0.014 59 D 0.036 0.380 0.138 0.362 0.001 0.010 0.002 0.004 0.009 0.001 0.024 0.004 0.008 0.001 0.004 0.019 60 R 0.014 0.025 0.275 0.672 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 61 F 0.007 0.001 0.536 0.427 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.001 0.007 0.011 0.325 0.603 0.043 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 W 0.001 0.001 0.001 0.017 0.925 0.014 0.005 0.028 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 64 N 0.001 0.010 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.948 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 65 G 0.003 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 66 F 0.864 0.004 0.091 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.006 0.044 0.821 0.125 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.003 0.003 0.034 0.953 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.004 0.013 0.979 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.002 0.680 0.172 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.189 0.002 0.744 0.003 0.008 0.001 0.048 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 D 0.001 0.019 0.002 0.400 0.044 0.448 0.002 0.004 0.041 0.021 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 73 M 0.045 0.104 0.103 0.148 0.243 0.048 0.034 0.044 0.003 0.003 0.204 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 74 D 0.001 0.085 0.011 0.068 0.012 0.493 0.004 0.199 0.019 0.010 0.017 0.057 0.005 0.001 0.017 0.002 75 R 0.016 0.158 0.032 0.073 0.030 0.026 0.010 0.018 0.094 0.039 0.313 0.032 0.016 0.011 0.019 0.114 76 T 0.339 0.090 0.135 0.143 0.001 0.008 0.002 0.018 0.034 0.002 0.009 0.143 0.013 0.001 0.023 0.038 77 R 0.023 0.021 0.789 0.069 0.003 0.005 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.062 78 V 0.015 0.002 0.020 0.025 0.004 0.921 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 79 D 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.017 0.003 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 81 I 0.002 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.012 0.001 0.973 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.013 0.002 0.697 0.030 0.252 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 R 0.001 0.067 0.006 0.319 0.243 0.177 0.002 0.040 0.002 0.002 0.140 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 H 0.001 0.305 0.003 0.258 0.063 0.063 0.003 0.135 0.027 0.009 0.028 0.099 0.001 0.001 0.002 0.001 87 H 0.012 0.044 0.033 0.192 0.059 0.131 0.035 0.061 0.120 0.077 0.126 0.046 0.020 0.004 0.020 0.021