# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.053 0.107 0.649 2 E 0.021 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 0.010 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.333 0.068 0.077 0.421 3 I 0.027 0.015 0.003 0.002 0.002 0.010 0.038 0.006 0.004 0.003 0.005 0.001 0.010 0.007 0.007 0.005 0.285 0.047 0.083 0.443 4 V 0.012 0.003 0.005 0.002 0.075 0.503 0.116 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.005 0.002 0.106 0.029 0.016 0.098 5 Q 0.004 0.004 0.037 0.003 0.310 0.013 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.140 0.058 0.051 0.357 6 R 0.567 0.001 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.037 0.028 0.246 7 E 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.035 0.354 8 D 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.066 0.896 9 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.024 0.071 0.506 10 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.367 0.344 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.027 0.017 0.093 11 W 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.055 0.081 0.004 0.077 0.013 0.004 0.005 0.398 0.043 0.044 0.222 12 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.362 0.278 0.054 0.007 0.157 0.032 0.012 0.078 13 V 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.104 0.142 0.022 0.398 0.078 0.035 0.143 14 D 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.308 0.088 0.067 0.485 15 G 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.681 0.028 0.058 0.215 16 M 0.016 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.361 0.048 0.085 0.437 17 V 0.014 0.173 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.048 0.108 0.372 18 S 0.030 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.032 0.017 0.061 19 L 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.016 20 D 0.008 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.009 0.031 21 R 0.009 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.005 0.023 22 F 0.054 0.900 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.005 0.013 23 R 0.057 0.492 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.230 0.033 0.136 24 E 0.459 0.251 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.020 0.239 25 F 0.068 0.145 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.084 0.114 0.534 26 F 0.092 0.054 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.111 0.114 0.561 27 E 0.095 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.077 0.082 0.690 28 L 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.039 0.116 0.752 29 E 0.026 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.034 0.114 0.707 30 A 0.017 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.025 0.125 0.722 31 P 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.012 0.162 0.738 32 L 0.264 0.013 0.002 0.001 0.008 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.044 0.090 0.494 33 P 0.064 0.017 0.002 0.001 0.008 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.047 0.154 0.660 34 G 0.154 0.009 0.004 0.001 0.028 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.043 0.072 0.638 35 E 0.292 0.004 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.041 0.065 0.541 36 A 0.202 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.029 0.070 0.669 37 G 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.040 0.093 0.767 38 G 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.068 0.071 0.097 0.728 39 N 0.012 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.059 0.039 0.005 0.008 0.004 0.003 0.004 0.246 0.129 0.088 0.321 40 I 0.007 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.009 0.002 0.013 0.006 0.005 0.006 0.096 0.094 0.118 0.548 41 H 0.012 0.280 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 0.032 0.015 0.007 0.211 0.179 0.036 0.177 42 T 0.036 0.794 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.025 0.063 0.012 0.059 43 L 0.016 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.052 0.005 0.026 44 A 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.003 0.012 45 G 0.007 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.048 0.003 0.010 46 V 0.015 0.849 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.072 0.006 0.018 47 M 0.035 0.724 0.025 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.089 0.014 0.030 48 L 0.053 0.226 0.218 0.003 0.005 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.216 0.049 0.148 49 Y 0.419 0.047 0.063 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.061 0.062 0.245 50 Q 0.074 0.015 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.049 0.094 0.699 51 L 0.113 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.031 0.107 0.700 52 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.020 0.114 0.808 53 R 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.012 0.136 0.788 54 V 0.060 0.004 0.007 0.001 0.026 0.006 0.002 0.002 0.006 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 0.086 0.131 0.603 55 P 0.112 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.053 0.056 0.127 0.632 56 S 0.223 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.051 0.028 0.094 0.585 57 V 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.018 0.128 0.700 58 T 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.134 0.032 0.078 0.716 59 D 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.067 0.014 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.495 0.050 0.046 0.279 60 R 0.003 0.002 0.001 0.002 0.021 0.153 0.091 0.017 0.010 0.006 0.004 0.001 0.013 0.004 0.004 0.005 0.237 0.033 0.033 0.360 61 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.776 0.065 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.084 0.010 0.004 0.027 62 E 0.087 0.001 0.010 0.001 0.151 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.005 0.288 0.154 0.025 0.249 63 W 0.819 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.044 0.010 0.110 64 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.019 0.088 0.849 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.011 0.059 0.597 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.700 0.101 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.024 0.015 0.059 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.106 0.099 0.004 0.036 0.004 0.002 0.005 0.399 0.078 0.026 0.152 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.304 0.155 0.030 0.004 0.385 0.034 0.006 0.073 69 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.236 0.239 0.022 0.353 0.040 0.005 0.039 70 V 0.006 0.003 0.001 0.002 0.009 0.020 0.080 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.017 0.568 0.084 0.022 0.140 71 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.741 0.027 0.024 0.162 72 D 0.027 0.002 0.009 0.001 0.121 0.039 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.078 0.033 0.172 73 M 0.100 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.099 0.078 0.526 74 D 0.280 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.064 0.062 0.518 75 R 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.032 0.079 0.762 76 T 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.050 0.093 0.581 77 R 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.075 0.048 0.004 0.008 0.002 0.001 0.002 0.270 0.087 0.070 0.285 78 V 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.003 0.030 0.012 0.003 0.003 0.253 0.098 0.092 0.482 79 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 0.062 0.022 0.005 0.494 0.096 0.041 0.231 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.005 0.667 0.068 0.028 0.208 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.016 0.026 0.139 82 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.039 0.008 0.049 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.632 0.062 0.051 0.231 84 Q 0.073 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.560 0.087 0.033 0.226 85 R 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.030 0.121 0.676 86 H 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.010 0.093 0.838 87 H 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.015 0.152 0.754