# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.032 0.035 0.004 0.022 0.080 0.144 0.080 0.002 0.001 0.045 0.556 2 E 0.028 0.017 0.001 0.047 0.157 0.351 0.074 0.002 0.001 0.052 0.270 3 I 0.020 0.006 0.002 0.031 0.145 0.222 0.075 0.001 0.001 0.051 0.448 4 V 0.004 0.001 0.001 0.024 0.340 0.392 0.041 0.001 0.001 0.026 0.171 5 Q 0.037 0.002 0.005 0.024 0.124 0.238 0.053 0.001 0.001 0.047 0.468 6 R 0.578 0.001 0.001 0.010 0.040 0.030 0.045 0.002 0.001 0.051 0.240 7 E 0.185 0.002 0.001 0.015 0.016 0.020 0.103 0.002 0.001 0.040 0.615 8 D 0.003 0.001 0.001 0.012 0.011 0.018 0.089 0.001 0.001 0.010 0.855 9 G 0.012 0.004 0.001 0.038 0.134 0.099 0.076 0.001 0.001 0.032 0.601 10 S 0.006 0.005 0.001 0.048 0.299 0.285 0.065 0.001 0.001 0.063 0.227 11 W 0.003 0.005 0.001 0.109 0.265 0.311 0.030 0.001 0.001 0.079 0.195 12 L 0.005 0.004 0.001 0.065 0.325 0.405 0.020 0.001 0.001 0.040 0.133 13 V 0.051 0.014 0.001 0.132 0.243 0.253 0.039 0.003 0.001 0.041 0.223 14 D 0.060 0.015 0.003 0.055 0.159 0.156 0.063 0.004 0.001 0.127 0.359 15 G 0.018 0.038 0.001 0.120 0.078 0.155 0.122 0.003 0.001 0.042 0.423 16 M 0.023 0.043 0.002 0.079 0.041 0.050 0.093 0.002 0.001 0.123 0.546 17 V 0.002 0.077 0.001 0.058 0.100 0.096 0.146 0.002 0.001 0.067 0.451 18 S 0.018 0.856 0.001 0.003 0.002 0.004 0.009 0.009 0.001 0.035 0.065 19 L 0.031 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.024 0.012 20 D 0.004 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.027 0.018 21 R 0.022 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.005 0.011 22 F 0.090 0.711 0.041 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.025 0.037 0.032 23 R 0.243 0.251 0.152 0.001 0.003 0.005 0.016 0.041 0.087 0.056 0.145 24 E 0.485 0.183 0.008 0.001 0.002 0.003 0.024 0.009 0.005 0.015 0.264 25 F 0.069 0.077 0.019 0.002 0.003 0.005 0.072 0.013 0.011 0.020 0.710 26 F 0.060 0.029 0.016 0.009 0.013 0.024 0.121 0.008 0.006 0.028 0.686 27 E 0.095 0.007 0.003 0.009 0.008 0.013 0.076 0.003 0.002 0.024 0.760 28 L 0.018 0.002 0.001 0.031 0.031 0.023 0.114 0.001 0.001 0.022 0.757 29 E 0.028 0.003 0.001 0.036 0.017 0.028 0.097 0.001 0.001 0.026 0.762 30 A 0.006 0.001 0.001 0.032 0.020 0.034 0.160 0.001 0.001 0.026 0.720 31 P 0.011 0.002 0.001 0.035 0.008 0.012 0.090 0.001 0.001 0.014 0.827 32 L 0.189 0.011 0.001 0.038 0.021 0.022 0.078 0.004 0.001 0.044 0.591 33 P 0.047 0.006 0.002 0.017 0.005 0.009 0.108 0.003 0.001 0.030 0.773 34 G 0.316 0.006 0.004 0.023 0.007 0.011 0.067 0.004 0.001 0.035 0.527 35 E 0.302 0.005 0.002 0.014 0.006 0.007 0.064 0.002 0.001 0.042 0.555 36 A 0.041 0.009 0.001 0.012 0.004 0.007 0.101 0.002 0.001 0.018 0.806 37 G 0.056 0.013 0.001 0.004 0.008 0.014 0.095 0.002 0.001 0.031 0.775 38 G 0.030 0.014 0.001 0.023 0.040 0.048 0.154 0.002 0.001 0.123 0.565 39 N 0.010 0.038 0.001 0.051 0.063 0.139 0.120 0.002 0.001 0.134 0.441 40 I 0.017 0.096 0.001 0.063 0.114 0.123 0.087 0.002 0.001 0.075 0.421 41 H 0.016 0.202 0.003 0.108 0.135 0.164 0.040 0.003 0.001 0.127 0.201 42 T 0.011 0.689 0.001 0.023 0.036 0.081 0.016 0.002 0.001 0.043 0.098 43 L 0.013 0.859 0.001 0.021 0.013 0.023 0.008 0.002 0.001 0.026 0.034 44 A 0.005 0.830 0.001 0.008 0.025 0.055 0.009 0.002 0.001 0.033 0.032 45 G 0.007 0.709 0.002 0.012 0.027 0.070 0.011 0.002 0.001 0.132 0.030 46 V 0.013 0.787 0.004 0.010 0.038 0.048 0.008 0.003 0.001 0.062 0.028 47 M 0.042 0.721 0.009 0.009 0.036 0.058 0.013 0.012 0.002 0.055 0.043 48 L 0.101 0.146 0.129 0.017 0.065 0.103 0.035 0.024 0.032 0.195 0.154 49 Y 0.380 0.043 0.041 0.016 0.053 0.069 0.041 0.010 0.013 0.081 0.252 50 Q 0.292 0.030 0.008 0.011 0.032 0.035 0.056 0.014 0.004 0.023 0.495 51 L 0.055 0.004 0.003 0.006 0.013 0.017 0.108 0.002 0.001 0.021 0.770 52 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.026 0.043 0.130 0.001 0.001 0.011 0.775 53 R 0.006 0.002 0.001 0.012 0.018 0.030 0.098 0.001 0.001 0.013 0.820 54 V 0.030 0.001 0.002 0.026 0.051 0.043 0.168 0.002 0.001 0.068 0.609 55 P 0.026 0.002 0.001 0.026 0.030 0.040 0.141 0.001 0.001 0.034 0.699 56 S 0.151 0.005 0.001 0.043 0.012 0.025 0.062 0.003 0.001 0.029 0.669 57 V 0.081 0.005 0.001 0.042 0.020 0.030 0.102 0.002 0.001 0.031 0.686 58 T 0.014 0.003 0.001 0.024 0.030 0.047 0.108 0.001 0.001 0.024 0.749 59 D 0.008 0.002 0.001 0.052 0.167 0.281 0.078 0.001 0.001 0.025 0.386 60 R 0.005 0.001 0.001 0.031 0.140 0.271 0.077 0.001 0.001 0.042 0.433 61 F 0.001 0.001 0.001 0.013 0.334 0.415 0.040 0.001 0.001 0.014 0.182 62 E 0.144 0.001 0.001 0.021 0.122 0.191 0.036 0.001 0.001 0.054 0.429 63 W 0.555 0.001 0.001 0.008 0.043 0.036 0.044 0.001 0.001 0.069 0.244 64 N 0.006 0.001 0.001 0.019 0.023 0.036 0.117 0.001 0.001 0.017 0.780 65 G 0.004 0.001 0.001 0.021 0.052 0.077 0.077 0.001 0.001 0.019 0.749 66 F 0.001 0.001 0.001 0.041 0.521 0.241 0.039 0.001 0.001 0.019 0.138 67 S 0.001 0.001 0.001 0.084 0.256 0.422 0.029 0.001 0.001 0.037 0.169 68 F 0.001 0.001 0.001 0.022 0.435 0.415 0.017 0.001 0.001 0.011 0.100 69 E 0.002 0.002 0.001 0.150 0.350 0.416 0.008 0.001 0.001 0.013 0.057 70 V 0.004 0.002 0.001 0.039 0.356 0.343 0.026 0.001 0.001 0.039 0.190 71 V 0.005 0.001 0.001 0.062 0.338 0.359 0.044 0.001 0.001 0.034 0.155 72 D 0.097 0.004 0.003 0.069 0.098 0.167 0.068 0.002 0.001 0.081 0.410 73 M 0.073 0.004 0.002 0.035 0.067 0.059 0.106 0.003 0.001 0.055 0.595 74 D 0.082 0.015 0.002 0.015 0.031 0.045 0.091 0.005 0.001 0.027 0.687 75 R 0.045 0.007 0.002 0.004 0.040 0.046 0.070 0.001 0.001 0.035 0.750 76 T 0.014 0.011 0.002 0.018 0.126 0.119 0.085 0.001 0.001 0.046 0.577 77 R 0.017 0.014 0.003 0.031 0.145 0.382 0.061 0.002 0.001 0.051 0.294 78 V 0.011 0.003 0.001 0.038 0.119 0.284 0.087 0.001 0.001 0.044 0.412 79 D 0.004 0.002 0.001 0.085 0.330 0.407 0.022 0.001 0.001 0.012 0.137 80 K 0.002 0.002 0.001 0.081 0.192 0.509 0.027 0.001 0.001 0.021 0.165 81 I 0.002 0.001 0.001 0.141 0.419 0.248 0.034 0.001 0.001 0.018 0.137 82 L 0.003 0.001 0.001 0.163 0.374 0.353 0.015 0.001 0.001 0.016 0.074 83 V 0.005 0.001 0.001 0.090 0.261 0.251 0.047 0.001 0.001 0.025 0.319 84 Q 0.103 0.002 0.002 0.083 0.222 0.174 0.064 0.002 0.001 0.050 0.298 85 R 0.059 0.002 0.001 0.026 0.043 0.059 0.095 0.001 0.001 0.023 0.690 86 H 0.021 0.002 0.001 0.015 0.017 0.027 0.092 0.001 0.001 0.015 0.809 87 H 0.024 0.003 0.001 0.017 0.032 0.036 0.107 0.001 0.001 0.019 0.759