# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.054 0.061 0.016 0.091 0.125 0.110 0.056 0.487 2 E 0.018 0.024 0.023 0.162 0.408 0.058 0.044 0.262 3 I 0.020 0.013 0.021 0.167 0.231 0.067 0.064 0.417 4 V 0.012 0.004 0.043 0.282 0.363 0.048 0.037 0.212 5 Q 0.013 0.001 0.043 0.117 0.210 0.063 0.057 0.497 6 R 0.310 0.002 0.015 0.045 0.051 0.074 0.081 0.422 7 E 0.369 0.003 0.010 0.016 0.018 0.073 0.049 0.461 8 D 0.017 0.003 0.007 0.005 0.014 0.108 0.016 0.828 9 G 0.011 0.003 0.027 0.047 0.149 0.119 0.048 0.597 10 S 0.003 0.003 0.065 0.305 0.290 0.060 0.041 0.233 11 W 0.003 0.003 0.163 0.245 0.382 0.025 0.053 0.127 12 L 0.007 0.004 0.093 0.344 0.237 0.032 0.102 0.182 13 V 0.030 0.007 0.191 0.226 0.339 0.033 0.050 0.124 14 D 0.029 0.007 0.102 0.160 0.246 0.060 0.097 0.299 15 G 0.023 0.009 0.110 0.171 0.236 0.090 0.036 0.325 16 M 0.024 0.013 0.086 0.087 0.091 0.164 0.042 0.492 17 V 0.007 0.045 0.076 0.081 0.098 0.159 0.043 0.490 18 S 0.031 0.801 0.006 0.003 0.006 0.024 0.040 0.089 19 L 0.066 0.845 0.003 0.002 0.002 0.011 0.033 0.038 20 D 0.023 0.877 0.004 0.002 0.003 0.013 0.027 0.050 21 R 0.030 0.902 0.003 0.001 0.002 0.008 0.021 0.033 22 F 0.111 0.672 0.021 0.003 0.004 0.016 0.114 0.058 23 R 0.153 0.380 0.029 0.007 0.007 0.056 0.161 0.208 24 E 0.260 0.226 0.016 0.005 0.008 0.054 0.036 0.395 25 F 0.120 0.081 0.042 0.008 0.012 0.087 0.098 0.551 26 F 0.068 0.049 0.026 0.010 0.012 0.172 0.043 0.620 27 E 0.063 0.029 0.014 0.006 0.013 0.083 0.037 0.755 28 L 0.054 0.017 0.020 0.014 0.018 0.118 0.027 0.732 29 E 0.129 0.020 0.026 0.013 0.025 0.105 0.054 0.629 30 A 0.021 0.006 0.023 0.020 0.034 0.136 0.036 0.723 31 P 0.012 0.006 0.023 0.008 0.021 0.098 0.015 0.817 32 L 0.453 0.036 0.010 0.012 0.010 0.052 0.122 0.305 33 P 0.068 0.018 0.019 0.009 0.015 0.097 0.042 0.734 34 G 0.076 0.006 0.013 0.008 0.015 0.072 0.031 0.779 35 E 0.299 0.004 0.016 0.022 0.019 0.081 0.070 0.488 36 A 0.070 0.003 0.010 0.009 0.013 0.100 0.020 0.774 37 G 0.061 0.004 0.006 0.007 0.015 0.103 0.023 0.780 38 G 0.012 0.006 0.030 0.033 0.047 0.128 0.038 0.706 39 N 0.027 0.049 0.034 0.038 0.048 0.124 0.093 0.588 40 I 0.037 0.069 0.064 0.065 0.057 0.123 0.097 0.489 41 H 0.015 0.127 0.140 0.063 0.114 0.071 0.154 0.317 42 T 0.030 0.446 0.036 0.044 0.074 0.046 0.130 0.194 43 L 0.017 0.659 0.035 0.034 0.038 0.027 0.087 0.103 44 A 0.004 0.760 0.019 0.022 0.058 0.018 0.049 0.070 45 G 0.008 0.702 0.032 0.027 0.098 0.013 0.062 0.059 46 V 0.006 0.803 0.023 0.044 0.061 0.006 0.029 0.027 47 M 0.020 0.576 0.048 0.088 0.109 0.012 0.083 0.064 48 L 0.063 0.104 0.145 0.084 0.094 0.023 0.372 0.116 49 Y 0.286 0.031 0.078 0.131 0.112 0.046 0.102 0.214 50 Q 0.175 0.007 0.015 0.045 0.056 0.058 0.041 0.603 51 L 0.067 0.002 0.005 0.009 0.013 0.112 0.021 0.771 52 G 0.009 0.001 0.009 0.020 0.043 0.115 0.012 0.791 53 R 0.010 0.003 0.009 0.026 0.041 0.076 0.022 0.813 54 V 0.034 0.003 0.021 0.082 0.062 0.126 0.049 0.623 55 P 0.055 0.005 0.035 0.038 0.064 0.099 0.038 0.667 56 S 0.126 0.010 0.022 0.033 0.051 0.100 0.075 0.585 57 V 0.024 0.006 0.039 0.054 0.115 0.091 0.050 0.621 58 T 0.022 0.004 0.025 0.066 0.183 0.095 0.037 0.567 59 D 0.003 0.001 0.022 0.356 0.446 0.022 0.018 0.131 60 R 0.003 0.001 0.041 0.267 0.308 0.035 0.049 0.296 61 F 0.001 0.001 0.015 0.534 0.365 0.010 0.009 0.065 62 E 0.015 0.001 0.035 0.201 0.339 0.028 0.024 0.357 63 W 0.613 0.001 0.006 0.061 0.024 0.028 0.053 0.214 64 N 0.013 0.001 0.017 0.019 0.096 0.069 0.010 0.776 65 G 0.018 0.001 0.011 0.017 0.082 0.083 0.007 0.782 66 F 0.001 0.001 0.017 0.402 0.505 0.009 0.004 0.063 67 S 0.001 0.002 0.040 0.200 0.276 0.035 0.075 0.371 68 F 0.002 0.002 0.015 0.545 0.322 0.014 0.014 0.086 69 E 0.001 0.002 0.034 0.419 0.449 0.009 0.019 0.067 70 V 0.002 0.002 0.022 0.462 0.422 0.012 0.011 0.066 71 V 0.013 0.006 0.067 0.419 0.290 0.031 0.018 0.157 72 D 0.090 0.013 0.060 0.142 0.225 0.074 0.113 0.283 73 M 0.030 0.010 0.014 0.031 0.048 0.089 0.059 0.720 74 D 0.142 0.052 0.014 0.048 0.037 0.092 0.107 0.508 75 R 0.048 0.027 0.013 0.017 0.048 0.091 0.053 0.703 76 T 0.017 0.024 0.024 0.068 0.077 0.101 0.057 0.632 77 R 0.028 0.025 0.048 0.102 0.212 0.080 0.080 0.424 78 V 0.025 0.015 0.039 0.085 0.078 0.099 0.048 0.612 79 D 0.011 0.015 0.149 0.171 0.298 0.062 0.054 0.239 80 K 0.004 0.005 0.108 0.095 0.348 0.048 0.067 0.325 81 I 0.004 0.004 0.171 0.357 0.230 0.040 0.030 0.164 82 L 0.003 0.003 0.307 0.246 0.262 0.028 0.030 0.122 83 V 0.006 0.002 0.200 0.143 0.197 0.050 0.054 0.348 84 Q 0.171 0.004 0.135 0.083 0.116 0.073 0.111 0.306 85 R 0.072 0.003 0.064 0.055 0.071 0.090 0.038 0.609 86 H 0.019 0.002 0.031 0.017 0.035 0.099 0.036 0.762 87 H 0.038 0.004 0.032 0.018 0.024 0.143 0.057 0.686