# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.435 0.128 0.062 0.099 0.077 0.057 0.065 0.040 0.022 0.011 0.006 2 E 0.233 0.149 0.070 0.178 0.125 0.077 0.091 0.043 0.021 0.009 0.005 3 I 0.041 0.024 0.025 0.038 0.048 0.061 0.125 0.124 0.194 0.180 0.139 4 V 0.053 0.076 0.090 0.196 0.188 0.127 0.126 0.073 0.040 0.023 0.009 5 Q 0.040 0.132 0.214 0.232 0.131 0.083 0.069 0.045 0.028 0.018 0.007 6 R 0.034 0.048 0.047 0.107 0.119 0.149 0.198 0.134 0.080 0.055 0.029 7 E 0.340 0.272 0.095 0.133 0.057 0.034 0.031 0.018 0.010 0.006 0.002 8 D 0.299 0.165 0.072 0.167 0.102 0.062 0.057 0.037 0.019 0.012 0.006 9 G 0.253 0.127 0.055 0.105 0.091 0.079 0.114 0.074 0.050 0.035 0.017 10 S 0.131 0.108 0.071 0.163 0.135 0.119 0.112 0.069 0.047 0.030 0.015 11 W 0.024 0.032 0.037 0.066 0.076 0.163 0.194 0.138 0.131 0.092 0.047 12 L 0.013 0.025 0.028 0.092 0.114 0.119 0.169 0.140 0.130 0.093 0.075 13 V 0.002 0.002 0.004 0.007 0.014 0.026 0.075 0.118 0.224 0.251 0.276 14 D 0.040 0.098 0.091 0.274 0.247 0.096 0.065 0.040 0.025 0.015 0.010 15 G 0.020 0.013 0.016 0.031 0.048 0.064 0.153 0.167 0.189 0.165 0.135 16 M 0.064 0.091 0.049 0.204 0.189 0.136 0.122 0.064 0.041 0.026 0.016 17 V 0.023 0.010 0.011 0.021 0.032 0.058 0.130 0.148 0.207 0.199 0.161 18 S 0.051 0.326 0.089 0.257 0.149 0.056 0.037 0.018 0.009 0.005 0.003 19 L 0.003 0.003 0.005 0.010 0.025 0.050 0.128 0.131 0.224 0.196 0.224 20 D 0.562 0.096 0.119 0.128 0.060 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 21 R 0.035 0.083 0.133 0.300 0.177 0.122 0.103 0.029 0.011 0.005 0.002 22 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.023 0.042 0.190 0.317 0.413 23 R 0.010 0.014 0.031 0.096 0.185 0.216 0.273 0.099 0.045 0.026 0.006 24 E 0.004 0.033 0.780 0.141 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.003 0.006 0.018 0.038 0.072 0.221 0.320 0.154 0.086 0.059 0.021 26 F 0.004 0.003 0.003 0.006 0.008 0.030 0.100 0.132 0.274 0.277 0.162 27 E 0.057 0.157 0.310 0.283 0.126 0.034 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 28 L 0.017 0.007 0.036 0.027 0.046 0.102 0.179 0.143 0.169 0.163 0.111 29 E 0.155 0.221 0.069 0.167 0.119 0.081 0.090 0.050 0.028 0.014 0.007 30 A 0.055 0.030 0.025 0.058 0.071 0.100 0.174 0.166 0.147 0.102 0.072 31 P 0.258 0.129 0.086 0.166 0.119 0.074 0.069 0.043 0.026 0.017 0.012 32 L 0.080 0.090 0.040 0.102 0.092 0.093 0.152 0.120 0.105 0.070 0.057 33 P 0.339 0.188 0.044 0.124 0.110 0.052 0.059 0.042 0.021 0.013 0.009 34 G 0.549 0.136 0.035 0.102 0.059 0.033 0.036 0.023 0.014 0.009 0.005 35 E 0.369 0.191 0.045 0.122 0.080 0.052 0.054 0.036 0.023 0.018 0.011 36 A 0.144 0.213 0.036 0.136 0.120 0.094 0.100 0.067 0.044 0.028 0.017 37 G 0.371 0.187 0.038 0.111 0.088 0.060 0.055 0.039 0.025 0.017 0.010 38 G 0.334 0.134 0.051 0.133 0.098 0.069 0.076 0.049 0.029 0.018 0.010 39 N 0.140 0.176 0.063 0.230 0.144 0.086 0.076 0.042 0.024 0.014 0.006 40 I 0.005 0.006 0.006 0.017 0.027 0.071 0.117 0.116 0.229 0.233 0.173 41 H 0.027 0.076 0.095 0.231 0.194 0.148 0.115 0.057 0.031 0.017 0.009 42 T 0.005 0.010 0.037 0.057 0.079 0.123 0.202 0.146 0.154 0.116 0.070 43 L 0.001 0.004 0.009 0.014 0.024 0.040 0.089 0.104 0.224 0.253 0.240 44 A 0.002 0.004 0.007 0.022 0.042 0.061 0.139 0.176 0.222 0.199 0.124 45 G 0.006 0.011 0.024 0.050 0.065 0.085 0.142 0.145 0.177 0.165 0.130 46 V 0.001 0.002 0.005 0.011 0.030 0.028 0.091 0.200 0.193 0.206 0.231 47 M 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.014 0.038 0.106 0.200 0.311 0.301 48 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 0.036 0.077 0.101 0.221 0.258 0.272 49 Y 0.008 0.011 0.042 0.076 0.121 0.156 0.217 0.136 0.120 0.075 0.037 50 Q 0.005 0.021 0.050 0.081 0.094 0.138 0.238 0.138 0.117 0.081 0.037 51 L 0.004 0.008 0.011 0.019 0.025 0.055 0.116 0.102 0.216 0.222 0.222 52 G 0.255 0.134 0.095 0.162 0.117 0.074 0.081 0.038 0.023 0.013 0.008 53 R 0.124 0.136 0.118 0.198 0.135 0.106 0.089 0.044 0.026 0.015 0.009 54 V 0.024 0.036 0.019 0.039 0.053 0.076 0.134 0.133 0.163 0.159 0.162 55 P 0.144 0.104 0.038 0.109 0.112 0.096 0.136 0.100 0.075 0.051 0.034 56 S 0.309 0.292 0.133 0.150 0.059 0.025 0.015 0.008 0.005 0.003 0.002 57 V 0.130 0.120 0.042 0.145 0.134 0.114 0.138 0.084 0.047 0.029 0.016 58 T 0.346 0.144 0.034 0.110 0.081 0.069 0.074 0.058 0.040 0.030 0.014 59 D 0.140 0.107 0.072 0.159 0.115 0.126 0.130 0.075 0.042 0.023 0.010 60 R 0.070 0.119 0.099 0.239 0.165 0.114 0.095 0.050 0.027 0.015 0.007 61 F 0.011 0.006 0.008 0.012 0.021 0.043 0.104 0.125 0.218 0.233 0.218 62 E 0.075 0.190 0.120 0.280 0.170 0.068 0.049 0.026 0.013 0.007 0.003 63 W 0.020 0.025 0.029 0.050 0.067 0.092 0.155 0.144 0.155 0.150 0.112 64 N 0.209 0.210 0.085 0.195 0.129 0.066 0.054 0.028 0.013 0.007 0.004 65 G 0.391 0.153 0.061 0.147 0.082 0.053 0.052 0.029 0.017 0.010 0.005 66 F 0.022 0.020 0.017 0.035 0.048 0.090 0.155 0.144 0.188 0.164 0.117 67 S 0.050 0.134 0.066 0.250 0.194 0.111 0.097 0.049 0.028 0.013 0.007 68 F 0.010 0.004 0.012 0.013 0.020 0.041 0.087 0.121 0.209 0.238 0.245 69 E 0.024 0.088 0.083 0.270 0.251 0.112 0.094 0.046 0.019 0.008 0.005 70 V 0.002 0.003 0.006 0.009 0.015 0.018 0.053 0.107 0.210 0.277 0.299 71 V 0.025 0.022 0.036 0.104 0.179 0.180 0.208 0.115 0.069 0.040 0.022 72 D 0.158 0.202 0.247 0.211 0.077 0.038 0.035 0.014 0.009 0.005 0.002 73 M 0.015 0.023 0.020 0.044 0.070 0.126 0.203 0.143 0.147 0.124 0.084 74 D 0.166 0.360 0.078 0.138 0.075 0.051 0.065 0.031 0.020 0.012 0.004 75 R 0.372 0.113 0.128 0.175 0.092 0.056 0.038 0.016 0.007 0.003 0.001 76 T 0.328 0.154 0.203 0.140 0.072 0.044 0.033 0.015 0.005 0.003 0.001 77 R 0.018 0.072 0.050 0.155 0.155 0.153 0.206 0.109 0.051 0.023 0.010 78 V 0.009 0.005 0.011 0.014 0.027 0.044 0.108 0.145 0.195 0.234 0.208 79 D 0.023 0.108 0.472 0.238 0.093 0.034 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 80 K 0.013 0.032 0.174 0.223 0.204 0.136 0.113 0.061 0.024 0.012 0.006 81 I 0.015 0.007 0.015 0.013 0.020 0.044 0.110 0.154 0.212 0.222 0.189 82 L 0.030 0.087 0.096 0.251 0.216 0.121 0.110 0.052 0.024 0.009 0.005 83 V 0.010 0.005 0.024 0.013 0.024 0.020 0.063 0.120 0.174 0.214 0.334 84 Q 0.058 0.139 0.182 0.246 0.180 0.076 0.064 0.028 0.016 0.008 0.004 85 R 0.133 0.115 0.112 0.143 0.110 0.098 0.142 0.072 0.044 0.022 0.010 86 H 0.330 0.251 0.099 0.154 0.074 0.037 0.028 0.015 0.007 0.003 0.002 87 H 0.247 0.141 0.057 0.115 0.092 0.079 0.119 0.071 0.043 0.023 0.013