# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.095 0.024 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.033 0.131 0.605 2 E 0.226 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.021 0.276 0.304 3 I 0.037 0.032 0.006 0.003 0.011 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.007 0.351 0.005 0.121 0.388 4 V 0.012 0.012 0.001 0.002 0.057 0.024 0.056 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.217 0.057 0.009 0.430 0.003 0.016 0.067 5 Q 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.047 0.002 0.281 0.039 0.007 0.008 0.092 0.003 0.024 0.465 6 R 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.235 0.013 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 0.503 0.004 0.023 0.160 7 E 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.438 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.066 0.415 8 D 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.003 0.164 0.668 9 G 0.111 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.065 0.190 0.401 10 S 0.524 0.003 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.050 0.162 0.130 11 W 0.014 0.003 0.004 0.002 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.598 0.002 0.067 0.290 12 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.419 0.156 0.082 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.001 0.016 0.083 13 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.077 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.716 0.001 0.022 0.096 14 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.767 0.001 0.042 0.166 15 G 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.598 0.002 0.056 0.331 16 M 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.429 0.004 0.181 0.356 17 V 0.083 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.475 0.005 0.154 0.271 18 S 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.005 0.267 0.549 19 L 0.020 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.004 0.053 0.650 20 D 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.347 0.621 21 R 0.051 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.521 0.392 22 F 0.068 0.749 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 0.147 23 R 0.018 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 0.076 24 E 0.026 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.083 25 F 0.155 0.716 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.001 0.075 26 F 0.126 0.764 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.003 0.054 27 E 0.352 0.184 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.118 0.016 0.261 28 L 0.131 0.055 0.488 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.017 0.018 0.243 29 E 0.038 0.030 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.009 0.162 0.602 30 A 0.043 0.015 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 0.004 0.137 0.713 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 32 L 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.007 0.027 0.009 0.190 0.004 0.176 0.541 33 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 34 G 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.029 0.003 0.059 0.858 35 E 0.279 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.168 0.473 36 A 0.109 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.135 0.651 37 G 0.144 0.060 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.025 0.181 0.531 38 G 0.272 0.033 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.060 0.102 0.490 39 N 0.115 0.011 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.026 0.216 0.572 40 I 0.039 0.012 0.029 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.009 0.134 0.715 41 H 0.032 0.023 0.004 0.005 0.082 0.071 0.060 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.176 0.007 0.196 0.333 42 T 0.051 0.037 0.005 0.001 0.006 0.018 0.020 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.007 0.242 0.513 43 L 0.064 0.192 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.011 0.096 0.279 44 A 0.013 0.237 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.007 0.280 0.350 45 G 0.036 0.418 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.013 0.238 0.200 46 V 0.046 0.648 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.007 0.055 0.092 47 M 0.011 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.003 0.020 0.040 48 L 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.023 49 Y 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.006 0.013 50 Q 0.035 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 0.002 0.026 51 L 0.059 0.845 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.001 0.035 52 G 0.292 0.265 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.221 0.015 0.144 53 R 0.114 0.029 0.580 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.067 0.024 0.166 54 V 0.066 0.036 0.056 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.008 0.003 0.001 0.130 0.018 0.043 0.596 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 56 S 0.014 0.004 0.002 0.001 0.003 0.014 0.009 0.002 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.003 0.128 0.669 57 V 0.083 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.005 0.074 0.677 58 T 0.080 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.010 0.174 0.513 59 D 0.245 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.213 0.032 0.148 0.332 60 R 0.124 0.011 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.011 0.004 0.152 0.009 0.156 0.482 61 F 0.007 0.003 0.003 0.003 0.017 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 0.005 0.383 0.209 0.019 0.003 0.203 0.003 0.028 0.091 62 E 0.004 0.006 0.001 0.001 0.014 0.014 0.012 0.005 0.005 0.082 0.025 0.007 0.070 0.008 0.003 0.002 0.430 0.002 0.045 0.264 63 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.773 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.009 0.079 64 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.002 0.105 0.373 65 G 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.023 0.216 0.561 66 F 0.399 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.072 0.101 0.225 67 S 0.016 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.614 0.002 0.111 0.249 68 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.428 0.037 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.001 0.015 0.140 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.187 0.177 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.512 0.001 0.011 0.035 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.137 0.137 0.293 0.001 0.025 0.377 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 0.003 0.002 0.935 0.001 0.009 0.025 72 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.353 0.007 0.194 0.025 0.009 0.011 0.084 0.001 0.061 0.219 73 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.605 0.001 0.080 0.294 74 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.036 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.002 0.385 0.304 75 R 0.232 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.029 0.100 0.597 76 T 0.025 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.010 0.443 0.411 77 R 0.431 0.002 0.027 0.001 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.091 0.160 0.208 78 V 0.046 0.034 0.003 0.003 0.014 0.061 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.002 0.101 0.490 79 D 0.004 0.003 0.002 0.001 0.311 0.036 0.193 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.371 0.002 0.015 0.054 80 K 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.544 0.002 0.051 0.339 81 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.001 0.010 0.038 82 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.002 0.901 0.001 0.020 0.056 83 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.004 0.780 0.001 0.019 0.174 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.006 0.004 0.003 0.884 0.001 0.020 0.069 85 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.001 0.034 0.869 86 H 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.224 0.004 0.138 0.597 87 H 0.055 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.010 0.152 0.663