# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.017 0.010 0.001 0.011 0.026 0.032 0.046 0.001 0.001 0.005 0.851 2 E 0.218 0.027 0.015 0.051 0.041 0.077 0.172 0.003 0.001 0.015 0.381 3 I 0.146 0.053 0.005 0.072 0.115 0.168 0.086 0.001 0.001 0.003 0.350 4 V 0.021 0.039 0.004 0.061 0.355 0.361 0.036 0.001 0.001 0.005 0.118 5 Q 0.019 0.038 0.001 0.029 0.201 0.270 0.029 0.002 0.001 0.001 0.409 6 R 0.025 0.026 0.001 0.039 0.281 0.425 0.025 0.001 0.001 0.002 0.176 7 E 0.021 0.049 0.001 0.025 0.148 0.139 0.120 0.004 0.001 0.011 0.480 8 D 0.027 0.017 0.003 0.018 0.060 0.081 0.123 0.004 0.001 0.017 0.650 9 G 0.370 0.004 0.016 0.020 0.027 0.028 0.093 0.002 0.001 0.111 0.330 10 S 0.390 0.002 0.056 0.015 0.024 0.017 0.277 0.001 0.001 0.052 0.168 11 W 0.008 0.002 0.009 0.075 0.187 0.243 0.174 0.001 0.001 0.013 0.287 12 L 0.002 0.001 0.001 0.056 0.218 0.622 0.025 0.001 0.001 0.003 0.072 13 V 0.003 0.001 0.001 0.088 0.279 0.493 0.020 0.001 0.001 0.001 0.114 14 D 0.002 0.001 0.001 0.063 0.342 0.446 0.018 0.001 0.001 0.001 0.127 15 G 0.009 0.002 0.001 0.106 0.214 0.335 0.047 0.001 0.001 0.001 0.286 16 M 0.017 0.003 0.001 0.138 0.097 0.235 0.093 0.001 0.001 0.004 0.413 17 V 0.031 0.006 0.005 0.208 0.168 0.255 0.088 0.001 0.001 0.011 0.229 18 S 0.014 0.009 0.002 0.038 0.028 0.083 0.151 0.001 0.001 0.003 0.671 19 L 0.022 0.021 0.005 0.046 0.029 0.117 0.078 0.001 0.001 0.003 0.678 20 D 0.004 0.041 0.001 0.005 0.007 0.011 0.232 0.001 0.001 0.002 0.697 21 R 0.026 0.059 0.001 0.002 0.001 0.003 0.537 0.001 0.001 0.003 0.367 22 F 0.073 0.813 0.001 0.002 0.002 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.082 23 R 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 24 E 0.032 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.035 25 F 0.066 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 26 F 0.042 0.916 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.018 27 E 0.087 0.508 0.070 0.008 0.009 0.012 0.016 0.076 0.001 0.001 0.214 28 L 0.200 0.311 0.155 0.031 0.014 0.022 0.018 0.039 0.001 0.003 0.206 29 E 0.134 0.095 0.019 0.032 0.017 0.017 0.064 0.084 0.001 0.005 0.532 30 A 0.156 0.028 0.114 0.042 0.034 0.047 0.057 0.010 0.001 0.005 0.507 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 32 L 0.018 0.003 0.002 0.036 0.056 0.101 0.118 0.001 0.001 0.003 0.663 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 34 G 0.020 0.002 0.001 0.010 0.043 0.087 0.054 0.001 0.001 0.002 0.781 35 E 0.336 0.005 0.002 0.013 0.015 0.018 0.092 0.001 0.001 0.007 0.512 36 A 0.073 0.013 0.001 0.007 0.015 0.017 0.121 0.001 0.001 0.002 0.752 37 G 0.048 0.009 0.001 0.009 0.011 0.022 0.036 0.001 0.001 0.007 0.855 38 G 0.263 0.014 0.007 0.013 0.021 0.019 0.095 0.001 0.001 0.021 0.546 39 N 0.154 0.008 0.016 0.011 0.010 0.013 0.191 0.001 0.001 0.011 0.586 40 I 0.026 0.007 0.007 0.022 0.021 0.046 0.064 0.001 0.001 0.005 0.802 41 H 0.021 0.017 0.003 0.040 0.156 0.191 0.203 0.001 0.001 0.009 0.359 42 T 0.027 0.028 0.002 0.021 0.031 0.056 0.132 0.001 0.001 0.003 0.698 43 L 0.039 0.096 0.001 0.034 0.057 0.113 0.179 0.001 0.001 0.002 0.480 44 A 0.014 0.249 0.002 0.025 0.032 0.056 0.238 0.001 0.001 0.004 0.379 45 G 0.021 0.477 0.001 0.028 0.023 0.041 0.076 0.001 0.001 0.002 0.330 46 V 0.027 0.749 0.002 0.012 0.031 0.029 0.038 0.001 0.001 0.001 0.109 47 M 0.005 0.934 0.002 0.002 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 48 L 0.004 0.937 0.001 0.001 0.028 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 49 Y 0.002 0.966 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 50 Q 0.037 0.903 0.001 0.001 0.005 0.007 0.008 0.012 0.001 0.001 0.026 51 L 0.066 0.888 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 0.019 52 G 0.264 0.349 0.036 0.006 0.012 0.015 0.010 0.167 0.001 0.002 0.138 53 R 0.128 0.063 0.534 0.005 0.004 0.006 0.016 0.027 0.001 0.004 0.213 54 V 0.103 0.056 0.085 0.031 0.047 0.059 0.094 0.011 0.001 0.005 0.510 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 S 0.013 0.006 0.002 0.039 0.096 0.161 0.088 0.001 0.001 0.004 0.590 57 V 0.099 0.005 0.002 0.041 0.020 0.049 0.068 0.001 0.001 0.002 0.712 58 T 0.096 0.012 0.001 0.085 0.102 0.135 0.067 0.001 0.001 0.014 0.487 59 D 0.314 0.008 0.014 0.083 0.118 0.073 0.101 0.001 0.001 0.011 0.276 60 R 0.042 0.012 0.002 0.072 0.063 0.098 0.127 0.001 0.001 0.004 0.580 61 F 0.018 0.003 0.001 0.105 0.331 0.449 0.015 0.001 0.001 0.003 0.074 62 E 0.006 0.006 0.001 0.078 0.305 0.347 0.042 0.001 0.001 0.004 0.211 63 W 0.008 0.007 0.002 0.086 0.307 0.401 0.029 0.001 0.001 0.001 0.158 64 N 0.004 0.004 0.001 0.059 0.101 0.184 0.131 0.001 0.001 0.005 0.511 65 G 0.093 0.001 0.003 0.035 0.075 0.084 0.096 0.001 0.001 0.125 0.487 66 F 0.465 0.001 0.025 0.042 0.062 0.055 0.160 0.001 0.001 0.025 0.163 67 S 0.005 0.001 0.003 0.111 0.200 0.253 0.106 0.001 0.001 0.007 0.315 68 F 0.002 0.001 0.001 0.028 0.406 0.509 0.007 0.001 0.001 0.001 0.045 69 E 0.001 0.001 0.001 0.088 0.317 0.539 0.010 0.001 0.001 0.001 0.045 70 V 0.002 0.001 0.001 0.025 0.322 0.427 0.008 0.001 0.001 0.001 0.214 71 V 0.001 0.001 0.001 0.070 0.325 0.562 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 72 D 0.005 0.002 0.001 0.037 0.272 0.383 0.039 0.001 0.001 0.001 0.260 73 M 0.009 0.003 0.001 0.084 0.193 0.505 0.052 0.001 0.001 0.003 0.149 74 D 0.016 0.004 0.001 0.021 0.126 0.238 0.214 0.001 0.001 0.012 0.366 75 R 0.063 0.005 0.006 0.018 0.025 0.058 0.066 0.001 0.001 0.024 0.736 76 T 0.097 0.007 0.004 0.020 0.049 0.042 0.350 0.002 0.001 0.019 0.410 77 R 0.194 0.007 0.010 0.029 0.046 0.106 0.287 0.002 0.001 0.036 0.283 78 V 0.036 0.026 0.008 0.082 0.176 0.211 0.057 0.001 0.001 0.005 0.400 79 D 0.006 0.006 0.001 0.044 0.504 0.360 0.018 0.001 0.001 0.002 0.059 80 K 0.014 0.009 0.001 0.192 0.147 0.249 0.045 0.002 0.001 0.002 0.339 81 I 0.021 0.003 0.001 0.145 0.352 0.349 0.016 0.001 0.001 0.001 0.114 82 L 0.002 0.003 0.001 0.407 0.200 0.330 0.011 0.001 0.001 0.008 0.038 83 V 0.004 0.003 0.002 0.202 0.221 0.285 0.017 0.001 0.001 0.001 0.266 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.434 0.110 0.378 0.020 0.001 0.001 0.001 0.055 85 R 0.001 0.001 0.001 0.029 0.011 0.027 0.015 0.001 0.001 0.001 0.916 86 H 0.006 0.001 0.001 0.080 0.045 0.101 0.213 0.001 0.001 0.006 0.547 87 H 0.120 0.001 0.002 0.043 0.015 0.032 0.135 0.001 0.001 0.018 0.634