# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.014 0.007 0.007 0.013 0.019 0.029 0.004 0.909 2 E 0.084 0.016 0.023 0.035 0.061 0.215 0.013 0.553 3 I 0.177 0.029 0.045 0.083 0.093 0.116 0.014 0.443 4 V 0.030 0.023 0.088 0.306 0.347 0.048 0.004 0.154 5 Q 0.017 0.031 0.032 0.118 0.143 0.047 0.005 0.607 6 R 0.018 0.019 0.096 0.177 0.407 0.045 0.005 0.232 7 E 0.014 0.023 0.029 0.110 0.104 0.095 0.009 0.616 8 D 0.028 0.011 0.026 0.036 0.056 0.086 0.024 0.733 9 G 0.373 0.008 0.038 0.028 0.042 0.162 0.071 0.278 10 S 0.337 0.008 0.064 0.058 0.044 0.182 0.028 0.279 11 W 0.019 0.004 0.147 0.169 0.231 0.133 0.004 0.292 12 L 0.009 0.002 0.178 0.238 0.319 0.059 0.002 0.193 13 V 0.004 0.002 0.326 0.150 0.356 0.042 0.001 0.119 14 D 0.010 0.014 0.177 0.142 0.282 0.056 0.003 0.315 15 G 0.048 0.012 0.222 0.065 0.155 0.088 0.014 0.397 16 M 0.106 0.013 0.183 0.098 0.122 0.094 0.024 0.359 17 V 0.075 0.018 0.252 0.082 0.097 0.153 0.010 0.313 18 S 0.019 0.019 0.025 0.012 0.036 0.293 0.005 0.592 19 L 0.051 0.036 0.103 0.009 0.134 0.091 0.004 0.573 20 D 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.101 0.001 0.889 21 R 0.035 0.016 0.002 0.001 0.001 0.738 0.008 0.198 22 F 0.100 0.753 0.002 0.001 0.002 0.055 0.002 0.085 23 R 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.031 24 E 0.024 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.047 25 F 0.104 0.846 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.020 26 F 0.115 0.822 0.003 0.003 0.002 0.004 0.023 0.027 27 E 0.180 0.521 0.055 0.010 0.006 0.021 0.082 0.125 28 L 0.254 0.304 0.116 0.020 0.015 0.023 0.058 0.209 29 E 0.145 0.140 0.047 0.021 0.017 0.057 0.056 0.515 30 A 0.171 0.052 0.125 0.066 0.054 0.107 0.016 0.409 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 32 L 0.042 0.008 0.026 0.050 0.122 0.154 0.005 0.593 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 34 G 0.021 0.005 0.013 0.026 0.052 0.137 0.004 0.743 35 E 0.259 0.010 0.018 0.022 0.023 0.079 0.009 0.580 36 A 0.081 0.023 0.014 0.023 0.027 0.099 0.009 0.725 37 G 0.108 0.019 0.029 0.019 0.047 0.146 0.020 0.613 38 G 0.314 0.011 0.036 0.020 0.020 0.125 0.039 0.434 39 N 0.182 0.006 0.032 0.024 0.019 0.222 0.018 0.498 40 I 0.029 0.006 0.074 0.054 0.084 0.088 0.004 0.661 41 H 0.013 0.005 0.148 0.190 0.208 0.205 0.003 0.229 42 T 0.017 0.014 0.055 0.038 0.059 0.323 0.003 0.492 43 L 0.025 0.087 0.204 0.091 0.274 0.069 0.003 0.247 44 A 0.013 0.189 0.080 0.056 0.177 0.113 0.005 0.367 45 G 0.042 0.195 0.087 0.076 0.176 0.131 0.017 0.277 46 V 0.033 0.568 0.030 0.064 0.095 0.051 0.007 0.152 47 M 0.010 0.814 0.008 0.031 0.049 0.014 0.003 0.070 48 L 0.008 0.845 0.012 0.027 0.062 0.005 0.002 0.040 49 Y 0.016 0.834 0.017 0.033 0.055 0.006 0.005 0.034 50 Q 0.038 0.810 0.009 0.030 0.056 0.005 0.015 0.038 51 L 0.082 0.729 0.022 0.030 0.043 0.008 0.035 0.051 52 G 0.209 0.229 0.066 0.068 0.058 0.045 0.109 0.216 53 R 0.161 0.079 0.105 0.047 0.060 0.077 0.073 0.397 54 V 0.105 0.032 0.066 0.057 0.094 0.116 0.012 0.519 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 S 0.010 0.002 0.025 0.041 0.071 0.239 0.002 0.610 57 V 0.153 0.006 0.020 0.035 0.058 0.040 0.006 0.681 58 T 0.067 0.017 0.030 0.088 0.140 0.195 0.009 0.453 59 D 0.192 0.013 0.033 0.112 0.093 0.156 0.025 0.376 60 R 0.081 0.041 0.084 0.157 0.206 0.072 0.009 0.350 61 F 0.016 0.015 0.060 0.336 0.396 0.033 0.003 0.141 62 E 0.005 0.005 0.067 0.325 0.463 0.027 0.003 0.105 63 W 0.008 0.009 0.033 0.392 0.350 0.034 0.004 0.170 64 N 0.011 0.007 0.028 0.165 0.215 0.070 0.009 0.496 65 G 0.060 0.003 0.049 0.057 0.092 0.187 0.037 0.514 66 F 0.278 0.002 0.069 0.113 0.098 0.103 0.035 0.301 67 S 0.015 0.001 0.111 0.157 0.194 0.207 0.002 0.313 68 F 0.001 0.001 0.050 0.352 0.452 0.014 0.001 0.131 69 E 0.001 0.001 0.171 0.247 0.509 0.025 0.001 0.047 70 V 0.001 0.001 0.073 0.169 0.228 0.032 0.001 0.496 71 V 0.001 0.001 0.256 0.234 0.486 0.006 0.001 0.018 72 D 0.001 0.001 0.075 0.138 0.143 0.101 0.002 0.540 73 M 0.008 0.001 0.268 0.114 0.292 0.064 0.004 0.249 74 D 0.003 0.002 0.021 0.064 0.079 0.517 0.004 0.311 75 R 0.069 0.003 0.020 0.027 0.067 0.109 0.027 0.678 76 T 0.102 0.014 0.019 0.031 0.043 0.461 0.015 0.316 77 R 0.222 0.006 0.022 0.053 0.052 0.345 0.025 0.274 78 V 0.059 0.028 0.054 0.146 0.182 0.105 0.005 0.421 79 D 0.007 0.006 0.064 0.327 0.447 0.028 0.002 0.118 80 K 0.030 0.010 0.087 0.127 0.246 0.110 0.007 0.384 81 I 0.026 0.006 0.249 0.238 0.269 0.033 0.005 0.173 82 L 0.003 0.001 0.254 0.305 0.377 0.014 0.002 0.044 83 V 0.003 0.002 0.274 0.211 0.224 0.030 0.002 0.253 84 Q 0.002 0.001 0.373 0.154 0.359 0.024 0.001 0.086 85 R 0.001 0.001 0.021 0.024 0.035 0.027 0.001 0.889 86 H 0.007 0.002 0.088 0.046 0.133 0.125 0.004 0.596 87 H 0.028 0.003 0.032 0.022 0.038 0.111 0.006 0.760