# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.303 0.107 0.149 0.222 0.071 0.032 0.078 0.013 0.014 0.010 0.002 2 E 0.276 0.206 0.151 0.197 0.078 0.021 0.039 0.009 0.019 0.004 0.001 3 I 0.192 0.433 0.250 0.045 0.033 0.022 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 4 V 0.061 0.659 0.191 0.010 0.030 0.018 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 5 Q 0.045 0.206 0.604 0.011 0.016 0.100 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 6 R 0.126 0.482 0.294 0.026 0.027 0.017 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 7 E 0.348 0.265 0.131 0.064 0.092 0.024 0.018 0.002 0.048 0.007 0.001 8 D 0.092 0.052 0.142 0.394 0.052 0.016 0.222 0.008 0.011 0.011 0.001 9 G 0.015 0.008 0.020 0.024 0.029 0.005 0.155 0.664 0.002 0.077 0.001 10 S 0.039 0.417 0.445 0.035 0.041 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 11 W 0.034 0.573 0.271 0.023 0.044 0.031 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 12 L 0.036 0.629 0.230 0.015 0.033 0.045 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 13 V 0.038 0.747 0.116 0.015 0.035 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 14 D 0.044 0.285 0.383 0.045 0.073 0.098 0.041 0.001 0.026 0.002 0.003 15 G 0.139 0.226 0.128 0.103 0.222 0.029 0.055 0.044 0.029 0.025 0.001 16 M 0.204 0.331 0.174 0.140 0.075 0.035 0.017 0.003 0.018 0.002 0.001 17 V 0.075 0.549 0.224 0.036 0.049 0.035 0.006 0.001 0.023 0.002 0.001 18 S 0.033 0.079 0.656 0.008 0.013 0.179 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 19 L 0.920 0.004 0.054 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 20 D 0.984 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.968 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.978 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.990 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.981 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.865 0.003 0.004 0.122 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 26 F 0.449 0.017 0.029 0.450 0.002 0.003 0.044 0.001 0.004 0.001 0.001 27 E 0.209 0.042 0.097 0.129 0.018 0.028 0.443 0.021 0.008 0.005 0.001 28 L 0.188 0.295 0.233 0.194 0.020 0.040 0.014 0.001 0.013 0.001 0.002 29 E 0.160 0.202 0.385 0.117 0.017 0.076 0.019 0.003 0.019 0.002 0.002 30 A 0.027 0.283 0.444 0.008 0.025 0.021 0.006 0.001 0.182 0.002 0.001 31 P 0.194 0.005 0.665 0.026 0.004 0.029 0.001 0.001 0.003 0.002 0.069 32 L 0.024 0.294 0.383 0.012 0.024 0.016 0.005 0.001 0.238 0.002 0.001 33 P 0.156 0.004 0.716 0.021 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.086 34 G 0.085 0.044 0.162 0.095 0.113 0.037 0.036 0.331 0.011 0.086 0.001 35 E 0.161 0.263 0.440 0.062 0.031 0.018 0.003 0.001 0.016 0.003 0.002 36 A 0.174 0.137 0.461 0.109 0.023 0.044 0.022 0.001 0.023 0.005 0.003 37 G 0.062 0.024 0.122 0.113 0.051 0.018 0.173 0.239 0.007 0.190 0.001 38 G 0.068 0.022 0.089 0.052 0.081 0.012 0.084 0.392 0.005 0.195 0.001 39 N 0.127 0.183 0.361 0.167 0.068 0.037 0.023 0.007 0.018 0.007 0.001 40 I 0.242 0.316 0.295 0.054 0.034 0.023 0.010 0.002 0.019 0.003 0.002 41 H 0.394 0.179 0.194 0.082 0.067 0.053 0.011 0.001 0.014 0.003 0.001 42 T 0.455 0.209 0.121 0.089 0.052 0.038 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 43 L 0.869 0.030 0.051 0.025 0.008 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 44 A 0.885 0.011 0.029 0.037 0.012 0.005 0.013 0.004 0.002 0.002 0.001 45 G 0.947 0.003 0.006 0.008 0.013 0.001 0.006 0.011 0.001 0.003 0.001 46 V 0.970 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.985 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.991 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.981 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.944 0.004 0.004 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 51 L 0.210 0.007 0.028 0.713 0.002 0.001 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 52 G 0.037 0.002 0.016 0.018 0.008 0.003 0.381 0.470 0.001 0.065 0.001 53 R 0.134 0.167 0.361 0.218 0.022 0.059 0.026 0.003 0.007 0.001 0.001 54 V 0.013 0.224 0.539 0.005 0.014 0.014 0.006 0.001 0.182 0.002 0.001 55 P 0.075 0.005 0.831 0.006 0.003 0.031 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 56 S 0.162 0.250 0.379 0.082 0.041 0.039 0.005 0.003 0.032 0.001 0.004 57 V 0.153 0.274 0.300 0.148 0.059 0.016 0.014 0.005 0.022 0.004 0.004 58 T 0.028 0.098 0.136 0.086 0.266 0.023 0.109 0.139 0.025 0.089 0.001 59 D 0.052 0.266 0.372 0.102 0.134 0.028 0.022 0.004 0.013 0.004 0.004 60 R 0.014 0.771 0.080 0.020 0.093 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 61 F 0.003 0.839 0.091 0.003 0.041 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 E 0.004 0.703 0.200 0.002 0.006 0.082 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 W 0.028 0.644 0.161 0.008 0.017 0.114 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 64 N 0.049 0.113 0.154 0.195 0.056 0.034 0.349 0.004 0.037 0.008 0.001 65 G 0.002 0.009 0.006 0.008 0.043 0.002 0.182 0.687 0.002 0.057 0.001 66 F 0.006 0.537 0.381 0.009 0.046 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 67 S 0.007 0.616 0.308 0.009 0.019 0.027 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 68 F 0.002 0.800 0.058 0.004 0.125 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 69 E 0.001 0.899 0.051 0.001 0.028 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 70 V 0.004 0.408 0.380 0.002 0.013 0.186 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 71 V 0.023 0.765 0.102 0.008 0.031 0.034 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 72 D 0.031 0.365 0.294 0.030 0.100 0.103 0.033 0.001 0.041 0.002 0.001 73 M 0.318 0.241 0.155 0.115 0.060 0.032 0.026 0.006 0.033 0.011 0.003 74 D 0.217 0.094 0.158 0.312 0.050 0.038 0.091 0.008 0.017 0.014 0.002 75 R 0.228 0.062 0.099 0.188 0.064 0.026 0.161 0.105 0.015 0.048 0.002 76 T 0.262 0.210 0.233 0.181 0.036 0.022 0.029 0.007 0.014 0.004 0.001 77 R 0.088 0.409 0.208 0.121 0.053 0.046 0.021 0.007 0.040 0.005 0.001 78 V 0.088 0.380 0.366 0.049 0.035 0.035 0.015 0.001 0.023 0.002 0.004 79 D 0.148 0.317 0.230 0.141 0.091 0.024 0.025 0.002 0.018 0.002 0.003 80 K 0.024 0.493 0.109 0.050 0.259 0.020 0.018 0.004 0.021 0.002 0.001 81 I 0.003 0.832 0.129 0.003 0.015 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 82 L 0.002 0.685 0.219 0.001 0.006 0.082 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 83 V 0.005 0.793 0.128 0.003 0.020 0.033 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 84 Q 0.007 0.535 0.269 0.004 0.072 0.037 0.004 0.001 0.072 0.001 0.001 85 R 0.117 0.163 0.529 0.029 0.054 0.055 0.011 0.001 0.025 0.004 0.013 86 H 0.143 0.287 0.217 0.138 0.104 0.040 0.029 0.009 0.025 0.007 0.002 87 H 0.091 0.240 0.214 0.154 0.123 0.048 0.050 0.011 0.053 0.015 0.002