# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.033 0.116 0.080 0.075 0.063 0.071 0.067 0.119 0.107 0.226 0.043 2 E 0.126 0.263 0.059 0.008 0.339 0.007 0.015 0.045 0.039 0.061 0.038 3 I 0.376 0.048 0.007 0.001 0.477 0.005 0.011 0.016 0.018 0.014 0.026 4 V 0.085 0.261 0.065 0.004 0.524 0.007 0.009 0.012 0.004 0.006 0.022 5 Q 0.292 0.136 0.014 0.001 0.494 0.002 0.003 0.003 0.001 0.014 0.040 6 R 0.032 0.358 0.510 0.009 0.066 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.012 7 E 0.030 0.033 0.078 0.199 0.022 0.154 0.075 0.233 0.110 0.037 0.029 8 D 0.003 0.222 0.082 0.323 0.011 0.122 0.193 0.019 0.012 0.012 0.001 9 G 0.013 0.007 0.016 0.064 0.009 0.009 0.003 0.003 0.007 0.688 0.181 10 S 0.047 0.579 0.062 0.006 0.227 0.005 0.008 0.010 0.020 0.016 0.020 11 W 0.250 0.055 0.004 0.001 0.679 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 12 L 0.355 0.057 0.007 0.002 0.535 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.033 13 V 0.274 0.126 0.036 0.022 0.393 0.030 0.014 0.006 0.005 0.013 0.081 14 D 0.180 0.174 0.074 0.063 0.252 0.056 0.035 0.022 0.021 0.049 0.074 15 G 0.070 0.219 0.137 0.054 0.158 0.037 0.038 0.051 0.087 0.101 0.047 16 M 0.200 0.102 0.036 0.007 0.337 0.009 0.026 0.045 0.058 0.116 0.065 17 V 0.024 0.585 0.191 0.012 0.112 0.010 0.013 0.016 0.008 0.018 0.013 18 S 0.031 0.598 0.202 0.006 0.093 0.003 0.005 0.023 0.014 0.008 0.017 19 L 0.006 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.664 0.289 0.012 0.006 20 D 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.017 0.857 0.106 0.006 0.001 21 R 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.866 0.036 0.078 0.002 22 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.768 0.210 0.013 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.692 0.277 0.004 0.001 24 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.764 0.189 0.012 0.001 25 F 0.012 0.013 0.009 0.001 0.011 0.003 0.256 0.410 0.155 0.122 0.007 26 F 0.050 0.420 0.096 0.004 0.131 0.008 0.024 0.130 0.072 0.041 0.022 27 E 0.148 0.039 0.014 0.008 0.111 0.014 0.072 0.135 0.072 0.252 0.134 28 L 0.108 0.271 0.110 0.009 0.278 0.009 0.026 0.062 0.039 0.055 0.033 29 E 0.111 0.118 0.058 0.033 0.205 0.042 0.076 0.063 0.055 0.142 0.098 30 A 0.096 0.298 0.185 0.015 0.277 0.008 0.013 0.031 0.021 0.033 0.024 31 P 0.107 0.156 0.100 0.026 0.186 0.024 0.066 0.074 0.071 0.116 0.074 32 L 0.047 0.378 0.318 0.027 0.129 0.012 0.011 0.021 0.014 0.024 0.018 33 P 0.034 0.307 0.132 0.052 0.081 0.041 0.085 0.116 0.081 0.043 0.028 34 G 0.043 0.090 0.139 0.100 0.060 0.036 0.039 0.094 0.097 0.235 0.068 35 E 0.054 0.177 0.226 0.047 0.105 0.026 0.036 0.146 0.077 0.072 0.034 36 A 0.031 0.099 0.087 0.116 0.042 0.097 0.127 0.184 0.103 0.081 0.033 37 G 0.022 0.105 0.089 0.278 0.032 0.099 0.072 0.069 0.045 0.143 0.045 38 G 0.025 0.061 0.077 0.190 0.034 0.056 0.025 0.068 0.058 0.308 0.099 39 N 0.110 0.234 0.113 0.024 0.225 0.011 0.015 0.074 0.046 0.090 0.059 40 I 0.174 0.106 0.029 0.011 0.224 0.013 0.027 0.190 0.117 0.048 0.061 41 H 0.077 0.099 0.043 0.024 0.114 0.045 0.064 0.329 0.090 0.075 0.040 42 T 0.073 0.175 0.057 0.008 0.128 0.007 0.014 0.411 0.051 0.051 0.025 43 L 0.016 0.010 0.002 0.001 0.014 0.002 0.009 0.787 0.127 0.022 0.010 44 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.944 0.033 0.005 0.001 45 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.040 0.003 0.001 46 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.006 0.004 0.001 47 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.006 0.003 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.002 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.065 0.001 0.001 50 Q 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.110 0.787 0.067 0.022 0.001 51 L 0.002 0.707 0.125 0.016 0.012 0.018 0.047 0.040 0.017 0.012 0.003 52 G 0.022 0.019 0.017 0.050 0.013 0.017 0.010 0.020 0.030 0.485 0.317 53 R 0.071 0.330 0.144 0.012 0.200 0.008 0.020 0.039 0.037 0.098 0.042 54 V 0.072 0.476 0.135 0.013 0.200 0.008 0.018 0.011 0.014 0.028 0.025 55 P 0.044 0.452 0.327 0.017 0.104 0.007 0.011 0.009 0.011 0.007 0.011 56 S 0.052 0.230 0.160 0.024 0.092 0.026 0.052 0.146 0.154 0.038 0.026 57 V 0.048 0.127 0.052 0.031 0.081 0.034 0.088 0.157 0.177 0.169 0.037 58 T 0.055 0.097 0.079 0.108 0.090 0.057 0.035 0.078 0.056 0.275 0.070 59 D 0.095 0.185 0.120 0.031 0.213 0.026 0.028 0.074 0.062 0.113 0.053 60 R 0.208 0.139 0.026 0.004 0.524 0.004 0.009 0.022 0.014 0.022 0.029 61 F 0.163 0.186 0.015 0.001 0.607 0.003 0.004 0.006 0.002 0.003 0.010 62 E 0.322 0.105 0.054 0.006 0.366 0.007 0.010 0.013 0.006 0.013 0.097 63 W 0.178 0.036 0.046 0.163 0.084 0.153 0.032 0.093 0.037 0.055 0.122 64 N 0.004 0.101 0.059 0.262 0.012 0.222 0.314 0.011 0.006 0.006 0.002 65 G 0.030 0.010 0.022 0.092 0.016 0.008 0.002 0.003 0.007 0.580 0.230 66 F 0.077 0.379 0.050 0.003 0.453 0.004 0.008 0.004 0.008 0.006 0.008 67 S 0.279 0.081 0.007 0.003 0.583 0.005 0.007 0.002 0.001 0.004 0.028 68 F 0.236 0.198 0.021 0.004 0.506 0.006 0.008 0.001 0.001 0.002 0.017 69 E 0.200 0.049 0.003 0.001 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 V 0.482 0.020 0.001 0.001 0.480 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 71 V 0.147 0.165 0.020 0.013 0.532 0.040 0.023 0.006 0.003 0.005 0.047 72 D 0.445 0.036 0.011 0.002 0.388 0.002 0.003 0.004 0.002 0.022 0.083 73 M 0.115 0.126 0.065 0.057 0.180 0.072 0.048 0.084 0.065 0.087 0.101 74 D 0.055 0.238 0.141 0.111 0.119 0.090 0.113 0.044 0.030 0.037 0.022 75 R 0.090 0.048 0.038 0.111 0.062 0.036 0.022 0.087 0.117 0.254 0.133 76 T 0.048 0.241 0.192 0.050 0.140 0.056 0.063 0.073 0.054 0.062 0.021 77 R 0.254 0.117 0.020 0.004 0.360 0.004 0.012 0.029 0.017 0.084 0.098 78 V 0.448 0.044 0.008 0.004 0.253 0.008 0.045 0.020 0.051 0.011 0.108 79 D 0.048 0.093 0.036 0.048 0.119 0.330 0.217 0.047 0.017 0.020 0.024 80 K 0.266 0.106 0.009 0.002 0.587 0.002 0.003 0.005 0.002 0.008 0.010 81 I 0.189 0.026 0.002 0.001 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 82 L 0.205 0.046 0.004 0.001 0.712 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.025 83 V 0.380 0.085 0.011 0.003 0.378 0.006 0.006 0.003 0.003 0.024 0.101 84 Q 0.046 0.461 0.275 0.019 0.166 0.006 0.004 0.002 0.002 0.005 0.014 85 R 0.086 0.255 0.092 0.024 0.144 0.021 0.051 0.114 0.147 0.031 0.034 86 H 0.047 0.099 0.057 0.054 0.078 0.053 0.069 0.100 0.139 0.254 0.050 87 H 0.097 0.243 0.118 0.025 0.221 0.016 0.021 0.050 0.039 0.125 0.046