# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91.1501 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.443 0.173 0.116 0.096 0.067 0.044 0.027 0.014 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 E 0.229 0.166 0.150 0.154 0.129 0.074 0.045 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 I 0.049 0.032 0.064 0.090 0.145 0.171 0.155 0.133 0.077 0.050 0.020 0.010 0.004 0.001 4 V 0.131 0.107 0.147 0.208 0.167 0.118 0.059 0.036 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.499 0.195 0.108 0.083 0.048 0.027 0.022 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 R 0.228 0.142 0.161 0.172 0.133 0.085 0.047 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.524 0.215 0.109 0.068 0.040 0.020 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 D 0.482 0.218 0.121 0.083 0.047 0.023 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 G 0.295 0.144 0.135 0.158 0.112 0.074 0.043 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 10 S 0.118 0.103 0.133 0.142 0.152 0.132 0.112 0.055 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 11 W 0.033 0.027 0.043 0.066 0.106 0.142 0.139 0.147 0.113 0.079 0.057 0.030 0.014 0.005 12 L 0.029 0.026 0.036 0.064 0.101 0.119 0.114 0.149 0.116 0.095 0.074 0.045 0.020 0.011 13 V 0.017 0.010 0.013 0.016 0.030 0.048 0.071 0.098 0.133 0.166 0.166 0.133 0.070 0.031 14 D 0.037 0.032 0.042 0.065 0.092 0.101 0.109 0.126 0.128 0.098 0.081 0.050 0.027 0.013 15 G 0.014 0.011 0.013 0.022 0.041 0.064 0.108 0.130 0.161 0.174 0.129 0.080 0.034 0.019 16 M 0.031 0.041 0.058 0.110 0.157 0.142 0.116 0.118 0.086 0.061 0.044 0.020 0.009 0.007 17 V 0.062 0.043 0.050 0.077 0.116 0.131 0.126 0.127 0.111 0.064 0.049 0.026 0.012 0.005 18 S 0.037 0.054 0.092 0.155 0.170 0.163 0.155 0.089 0.050 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 19 L 0.016 0.020 0.045 0.098 0.163 0.157 0.186 0.143 0.098 0.048 0.016 0.007 0.002 0.001 20 D 0.591 0.195 0.105 0.058 0.024 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.208 0.269 0.227 0.144 0.082 0.040 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.013 0.013 0.031 0.075 0.167 0.223 0.213 0.178 0.060 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 23 R 0.105 0.213 0.268 0.259 0.098 0.041 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.842 0.117 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.043 0.080 0.145 0.210 0.208 0.167 0.090 0.037 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.061 0.046 0.078 0.109 0.194 0.186 0.159 0.108 0.038 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 27 E 0.480 0.305 0.100 0.050 0.029 0.012 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.116 0.040 0.097 0.170 0.209 0.151 0.076 0.069 0.038 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 29 E 0.194 0.128 0.123 0.166 0.146 0.087 0.092 0.035 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 30 A 0.186 0.110 0.142 0.150 0.124 0.108 0.065 0.056 0.032 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 31 P 0.354 0.178 0.111 0.110 0.089 0.069 0.046 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.170 0.115 0.149 0.148 0.144 0.117 0.082 0.040 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 33 P 0.378 0.194 0.127 0.111 0.086 0.048 0.031 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.575 0.183 0.090 0.065 0.046 0.021 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.626 0.169 0.079 0.059 0.034 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.582 0.183 0.102 0.064 0.037 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 G 0.540 0.213 0.104 0.072 0.037 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.464 0.208 0.135 0.089 0.049 0.027 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.210 0.215 0.196 0.140 0.108 0.063 0.040 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.038 0.035 0.074 0.122 0.194 0.206 0.140 0.108 0.045 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 41 H 0.070 0.087 0.113 0.150 0.166 0.150 0.095 0.077 0.043 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 42 T 0.079 0.060 0.080 0.094 0.116 0.131 0.121 0.120 0.081 0.057 0.031 0.015 0.012 0.004 43 L 0.019 0.017 0.020 0.030 0.055 0.095 0.125 0.158 0.162 0.136 0.096 0.051 0.026 0.009 44 A 0.021 0.019 0.026 0.047 0.080 0.117 0.171 0.170 0.146 0.099 0.056 0.027 0.013 0.008 45 G 0.081 0.058 0.063 0.085 0.107 0.109 0.120 0.108 0.092 0.074 0.048 0.028 0.016 0.012 46 V 0.043 0.031 0.042 0.055 0.086 0.120 0.141 0.141 0.110 0.080 0.066 0.054 0.021 0.011 47 M 0.019 0.015 0.022 0.044 0.072 0.144 0.189 0.219 0.131 0.074 0.041 0.019 0.007 0.004 48 L 0.030 0.039 0.056 0.089 0.150 0.146 0.142 0.139 0.107 0.054 0.027 0.012 0.005 0.003 49 Y 0.164 0.125 0.151 0.160 0.142 0.108 0.067 0.040 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 50 Q 0.083 0.096 0.159 0.202 0.167 0.130 0.082 0.040 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 51 L 0.060 0.039 0.066 0.104 0.166 0.181 0.154 0.116 0.067 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 52 G 0.290 0.240 0.180 0.138 0.068 0.044 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.333 0.153 0.154 0.131 0.100 0.060 0.035 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.083 0.066 0.101 0.168 0.197 0.171 0.108 0.059 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 55 P 0.172 0.106 0.133 0.135 0.158 0.126 0.085 0.044 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 56 S 0.390 0.214 0.136 0.097 0.065 0.040 0.029 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 57 V 0.252 0.123 0.121 0.142 0.135 0.092 0.059 0.034 0.024 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 58 T 0.257 0.178 0.145 0.144 0.108 0.072 0.050 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 59 D 0.374 0.223 0.136 0.092 0.065 0.042 0.033 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 60 R 0.114 0.105 0.120 0.153 0.175 0.130 0.086 0.060 0.034 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 61 F 0.069 0.044 0.060 0.089 0.158 0.145 0.159 0.121 0.072 0.038 0.024 0.013 0.006 0.001 62 E 0.218 0.142 0.154 0.169 0.125 0.072 0.056 0.028 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 63 W 0.059 0.038 0.065 0.116 0.177 0.151 0.115 0.102 0.083 0.050 0.024 0.013 0.005 0.002 64 N 0.173 0.149 0.137 0.154 0.117 0.105 0.069 0.040 0.026 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 65 G 0.161 0.179 0.144 0.121 0.101 0.089 0.083 0.047 0.034 0.018 0.012 0.005 0.005 0.002 66 F 0.013 0.013 0.022 0.043 0.102 0.128 0.151 0.174 0.148 0.087 0.058 0.042 0.014 0.004 67 S 0.033 0.039 0.051 0.111 0.184 0.140 0.140 0.121 0.072 0.049 0.032 0.015 0.008 0.004 68 F 0.017 0.010 0.012 0.017 0.031 0.049 0.075 0.116 0.174 0.165 0.157 0.108 0.052 0.017 69 E 0.036 0.029 0.047 0.099 0.147 0.130 0.131 0.145 0.104 0.059 0.039 0.021 0.009 0.004 70 V 0.010 0.009 0.015 0.024 0.042 0.064 0.095 0.123 0.160 0.192 0.150 0.073 0.029 0.013 71 V 0.064 0.066 0.072 0.116 0.153 0.151 0.113 0.106 0.079 0.038 0.024 0.011 0.005 0.003 72 D 0.192 0.184 0.161 0.137 0.104 0.074 0.078 0.028 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 73 M 0.025 0.038 0.094 0.177 0.240 0.171 0.109 0.078 0.040 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 74 D 0.323 0.243 0.159 0.119 0.074 0.040 0.021 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.429 0.286 0.128 0.078 0.035 0.021 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.219 0.156 0.155 0.151 0.115 0.087 0.074 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 77 R 0.055 0.086 0.155 0.162 0.206 0.141 0.096 0.055 0.025 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 78 V 0.027 0.024 0.035 0.060 0.133 0.148 0.143 0.157 0.118 0.071 0.045 0.024 0.013 0.003 79 D 0.111 0.088 0.087 0.128 0.114 0.105 0.114 0.087 0.076 0.042 0.028 0.014 0.005 0.003 80 K 0.033 0.027 0.040 0.091 0.137 0.122 0.121 0.125 0.115 0.069 0.055 0.034 0.020 0.011 81 I 0.005 0.006 0.007 0.008 0.017 0.035 0.071 0.094 0.135 0.185 0.198 0.150 0.070 0.019 82 L 0.025 0.027 0.043 0.098 0.143 0.125 0.115 0.159 0.110 0.070 0.044 0.024 0.014 0.005 83 V 0.011 0.009 0.012 0.020 0.038 0.051 0.069 0.111 0.171 0.202 0.157 0.087 0.040 0.022 84 Q 0.052 0.057 0.085 0.138 0.150 0.145 0.125 0.103 0.065 0.038 0.024 0.013 0.004 0.003 85 R 0.098 0.090 0.099 0.134 0.139 0.119 0.112 0.072 0.058 0.039 0.022 0.011 0.005 0.002 86 H 0.166 0.135 0.126 0.141 0.143 0.107 0.073 0.048 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 87 H 0.242 0.152 0.151 0.142 0.123 0.081 0.049 0.027 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001