# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.006 0.010 0.036 0.032 0.232 0.005 0.164 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.025 0.030 0.117 0.102 0.073 0.138 0.001 2 E 0.015 0.029 0.192 0.235 0.055 0.006 0.064 0.032 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.004 0.047 0.021 0.049 0.044 0.102 0.084 0.005 3 I 0.025 0.041 0.020 0.018 0.663 0.001 0.017 0.018 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.004 0.014 0.049 0.018 0.018 0.043 0.023 0.005 4 V 0.047 0.058 0.346 0.331 0.036 0.002 0.006 0.014 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.003 0.086 0.004 0.008 0.005 0.014 0.020 0.005 5 Q 0.031 0.032 0.006 0.023 0.785 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.003 0.007 0.034 0.012 0.009 0.018 0.006 0.006 6 R 0.047 0.040 0.293 0.287 0.034 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.005 0.169 0.003 0.011 0.005 0.034 0.027 0.003 7 E 0.021 0.010 0.020 0.040 0.513 0.001 0.009 0.002 0.016 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.022 0.258 0.014 0.013 0.038 0.001 8 D 0.006 0.009 0.025 0.034 0.133 0.001 0.543 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.044 0.013 0.027 0.123 0.001 9 G 0.013 0.035 0.066 0.052 0.094 0.002 0.163 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.008 0.007 0.017 0.487 0.016 0.025 0.003 10 S 0.115 0.155 0.171 0.085 0.273 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.008 0.006 0.018 0.005 0.016 0.051 0.011 0.008 0.027 0.028 0.013 11 W 0.228 0.277 0.077 0.045 0.223 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 0.064 0.006 0.018 0.004 0.003 0.002 0.008 0.002 0.014 12 L 0.272 0.306 0.064 0.063 0.071 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.027 0.055 0.019 0.036 0.010 0.002 0.001 0.003 0.002 0.030 13 V 0.225 0.328 0.029 0.072 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.035 0.124 0.030 0.031 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.033 14 D 0.187 0.326 0.052 0.049 0.085 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.030 0.033 0.056 0.034 0.065 0.028 0.009 0.004 0.007 0.007 0.015 15 G 0.164 0.307 0.081 0.150 0.066 0.003 0.019 0.009 0.001 0.001 0.010 0.008 0.021 0.009 0.065 0.012 0.027 0.007 0.008 0.021 0.012 16 M 0.125 0.180 0.025 0.031 0.291 0.002 0.056 0.008 0.001 0.001 0.012 0.009 0.019 0.011 0.050 0.058 0.041 0.031 0.024 0.016 0.009 17 V 0.053 0.038 0.252 0.160 0.014 0.001 0.021 0.010 0.001 0.001 0.008 0.007 0.019 0.010 0.138 0.010 0.044 0.022 0.046 0.145 0.003 18 S 0.003 0.005 0.003 0.004 0.323 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.092 0.011 0.023 0.090 0.418 0.001 19 L 0.001 0.001 0.044 0.002 0.002 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.831 0.024 0.005 0.007 0.001 20 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.044 0.177 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.091 0.004 0.004 0.007 0.001 21 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.166 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 0.011 0.005 0.007 0.001 22 F 0.002 0.003 0.003 0.006 0.010 0.003 0.042 0.701 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.124 0.062 0.010 0.012 0.001 23 R 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.003 0.035 0.839 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.085 0.002 0.004 0.003 0.001 24 E 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.025 0.055 0.839 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.020 0.005 0.003 0.002 0.001 25 F 0.003 0.003 0.009 0.011 0.010 0.014 0.145 0.316 0.043 0.047 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.008 0.316 0.017 0.017 0.021 0.001 26 F 0.004 0.007 0.007 0.034 0.025 0.021 0.308 0.112 0.013 0.011 0.001 0.003 0.005 0.021 0.016 0.017 0.144 0.049 0.071 0.132 0.001 27 E 0.003 0.003 0.022 0.017 0.042 0.031 0.213 0.074 0.025 0.009 0.002 0.002 0.002 0.013 0.036 0.028 0.163 0.193 0.051 0.069 0.002 28 L 0.004 0.006 0.054 0.058 0.061 0.016 0.089 0.034 0.013 0.004 0.002 0.003 0.006 0.012 0.043 0.051 0.153 0.041 0.128 0.222 0.002 29 E 0.003 0.003 0.032 0.020 0.123 0.008 0.056 0.014 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.060 0.049 0.146 0.100 0.159 0.199 0.002 30 A 0.001 0.001 0.044 0.029 0.025 0.003 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.074 0.044 0.077 0.032 0.198 0.444 0.001 31 P 0.001 0.001 0.016 0.016 0.100 0.003 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.055 0.058 0.129 0.105 0.121 0.343 0.001 32 L 0.001 0.001 0.053 0.044 0.016 0.003 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.024 0.049 0.029 0.227 0.478 0.001 33 P 0.001 0.001 0.013 0.012 0.109 0.005 0.027 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.490 0.037 0.101 0.151 0.001 34 G 0.001 0.002 0.022 0.027 0.035 0.023 0.394 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.019 0.126 0.109 0.070 0.095 0.001 35 E 0.002 0.002 0.050 0.036 0.057 0.006 0.076 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.015 0.123 0.067 0.265 0.240 0.001 36 A 0.002 0.002 0.021 0.029 0.086 0.006 0.069 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.029 0.340 0.103 0.079 0.184 0.001 37 G 0.002 0.003 0.032 0.031 0.080 0.005 0.284 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.127 0.060 0.108 0.208 0.001 38 G 0.006 0.008 0.058 0.043 0.101 0.006 0.141 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.027 0.024 0.118 0.185 0.090 0.165 0.001 39 N 0.014 0.019 0.113 0.064 0.118 0.005 0.074 0.037 0.002 0.001 0.004 0.003 0.008 0.003 0.030 0.038 0.114 0.086 0.116 0.144 0.006 40 I 0.048 0.050 0.048 0.042 0.310 0.002 0.038 0.036 0.002 0.001 0.010 0.009 0.022 0.007 0.042 0.072 0.050 0.036 0.107 0.060 0.009 41 H 0.086 0.066 0.285 0.178 0.035 0.004 0.015 0.063 0.002 0.001 0.009 0.010 0.027 0.012 0.065 0.011 0.049 0.014 0.034 0.027 0.008 42 T 0.116 0.118 0.027 0.079 0.207 0.004 0.023 0.085 0.003 0.001 0.011 0.023 0.038 0.027 0.015 0.058 0.075 0.013 0.046 0.018 0.011 43 L 0.075 0.096 0.075 0.092 0.026 0.004 0.030 0.274 0.003 0.001 0.007 0.015 0.024 0.020 0.084 0.013 0.118 0.010 0.015 0.016 0.003 44 A 0.026 0.118 0.013 0.044 0.036 0.006 0.034 0.544 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.025 0.017 0.092 0.009 0.006 0.013 0.001 45 G 0.027 0.065 0.007 0.021 0.017 0.003 0.014 0.765 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.011 0.004 0.043 0.003 0.003 0.002 0.001 46 V 0.009 0.023 0.006 0.004 0.003 0.002 0.004 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.014 0.026 0.003 0.010 0.009 0.002 0.008 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.003 0.011 0.002 0.005 0.003 0.005 0.014 0.890 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.003 0.007 0.004 0.006 0.004 0.011 0.045 0.839 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.046 0.003 0.001 0.003 0.001 50 Q 0.011 0.007 0.008 0.011 0.010 0.006 0.086 0.106 0.463 0.071 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.006 0.156 0.025 0.009 0.006 0.001 51 L 0.001 0.002 0.002 0.007 0.010 0.004 0.723 0.011 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 0.054 0.012 0.033 0.087 0.001 52 G 0.001 0.001 0.018 0.007 0.011 0.010 0.196 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.094 0.522 0.052 0.058 0.001 53 R 0.001 0.001 0.021 0.008 0.069 0.007 0.039 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.082 0.086 0.164 0.275 0.220 0.001 54 V 0.001 0.002 0.038 0.030 0.048 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.056 0.010 0.049 0.030 0.433 0.284 0.001 55 P 0.001 0.002 0.050 0.036 0.064 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.021 0.069 0.050 0.110 0.535 0.001 56 S 0.001 0.002 0.019 0.028 0.058 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.040 0.043 0.024 0.183 0.559 0.001 57 V 0.001 0.001 0.034 0.018 0.030 0.001 0.043 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.069 0.019 0.616 0.023 0.028 0.106 0.001 58 T 0.005 0.012 0.017 0.015 0.141 0.008 0.578 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.015 0.034 0.024 0.042 0.040 0.045 0.002 59 D 0.041 0.055 0.315 0.185 0.050 0.003 0.028 0.015 0.001 0.001 0.007 0.009 0.021 0.012 0.063 0.026 0.021 0.041 0.063 0.040 0.008 60 R 0.078 0.074 0.015 0.025 0.664 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.007 0.020 0.005 0.008 0.029 0.009 0.007 0.018 0.008 0.016 61 F 0.184 0.154 0.204 0.120 0.075 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.011 0.018 0.047 0.018 0.101 0.009 0.005 0.004 0.012 0.005 0.017 62 E 0.172 0.171 0.066 0.135 0.299 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.015 0.009 0.033 0.016 0.018 0.015 0.008 0.006 0.012 0.006 0.010 63 W 0.144 0.108 0.135 0.246 0.136 0.001 0.005 0.001 0.007 0.011 0.007 0.016 0.026 0.011 0.058 0.014 0.023 0.006 0.020 0.018 0.007 64 N 0.044 0.035 0.020 0.040 0.524 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.043 0.020 0.156 0.002 0.006 0.048 0.001 65 G 0.049 0.078 0.102 0.090 0.200 0.001 0.275 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.015 0.006 0.008 0.131 0.009 0.019 0.004 66 F 0.104 0.217 0.132 0.103 0.251 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.017 0.004 0.016 0.045 0.005 0.018 0.018 0.036 0.010 67 S 0.170 0.342 0.116 0.103 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.051 0.006 0.054 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.032 68 F 0.213 0.350 0.009 0.011 0.241 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.022 0.034 0.006 0.006 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 69 E 0.314 0.322 0.093 0.092 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.086 0.007 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 70 V 0.226 0.312 0.005 0.014 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.031 0.052 0.011 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 71 V 0.347 0.366 0.069 0.049 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.056 0.007 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 72 D 0.277 0.294 0.022 0.115 0.185 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.024 0.008 0.007 0.015 0.002 0.002 0.006 0.005 0.014 73 M 0.215 0.134 0.089 0.091 0.281 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.016 0.004 0.080 0.007 0.031 0.006 0.010 0.016 0.003 74 D 0.068 0.055 0.131 0.139 0.189 0.003 0.069 0.015 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.005 0.050 0.018 0.044 0.027 0.061 0.103 0.004 75 R 0.042 0.015 0.056 0.066 0.334 0.002 0.038 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 0.010 0.283 0.033 0.023 0.048 0.001 76 T 0.027 0.036 0.086 0.068 0.188 0.010 0.333 0.027 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.023 0.013 0.046 0.041 0.031 0.050 0.002 77 R 0.066 0.110 0.142 0.226 0.141 0.003 0.042 0.013 0.002 0.002 0.004 0.006 0.014 0.006 0.048 0.012 0.038 0.048 0.034 0.038 0.007 78 V 0.098 0.094 0.039 0.046 0.605 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.008 0.007 0.014 0.003 0.011 0.015 0.011 0.004 0.018 0.009 0.006 79 D 0.192 0.166 0.181 0.174 0.050 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 0.035 0.018 0.136 0.002 0.007 0.002 0.003 0.006 0.006 80 K 0.146 0.243 0.013 0.087 0.206 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.037 0.026 0.054 0.038 0.026 0.019 0.003 0.002 0.007 0.004 0.080 81 I 0.220 0.302 0.035 0.031 0.095 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.034 0.105 0.051 0.053 0.012 0.001 0.002 0.004 0.003 0.020 82 L 0.232 0.236 0.096 0.177 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.020 0.056 0.025 0.029 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.041 83 V 0.154 0.142 0.011 0.018 0.432 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.018 0.047 0.023 0.032 0.053 0.002 0.002 0.007 0.003 0.033 84 Q 0.106 0.093 0.142 0.189 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.071 0.049 0.221 0.009 0.003 0.003 0.017 0.015 0.015 85 R 0.038 0.029 0.022 0.054 0.525 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.010 0.011 0.030 0.115 0.033 0.018 0.026 0.068 0.004 86 H 0.015 0.023 0.092 0.078 0.108 0.002 0.050 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.009 0.210 0.036 0.055 0.042 0.079 0.174 0.003 87 H 0.012 0.014 0.073 0.066 0.129 0.003 0.058 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.074 0.037 0.154 0.099 0.090 0.165 0.002