# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.008 0.012 0.621 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.008 0.161 0.041 0.076 0.041 2 E 0.025 0.016 0.519 0.020 0.011 0.008 0.002 0.001 0.024 0.068 0.026 0.151 0.129 3 I 0.096 0.013 0.178 0.007 0.013 0.007 0.007 0.001 0.023 0.013 0.007 0.070 0.565 4 V 0.208 0.007 0.060 0.013 0.004 0.003 0.011 0.001 0.018 0.004 0.001 0.583 0.088 5 Q 0.150 0.011 0.031 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.011 0.002 0.001 0.090 0.689 6 R 0.091 0.018 0.239 0.022 0.007 0.003 0.006 0.002 0.014 0.015 0.020 0.292 0.270 7 E 0.017 0.002 0.147 0.061 0.015 0.002 0.001 0.001 0.004 0.112 0.323 0.165 0.152 8 D 0.001 0.001 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.878 0.007 0.017 9 G 0.003 0.001 0.054 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.426 0.443 0.053 0.009 10 S 0.109 0.018 0.290 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.065 0.008 0.179 0.312 11 W 0.250 0.008 0.029 0.003 0.001 0.001 0.050 0.007 0.016 0.004 0.001 0.135 0.497 12 L 0.510 0.007 0.008 0.087 0.001 0.001 0.128 0.006 0.009 0.001 0.001 0.148 0.094 13 V 0.379 0.003 0.024 0.034 0.001 0.001 0.085 0.010 0.031 0.003 0.002 0.215 0.213 14 D 0.286 0.001 0.060 0.201 0.004 0.002 0.050 0.005 0.013 0.012 0.007 0.114 0.243 15 G 0.180 0.002 0.058 0.011 0.014 0.012 0.057 0.006 0.063 0.060 0.097 0.309 0.131 16 M 0.149 0.027 0.132 0.012 0.045 0.017 0.025 0.004 0.035 0.044 0.123 0.024 0.364 17 V 0.025 0.039 0.304 0.002 0.005 0.007 0.003 0.001 0.045 0.058 0.004 0.480 0.026 18 S 0.001 0.014 0.771 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.013 0.068 0.006 0.002 0.112 19 L 0.001 0.003 0.052 0.001 0.042 0.864 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.114 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.087 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.002 26 F 0.002 0.002 0.039 0.003 0.022 0.723 0.001 0.001 0.001 0.027 0.172 0.005 0.003 27 E 0.005 0.005 0.132 0.004 0.048 0.409 0.001 0.001 0.007 0.032 0.332 0.008 0.015 28 L 0.005 0.009 0.379 0.002 0.019 0.263 0.001 0.001 0.023 0.150 0.112 0.017 0.019 29 E 0.002 0.010 0.561 0.002 0.012 0.072 0.001 0.001 0.026 0.140 0.140 0.012 0.020 30 A 0.002 0.022 0.607 0.001 0.015 0.022 0.001 0.001 0.025 0.167 0.100 0.018 0.019 31 P 0.001 0.025 0.690 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.021 0.184 0.040 0.008 0.012 32 L 0.001 0.021 0.704 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.012 0.190 0.036 0.008 0.009 33 P 0.001 0.022 0.515 0.002 0.063 0.021 0.001 0.001 0.008 0.146 0.200 0.004 0.016 34 G 0.001 0.022 0.232 0.002 0.111 0.030 0.001 0.001 0.003 0.140 0.449 0.005 0.005 35 E 0.001 0.040 0.390 0.002 0.150 0.036 0.001 0.001 0.006 0.131 0.219 0.010 0.012 36 A 0.001 0.033 0.263 0.002 0.084 0.039 0.001 0.001 0.004 0.164 0.383 0.006 0.019 37 G 0.001 0.012 0.144 0.003 0.021 0.014 0.001 0.001 0.001 0.305 0.485 0.008 0.005 38 G 0.001 0.015 0.170 0.003 0.016 0.016 0.001 0.001 0.001 0.360 0.403 0.007 0.008 39 N 0.004 0.055 0.357 0.005 0.038 0.078 0.001 0.001 0.005 0.224 0.176 0.021 0.036 40 I 0.007 0.033 0.250 0.005 0.034 0.359 0.003 0.001 0.007 0.120 0.089 0.017 0.075 41 H 0.012 0.021 0.136 0.014 0.027 0.492 0.002 0.001 0.004 0.085 0.062 0.099 0.044 42 T 0.036 0.015 0.087 0.012 0.035 0.538 0.004 0.002 0.004 0.033 0.035 0.028 0.173 43 L 0.015 0.001 0.017 0.012 0.019 0.892 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.009 0.008 44 A 0.004 0.001 0.003 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.003 45 G 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 46 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 0.880 0.001 0.001 0.001 0.009 0.065 0.001 0.005 51 L 0.001 0.001 0.038 0.002 0.044 0.324 0.001 0.001 0.001 0.068 0.510 0.005 0.006 52 G 0.001 0.001 0.043 0.001 0.013 0.029 0.001 0.001 0.001 0.093 0.814 0.004 0.001 53 R 0.001 0.023 0.420 0.001 0.019 0.027 0.001 0.001 0.006 0.246 0.241 0.004 0.012 54 V 0.001 0.019 0.758 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.013 0.154 0.016 0.020 0.012 55 P 0.001 0.040 0.777 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.012 0.072 0.025 0.005 0.054 56 S 0.001 0.024 0.724 0.014 0.018 0.002 0.001 0.001 0.017 0.106 0.029 0.044 0.018 57 V 0.003 0.015 0.351 0.035 0.098 0.008 0.002 0.001 0.027 0.123 0.177 0.015 0.143 58 T 0.005 0.006 0.227 0.052 0.027 0.002 0.002 0.002 0.019 0.284 0.263 0.088 0.023 59 D 0.079 0.014 0.232 0.033 0.018 0.005 0.008 0.004 0.065 0.094 0.018 0.213 0.217 60 R 0.264 0.008 0.049 0.009 0.003 0.002 0.022 0.007 0.030 0.008 0.003 0.117 0.479 61 F 0.407 0.004 0.013 0.008 0.001 0.001 0.054 0.006 0.021 0.001 0.001 0.301 0.183 62 E 0.340 0.006 0.018 0.007 0.001 0.001 0.028 0.005 0.011 0.001 0.001 0.153 0.429 63 W 0.192 0.001 0.063 0.071 0.003 0.001 0.011 0.002 0.007 0.009 0.010 0.373 0.257 64 N 0.024 0.001 0.031 0.130 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.097 0.467 0.131 0.110 65 G 0.036 0.001 0.075 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.496 0.043 0.110 66 F 0.216 0.004 0.102 0.017 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.042 0.002 0.515 0.092 67 S 0.229 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.025 0.002 0.009 0.002 0.001 0.051 0.655 68 F 0.627 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.086 0.008 0.012 0.001 0.001 0.139 0.106 69 E 0.573 0.001 0.002 0.062 0.001 0.001 0.088 0.008 0.011 0.001 0.001 0.218 0.037 70 V 0.588 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.061 0.006 0.013 0.001 0.001 0.060 0.266 71 V 0.548 0.001 0.009 0.045 0.001 0.001 0.080 0.008 0.031 0.002 0.001 0.177 0.098 72 D 0.333 0.003 0.027 0.003 0.002 0.001 0.023 0.003 0.016 0.005 0.004 0.132 0.448 73 M 0.115 0.008 0.142 0.018 0.008 0.002 0.009 0.002 0.014 0.041 0.035 0.222 0.384 74 D 0.026 0.006 0.236 0.032 0.018 0.005 0.002 0.001 0.005 0.186 0.205 0.144 0.136 75 R 0.008 0.005 0.110 0.011 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.224 0.496 0.021 0.085 76 T 0.053 0.014 0.267 0.033 0.044 0.010 0.002 0.001 0.002 0.168 0.142 0.163 0.102 77 R 0.135 0.013 0.180 0.021 0.017 0.011 0.006 0.001 0.004 0.074 0.033 0.154 0.352 78 V 0.263 0.007 0.132 0.034 0.007 0.007 0.015 0.001 0.009 0.015 0.012 0.089 0.409 79 D 0.358 0.002 0.035 0.141 0.003 0.005 0.015 0.001 0.005 0.009 0.004 0.334 0.088 80 K 0.486 0.001 0.008 0.014 0.001 0.003 0.026 0.002 0.010 0.002 0.001 0.174 0.274 81 I 0.650 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.041 0.002 0.007 0.001 0.001 0.093 0.173 82 L 0.610 0.001 0.004 0.036 0.001 0.002 0.054 0.003 0.010 0.001 0.001 0.212 0.066 83 V 0.416 0.001 0.017 0.009 0.002 0.003 0.030 0.003 0.014 0.003 0.004 0.075 0.424 84 Q 0.188 0.002 0.082 0.019 0.002 0.002 0.014 0.002 0.026 0.012 0.006 0.537 0.109 85 R 0.036 0.012 0.358 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.041 0.054 0.018 0.069 0.398 86 H 0.005 0.017 0.722 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.094 0.014 0.079 0.038 87 H 0.001 0.013 0.824 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.073 0.008 0.017 0.044