# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.116 0.102 0.137 0.251 0.005 0.127 0.010 0.015 0.022 0.015 0.061 0.053 0.051 0.003 0.008 0.023 2 E 0.060 0.140 0.221 0.390 0.001 0.039 0.002 0.006 0.011 0.002 0.036 0.041 0.026 0.001 0.004 0.017 3 I 0.020 0.027 0.300 0.564 0.001 0.024 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.015 0.022 0.001 0.001 0.008 4 V 0.007 0.030 0.210 0.723 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.003 5 Q 0.003 0.008 0.040 0.790 0.017 0.120 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 6 R 0.002 0.026 0.019 0.094 0.179 0.577 0.004 0.014 0.001 0.002 0.055 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 7 E 0.001 0.020 0.002 0.009 0.519 0.008 0.074 0.008 0.001 0.002 0.131 0.009 0.003 0.213 0.001 0.001 8 D 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.216 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.755 0.001 9 G 0.002 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.660 10 S 0.984 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 W 0.005 0.002 0.929 0.046 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.040 0.036 0.884 0.008 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.002 0.014 0.011 0.845 0.044 0.063 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 14 D 0.002 0.187 0.070 0.544 0.011 0.073 0.002 0.066 0.005 0.003 0.013 0.010 0.006 0.001 0.005 0.001 15 G 0.006 0.014 0.023 0.576 0.003 0.063 0.001 0.024 0.017 0.017 0.225 0.010 0.011 0.001 0.002 0.008 16 M 0.062 0.211 0.172 0.482 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 0.022 0.009 0.001 0.001 0.013 17 V 0.008 0.013 0.114 0.851 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 18 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.002 0.006 25 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.839 0.003 0.015 26 F 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.002 0.766 0.007 27 E 0.003 0.006 0.020 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.084 0.006 0.002 0.854 28 L 0.824 0.007 0.040 0.035 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.056 0.002 0.004 0.011 29 E 0.007 0.065 0.798 0.065 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.002 0.003 0.012 30 A 0.014 0.016 0.099 0.689 0.018 0.096 0.008 0.003 0.001 0.001 0.013 0.005 0.026 0.002 0.002 0.006 31 P 0.008 0.150 0.139 0.547 0.027 0.066 0.004 0.006 0.003 0.002 0.016 0.009 0.015 0.001 0.001 0.006 32 L 0.005 0.019 0.016 0.185 0.475 0.159 0.059 0.006 0.003 0.007 0.019 0.014 0.011 0.018 0.001 0.002 33 P 0.004 0.121 0.029 0.105 0.013 0.054 0.004 0.474 0.007 0.003 0.086 0.015 0.015 0.002 0.064 0.003 34 G 0.009 0.050 0.018 0.098 0.008 0.045 0.004 0.019 0.323 0.187 0.056 0.085 0.030 0.002 0.004 0.061 35 E 0.301 0.020 0.044 0.038 0.185 0.054 0.067 0.008 0.009 0.008 0.086 0.082 0.056 0.032 0.003 0.008 36 A 0.010 0.035 0.097 0.021 0.072 0.046 0.081 0.201 0.002 0.003 0.115 0.063 0.059 0.082 0.106 0.007 37 G 0.007 0.077 0.038 0.055 0.005 0.019 0.012 0.121 0.118 0.044 0.024 0.057 0.059 0.009 0.269 0.085 38 G 0.261 0.039 0.056 0.087 0.001 0.019 0.010 0.006 0.123 0.062 0.022 0.029 0.080 0.002 0.013 0.187 39 N 0.353 0.076 0.365 0.079 0.001 0.014 0.004 0.001 0.007 0.002 0.006 0.027 0.033 0.001 0.002 0.029 40 I 0.042 0.013 0.519 0.178 0.003 0.148 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.044 0.001 0.001 0.008 41 H 0.005 0.198 0.220 0.426 0.005 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.031 0.044 0.001 0.001 0.002 42 T 0.001 0.004 0.005 0.078 0.026 0.683 0.002 0.001 0.001 0.002 0.056 0.025 0.115 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.034 0.014 0.012 0.007 0.054 0.002 0.010 0.001 0.001 0.468 0.158 0.238 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.005 0.001 0.008 0.001 0.013 0.001 0.005 0.002 0.001 0.068 0.406 0.486 0.001 0.002 0.001 45 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.037 0.857 0.001 0.001 0.001 46 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.066 0.921 0.001 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.953 0.001 0.005 51 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.007 0.938 0.001 52 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.045 0.005 0.005 0.928 53 R 0.873 0.007 0.025 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.004 0.046 54 V 0.049 0.013 0.742 0.046 0.003 0.070 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.028 0.001 0.003 0.021 55 P 0.027 0.127 0.170 0.385 0.013 0.141 0.009 0.008 0.001 0.002 0.083 0.008 0.019 0.001 0.001 0.005 56 S 0.009 0.122 0.020 0.212 0.039 0.414 0.006 0.013 0.010 0.004 0.043 0.092 0.013 0.003 0.001 0.002 57 V 0.009 0.154 0.085 0.190 0.011 0.083 0.012 0.038 0.011 0.004 0.304 0.040 0.037 0.003 0.011 0.007 58 T 0.021 0.266 0.148 0.201 0.002 0.052 0.010 0.011 0.042 0.009 0.012 0.155 0.031 0.001 0.016 0.023 59 D 0.089 0.093 0.303 0.366 0.001 0.016 0.005 0.004 0.013 0.003 0.020 0.009 0.031 0.001 0.004 0.041 60 R 0.026 0.013 0.471 0.467 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 61 F 0.009 0.003 0.238 0.730 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 62 E 0.001 0.002 0.011 0.231 0.658 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 63 W 0.001 0.003 0.001 0.012 0.909 0.028 0.006 0.022 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 64 N 0.001 0.015 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.918 0.013 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.031 0.001 65 G 0.007 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 66 F 0.951 0.001 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.003 0.016 0.815 0.163 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.001 0.002 0.015 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.002 0.032 0.960 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.003 0.438 0.114 0.435 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.524 0.003 0.401 0.008 0.006 0.001 0.046 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 72 D 0.001 0.019 0.004 0.528 0.031 0.296 0.001 0.014 0.046 0.031 0.010 0.007 0.005 0.001 0.001 0.004 73 M 0.029 0.087 0.249 0.132 0.122 0.042 0.051 0.035 0.002 0.005 0.212 0.010 0.012 0.006 0.002 0.003 74 D 0.006 0.079 0.016 0.065 0.007 0.335 0.003 0.246 0.010 0.014 0.036 0.129 0.015 0.001 0.035 0.003 75 R 0.026 0.100 0.057 0.085 0.010 0.022 0.010 0.009 0.201 0.031 0.244 0.021 0.028 0.014 0.006 0.134 76 T 0.325 0.112 0.106 0.136 0.003 0.050 0.009 0.013 0.011 0.003 0.010 0.156 0.026 0.001 0.025 0.014 77 R 0.019 0.114 0.544 0.070 0.003 0.022 0.006 0.002 0.013 0.003 0.013 0.004 0.020 0.002 0.002 0.165 78 V 0.048 0.013 0.088 0.126 0.003 0.648 0.012 0.003 0.002 0.001 0.014 0.016 0.024 0.001 0.001 0.002 79 D 0.001 0.916 0.044 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.002 0.002 0.022 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 81 I 0.003 0.001 0.909 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.011 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.002 0.004 0.979 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.012 0.003 0.697 0.136 0.145 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 R 0.001 0.147 0.004 0.613 0.045 0.097 0.001 0.052 0.003 0.002 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 H 0.003 0.090 0.011 0.177 0.282 0.219 0.014 0.019 0.039 0.053 0.048 0.036 0.002 0.004 0.001 0.002 87 H 0.021 0.187 0.039 0.126 0.054 0.072 0.014 0.215 0.013 0.008 0.159 0.050 0.010 0.004 0.026 0.003