# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.029 0.142 0.693 2 E 0.016 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.016 0.003 0.004 0.002 0.005 0.004 0.417 0.055 0.067 0.373 3 I 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.008 0.006 0.006 0.007 0.003 0.008 0.009 0.010 0.007 0.129 0.041 0.078 0.616 4 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.115 0.437 0.103 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.008 0.006 0.132 0.026 0.021 0.103 5 Q 0.003 0.001 0.004 0.001 0.503 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.078 0.023 0.039 0.299 6 R 0.459 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.107 0.040 0.260 7 E 0.352 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.054 0.066 0.493 8 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.004 0.115 0.837 9 G 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.264 0.047 0.108 0.477 10 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.360 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.037 0.017 0.071 11 W 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.043 0.006 0.076 0.012 0.005 0.003 0.579 0.064 0.026 0.148 12 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.359 0.331 0.048 0.005 0.148 0.033 0.010 0.056 13 V 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.080 0.060 0.010 0.610 0.073 0.025 0.100 14 D 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.572 0.067 0.061 0.241 15 G 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.535 0.038 0.104 0.299 16 M 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.018 0.166 0.534 17 V 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.430 0.022 0.205 0.322 18 S 0.178 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.082 0.008 0.039 19 L 0.190 0.741 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.007 0.032 20 D 0.013 0.780 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.017 0.131 21 R 0.073 0.798 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.008 0.054 22 F 0.130 0.642 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.092 0.034 0.069 23 R 0.120 0.159 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.212 0.051 0.395 24 E 0.471 0.093 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.025 0.361 25 F 0.056 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.038 0.121 0.729 26 F 0.034 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.055 0.178 0.611 27 E 0.044 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.033 0.103 0.763 28 L 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.024 0.137 0.694 29 E 0.085 0.017 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.063 0.127 0.570 30 A 0.012 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.044 0.159 0.705 31 P 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.014 0.106 0.804 32 L 0.152 0.021 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.062 0.090 0.628 33 P 0.038 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.030 0.086 0.803 34 G 0.095 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.063 0.075 0.723 35 E 0.198 0.013 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.077 0.106 0.558 36 A 0.058 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.091 0.799 37 G 0.041 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.129 0.765 38 G 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.056 0.065 0.158 0.660 39 N 0.038 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.112 0.154 0.112 0.435 40 I 0.036 0.141 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.066 0.074 0.112 0.541 41 H 0.023 0.336 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.002 0.155 0.086 0.084 0.293 42 T 0.032 0.688 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 0.050 0.038 0.133 43 L 0.019 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.028 0.011 0.035 44 A 0.005 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.007 0.022 45 G 0.004 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.024 0.005 0.018 46 V 0.018 0.834 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.076 0.005 0.018 47 M 0.032 0.611 0.084 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.111 0.013 0.043 48 L 0.037 0.143 0.234 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.455 0.019 0.067 49 Y 0.508 0.034 0.050 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.066 0.038 0.221 50 Q 0.064 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.036 0.089 0.739 51 L 0.040 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.052 0.144 0.737 52 G 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.018 0.159 0.772 53 R 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.153 0.797 54 V 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.066 0.215 0.556 55 P 0.089 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.050 0.177 0.644 56 S 0.138 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.058 0.130 0.619 57 V 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.047 0.107 0.590 58 T 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.019 0.116 0.741 59 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.681 0.027 0.045 0.225 60 R 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.060 0.049 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.289 0.041 0.050 0.463 61 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.817 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.008 0.005 0.029 62 E 0.035 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.329 0.060 0.052 0.439 63 W 0.759 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.105 0.016 0.080 64 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.011 0.108 0.777 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.380 0.020 0.080 0.517 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.810 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.008 0.013 0.050 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.071 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.782 0.028 0.011 0.069 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.542 0.072 0.022 0.006 0.164 0.018 0.015 0.141 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.253 0.145 0.020 0.512 0.010 0.005 0.028 70 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.096 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.393 0.034 0.044 0.347 71 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.058 0.071 0.063 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.029 0.037 0.154 72 D 0.053 0.004 0.002 0.001 0.140 0.025 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.086 0.065 0.332 73 M 0.069 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.072 0.106 0.608 74 D 0.605 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.076 0.038 0.236 75 R 0.070 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.027 0.120 0.701 76 T 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.035 0.138 0.627 77 R 0.028 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.102 0.111 0.007 0.010 0.004 0.002 0.002 0.199 0.069 0.059 0.289 78 V 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.040 0.011 0.043 0.035 0.006 0.003 0.179 0.063 0.082 0.480 79 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.086 0.073 0.019 0.009 0.406 0.038 0.045 0.294 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 0.037 0.012 0.673 0.054 0.019 0.171 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.759 0.033 0.020 0.165 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.016 0.007 0.056 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.623 0.032 0.032 0.297 84 Q 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.572 0.058 0.046 0.294 85 R 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.023 0.080 0.783 86 H 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.017 0.106 0.816 87 H 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.026 0.098 0.753