# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.082 0.081 0.012 0.035 0.064 0.076 0.043 0.607 2 E 0.034 0.055 0.025 0.089 0.193 0.082 0.046 0.477 3 I 0.030 0.020 0.020 0.146 0.163 0.093 0.034 0.494 4 V 0.014 0.007 0.026 0.244 0.258 0.083 0.053 0.315 5 Q 0.020 0.003 0.019 0.046 0.087 0.086 0.069 0.670 6 R 0.692 0.003 0.006 0.014 0.013 0.034 0.077 0.159 7 E 0.241 0.005 0.005 0.012 0.015 0.072 0.034 0.615 8 D 0.006 0.002 0.006 0.004 0.035 0.109 0.005 0.833 9 G 0.008 0.003 0.038 0.073 0.355 0.106 0.036 0.380 10 S 0.003 0.002 0.049 0.356 0.279 0.045 0.041 0.225 11 W 0.001 0.002 0.180 0.339 0.292 0.026 0.030 0.129 12 L 0.003 0.003 0.225 0.236 0.257 0.033 0.048 0.196 13 V 0.038 0.009 0.250 0.261 0.164 0.036 0.074 0.167 14 D 0.052 0.021 0.132 0.140 0.159 0.048 0.141 0.305 15 G 0.030 0.083 0.149 0.068 0.199 0.073 0.099 0.299 16 M 0.024 0.108 0.068 0.063 0.106 0.072 0.054 0.505 17 V 0.012 0.135 0.139 0.196 0.095 0.067 0.051 0.305 18 S 0.027 0.844 0.008 0.005 0.010 0.015 0.024 0.066 19 L 0.108 0.734 0.015 0.004 0.004 0.012 0.084 0.037 20 D 0.029 0.750 0.019 0.009 0.004 0.019 0.079 0.092 21 R 0.045 0.887 0.006 0.001 0.001 0.005 0.016 0.039 22 F 0.147 0.650 0.019 0.003 0.004 0.017 0.096 0.064 23 R 0.130 0.249 0.069 0.015 0.009 0.042 0.204 0.282 24 E 0.158 0.121 0.011 0.004 0.005 0.050 0.034 0.618 25 F 0.122 0.030 0.067 0.009 0.010 0.111 0.069 0.581 26 F 0.101 0.018 0.031 0.015 0.025 0.152 0.047 0.611 27 E 0.043 0.004 0.013 0.004 0.007 0.062 0.018 0.850 28 L 0.022 0.007 0.032 0.022 0.026 0.136 0.023 0.733 29 E 0.077 0.008 0.051 0.020 0.034 0.167 0.045 0.598 30 A 0.030 0.005 0.033 0.025 0.031 0.157 0.027 0.693 31 P 0.026 0.007 0.037 0.012 0.017 0.093 0.014 0.794 32 L 0.347 0.036 0.024 0.027 0.024 0.104 0.070 0.368 33 P 0.042 0.013 0.031 0.021 0.026 0.128 0.058 0.680 34 G 0.128 0.011 0.016 0.011 0.020 0.088 0.043 0.683 35 E 0.414 0.010 0.013 0.017 0.014 0.096 0.058 0.378 36 A 0.059 0.008 0.006 0.007 0.015 0.120 0.019 0.764 37 G 0.027 0.007 0.008 0.005 0.024 0.101 0.016 0.813 38 G 0.022 0.012 0.019 0.040 0.058 0.138 0.106 0.605 39 N 0.039 0.136 0.027 0.056 0.067 0.092 0.121 0.463 40 I 0.026 0.220 0.035 0.044 0.058 0.091 0.088 0.437 41 H 0.009 0.539 0.048 0.064 0.065 0.035 0.062 0.179 42 T 0.012 0.907 0.007 0.007 0.010 0.009 0.019 0.030 43 L 0.003 0.963 0.003 0.004 0.004 0.002 0.013 0.008 44 A 0.002 0.955 0.002 0.003 0.009 0.002 0.021 0.005 45 G 0.004 0.697 0.007 0.005 0.012 0.005 0.261 0.008 46 V 0.002 0.834 0.010 0.017 0.016 0.003 0.111 0.006 47 M 0.012 0.818 0.027 0.019 0.038 0.005 0.064 0.017 48 L 0.040 0.256 0.152 0.071 0.076 0.033 0.296 0.076 49 Y 0.278 0.094 0.099 0.107 0.068 0.047 0.108 0.199 50 Q 0.450 0.014 0.012 0.010 0.015 0.044 0.032 0.422 51 L 0.028 0.004 0.007 0.007 0.013 0.099 0.016 0.826 52 G 0.007 0.002 0.011 0.027 0.052 0.121 0.015 0.766 53 R 0.012 0.002 0.005 0.016 0.022 0.091 0.020 0.833 54 V 0.074 0.007 0.032 0.099 0.059 0.131 0.103 0.494 55 P 0.082 0.005 0.018 0.016 0.026 0.098 0.048 0.708 56 S 0.177 0.011 0.019 0.016 0.021 0.074 0.065 0.617 57 V 0.086 0.008 0.026 0.022 0.050 0.111 0.044 0.653 58 T 0.032 0.005 0.021 0.036 0.092 0.089 0.046 0.680 59 D 0.007 0.002 0.042 0.237 0.326 0.055 0.015 0.316 60 R 0.002 0.001 0.041 0.172 0.370 0.047 0.039 0.328 61 F 0.001 0.001 0.078 0.424 0.275 0.029 0.030 0.164 62 E 0.128 0.001 0.075 0.117 0.176 0.040 0.054 0.411 63 W 0.620 0.001 0.012 0.034 0.017 0.021 0.054 0.241 64 N 0.028 0.001 0.030 0.019 0.096 0.123 0.005 0.698 65 G 0.002 0.001 0.025 0.013 0.183 0.057 0.009 0.711 66 F 0.001 0.001 0.064 0.428 0.387 0.026 0.009 0.085 67 S 0.001 0.001 0.100 0.306 0.456 0.012 0.017 0.108 68 F 0.001 0.001 0.082 0.515 0.285 0.006 0.014 0.097 69 E 0.002 0.001 0.303 0.419 0.235 0.004 0.010 0.026 70 V 0.007 0.003 0.179 0.287 0.306 0.016 0.036 0.166 71 V 0.011 0.006 0.199 0.284 0.256 0.024 0.030 0.189 72 D 0.050 0.014 0.057 0.215 0.275 0.047 0.079 0.263 73 M 0.042 0.014 0.024 0.042 0.054 0.078 0.071 0.675 74 D 0.208 0.067 0.016 0.085 0.102 0.057 0.084 0.380 75 R 0.042 0.022 0.011 0.032 0.074 0.077 0.052 0.690 76 T 0.006 0.009 0.046 0.100 0.178 0.120 0.054 0.487 77 R 0.051 0.020 0.044 0.153 0.213 0.069 0.096 0.355 78 V 0.084 0.014 0.038 0.102 0.103 0.082 0.085 0.492 79 D 0.019 0.008 0.071 0.115 0.259 0.059 0.033 0.436 80 K 0.008 0.002 0.077 0.131 0.415 0.048 0.036 0.283 81 I 0.005 0.001 0.086 0.251 0.325 0.047 0.022 0.263 82 L 0.002 0.001 0.086 0.364 0.414 0.020 0.013 0.100 83 V 0.005 0.001 0.051 0.213 0.238 0.049 0.024 0.418 84 Q 0.073 0.002 0.079 0.223 0.170 0.068 0.074 0.311 85 R 0.096 0.002 0.016 0.040 0.045 0.086 0.025 0.690 86 H 0.058 0.003 0.009 0.012 0.021 0.078 0.025 0.795 87 H 0.038 0.004 0.011 0.016 0.030 0.105 0.026 0.770