# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.527 0.185 0.068 0.085 0.045 0.030 0.026 0.016 0.009 0.006 0.002 2 E 0.343 0.184 0.064 0.186 0.102 0.057 0.036 0.015 0.007 0.004 0.001 3 I 0.041 0.026 0.022 0.055 0.053 0.078 0.165 0.144 0.182 0.130 0.104 4 V 0.052 0.105 0.085 0.193 0.200 0.127 0.119 0.055 0.037 0.018 0.009 5 Q 0.068 0.160 0.225 0.196 0.126 0.076 0.073 0.031 0.023 0.015 0.007 6 R 0.067 0.055 0.064 0.148 0.177 0.149 0.164 0.079 0.050 0.029 0.018 7 E 0.382 0.279 0.081 0.125 0.061 0.027 0.023 0.010 0.006 0.003 0.002 8 D 0.305 0.186 0.061 0.156 0.120 0.065 0.054 0.027 0.015 0.009 0.005 9 G 0.218 0.106 0.045 0.125 0.113 0.116 0.123 0.063 0.048 0.026 0.015 10 S 0.070 0.112 0.066 0.237 0.196 0.137 0.097 0.036 0.029 0.015 0.007 11 W 0.010 0.018 0.022 0.044 0.058 0.094 0.191 0.218 0.164 0.102 0.078 12 L 0.018 0.044 0.049 0.127 0.128 0.120 0.147 0.111 0.102 0.098 0.055 13 V 0.001 0.003 0.006 0.010 0.010 0.019 0.054 0.127 0.203 0.258 0.309 14 D 0.029 0.106 0.092 0.262 0.207 0.102 0.079 0.040 0.037 0.032 0.013 15 G 0.018 0.022 0.020 0.031 0.034 0.066 0.128 0.122 0.181 0.215 0.162 16 M 0.070 0.092 0.045 0.305 0.240 0.107 0.070 0.029 0.021 0.013 0.007 17 V 0.019 0.014 0.014 0.022 0.028 0.037 0.100 0.160 0.207 0.219 0.181 18 S 0.023 0.466 0.065 0.216 0.137 0.040 0.030 0.009 0.007 0.005 0.002 19 L 0.003 0.005 0.005 0.016 0.020 0.061 0.141 0.188 0.216 0.161 0.183 20 D 0.654 0.081 0.113 0.109 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 21 R 0.021 0.105 0.080 0.359 0.234 0.113 0.062 0.014 0.006 0.003 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.025 0.065 0.192 0.244 0.463 23 R 0.004 0.010 0.068 0.146 0.221 0.278 0.187 0.043 0.024 0.015 0.004 24 E 0.010 0.030 0.776 0.126 0.031 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 25 F 0.003 0.009 0.022 0.050 0.075 0.182 0.309 0.178 0.094 0.048 0.030 26 F 0.002 0.002 0.005 0.004 0.006 0.013 0.063 0.165 0.239 0.291 0.211 27 E 0.032 0.090 0.306 0.282 0.200 0.045 0.023 0.009 0.005 0.006 0.002 28 L 0.005 0.010 0.073 0.043 0.039 0.084 0.144 0.124 0.183 0.154 0.141 29 E 0.129 0.210 0.074 0.221 0.159 0.057 0.074 0.025 0.025 0.017 0.008 30 A 0.032 0.027 0.015 0.036 0.047 0.071 0.178 0.184 0.182 0.129 0.098 31 P 0.319 0.212 0.100 0.182 0.088 0.042 0.024 0.013 0.010 0.007 0.003 32 L 0.040 0.045 0.024 0.077 0.060 0.131 0.210 0.113 0.134 0.096 0.069 33 P 0.223 0.260 0.036 0.151 0.128 0.064 0.060 0.034 0.022 0.013 0.009 34 G 0.511 0.186 0.034 0.080 0.074 0.035 0.034 0.020 0.013 0.008 0.005 35 E 0.306 0.262 0.064 0.129 0.087 0.047 0.039 0.024 0.019 0.014 0.009 36 A 0.208 0.175 0.037 0.134 0.102 0.095 0.122 0.056 0.037 0.019 0.016 37 G 0.466 0.195 0.039 0.112 0.082 0.038 0.033 0.019 0.008 0.004 0.003 38 G 0.293 0.137 0.049 0.158 0.106 0.106 0.079 0.033 0.020 0.012 0.006 39 N 0.187 0.150 0.058 0.237 0.155 0.092 0.069 0.024 0.016 0.008 0.005 40 I 0.007 0.006 0.009 0.020 0.035 0.054 0.136 0.208 0.193 0.163 0.169 41 H 0.036 0.077 0.084 0.182 0.188 0.170 0.140 0.051 0.035 0.025 0.013 42 T 0.004 0.008 0.028 0.022 0.026 0.036 0.102 0.148 0.196 0.243 0.188 43 L 0.001 0.002 0.010 0.007 0.012 0.020 0.077 0.142 0.205 0.292 0.232 44 A 0.001 0.002 0.010 0.007 0.012 0.021 0.076 0.112 0.213 0.304 0.241 45 G 0.003 0.006 0.030 0.029 0.044 0.082 0.178 0.158 0.184 0.162 0.125 46 V 0.003 0.004 0.025 0.021 0.026 0.052 0.136 0.125 0.211 0.215 0.183 47 M 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.009 0.038 0.069 0.204 0.206 0.458 48 L 0.002 0.002 0.014 0.014 0.014 0.037 0.095 0.094 0.222 0.192 0.314 49 Y 0.004 0.010 0.056 0.058 0.069 0.143 0.240 0.159 0.129 0.074 0.057 50 Q 0.005 0.013 0.043 0.048 0.048 0.117 0.267 0.194 0.129 0.083 0.052 51 L 0.006 0.006 0.013 0.023 0.024 0.045 0.131 0.208 0.198 0.211 0.135 52 G 0.185 0.103 0.120 0.177 0.114 0.087 0.085 0.050 0.035 0.031 0.013 53 R 0.063 0.101 0.085 0.200 0.176 0.127 0.114 0.055 0.039 0.026 0.012 54 V 0.015 0.016 0.016 0.025 0.021 0.037 0.091 0.112 0.203 0.240 0.225 55 P 0.051 0.069 0.038 0.114 0.130 0.140 0.189 0.106 0.078 0.052 0.033 56 S 0.373 0.319 0.137 0.089 0.032 0.016 0.011 0.008 0.006 0.006 0.003 57 V 0.170 0.118 0.038 0.144 0.133 0.138 0.131 0.059 0.035 0.021 0.013 58 T 0.230 0.164 0.036 0.117 0.100 0.080 0.084 0.066 0.055 0.043 0.024 59 D 0.186 0.177 0.073 0.174 0.145 0.103 0.077 0.032 0.018 0.011 0.005 60 R 0.083 0.145 0.096 0.271 0.179 0.097 0.069 0.030 0.019 0.008 0.004 61 F 0.007 0.006 0.007 0.011 0.015 0.029 0.089 0.140 0.226 0.239 0.230 62 E 0.051 0.156 0.077 0.346 0.234 0.065 0.044 0.014 0.008 0.004 0.002 63 W 0.016 0.023 0.027 0.045 0.037 0.063 0.092 0.097 0.196 0.195 0.208 64 N 0.159 0.249 0.061 0.251 0.155 0.062 0.037 0.010 0.008 0.005 0.002 65 G 0.300 0.238 0.045 0.176 0.100 0.053 0.039 0.020 0.015 0.009 0.005 66 F 0.019 0.024 0.015 0.046 0.061 0.097 0.129 0.150 0.167 0.154 0.138 67 S 0.044 0.191 0.055 0.354 0.212 0.076 0.043 0.013 0.007 0.004 0.002 68 F 0.003 0.003 0.005 0.008 0.010 0.016 0.051 0.113 0.218 0.279 0.294 69 E 0.070 0.190 0.069 0.376 0.232 0.037 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 70 V 0.002 0.005 0.005 0.011 0.007 0.017 0.049 0.072 0.236 0.292 0.303 71 V 0.034 0.054 0.035 0.207 0.251 0.153 0.130 0.050 0.043 0.029 0.014 72 D 0.199 0.316 0.148 0.173 0.084 0.030 0.025 0.011 0.007 0.005 0.002 73 M 0.030 0.035 0.021 0.073 0.078 0.121 0.168 0.148 0.134 0.115 0.076 74 D 0.140 0.368 0.072 0.144 0.099 0.051 0.061 0.028 0.020 0.013 0.005 75 R 0.353 0.180 0.071 0.207 0.100 0.044 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 76 T 0.403 0.111 0.108 0.127 0.085 0.069 0.052 0.019 0.013 0.010 0.004 77 R 0.015 0.067 0.034 0.202 0.196 0.142 0.181 0.078 0.051 0.022 0.012 78 V 0.001 0.002 0.005 0.008 0.011 0.030 0.076 0.115 0.231 0.271 0.252 79 D 0.020 0.064 0.257 0.334 0.204 0.071 0.033 0.008 0.005 0.003 0.001 80 K 0.009 0.055 0.112 0.314 0.213 0.151 0.085 0.028 0.019 0.009 0.005 81 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.013 0.061 0.136 0.223 0.257 0.290 82 L 0.014 0.071 0.072 0.230 0.244 0.105 0.128 0.068 0.042 0.019 0.007 83 V 0.001 0.003 0.024 0.015 0.010 0.023 0.050 0.064 0.209 0.315 0.286 84 Q 0.023 0.049 0.060 0.295 0.346 0.084 0.093 0.025 0.015 0.007 0.003 85 R 0.112 0.194 0.058 0.101 0.091 0.087 0.116 0.089 0.077 0.047 0.029 86 H 0.523 0.271 0.031 0.089 0.045 0.019 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 87 H 0.554 0.135 0.029 0.068 0.052 0.043 0.051 0.034 0.019 0.010 0.005