# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.015 0.001 0.001 0.008 0.020 0.030 0.051 0.001 0.001 0.002 0.872 2 E 0.019 0.001 0.001 0.028 0.030 0.040 0.122 0.001 0.001 0.004 0.755 3 I 0.095 0.005 0.003 0.059 0.080 0.142 0.122 0.001 0.001 0.004 0.490 4 V 0.031 0.010 0.001 0.148 0.320 0.331 0.043 0.001 0.001 0.004 0.113 5 Q 0.007 0.008 0.001 0.053 0.158 0.186 0.041 0.001 0.001 0.001 0.543 6 R 0.022 0.003 0.001 0.045 0.254 0.592 0.007 0.001 0.001 0.001 0.077 7 E 0.006 0.002 0.001 0.015 0.055 0.078 0.173 0.001 0.001 0.001 0.668 8 D 0.016 0.002 0.001 0.011 0.035 0.058 0.138 0.001 0.001 0.004 0.734 9 G 0.216 0.004 0.002 0.026 0.058 0.092 0.149 0.001 0.001 0.052 0.401 10 S 0.228 0.002 0.011 0.021 0.035 0.030 0.340 0.001 0.001 0.008 0.323 11 W 0.031 0.003 0.002 0.044 0.248 0.253 0.103 0.001 0.001 0.005 0.311 12 L 0.014 0.002 0.001 0.035 0.236 0.614 0.017 0.001 0.001 0.001 0.081 13 V 0.006 0.004 0.001 0.065 0.350 0.475 0.032 0.001 0.001 0.002 0.066 14 D 0.008 0.006 0.001 0.038 0.267 0.441 0.039 0.001 0.001 0.002 0.198 15 G 0.004 0.007 0.001 0.043 0.257 0.380 0.055 0.001 0.001 0.003 0.249 16 M 0.042 0.014 0.004 0.071 0.088 0.245 0.181 0.001 0.001 0.007 0.347 17 V 0.151 0.037 0.008 0.092 0.193 0.181 0.083 0.001 0.001 0.022 0.232 18 S 0.005 0.012 0.002 0.008 0.010 0.024 0.168 0.001 0.001 0.001 0.770 19 L 0.034 0.057 0.004 0.073 0.027 0.170 0.042 0.001 0.001 0.002 0.591 20 D 0.005 0.089 0.001 0.005 0.008 0.011 0.267 0.001 0.001 0.006 0.609 21 R 0.060 0.115 0.001 0.002 0.001 0.002 0.456 0.001 0.001 0.006 0.356 22 F 0.057 0.868 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.065 23 R 0.007 0.959 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 24 E 0.011 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 25 F 0.081 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.013 26 F 0.087 0.824 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.024 27 E 0.328 0.312 0.041 0.006 0.004 0.009 0.010 0.141 0.001 0.002 0.146 28 L 0.177 0.326 0.171 0.020 0.014 0.012 0.029 0.054 0.001 0.001 0.196 29 E 0.041 0.077 0.017 0.041 0.022 0.021 0.036 0.018 0.001 0.011 0.716 30 A 0.030 0.022 0.061 0.039 0.037 0.031 0.088 0.004 0.001 0.002 0.687 31 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.001 0.952 32 L 0.069 0.003 0.002 0.033 0.026 0.055 0.129 0.001 0.001 0.001 0.682 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 34 G 0.015 0.001 0.001 0.014 0.013 0.028 0.070 0.001 0.001 0.001 0.856 35 E 0.271 0.007 0.001 0.017 0.015 0.021 0.104 0.001 0.001 0.003 0.560 36 A 0.044 0.010 0.001 0.008 0.016 0.024 0.109 0.001 0.001 0.002 0.785 37 G 0.142 0.023 0.001 0.015 0.025 0.040 0.157 0.001 0.001 0.013 0.583 38 G 0.193 0.014 0.003 0.009 0.009 0.011 0.165 0.002 0.001 0.009 0.586 39 N 0.089 0.004 0.005 0.006 0.006 0.007 0.218 0.001 0.001 0.002 0.663 40 I 0.059 0.014 0.007 0.030 0.059 0.129 0.080 0.001 0.001 0.002 0.620 41 H 0.024 0.037 0.002 0.055 0.084 0.202 0.188 0.001 0.001 0.005 0.401 42 T 0.037 0.062 0.001 0.025 0.038 0.046 0.210 0.001 0.001 0.003 0.576 43 L 0.036 0.403 0.002 0.044 0.113 0.118 0.092 0.001 0.001 0.005 0.185 44 A 0.010 0.449 0.001 0.016 0.033 0.064 0.155 0.001 0.001 0.004 0.268 45 G 0.024 0.611 0.001 0.007 0.008 0.021 0.052 0.002 0.001 0.006 0.268 46 V 0.015 0.917 0.004 0.003 0.006 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.033 47 M 0.002 0.973 0.001 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 48 L 0.002 0.975 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 49 Y 0.006 0.979 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 50 Q 0.038 0.931 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.008 51 L 0.068 0.851 0.007 0.002 0.003 0.004 0.002 0.032 0.001 0.001 0.030 52 G 0.303 0.287 0.033 0.008 0.004 0.008 0.007 0.120 0.001 0.005 0.224 53 R 0.268 0.070 0.438 0.011 0.003 0.004 0.018 0.035 0.001 0.002 0.152 54 V 0.132 0.067 0.140 0.070 0.033 0.022 0.067 0.013 0.001 0.002 0.456 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.989 56 S 0.010 0.003 0.001 0.030 0.038 0.061 0.083 0.001 0.001 0.001 0.772 57 V 0.026 0.002 0.001 0.016 0.011 0.019 0.042 0.001 0.001 0.001 0.883 58 T 0.107 0.010 0.003 0.076 0.068 0.128 0.098 0.001 0.001 0.011 0.499 59 D 0.240 0.008 0.002 0.166 0.135 0.123 0.075 0.001 0.001 0.006 0.244 60 R 0.016 0.004 0.001 0.079 0.079 0.078 0.093 0.001 0.001 0.001 0.648 61 F 0.017 0.004 0.001 0.205 0.239 0.393 0.029 0.001 0.001 0.003 0.109 62 E 0.013 0.004 0.001 0.144 0.210 0.282 0.052 0.001 0.001 0.002 0.291 63 W 0.007 0.004 0.001 0.090 0.336 0.346 0.036 0.001 0.001 0.002 0.178 64 N 0.005 0.002 0.001 0.043 0.108 0.214 0.085 0.001 0.001 0.002 0.539 65 G 0.040 0.001 0.001 0.063 0.084 0.101 0.116 0.001 0.001 0.023 0.571 66 F 0.176 0.001 0.009 0.046 0.147 0.133 0.113 0.001 0.001 0.006 0.369 67 S 0.025 0.001 0.001 0.174 0.247 0.333 0.065 0.001 0.001 0.006 0.148 68 F 0.006 0.001 0.002 0.092 0.194 0.280 0.051 0.001 0.001 0.002 0.371 69 E 0.004 0.001 0.001 0.339 0.301 0.331 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 70 V 0.002 0.001 0.001 0.083 0.102 0.159 0.040 0.001 0.001 0.001 0.613 71 V 0.002 0.001 0.001 0.390 0.189 0.400 0.004 0.001 0.001 0.002 0.011 72 D 0.006 0.001 0.001 0.063 0.073 0.113 0.090 0.001 0.001 0.001 0.653 73 M 0.013 0.003 0.001 0.189 0.182 0.378 0.051 0.001 0.001 0.005 0.179 74 D 0.007 0.003 0.001 0.042 0.061 0.100 0.355 0.001 0.001 0.006 0.425 75 R 0.053 0.004 0.001 0.032 0.031 0.063 0.131 0.001 0.001 0.022 0.663 76 T 0.070 0.010 0.002 0.019 0.038 0.049 0.418 0.001 0.001 0.018 0.373 77 R 0.288 0.010 0.003 0.038 0.047 0.067 0.154 0.002 0.001 0.020 0.372 78 V 0.095 0.024 0.013 0.089 0.164 0.252 0.060 0.001 0.001 0.006 0.295 79 D 0.019 0.008 0.002 0.106 0.298 0.363 0.036 0.001 0.001 0.004 0.163 80 K 0.031 0.004 0.001 0.121 0.153 0.244 0.065 0.002 0.001 0.003 0.376 81 I 0.014 0.003 0.001 0.200 0.288 0.373 0.022 0.001 0.001 0.001 0.098 82 L 0.004 0.001 0.001 0.297 0.241 0.376 0.012 0.001 0.001 0.001 0.068 83 V 0.002 0.001 0.001 0.239 0.213 0.319 0.018 0.001 0.001 0.001 0.206 84 Q 0.006 0.001 0.001 0.247 0.209 0.468 0.008 0.001 0.001 0.001 0.060 85 R 0.002 0.001 0.001 0.039 0.056 0.091 0.064 0.001 0.001 0.001 0.746 86 H 0.003 0.001 0.001 0.020 0.018 0.044 0.087 0.001 0.001 0.001 0.826 87 H 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.051 0.001 0.001 0.001 0.929