# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.006 0.001 0.007 0.016 0.018 0.033 0.002 0.916 2 E 0.018 0.002 0.019 0.072 0.089 0.079 0.004 0.717 3 I 0.059 0.002 0.022 0.103 0.231 0.090 0.003 0.489 4 V 0.013 0.002 0.064 0.441 0.338 0.025 0.001 0.115 5 Q 0.008 0.003 0.022 0.278 0.279 0.023 0.001 0.387 6 R 0.006 0.002 0.044 0.285 0.547 0.017 0.002 0.097 7 E 0.010 0.003 0.023 0.108 0.229 0.104 0.005 0.517 8 D 0.014 0.002 0.009 0.036 0.044 0.128 0.021 0.745 9 G 0.247 0.006 0.034 0.095 0.030 0.091 0.166 0.331 10 S 0.534 0.001 0.026 0.016 0.055 0.309 0.005 0.054 11 W 0.007 0.001 0.036 0.363 0.226 0.044 0.001 0.322 12 L 0.004 0.001 0.026 0.253 0.665 0.017 0.001 0.034 13 V 0.003 0.001 0.073 0.300 0.522 0.016 0.001 0.084 14 D 0.001 0.002 0.044 0.315 0.524 0.017 0.001 0.097 15 G 0.007 0.004 0.050 0.238 0.566 0.036 0.003 0.096 16 M 0.095 0.008 0.058 0.096 0.350 0.166 0.007 0.220 17 V 0.108 0.011 0.105 0.171 0.214 0.168 0.010 0.213 18 S 0.035 0.018 0.022 0.048 0.060 0.157 0.006 0.654 19 L 0.029 0.042 0.059 0.024 0.157 0.040 0.005 0.645 20 D 0.011 0.034 0.009 0.007 0.026 0.283 0.003 0.628 21 R 0.046 0.052 0.002 0.002 0.006 0.597 0.006 0.289 22 F 0.070 0.817 0.002 0.002 0.003 0.009 0.002 0.093 23 R 0.007 0.938 0.003 0.002 0.003 0.007 0.003 0.037 24 E 0.065 0.834 0.003 0.002 0.003 0.008 0.018 0.066 25 F 0.168 0.745 0.013 0.003 0.005 0.004 0.022 0.040 26 F 0.097 0.763 0.020 0.015 0.014 0.006 0.030 0.055 27 E 0.152 0.296 0.084 0.017 0.017 0.024 0.092 0.317 28 L 0.227 0.150 0.293 0.038 0.043 0.040 0.043 0.165 29 E 0.069 0.079 0.060 0.028 0.039 0.100 0.035 0.590 30 A 0.183 0.028 0.140 0.085 0.099 0.064 0.023 0.378 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 32 L 0.020 0.003 0.036 0.075 0.132 0.096 0.004 0.634 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 34 G 0.015 0.003 0.009 0.041 0.106 0.063 0.002 0.761 35 E 0.262 0.007 0.017 0.033 0.041 0.106 0.006 0.528 36 A 0.075 0.015 0.015 0.022 0.028 0.085 0.006 0.754 37 G 0.072 0.021 0.020 0.023 0.030 0.087 0.015 0.731 38 G 0.128 0.022 0.032 0.024 0.016 0.076 0.034 0.668 39 N 0.114 0.005 0.026 0.012 0.016 0.172 0.012 0.644 40 I 0.027 0.004 0.023 0.016 0.033 0.067 0.002 0.829 41 H 0.029 0.021 0.107 0.158 0.173 0.155 0.004 0.353 42 T 0.017 0.012 0.028 0.024 0.051 0.172 0.003 0.693 43 L 0.027 0.233 0.110 0.110 0.178 0.079 0.003 0.260 44 A 0.009 0.287 0.037 0.042 0.074 0.165 0.004 0.382 45 G 0.051 0.290 0.020 0.021 0.043 0.177 0.015 0.382 46 V 0.042 0.819 0.015 0.012 0.013 0.027 0.003 0.068 47 M 0.007 0.898 0.007 0.008 0.016 0.013 0.003 0.047 48 L 0.006 0.954 0.004 0.004 0.010 0.003 0.002 0.016 49 Y 0.003 0.984 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 50 Q 0.046 0.903 0.004 0.004 0.003 0.002 0.022 0.016 51 L 0.066 0.834 0.018 0.008 0.008 0.003 0.038 0.025 52 G 0.380 0.315 0.019 0.022 0.018 0.013 0.122 0.112 53 R 0.130 0.181 0.125 0.024 0.027 0.037 0.084 0.392 54 V 0.108 0.087 0.051 0.068 0.067 0.077 0.021 0.522 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 S 0.008 0.006 0.025 0.079 0.139 0.236 0.006 0.501 57 V 0.179 0.009 0.045 0.026 0.036 0.073 0.015 0.617 58 T 0.077 0.030 0.042 0.089 0.082 0.146 0.015 0.518 59 D 0.168 0.010 0.095 0.151 0.126 0.120 0.017 0.312 60 R 0.052 0.003 0.053 0.067 0.151 0.071 0.003 0.600 61 F 0.017 0.002 0.073 0.407 0.414 0.023 0.003 0.061 62 E 0.009 0.002 0.045 0.273 0.294 0.026 0.003 0.350 63 W 0.005 0.002 0.044 0.253 0.568 0.019 0.002 0.108 64 N 0.004 0.001 0.018 0.142 0.219 0.043 0.003 0.570 65 G 0.025 0.001 0.021 0.146 0.176 0.091 0.036 0.505 66 F 0.495 0.001 0.030 0.127 0.146 0.112 0.009 0.080 67 S 0.022 0.001 0.043 0.262 0.347 0.077 0.002 0.248 68 F 0.002 0.001 0.025 0.379 0.533 0.009 0.001 0.052 69 E 0.001 0.001 0.113 0.483 0.388 0.002 0.001 0.013 70 V 0.001 0.001 0.033 0.315 0.488 0.004 0.001 0.159 71 V 0.001 0.001 0.203 0.232 0.554 0.003 0.001 0.009 72 D 0.001 0.001 0.057 0.356 0.448 0.019 0.001 0.118 73 M 0.003 0.001 0.127 0.115 0.572 0.038 0.001 0.144 74 D 0.005 0.001 0.024 0.067 0.179 0.286 0.002 0.436 75 R 0.048 0.002 0.015 0.027 0.057 0.120 0.019 0.713 76 T 0.120 0.005 0.012 0.033 0.028 0.471 0.022 0.307 77 R 0.295 0.005 0.018 0.051 0.067 0.246 0.039 0.278 78 V 0.082 0.010 0.052 0.169 0.251 0.152 0.008 0.276 79 D 0.008 0.003 0.063 0.441 0.389 0.037 0.003 0.055 80 K 0.014 0.002 0.052 0.209 0.490 0.040 0.002 0.191 81 I 0.004 0.001 0.112 0.379 0.483 0.006 0.001 0.014 82 L 0.002 0.001 0.118 0.459 0.377 0.006 0.001 0.037 83 V 0.001 0.001 0.132 0.281 0.416 0.007 0.001 0.163 84 Q 0.001 0.001 0.266 0.222 0.406 0.016 0.001 0.086 85 R 0.002 0.001 0.055 0.117 0.213 0.043 0.001 0.568 86 H 0.003 0.001 0.022 0.019 0.080 0.055 0.002 0.818 87 H 0.009 0.001 0.005 0.006 0.013 0.063 0.002 0.900