# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.156 0.137 0.267 0.132 0.084 0.041 0.107 0.035 0.029 0.009 0.003 2 E 0.109 0.402 0.279 0.084 0.053 0.028 0.021 0.004 0.018 0.001 0.002 3 I 0.056 0.550 0.315 0.021 0.023 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 4 V 0.039 0.654 0.225 0.010 0.033 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 5 Q 0.041 0.479 0.349 0.016 0.027 0.055 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 6 R 0.067 0.528 0.274 0.023 0.054 0.025 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 7 E 0.227 0.271 0.265 0.066 0.073 0.029 0.019 0.009 0.029 0.009 0.002 8 D 0.071 0.057 0.212 0.396 0.029 0.019 0.179 0.013 0.017 0.004 0.002 9 G 0.005 0.003 0.010 0.007 0.028 0.002 0.077 0.781 0.001 0.085 0.001 10 S 0.026 0.602 0.264 0.031 0.054 0.008 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 11 W 0.011 0.712 0.170 0.010 0.056 0.028 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 12 L 0.014 0.646 0.261 0.008 0.026 0.026 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 13 V 0.019 0.748 0.150 0.009 0.030 0.019 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 14 D 0.076 0.217 0.441 0.061 0.051 0.086 0.013 0.001 0.049 0.001 0.004 15 G 0.128 0.114 0.103 0.031 0.320 0.017 0.040 0.120 0.007 0.119 0.001 16 M 0.198 0.290 0.272 0.090 0.050 0.052 0.012 0.001 0.031 0.001 0.002 17 V 0.071 0.465 0.316 0.039 0.051 0.030 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 18 S 0.088 0.093 0.641 0.015 0.039 0.085 0.004 0.001 0.031 0.001 0.002 19 L 0.919 0.005 0.060 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 20 D 0.974 0.002 0.009 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.928 0.005 0.006 0.048 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.982 0.001 0.002 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.878 0.005 0.009 0.102 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.453 0.015 0.043 0.393 0.005 0.005 0.081 0.002 0.004 0.001 0.001 27 E 0.197 0.053 0.069 0.226 0.033 0.018 0.335 0.051 0.013 0.005 0.001 28 L 0.143 0.355 0.346 0.100 0.018 0.018 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 29 E 0.148 0.224 0.364 0.108 0.026 0.083 0.008 0.001 0.031 0.001 0.004 30 A 0.028 0.311 0.473 0.004 0.046 0.017 0.002 0.001 0.117 0.002 0.001 31 P 0.149 0.004 0.741 0.011 0.001 0.028 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 32 L 0.052 0.241 0.497 0.018 0.053 0.014 0.003 0.002 0.119 0.002 0.001 33 P 0.224 0.006 0.698 0.024 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 34 G 0.318 0.030 0.146 0.079 0.044 0.019 0.048 0.234 0.009 0.072 0.001 35 E 0.311 0.153 0.286 0.151 0.037 0.023 0.008 0.003 0.022 0.007 0.001 36 A 0.271 0.080 0.272 0.295 0.013 0.020 0.029 0.002 0.011 0.003 0.003 37 G 0.041 0.009 0.047 0.043 0.054 0.006 0.153 0.443 0.005 0.197 0.001 38 G 0.102 0.021 0.141 0.075 0.079 0.014 0.111 0.316 0.007 0.134 0.001 39 N 0.067 0.180 0.278 0.170 0.060 0.084 0.106 0.020 0.024 0.008 0.002 40 I 0.086 0.527 0.279 0.029 0.027 0.029 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 41 H 0.210 0.327 0.215 0.061 0.067 0.085 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 42 T 0.157 0.575 0.098 0.029 0.118 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 43 L 0.728 0.117 0.078 0.022 0.017 0.033 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 44 A 0.866 0.040 0.023 0.040 0.020 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 45 G 0.772 0.010 0.011 0.006 0.155 0.002 0.013 0.017 0.001 0.014 0.001 46 V 0.929 0.037 0.016 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 M 0.937 0.016 0.003 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 48 L 0.961 0.007 0.003 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 Y 0.945 0.004 0.004 0.040 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.891 0.008 0.005 0.077 0.002 0.004 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 51 L 0.260 0.008 0.028 0.674 0.001 0.003 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 52 G 0.031 0.001 0.007 0.030 0.019 0.001 0.233 0.600 0.001 0.077 0.001 53 R 0.106 0.221 0.304 0.230 0.044 0.036 0.035 0.003 0.017 0.002 0.001 54 V 0.009 0.348 0.457 0.003 0.017 0.018 0.002 0.001 0.145 0.001 0.001 55 P 0.056 0.005 0.886 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 56 S 0.117 0.360 0.293 0.083 0.075 0.034 0.007 0.006 0.021 0.003 0.001 57 V 0.121 0.318 0.339 0.099 0.069 0.020 0.007 0.001 0.020 0.002 0.003 58 T 0.057 0.125 0.224 0.104 0.215 0.023 0.113 0.075 0.018 0.043 0.001 59 D 0.047 0.303 0.365 0.090 0.092 0.035 0.031 0.009 0.024 0.004 0.001 60 R 0.010 0.865 0.074 0.007 0.033 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 61 F 0.003 0.884 0.064 0.002 0.036 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 62 E 0.005 0.843 0.082 0.002 0.042 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 63 W 0.045 0.603 0.182 0.019 0.049 0.054 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 64 N 0.060 0.133 0.172 0.314 0.058 0.031 0.182 0.009 0.032 0.007 0.002 65 G 0.004 0.005 0.008 0.011 0.041 0.003 0.167 0.701 0.002 0.059 0.001 66 F 0.013 0.517 0.354 0.041 0.045 0.009 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 67 S 0.011 0.633 0.284 0.014 0.025 0.016 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 68 F 0.002 0.756 0.143 0.002 0.077 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 69 E 0.004 0.699 0.229 0.002 0.033 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 70 V 0.012 0.351 0.535 0.005 0.010 0.054 0.001 0.001 0.030 0.001 0.002 71 V 0.030 0.768 0.100 0.011 0.065 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 D 0.056 0.276 0.293 0.044 0.109 0.115 0.033 0.005 0.061 0.006 0.002 73 M 0.191 0.418 0.218 0.049 0.066 0.026 0.006 0.003 0.021 0.003 0.001 74 D 0.255 0.096 0.258 0.203 0.041 0.065 0.042 0.004 0.025 0.006 0.004 75 R 0.338 0.053 0.086 0.181 0.057 0.025 0.131 0.085 0.015 0.028 0.001 76 T 0.264 0.179 0.206 0.168 0.056 0.018 0.077 0.009 0.018 0.004 0.001 77 R 0.136 0.340 0.220 0.140 0.051 0.052 0.038 0.005 0.015 0.001 0.001 78 V 0.041 0.431 0.462 0.015 0.013 0.012 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 79 D 0.207 0.237 0.348 0.096 0.052 0.030 0.011 0.002 0.011 0.001 0.005 80 K 0.018 0.683 0.083 0.051 0.104 0.016 0.018 0.003 0.022 0.001 0.001 81 I 0.002 0.894 0.074 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 82 L 0.007 0.429 0.502 0.003 0.011 0.029 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 83 V 0.005 0.596 0.313 0.004 0.016 0.034 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 84 Q 0.017 0.469 0.357 0.008 0.048 0.049 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 85 R 0.093 0.259 0.454 0.033 0.058 0.057 0.009 0.003 0.026 0.003 0.004 86 H 0.122 0.162 0.276 0.154 0.073 0.078 0.054 0.020 0.045 0.012 0.003 87 H 0.201 0.179 0.239 0.198 0.063 0.039 0.036 0.008 0.024 0.010 0.002