# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.062 0.220 0.124 0.068 0.116 0.064 0.066 0.072 0.088 0.083 0.037 2 E 0.145 0.174 0.036 0.015 0.334 0.014 0.056 0.052 0.050 0.077 0.048 3 I 0.382 0.070 0.008 0.002 0.443 0.002 0.004 0.013 0.011 0.011 0.052 4 V 0.109 0.250 0.042 0.006 0.522 0.011 0.012 0.014 0.006 0.008 0.020 5 Q 0.263 0.148 0.017 0.004 0.486 0.004 0.005 0.008 0.004 0.012 0.050 6 R 0.183 0.147 0.175 0.060 0.131 0.035 0.037 0.079 0.047 0.039 0.066 7 E 0.023 0.017 0.045 0.093 0.025 0.167 0.222 0.255 0.100 0.033 0.020 8 D 0.024 0.354 0.137 0.188 0.050 0.063 0.077 0.031 0.029 0.038 0.009 9 G 0.015 0.007 0.013 0.054 0.009 0.021 0.007 0.012 0.016 0.667 0.180 10 S 0.036 0.575 0.071 0.004 0.255 0.003 0.013 0.011 0.009 0.012 0.012 11 W 0.292 0.088 0.010 0.002 0.560 0.004 0.005 0.005 0.005 0.003 0.025 12 L 0.257 0.122 0.014 0.012 0.509 0.018 0.023 0.016 0.007 0.005 0.019 13 V 0.291 0.112 0.013 0.006 0.489 0.007 0.006 0.009 0.004 0.008 0.053 14 D 0.164 0.106 0.105 0.117 0.146 0.080 0.030 0.032 0.028 0.091 0.098 15 G 0.084 0.207 0.088 0.035 0.347 0.026 0.041 0.037 0.041 0.063 0.031 16 M 0.186 0.090 0.030 0.016 0.114 0.014 0.018 0.017 0.028 0.331 0.157 17 V 0.013 0.580 0.253 0.007 0.107 0.007 0.009 0.011 0.004 0.005 0.005 18 S 0.099 0.598 0.070 0.002 0.169 0.001 0.002 0.014 0.003 0.008 0.035 19 L 0.013 0.012 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.640 0.296 0.010 0.011 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.909 0.069 0.002 0.001 21 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.931 0.040 0.017 0.001 22 F 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.941 0.045 0.004 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.853 0.142 0.001 0.001 24 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.875 0.085 0.006 0.001 25 F 0.011 0.004 0.004 0.002 0.009 0.005 0.094 0.698 0.099 0.059 0.013 26 F 0.027 0.506 0.098 0.007 0.100 0.011 0.038 0.115 0.043 0.039 0.014 27 E 0.074 0.019 0.009 0.008 0.044 0.015 0.034 0.128 0.076 0.328 0.264 28 L 0.054 0.439 0.105 0.009 0.207 0.008 0.027 0.050 0.055 0.030 0.017 29 E 0.124 0.149 0.069 0.022 0.222 0.041 0.067 0.052 0.045 0.103 0.106 30 A 0.113 0.288 0.112 0.019 0.254 0.009 0.023 0.048 0.053 0.047 0.035 31 P 0.081 0.300 0.171 0.020 0.219 0.015 0.028 0.039 0.034 0.056 0.037 32 L 0.078 0.312 0.305 0.019 0.189 0.009 0.012 0.022 0.018 0.013 0.022 33 P 0.027 0.203 0.095 0.045 0.074 0.054 0.102 0.163 0.177 0.041 0.018 34 G 0.038 0.093 0.091 0.058 0.058 0.035 0.069 0.094 0.076 0.334 0.054 35 E 0.094 0.139 0.219 0.035 0.115 0.018 0.030 0.099 0.050 0.130 0.072 36 A 0.028 0.074 0.080 0.085 0.040 0.079 0.158 0.243 0.107 0.073 0.031 37 G 0.015 0.049 0.071 0.489 0.018 0.075 0.038 0.051 0.045 0.122 0.026 38 G 0.018 0.055 0.088 0.363 0.026 0.043 0.017 0.081 0.065 0.199 0.046 39 N 0.098 0.171 0.063 0.024 0.199 0.010 0.018 0.140 0.070 0.141 0.067 40 I 0.172 0.141 0.023 0.005 0.268 0.009 0.014 0.217 0.086 0.026 0.038 41 H 0.064 0.115 0.044 0.013 0.124 0.044 0.074 0.394 0.074 0.032 0.022 42 T 0.057 0.110 0.059 0.006 0.074 0.007 0.017 0.532 0.078 0.039 0.020 43 L 0.008 0.005 0.003 0.002 0.006 0.003 0.007 0.882 0.060 0.015 0.008 44 A 0.002 0.013 0.006 0.002 0.005 0.003 0.004 0.898 0.057 0.008 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.029 0.003 0.001 46 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.969 0.024 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.031 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.940 0.050 0.001 0.001 49 Y 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.853 0.117 0.002 0.001 50 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.140 0.699 0.094 0.042 0.008 51 L 0.011 0.557 0.094 0.033 0.037 0.016 0.109 0.065 0.037 0.033 0.008 52 G 0.012 0.005 0.012 0.116 0.004 0.027 0.021 0.055 0.049 0.488 0.211 53 R 0.029 0.332 0.174 0.020 0.158 0.004 0.013 0.024 0.037 0.169 0.041 54 V 0.115 0.337 0.124 0.011 0.286 0.013 0.012 0.016 0.019 0.027 0.039 55 P 0.093 0.344 0.211 0.035 0.197 0.017 0.021 0.025 0.023 0.014 0.018 56 S 0.078 0.228 0.385 0.032 0.125 0.020 0.028 0.033 0.030 0.020 0.021 57 V 0.039 0.061 0.035 0.025 0.053 0.050 0.274 0.213 0.192 0.036 0.022 58 T 0.080 0.063 0.042 0.106 0.051 0.044 0.033 0.032 0.053 0.342 0.153 59 D 0.063 0.293 0.091 0.033 0.291 0.031 0.043 0.014 0.016 0.088 0.036 60 R 0.276 0.050 0.004 0.001 0.642 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 61 F 0.220 0.140 0.009 0.002 0.602 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 62 E 0.370 0.123 0.026 0.008 0.369 0.009 0.012 0.004 0.002 0.004 0.072 63 W 0.195 0.062 0.080 0.215 0.079 0.100 0.031 0.024 0.030 0.038 0.146 64 N 0.007 0.088 0.066 0.378 0.023 0.163 0.195 0.035 0.028 0.014 0.004 65 G 0.053 0.010 0.013 0.041 0.017 0.008 0.004 0.003 0.009 0.654 0.188 66 F 0.051 0.389 0.050 0.003 0.474 0.006 0.005 0.002 0.003 0.007 0.011 67 S 0.347 0.078 0.008 0.004 0.455 0.021 0.049 0.003 0.003 0.005 0.029 68 F 0.245 0.135 0.018 0.004 0.583 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 69 E 0.149 0.191 0.013 0.003 0.606 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.027 70 V 0.633 0.030 0.003 0.001 0.244 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.082 71 V 0.078 0.281 0.055 0.023 0.360 0.086 0.037 0.017 0.011 0.016 0.036 72 D 0.359 0.092 0.023 0.006 0.420 0.005 0.009 0.009 0.005 0.021 0.051 73 M 0.192 0.133 0.047 0.072 0.207 0.055 0.026 0.043 0.052 0.074 0.098 74 D 0.069 0.240 0.148 0.106 0.179 0.098 0.058 0.031 0.020 0.031 0.020 75 R 0.141 0.049 0.021 0.026 0.114 0.028 0.048 0.100 0.204 0.204 0.065 76 T 0.059 0.280 0.224 0.017 0.181 0.027 0.026 0.068 0.059 0.043 0.017 77 R 0.240 0.126 0.025 0.005 0.302 0.009 0.050 0.057 0.042 0.089 0.055 78 V 0.571 0.050 0.006 0.004 0.215 0.006 0.007 0.008 0.011 0.016 0.106 79 D 0.038 0.082 0.023 0.048 0.129 0.337 0.259 0.028 0.014 0.026 0.016 80 K 0.359 0.024 0.003 0.002 0.593 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 81 I 0.161 0.041 0.002 0.001 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 82 L 0.238 0.046 0.002 0.001 0.691 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 83 V 0.332 0.094 0.009 0.002 0.486 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 84 Q 0.214 0.199 0.050 0.022 0.399 0.014 0.010 0.004 0.002 0.013 0.074 85 R 0.157 0.223 0.099 0.045 0.237 0.036 0.037 0.026 0.032 0.039 0.069 86 H 0.106 0.190 0.149 0.092 0.167 0.056 0.041 0.036 0.032 0.082 0.048 87 H 0.107 0.205 0.105 0.047 0.213 0.034 0.038 0.060 0.064 0.077 0.049