# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.804 0.163 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 2 E 0.714 0.238 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 3 I 0.240 0.189 0.314 0.190 0.061 0.007 0.001 4 V 0.430 0.304 0.188 0.063 0.013 0.001 0.001 5 Q 0.573 0.279 0.108 0.032 0.007 0.001 0.001 6 R 0.519 0.222 0.150 0.085 0.021 0.002 0.001 7 E 0.799 0.175 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 8 D 0.654 0.266 0.059 0.018 0.003 0.001 0.001 9 G 0.306 0.290 0.224 0.131 0.042 0.007 0.001 10 S 0.182 0.323 0.252 0.162 0.065 0.016 0.001 11 W 0.037 0.075 0.161 0.261 0.299 0.150 0.017 12 L 0.027 0.069 0.149 0.234 0.246 0.228 0.047 13 V 0.021 0.040 0.078 0.168 0.259 0.329 0.105 14 D 0.052 0.154 0.259 0.262 0.170 0.080 0.024 15 G 0.015 0.046 0.066 0.141 0.303 0.353 0.076 16 M 0.025 0.107 0.206 0.263 0.230 0.146 0.022 17 V 0.025 0.082 0.159 0.264 0.274 0.173 0.023 18 S 0.045 0.155 0.260 0.240 0.195 0.093 0.012 19 L 0.018 0.036 0.076 0.208 0.350 0.283 0.029 20 D 0.247 0.451 0.184 0.074 0.037 0.007 0.001 21 R 0.105 0.296 0.325 0.217 0.047 0.010 0.001 22 F 0.016 0.027 0.059 0.145 0.405 0.320 0.029 23 R 0.075 0.226 0.317 0.287 0.080 0.014 0.001 24 E 0.258 0.493 0.156 0.066 0.022 0.005 0.001 25 F 0.042 0.131 0.241 0.358 0.179 0.047 0.002 26 F 0.030 0.058 0.144 0.282 0.375 0.107 0.004 27 E 0.275 0.494 0.172 0.044 0.012 0.002 0.001 28 L 0.068 0.103 0.218 0.341 0.219 0.048 0.002 29 E 0.245 0.388 0.230 0.099 0.030 0.007 0.001 30 A 0.107 0.125 0.223 0.294 0.192 0.057 0.002 31 P 0.504 0.352 0.100 0.032 0.010 0.002 0.001 32 L 0.237 0.200 0.272 0.211 0.066 0.015 0.001 33 P 0.588 0.243 0.109 0.045 0.013 0.002 0.001 34 G 0.704 0.228 0.049 0.015 0.004 0.001 0.001 35 E 0.831 0.149 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 36 A 0.735 0.219 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 37 G 0.741 0.196 0.047 0.013 0.002 0.001 0.001 38 G 0.513 0.265 0.157 0.051 0.012 0.001 0.001 39 N 0.463 0.353 0.133 0.041 0.008 0.002 0.001 40 I 0.059 0.089 0.226 0.331 0.221 0.070 0.004 41 H 0.153 0.276 0.267 0.182 0.082 0.037 0.003 42 T 0.053 0.068 0.117 0.198 0.241 0.255 0.068 43 L 0.025 0.031 0.061 0.128 0.209 0.330 0.215 44 A 0.022 0.044 0.092 0.137 0.210 0.282 0.213 45 G 0.022 0.038 0.059 0.097 0.180 0.285 0.319 46 V 0.009 0.013 0.020 0.045 0.110 0.338 0.466 47 M 0.010 0.016 0.027 0.085 0.116 0.321 0.426 48 L 0.016 0.029 0.052 0.120 0.201 0.336 0.245 49 Y 0.041 0.111 0.181 0.251 0.222 0.151 0.042 50 Q 0.071 0.159 0.185 0.213 0.200 0.139 0.032 51 L 0.059 0.093 0.131 0.248 0.252 0.185 0.033 52 G 0.284 0.298 0.189 0.121 0.075 0.030 0.003 53 R 0.169 0.275 0.244 0.193 0.082 0.034 0.003 54 V 0.068 0.092 0.150 0.233 0.299 0.146 0.012 55 P 0.127 0.182 0.249 0.261 0.143 0.036 0.002 56 S 0.450 0.355 0.128 0.045 0.018 0.004 0.001 57 V 0.285 0.288 0.204 0.150 0.058 0.013 0.001 58 T 0.334 0.326 0.188 0.103 0.040 0.010 0.001 59 D 0.259 0.329 0.193 0.145 0.059 0.014 0.001 60 R 0.118 0.278 0.325 0.198 0.065 0.015 0.001 61 F 0.053 0.062 0.129 0.257 0.317 0.171 0.011 62 E 0.151 0.384 0.258 0.147 0.048 0.012 0.001 63 W 0.049 0.093 0.219 0.343 0.215 0.077 0.004 64 N 0.317 0.450 0.157 0.056 0.017 0.003 0.001 65 G 0.235 0.525 0.160 0.054 0.021 0.005 0.001 66 F 0.008 0.032 0.087 0.281 0.444 0.132 0.015 67 S 0.007 0.110 0.260 0.358 0.191 0.072 0.003 68 F 0.004 0.014 0.033 0.089 0.227 0.535 0.099 69 E 0.005 0.051 0.210 0.434 0.232 0.064 0.003 70 V 0.003 0.014 0.027 0.076 0.275 0.540 0.065 71 V 0.008 0.070 0.260 0.336 0.254 0.069 0.003 72 D 0.164 0.483 0.189 0.104 0.050 0.010 0.001 73 M 0.018 0.065 0.210 0.371 0.274 0.060 0.002 74 D 0.250 0.345 0.210 0.120 0.063 0.010 0.001 75 R 0.444 0.441 0.090 0.020 0.004 0.001 0.001 76 T 0.233 0.342 0.230 0.154 0.036 0.004 0.001 77 R 0.032 0.121 0.275 0.349 0.168 0.053 0.002 78 V 0.026 0.053 0.135 0.252 0.319 0.198 0.018 79 D 0.104 0.357 0.253 0.177 0.089 0.020 0.001 80 K 0.042 0.207 0.310 0.300 0.114 0.026 0.002 81 I 0.004 0.012 0.024 0.069 0.286 0.549 0.056 82 L 0.012 0.117 0.288 0.389 0.149 0.043 0.002 83 V 0.020 0.055 0.148 0.358 0.281 0.132 0.006 84 Q 0.241 0.393 0.221 0.094 0.044 0.006 0.001 85 R 0.474 0.290 0.119 0.085 0.028 0.005 0.001 86 H 0.757 0.210 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 87 H 0.709 0.210 0.053 0.023 0.004 0.001 0.001